genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18678341--18678536	47	4.1	47	89	1	275	32	10	29	27	1.90
18678372--18678443	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
18678417--18678492	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
18678506--18678986	48	9.8	48	89	7	743	36	6	25	30	1.82
18678506--18678969	194	2.4	196	94	2	817	36	6	26	30	1.82
18678506--18678986	146	3.3	146	94	3	799	36	6	25	30	1.82
18679136--18679240	37	2.8	37	91	0	165	25	18	30	25	1.98
18683635--18683807	46	3.7	46	76	7	188	22	20	26	30	1.99
18683632--18683802	93	1.8	93	91	0	279	22	21	27	29	1.99
18689182--18689354	46	3.8	45	75	13	172	21	18	27	32	1.97
18689179--18689349	93	1.8	93	91	0	279	21	18	28	31	1.97
18702250--18702425	46	3.8	46	78	10	205	22	21	28	27	1.99
18702246--18702417	93	1.8	93	93	0	299	22	22	29	26	1.99
18702671--18702733	31	2.0	31	100	0	126	22	6	25	46	1.75
18705401--18705469	15	4.6	15	83	0	84	13	15	13	57	1.64
18705392--18705479	30	3.0	30	81	8	99	11	15	15	56	1.66
18707871--18708039	46	3.8	44	72	20	136	21	21	28	28	1.98
18722806--18722861	26	2.2	26	96	0	103	35	25	8	30	1.86
18729704--18729736	17	1.9	17	93	0	57	57	15	12	15	1.65
18732645--18732843	27	7.4	27	86	0	281	25	21	18	35	1.96
18732645--18732843	54	3.7	54	91	2	310	25	21	18	35	1.96
18735530--18735568	17	2.4	17	86	4	53	20	30	12	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18736394--18736459	28	2.4	28	82	2	71	28	21	24	25	1.99
18736810--18737008	27	7.4	27	82	2	229	23	21	19	35	1.96
18736810--18737006	108	1.8	108	90	2	315	23	20	19	35	1.96
18736810--18737008	81	2.5	81	80	1	256	23	21	19	35	1.96
18762127--18762168	8	5.4	8	88	8	52	54	21	19	4	1.62
18762275--18762311	19	2.0	19	89	5	58	24	16	40	18	1.90
18762412--18762496	29	3.0	28	73	11	82	29	16	31	22	1.96
18764511--18764540	15	2.0	15	93	0	51	23	6	43	26	1.78
18772782--18772871	5	17.8	5	72	19	55	16	4	2	76	1.05
18772781--18772838	16	3.9	15	72	25	52	13	3	3	79	0.99
18772782--18772834	27	2.0	27	88	7	81	15	1	3	79	0.96
18772787--18772827	21	1.9	22	95	5	75	14	2	2	80	0.92
18772787--18772851	6	11.2	6	79	12	64	13	4	3	78	1.03
18775760--18775792	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
18794207--18794257	22	2.3	23	82	3	59	45	11	3	39	1.59
18796202--18796244	17	2.5	17	82	14	52	74	9	4	11	1.20
18796916--18796981	34	1.9	34	100	0	132	33	16	12	37	1.86
18799893--18800001	28	3.9	28	88	0	155	27	18	22	31	1.97
18801956--18802027	29	2.5	29	86	4	92	25	30	16	27	1.97
18817150--18817216	30	2.2	30	89	0	98	22	22	28	26	1.99
18826526--18826575	12	3.8	13	79	10	57	46	2	2	50	1.24
18826526--18826555	6	4.8	6	95	4	51	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18846379--18846644	88	3.0	87	66	14	220	30	17	25	26	1.97
18846239--18847028	178	4.5	172	80	6	732	29	19	23	27	1.98
18847371--18847404	16	2.1	17	88	5	52	76	11	0	11	1.02
18851496--18851548	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
18852897--18852978	26	3.2	26	96	0	155	35	25	7	31	1.84
18867318--18867489	93	1.8	93	96	0	317	29	29	20	20	1.98
18867313--18867486	46	3.8	46	79	13	212	30	28	20	20	1.98
18869768--18869800	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
18872660--18872752	5	17.8	5	71	20	59	75	1	5	18	1.05
18878140--18878172	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
18883413--18883469	3	19.0	3	100	0	114	33	0	0	66	0.92
18884105--18884277	43	4.0	43	77	0	159	30	29	16	23	1.96
18884894--18884970	23	3.3	23	70	13	59	40	20	5	33	1.75
18884904--18884999	46	2.1	46	84	0	120	40	18	5	35	1.73
18884906--18884990	23	3.7	23	78	6	82	38	20	4	36	1.73
18889890--18890504	160	3.8	158	82	5	557	38	22	5	33	1.77
18889760--18890504	23	32.6	23	73	10	507	38	22	5	33	1.77
18893306--18893334	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
18893716--18893778	21	3.0	21	78	2	72	31	0	23	44	1.54
18893717--18893783	14	4.7	15	73	14	52	31	0	22	46	1.52
18893700--18893784	36	2.4	37	82	9	104	28	0	24	47	1.53
18894130--18894421	40	7.3	40	84	1	372	25	19	20	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18901388--18901451	27	2.3	29	78	10	71	51	3	3	42	1.33
18901565--18901699	56	2.4	57	78	14	145	61	0	4	33	1.21
18901629--18901665	12	3.0	12	84	7	56	59	0	5	35	1.20
18901629--18901662	13	2.7	13	86	4	52	58	0	5	35	1.22
18901661--18901702	9	4.8	9	86	13	61	69	0	0	30	0.89
18901565--18901701	58	2.4	58	77	15	142	61	0	4	33	1.21
18903275--18904054	44	17.3	44	74	9	540	29	26	14	30	1.95
18903275--18904054	132	5.8	131	75	11	617	29	26	14	30	1.95
18903670--18903717	24	2.0	24	95	0	87	31	20	14	33	1.93
18903629--18903762	68	2.0	66	88	2	196	27	23	15	33	1.95
18903364--18904023	330	2.0	330	89	1	1018	28	26	14	30	1.95
18910227--18910290	27	2.3	29	78	10	71	50	3	3	43	1.33
18910468--18910504	12	3.0	12	84	7	56	59	0	5	35	1.20
18910468--18910501	13	2.7	13	86	4	52	58	0	5	35	1.22
18910461--18910518	25	2.3	26	81	6	73	60	0	3	36	1.14
18910497--18910532	17	2.1	17	90	10	56	66	0	0	33	0.92
18913159--18913229	31	2.3	29	83	11	88	50	4	4	40	1.41
18924396--18924427	8	4.0	8	100	0	64	75	0	0	25	0.81
18928203--18928304	47	2.2	47	87	3	143	14	15	24	45	1.84
18928274--18928330	22	2.6	21	86	5	69	15	15	24	43	1.86
18931980--18932013	18	1.9	17	88	5	50	35	5	14	44	1.70
18934820--18934974	77	2.0	77	97	0	292	32	22	18	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18945886--18946008	48	2.6	48	82	5	153	26	17	27	28	1.97
18945884--18946064	94	1.9	94	82	2	229	27	17	28	26	1.98
18945923--18946095	94	1.8	94	82	0	220	27	19	28	24	1.98
18946020--18946225	49	4.3	47	67	14	120	26	23	26	23	2.00
18946580--18946627	21	2.2	21	88	3	69	20	20	27	31	1.98
18946589--18946628	21	1.9	21	100	0	80	17	27	30	25	1.97
18952911--18953036	48	2.7	46	79	6	119	28	15	27	28	1.96
18953103--18953228	49	2.6	49	79	6	139	30	23	26	20	1.99
18954431--18954470	21	2.0	21	85	5	55	12	37	27	22	1.90
18966949--18967004	28	2.0	28	100	0	112	14	21	17	46	1.84
18969244--18969450	53	3.8	54	74	1	191	20	23	17	38	1.93
18973880--18973946	32	2.1	32	91	0	107	47	17	4	29	1.67
18976272--18976353	31	2.6	31	82	1	92	60	18	4	15	1.52
18976585--18976679	21	4.5	21	76	5	84	4	48	16	30	1.65
18977096--18977124	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
18977277--18977313	19	2.1	19	90	10	60	54	0	5	40	1.24
18982262--18982409	44	3.4	45	88	2	167	37	2	14	45	1.56
18982298--18982515	9	24.7	9	78	5	194	35	2	13	48	1.55
18982298--18982513	44	4.7	44	84	9	270	35	2	13	48	1.55
18982343--18982495	26	5.8	26	91	2	200	36	3	11	49	1.55
18982387--18982513	52	2.4	53	88	2	193	35	3	11	49	1.55
18982625--18982680	15	3.8	15	80	20	73	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18982637--18982709	28	2.6	29	88	4	112	52	2	0	45	1.15
18984571--18984680	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
18986122--18986197	26	2.8	27	80	6	82	32	23	11	31	1.91
18986302--18986388	27	3.2	27	86	1	120	17	24	25	33	1.96
18986302--18986405	27	3.8	26	83	7	118	18	24	22	35	1.95
18986302--18986405	54	1.9	54	84	3	138	18	24	22	35	1.95
18988894--18989067	40	4.3	39	76	10	140	24	18	18	37	1.93
18988917--18989057	40	3.5	40	80	8	144	26	19	15	38	1.92
18991460--18991503	13	3.7	12	80	20	56	40	45	2	11	1.53
18991460--18991504	23	2.0	23	95	0	81	40	46	2	11	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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