genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.209.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  209  of  373  ( 44737 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71004620--71004656	12	3.0	12	84	7	56	59	0	5	35	1.20
71004612--71004679	25	2.8	24	74	10	59	60	0	5	33	1.21
71006219--71006377	44	3.6	44	92	0	264	25	29	15	29	1.96
71006184--71006402	88	2.5	86	81	11	271	26	29	15	28	1.96
71006184--71006402	44	5.0	42	75	16	162	26	29	15	28	1.96
71006232--71007023	220	3.6	220	89	3	1100	27	23	17	31	1.97
71019133--71019179	15	3.1	16	76	17	55	59	0	4	36	1.17
71019268--71019317	21	2.4	21	78	15	59	70	2	2	26	1.09
71019269--71019316	23	2.2	23	85	10	66	72	2	2	22	1.05
71019344--71019385	12	3.4	12	83	6	57	59	0	4	35	1.19
71019344--71019382	13	3.1	13	85	3	53	58	0	5	35	1.20
71019344--71019408	25	2.7	24	80	7	69	60	0	6	33	1.22
71019404--71019489	35	2.5	35	94	3	147	58	6	1	33	1.33
71021252--71021338	43	2.0	43	80	12	99	28	27	19	24	1.98
71024815--71025783	483	2.0	482	98	0	1884	37	25	13	22	1.91
71026461--71026485	10	2.5	10	100	0	50	28	0	40	32	1.57
71027544--71027629	31	2.7	32	77	17	81	39	1	4	54	1.29
71029755--71030065	46	7.0	46	84	7	390	38	15	24	22	1.92
71030327--71030372	23	1.9	25	82	8	60	54	2	15	28	1.53
71038821--71039011	54	3.5	54	82	2	215	27	14	18	39	1.90
71038821--71039014	81	2.4	81	81	5	214	27	14	18	39	1.90
71038821--71039014	27	7.2	27	79	4	194	27	14	18	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71041111--71041157	23	2.0	23	87	0	67	36	14	21	27	1.93
71049489--71049680	40	4.8	40	92	1	244	27	27	21	23	1.99
71057621--71057772	40	3.8	40	87	2	189	26	27	21	24	1.99
71062980--71063028	23	2.1	23	96	0	89	40	36	10	12	1.77
71067459--71067492	17	2.0	17	100	0	68	35	17	17	29	1.93
71067481--71067575	43	2.2	43	86	0	127	25	16	25	32	1.96
71072289--71072341	28	1.9	27	88	11	81	32	22	5	39	1.78
71087552--71087759	93	2.2	94	77	2	213	38	19	15	26	1.91
71088797--71088831	14	2.5	14	90	0	52	17	37	2	42	1.64
71092441--71092868	214	2.0	214	100	0	856	32	15	19	33	1.93
71093496--71093520	13	1.9	13	100	0	50	76	8	0	16	1.02
71098294--71098362	32	2.2	30	84	5	84	40	4	2	52	1.36
71100151--71100229	28	2.8	28	90	0	122	36	12	22	27	1.91
71100620--71100663	21	2.0	22	91	4	72	40	2	22	34	1.67
71102867--71103025	43	3.7	43	79	8	164	30	27	17	24	1.97
71105228--71105434	40	5.2	40	91	4	305	24	23	27	24	2.00
71107161--71107297	56	2.4	56	95	0	238	26	16	23	33	1.96
71107162--71107322	56	2.9	56	87	3	182	26	17	24	32	1.97
71112789--71112892	28	3.7	28	86	0	136	29	32	13	24	1.93
71112873--71112980	40	2.7	40	88	0	162	37	27	14	20	1.92
71115708--71115734	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
71116213--71116389	27	6.5	27	83	3	203	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71116214--71116369	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
71116210--71116389	82	2.2	81	83	3	227	27	15	27	30	1.96
71134089--71134218	39	3.3	39	91	0	197	23	26	20	30	1.98
71140374--71140413	21	2.0	20	85	5	53	27	27	32	12	1.93
71141611--71141781	49	3.5	48	79	8	193	22	28	21	28	1.99
71141609--71141788	98	1.8	99	86	4	267	22	28	21	27	1.99
71143460--71143511	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
71144159--71144325	26	6.4	26	79	6	178	24	20	19	34	1.96
71156784--71156837	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
71156856--71157037	27	6.7	27	87	0	247	25	18	20	35	1.95
71164919--71164963	20	2.3	19	84	7	54	57	11	2	28	1.45
71166174--71166236	30	2.1	30	85	5	83	30	14	17	38	1.89
71166220--71166293	29	2.5	30	85	12	116	17	25	12	44	1.83
71166193--71166434	30	8.1	30	72	9	147	22	23	12	40	1.88
71166247--71166439	90	2.1	90	83	5	248	21	25	11	40	1.87
71179489--71179528	20	2.0	21	85	14	57	25	2	20	52	1.59
71184985--71185165	40	4.6	40	90	2	276	24	23	25	25	2.00
71189311--71189351	22	1.9	22	90	5	66	19	29	41	9	1.83
71193558--71193735	27	6.6	27	81	3	169	29	28	15	26	1.96
71205167--71205218	10	5.5	10	82	11	65	21	0	0	78	0.74
71205165--71205220	19	2.8	19	82	12	69	19	0	0	80	0.71
71205754--71205780	13	2.1	13	100	0	54	14	7	22	55	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71207183--71207239	30	1.9	30	92	0	96	22	38	26	12	1.89
71211067--71211120	6	9.0	6	94	6	92	51	0	0	48	1.00
71211066--71211126	18	3.3	19	90	6	99	55	0	0	44	0.99
71211495--71211549	23	2.3	23	78	9	58	16	5	5	72	1.22
71211968--71212148	9	18.4	10	67	15	51	63	1	3	32	1.18
71211991--71212148	9	16.7	9	68	14	77	60	1	3	34	1.23
71212087--71212157	9	7.7	9	75	10	54	57	0	4	38	1.18
71211991--71212157	18	8.7	19	68	15	87	59	1	3	35	1.22
71212397--71212545	9	16.4	9	72	20	91	32	1	1	64	1.10
71212436--71212545	8	12.6	8	73	18	53	31	0	0	67	0.97
71212436--71212545	17	6.8	18	65	27	59	31	0	0	67	0.97
71212457--71212495	20	2.0	21	90	10	64	33	0	0	66	0.92
71212436--71212546	46	2.3	50	83	11	135	31	0	0	67	0.97
71219620--71219711	28	3.3	28	70	11	89	29	36	15	18	1.91
71219620--71219746	56	2.3	56	95	0	227	29	33	17	19	1.95
71219647--71219745	28	3.5	28	73	10	103	30	30	18	21	1.97
71219729--71219783	25	2.2	25	87	6	76	25	32	12	29	1.93
71219914--71220044	43	3.0	43	87	0	190	34	32	22	11	1.90
71220033--71220193	40	4.0	40	92	0	259	27	31	20	20	1.98
71225405--71225641	27	8.7	27	84	0	249	40	8	20	30	1.81
71225405--71225641	54	4.4	54	85	0	312	40	8	20	30	1.81
71225431--71225631	81	2.5	81	86	0	285	42	6	18	31	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71225663--71225787	27	4.7	27	78	8	121	26	9	24	40	1.85
71225634--71225766	54	2.5	55	80	7	155	28	10	22	38	1.87
71232487--71232562	38	2.0	38	100	0	152	31	13	23	31	1.93
71233749--71233893	40	3.6	40	83	4	175	26	25	24	23	2.00
71241733--71241877	40	3.6	40	87	4	202	25	24	26	24	2.00
71243490--71243535	22	2.0	24	84	16	62	54	0	6	39	1.26
71254938--71254984	24	2.0	24	100	0	94	38	19	25	17	1.92
71282100--71282160	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
71289389--71289427	17	2.3	17	90	0	60	20	5	12	61	1.50
71291320--71291502	40	4.6	40	80	4	217	25	22	26	25	2.00
71291320--71291538	79	2.8	78	80	6	219	24	22	26	26	2.00
71303996--71304104	54	2.0	54	96	0	200	33	19	17	30	1.95
71307571--71307748	27	6.6	27	82	6	155	30	27	15	26	1.96
71307597--71307747	82	1.9	81	90	4	241	29	27	15	27	1.96
71309603--71309633	8	3.8	8	91	8	53	87	0	0	12	0.55
71309604--71309633	9	3.4	9	95	4	53	90	0	0	10	0.47
71313839--71313867	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
71336875--71336959	42	2.0	42	97	0	161	21	31	15	31	1.94
71338940--71339023	44	1.9	44	87	0	123	39	29	13	17	1.88
71346166--71346391	38	5.9	38	86	2	301	20	20	25	33	1.97
71346552--71346818	44	6.0	44	78	9	247	25	16	27	30	1.97
71346560--71346781	89	2.5	89	90	2	331	24	16	27	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71349886--71349987	28	3.5	27	71	21	80	26	20	28	24	1.99
71349851--71349986	60	2.3	59	84	8	168	27	19	25	26	1.99
71353906--71353947	20	2.2	19	86	4	57	2	45	0	52	1.13
71355262--71355368	28	3.7	27	71	21	74	28	19	27	24	1.99
71355232--71355367	60	2.3	59	82	8	150	28	19	25	25	1.99
71357162--71357199	19	2.0	20	84	5	51	47	18	0	34	1.49
71360653--71360830	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
71360654--71360809	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
71360650--71360830	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
71362850--71363021	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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