Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   

This is table  344  of  373  ( 44737 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
114960335--114960393
30
2.0
28
90
6
91
30
1
11
55
1.46
114960765--114960851
21
4.0
23
79
10
83
16
21
24
37
1.93
114961013--114961053
19
2.2
19
87
12
59
46
0
24
29
1.53
114963269--114963298
15
2.0
15
100
0
60
13
13
0
73
1.10
114969688--114969749
31
2.1
30
82
17
76
45
8
17
29
1.77
114972072--114972131
25
2.4
25
97
0
111
30
18
21
30
1.97
114972089--114972146
25
2.3
25
84
0
71
29
25
18
25
1.98
114972190--114972248
20
3.0
20
97
0
109
35
11
20
32
1.89
114972194--114972248
11
5.4
11
70
16
55
36
12
20
30
1.90
114972299--114972467
24
7.1
24
91
0
261
28
20
20
29
1.98
114974202--114974275
33
2.2
33
87
0
103
28
9
18
43
1.81
114976460--114976575
43
2.7
42
75
7
117
32
17
24
25
1.96
114981494--114981546
12
4.4
12
85
0
61
11
1
9
77
1.07
114981495--114981546
18
2.9
18
83
11
70
11
1
7
78
1.02
114982866--114982986
2
61.0
2
98
1
235
0
0
50
49
1.00
114983996--114984292
39
7.5
39
88
2
357
19
21
27
30
1.97
114984309--114984387
38
2.1
38
100
0
158
26
12
24
36
1.91
114998956--114998987
8
4.0
8
100
0
64
12
0
0
87
0.54
115000526--115000559
7
5.0
7
85
7
52
70
2
0
26
1.01
115002216--115002292
19
4.4
17
70
22
52
31
3
2
62
1.27
115002188--115002301
53
2.1
54
95
1
203
33
2
2
61
1.24
115003200--115003236
20
1.9
20
88
5
58
40
0
8
51
1.32
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
115005387--115005706
46
7.0
46
89
0
426
39
15
23
21
1.91
115009242--115009273
7
4.6
7
92
0
55
31
0
12
56
1.37
115009242--115009282
14
2.9
14
89
7
57
34
0
12
53
1.38
115009892--115009933
18
2.3
18
91
0
66
21
28
7
42
1.79
115011712--115011756
18
2.5
17
75
10
54
55
0
11
33
1.35
115011887--115012019
3
45.0
3
81
3
153
62
0
4
32
1.21
115012099--115012135
8
4.2
9
93
6
51
81
0
2
16
0.81
115012102--115012133
14
2.1
16
88
11
50
81
0
3
15
0.82
115012166--115012218
12
4.4
11
84
13
52
67
1
3
26
1.17
115014270--115014660
126
3.1
126
86
1
543
30
14
15
38
1.88
115015182--115015229
19
2.4
20
82
6
62
62
0
4
33
1.14
115018219--115018463
124
2.0
125
91
4
406
34
12
18
34
1.89
115022555--115022739
18
10.3
18
72
13
139
37
13
11
37
1.81
115022903--115023140
45
5.3
45
89
1
334
40
19
19
20
1.91
115023893--115023944
6
8.8
6
85
12
72
34
15
0
50
1.45
115023917--115023998
21
3.8
21
71
18
53
43
18
0
37
1.50
115026405--115026456
17
2.8
20
80
17
74
9
0
44
46
1.36
115037273--115037322
17
2.7
20
78
18
70
10
0
44
46
1.37
115041912--115041961
17
2.7
20
78
18
70
10
0
44
46
1.37
115048498--115048552
3
18.7
3
76
23
55
70
1
0
27
0.97
115048498--115048552
5
9.3
6
78
21
55
70
1
0
27
0.97
115056518--115056542
11
2.3
11
100
0
50
92
0
0
8
0.40
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
115060655--115060739
42
2.0
42
97
0
161
28
9
27
35
1.88
115061219--115061261
17
2.6
16
78
10
50
23
0
4
72
1.04
115085536--115085575
9
4.3
9
84
6
53
67
2
2
27
1.16
115086888--115086927
19
2.0
19
85
9
53
50
2
0
47
1.14
115095358--115095467
51
2.2
51
93
0
184
29
23
14
32
1.94
115101294--115101404
47
2.4
47
83
6
145
36
23
15
25
1.94
115102169--115102197
4
7.2
4
100
0
58
0
24
0
75
0.80
115103591--115103620
6
5.0
6
100
0
60
50
16
0
33
1.46
115106597--115106641
3
14.7
3
83
4
54
60
4
35
0
1.17
115111779--115111816
17
2.2
18
86
9
53
39
7
0
52
1.31
115112362--115112400
20
2.0
20
90
10
62
38
10
2
48
1.51
115112833--115112892
31
1.9
32
86
3
86
53
3
6
36
1.44
115112835--115112909
29
2.5
30
80
6
80
54
2
5
37
1.37
115113533--115113559
3
9.0
3
100
0
54
66
0
0
33
0.92
115122136--115122185
26
1.9
26
84
8
66
36
14
6
44
1.69
115122315--115122351
10
3.6
10
96
3
65
29
0
8
62
1.24
115122312--115122360
20
2.3
23
82
13
68
34
0
6
59
1.22
115122315--115122360
22
2.2
20
84
7
56
32
0
6
60
1.22
115124367--115124415
21
2.3
22
83
13
66
30
6
8
55
1.54
115124404--115124834
17
24.0
18
68
19
95
44
10
11
33
1.75
115124413--115124464
16
3.2
16
86
2
68
48
11
13
26
1.77
115124564--115124843
17
15.4
17
71
13
123
45
10
11
32
1.74
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
115124601--115124650
27
1.9
25
88
8
73
34
8
6
52
1.55
115124667--115124720
16
3.2
16
75
14
56
42
9
12
35
1.75
115124788--115124843
18
3.1
19
76
7
62
41
14
10
33
1.80
115124838--115124888
18
2.9
17
77
8
57
47
7
9
35
1.66
115125371--115125427
26
2.2
26
93
0
96
7
29
42
21
1.79
115125534--115125576
19
2.3
19
84
8
52
4
13
11
69
1.33
115125548--115125586
21
1.9
20
94
5
69
0
10
15
74
1.07
115125745--115125783
14
2.8
14
80
0
51
0
7
15
76
0.99
115126144--115126260
30
3.9
29
77
11
94
44
3
22
29
1.69
115126159--115126260
30
3.4
30
84
2
134
44
3
22
29
1.71
115126256--115126290
14
2.4
15
90
4
54
25
0
2
71
1.00
115126532--115126786
53
4.8
54
89
6
387
36
18
16
29
1.92
115126745--115127303
72
7.7
72
91
2
834
33
18
16
31
1.93
115126745--115127303
145
3.8
144
91
2
834
33
18
16
31
1.93
115127307--115128150
72
11.7
72
93
2
1349
33
18
16
31
1.94
115127307--115128150
145
5.8
144
93
2
1333
33
18
16
31
1.94
115126745--115128277
847
1.8
846
95
1
2777
34
18
16
30
1.93
115140071--115140142
16
4.3
16
79
10
72
44
9
12
33
1.75
115140080--115140507
17
24.0
18
69
18
107
44
10
11
32
1.76
115140046--115140091
20
2.3
18
82
17
56
32
6
8
52
1.58
115140277--115140323
25
2.0
23
87
8
67
36
8
6
48
1.59
115140301--115140516
17
12.1
17
72
9
119
44
11
12
31
1.78
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
115140340--115140393
16
3.2
16
75
14
56
42
9
12
35
1.75
115140461--115140516
18
3.1
19
76
7
62
41
14
10
33
1.80
115140511--115140561
18
2.9
17
77
8
57
47
7
9
35
1.66
115141044--115141099
26
2.2
26
90
3
87
7
30
41
21
1.80
115141206--115141249
19
2.3
19
84
4
52
4
13
11
70
1.31
115141206--115141259
22
2.6
21
82
11
58
3
12
12
70
1.30
115141215--115141262
21
2.4
19
83
13
60
2
8
12
77
1.08
115141809--115141925
30
3.9
29
77
11
94
44
3
22
29
1.69
115141824--115141925
30
3.4
30
84
2
134
44
3
22
29
1.71
115141924--115141956
14
2.3
15
89
5
50
24
0
3
72
0.98
115142169--115142237
34
2.0
34
97
0
129
43
8
13
34
1.74
115142777--115142943
42
4.0
42
82
0
172
16
23
17
41
1.90
115142787--115142943
84
1.9
84
82
0
197
14
23
18
43
1.87
115145332--115145374
21
2.0
21
86
0
59
34
6
13
44
1.72
115146728--115146809
32
2.6
32
86
0
119
29
2
15
52
1.56
115153174--115153253
40
2.0
40
95
0
142
40
18
10
31
1.84
115157383--115157421
11
3.5
11
89
3
51
69
0
2
28
1.02
115161540--115161593
21
2.7
21
81
16
69
62
5
3
27
1.34
115163820--115163859
21
1.9
21
85
10
55
15
20
5
60
1.53
115171880--115171983
52
2.0
52
98
0
199
34
14
26
24
1.94
115178491--115178529
15
2.5
16
83
4
53
58
2
0
38
1.12
115178827--115178905
31
2.5
31
83
4
88
36
11
7
44
1.69
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
115182050--115182205
33
4.7
33
70
12
113
28
19
28
23
1.98
115182219--115182330
45
2.5
45
91
0
170
36
17
25
20
1.94
115182219--115182389
45
3.8
45
80
0
144
38
18
22
19
1.93
115183558--115183666
58
1.9
58
83
5
141
33
22
15
27
1.95
115188850--115188977
28
4.5
28
89
2
184
29
12
25
32
1.92
115188850--115188977
57
2.2
57
88
2
186
29
12
25
32
1.92
115191684--115191811
29
4.5
28
88
2
175
32
25
12
28
1.92
115191683--115191811
57
2.3
57
87
2
188
32
26
12
28
1.92
115198187--115198236
23
2.2
23
96
0
91
40
6
4
50
1.46
115199923--115200144
114
1.9
119
80
9
269
41
9
4
44
1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373