genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.200.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  200  of  373  ( 44737 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67475669--67475820	27	5.6	27	77	4	144	27	15	28	28	1.96
67475669--67475819	82	1.9	81	84	4	205	27	15	28	27	1.96
67475668--67475843	55	3.3	53	72	14	137	27	15	28	28	1.96
67479058--67479206	27	5.5	27	75	7	140	27	16	27	28	1.97
67479165--67479233	27	2.6	27	80	0	75	27	14	27	30	1.95
67479057--67479208	82	1.9	79	82	6	189	28	16	26	27	1.97
67480585--67480677	27	3.4	27	77	11	109	25	22	10	40	1.86
67480682--67480877	27	7.3	27	86	0	266	34	19	21	23	1.96
67481281--67481377	25	3.6	26	83	10	90	18	17	15	48	1.81
67481279--67481349	31	2.3	31	95	4	126	19	15	15	49	1.80
67481279--67481391	6	18.3	6	68	21	65	19	16	15	48	1.81
67481279--67481382	31	3.6	29	78	15	99	19	17	14	49	1.80
67482132--67482205	37	2.0	37	97	0	139	33	24	12	29	1.91
67485906--67486026	44	2.8	42	85	10	165	22	14	27	35	1.93
67485913--67486069	42	3.7	43	80	9	153	23	14	28	33	1.94
67495896--67496052	43	3.7	42	73	10	115	31	24	19	24	1.98
67505330--67505383	26	2.1	26	86	6	74	40	5	16	37	1.72
67506759--67506786	12	2.3	12	100	0	56	14	25	32	28	1.94
67506962--67507009	24	2.0	24	100	0	96	29	8	25	37	1.85
67512010--67512088	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
67512207--67512836	47	13.4	47	95	0	1089	29	30	8	31	1.87
67516819--67516994	27	6.5	27	83	6	194	30	27	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67516838--67516993	82	1.9	81	87	6	226	29	28	15	26	1.96
67524959--67525136	27	6.6	27	83	3	196	29	28	15	26	1.96
67524980--67525135	82	1.9	81	86	3	224	28	28	15	26	1.96
67528867--67528991	51	2.5	51	79	10	130	28	16	27	28	1.97
67532074--67532133	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
67536008--67536113	44	2.4	44	93	0	185	33	27	13	25	1.93
67543822--67544054	39	6.0	39	89	0	322	24	27	25	22	2.00
67549645--67549877	39	6.0	39	93	0	394	23	30	24	21	1.99
67554861--67555169	46	6.6	46	75	7	142	28	19	28	23	1.98
67554912--67555169	49	5.5	48	76	10	160	27	18	29	24	1.98
67554912--67555169	142	1.8	138	85	6	358	27	18	29	24	1.98
67556471--67556510	21	2.0	21	95	5	73	10	40	30	20	1.85
67564089--67564183	41	2.3	42	83	10	115	30	29	14	25	1.95
67566738--67566762	12	2.1	12	100	0	50	40	24	8	28	1.83
67571315--67571513	54	3.7	53	74	7	159	21	23	18	37	1.94
67578761--67578967	53	3.8	54	76	1	200	20	23	18	37	1.94
67596138--67596243	53	2.0	53	98	0	203	39	12	9	38	1.75
67598302--67598334	15	2.2	15	100	0	66	48	21	18	12	1.80
67599240--67599358	43	2.8	43	82	10	120	31	27	16	24	1.97
67600351--67600381	13	2.4	13	94	0	53	29	9	22	38	1.86
67600507--67600634	31	4.3	30	65	23	74	48	0	3	48	1.17
67600550--67600629	33	2.6	30	75	21	76	50	0	2	47	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67601293--67601330	20	1.9	20	88	0	58	36	28	15	18	1.92
67603850--67603981	40	3.3	40	71	11	108	26	27	21	25	1.99
67605143--67605171	14	2.0	15	93	6	51	48	20	3	27	1.66
67606491--67606622	47	2.8	47	91	0	210	31	28	13	26	1.94
67630765--67630793	13	2.2	13	100	0	58	34	0	20	44	1.52
67631158--67631328	46	3.7	46	96	1	299	18	18	30	31	1.95
67666942--67666973	14	2.2	15	94	5	57	56	18	0	25	1.42
67666979--67667004	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
67668647--67668680	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
67668644--67668685	22	2.1	19	86	13	57	54	0	0	45	0.99
67668745--67668801	28	2.0	29	83	10	73	49	8	8	33	1.65
67686253--67686383	58	2.3	58	93	0	217	38	40	10	10	1.75
67688055--67688090	18	2.0	19	89	10	58	69	22	5	2	1.22
67702026--67702082	28	2.0	28	89	0	87	29	19	28	22	1.98
67701943--67702074	56	2.4	56	82	5	160	30	15	28	25	1.96
67702034--67702099	28	2.4	28	86	0	87	27	19	28	24	1.99
67704815--67704893	37	2.1	37	88	0	113	25	30	20	24	1.98
67705011--67705281	47	5.7	47	96	2	463	30	30	8	30	1.87
67705143--67705221	25	3.3	25	64	10	74	34	27	5	32	1.79
67722387--67722556	47	3.6	47	88	1	241	28	30	8	32	1.87
67735159--67735330	93	1.8	93	85	2	238	22	18	29	30	1.97
67738101--67738167	35	1.9	35	96	0	125	22	13	10	53	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67738335--67738412	15	5.2	15	83	6	88	11	15	15	57	1.65
67740766--67740933	46	3.8	46	78	13	199	20	18	29	31	1.96
67740818--67740876	19	3.0	20	71	14	68	18	18	33	28	1.95
67740765--67740925	85	1.9	85	93	0	277	20	19	29	30	1.97
67743365--67743571	53	3.8	54	81	1	245	37	18	24	19	1.94
67747093--67747151	25	2.4	25	85	0	73	32	22	18	27	1.97
67751447--67751484	15	2.5	15	100	0	76	13	10	13	63	1.53
67752994--67753045	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
67754496--67754549	26	2.0	27	83	16	69	59	18	5	16	1.56
67758136--67758367	40	5.8	40	91	2	333	21	23	28	26	1.99
67764279--67764343	15	4.4	15	76	19	66	56	12	20	10	1.65
67770274--67770307	17	2.0	17	88	0	50	35	11	5	47	1.65
67771447--67771539	40	2.3	40	85	3	116	25	30	16	27	1.96
67780162--67780205	22	2.0	22	95	0	79	34	18	25	22	1.96
67789928--67789971	22	2.1	21	87	8	63	45	25	0	29	1.54
67792797--67792969	46	3.7	46	76	10	190	22	18	28	30	1.97
67792791--67792961	93	1.8	93	93	0	297	22	19	28	29	1.98
67793190--67793227	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
67799471--67799813	40	8.6	40	90	2	476	24	20	27	27	1.99
67806888--67807220	40	8.6	40	85	7	386	24	20	27	27	1.99
67806888--67807202	113	2.7	116	81	10	376	24	19	28	27	1.99
67822158--67822340	40	4.6	40	82	8	205	25	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67824581--67824783	40	5.1	40	83	5	243	23	23	27	25	2.00
67824577--67824764	80	2.4	79	88	2	270	24	23	26	25	2.00
67832780--67832985	79	2.6	79	84	7	258	24	22	27	25	2.00
67832784--67832985	40	5.1	40	84	8	245	23	23	28	25	2.00
67834839--67834914	38	2.0	38	100	0	152	31	13	23	31	1.93
67836103--67836247	40	3.6	40	81	4	166	26	24	25	23	2.00
67838586--67838914	49	7.0	49	72	7	182	26	29	18	25	1.98
67838586--67838905	93	3.4	95	77	7	249	25	29	19	25	1.98
67846136--67846201	3	22.0	3	100	0	132	0	33	0	66	0.92
67849303--67849373	13	5.5	13	87	0	79	36	28	8	26	1.86
67849303--67849373	26	2.7	26	82	0	88	36	28	8	26	1.86
67849297--67849373	39	2.0	39	86	0	109	33	28	7	29	1.85
67849425--67849717	50	5.8	50	80	2	291	27	16	24	31	1.97
67849388--67849714	151	2.2	151	91	0	528	26	17	24	31	1.97
67849917--67849948	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
67861814--67861852	21	1.9	20	84	5	51	20	2	28	48	1.62
67866212--67866254	20	2.2	20	86	0	59	32	4	23	39	1.75
67866220--67866259	20	2.0	20	85	0	53	32	2	20	45	1.64
67870958--67871164	53	3.8	54	80	4	211	23	23	17	36	1.95
67870969--67871157	55	3.5	54	81	5	204	22	22	18	36	1.95
67871358--67871441	44	1.9	44	85	4	116	26	25	11	36	1.90
67885073--67885263	40	4.8	40	87	3	235	23	21	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67888310--67888463	55	2.8	55	82	2	195	24	24	16	34	1.96
67888442--67888563	47	2.6	47	90	0	199	27	24	13	35	1.92
67888703--67888786	44	1.9	44	85	4	116	25	25	11	38	1.90
67892757--67892813	15	3.8	15	70	9	53	35	14	12	38	1.83
67892760--67892821	30	2.1	30	96	0	115	35	14	9	40	1.79
67894540--67894613	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
67896419--67896483	32	2.0	32	100	0	130	43	3	12	41	1.58
67899041--67899072	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
67905535--67905646	27	4.2	26	85	7	143	37	23	24	15	1.93
67905535--67905646	54	2.1	54	88	3	163	37	23	24	15	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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