genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.133.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43948687--43948941	118	2.2	118	87	5	347	22	23	28	25	1.99
43956946--43957203	40	6.5	40	87	4	346	22	22	27	26	1.99
43966573--43966611	10	3.9	10	83	9	53	82	0	17	0	0.68
43967869--43968086	40	5.5	40	91	2	316	22	23	28	24	1.99
43970743--43970949	27	7.6	27	92	3	198	30	28	14	27	1.95
43970743--43970949	55	3.8	55	95	0	351	30	28	14	27	1.95
43979246--43979463	40	5.5	40	90	2	298	23	23	27	24	2.00
43989891--43990074	40	4.6	40	82	9	223	25	22	26	25	2.00
43989891--43990110	80	2.8	80	84	5	270	24	22	26	25	2.00
43998190--43998247	30	1.9	30	85	0	80	15	25	37	20	1.92
44002884--44002934	21	2.4	21	81	18	61	29	0	0	70	0.87
44002986--44003033	14	3.6	14	80	8	64	39	2	0	58	1.10
44002983--44003078	23	3.9	24	74	19	74	38	6	0	55	1.25
44003011--44003049	17	2.2	19	86	9	55	38	5	0	56	1.22
44003149--44003190	20	2.0	20	86	4	57	23	0	7	69	1.13
44015095--44015883	205	3.8	206	85	2	1086	31	18	20	29	1.96
44015095--44015872	410	1.9	411	90	1	1229	31	18	20	29	1.96
44017668--44017713	17	2.7	17	80	12	58	32	6	2	58	1.36
44042857--44042925	34	2.0	34	94	0	120	28	10	39	21	1.86
44044295--44044535	48	5.0	48	88	2	358	26	28	19	25	1.99
44044295--44044535	96	2.5	96	92	2	396	26	28	19	25	1.99
44044503--44044568	33	2.0	33	90	0	105	27	27	19	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44049657--44049746	45	2.0	45	100	0	180	44	6	15	33	1.73
44050632--44050657	8	3.2	8	100	0	52	53	23	11	11	1.69
44050863--44050893	15	2.1	15	100	0	62	25	19	12	41	1.87
44051888--44052034	42	3.4	43	78	10	158	32	26	16	24	1.96
44053686--44054295	48	12.7	48	86	0	797	25	28	20	26	1.99
44055949--44056135	28	6.8	27	78	7	144	55	7	14	22	1.65
44055945--44056138	56	3.6	54	74	9	171	53	7	17	21	1.68
44057372--44057543	94	1.8	94	86	2	247	38	7	18	35	1.79
44057473--44057677	81	2.5	81	85	3	297	37	8	19	34	1.82
44057682--44057854	69	2.5	69	84	5	208	46	5	13	34	1.66
44058153--44058197	12	3.9	12	88	11	76	62	0	0	37	0.96
44058139--44058214	22	3.5	22	89	3	102	59	0	0	40	0.98
44058151--44058204	12	5.0	10	81	16	63	62	0	0	37	0.95
44058760--44058837	38	2.1	37	90	2	120	30	2	2	64	1.21
44061017--44061119	9	11.5	8	70	17	53	59	0	2	36	1.19
44061021--44061081	19	3.2	19	79	4	68	67	1	1	29	1.10
44061018--44061116	10	10.8	9	73	15	53	60	1	3	35	1.19
44061019--44061091	19	3.9	18	72	13	58	63	1	2	32	1.17
44061066--44061119	26	2.1	25	86	3	72	55	0	3	40	1.17
44061072--44061119	25	1.9	25	87	8	62	56	0	4	39	1.19
44062711--44062796	43	2.0	43	84	13	115	23	18	30	27	1.98
44068067--44068244	94	1.9	94	85	2	250	26	30	17	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44069860--44070082	46	4.7	47	79	11	199	28	18	30	21	1.97
44073073--44073157	24	3.6	24	82	3	100	35	23	20	21	1.96
44074694--44074785	46	2.0	46	100	0	184	26	21	17	34	1.95
44081062--44081108	23	2.0	23	95	0	85	34	23	25	17	1.96
44086805--44086931	47	2.8	44	81	8	148	23	28	20	27	1.99
44096987--44097264	48	5.8	48	88	2	389	25	27	18	28	1.98
44103512--44103801	50	5.9	50	81	6	342	28	18	28	23	1.98
44103512--44103761	95	2.6	98	85	5	310	28	19	28	23	1.98
44103515--44103844	50	6.7	49	78	8	255	28	19	28	24	1.98
44107758--44107920	41	4.0	41	88	3	231	36	25	20	17	1.94
44114374--44114456	41	2.0	41	100	0	166	32	19	12	36	1.88
44114384--44114470	41	2.1	41	83	6	106	37	21	8	32	1.83
44114582--44114644	31	2.0	31	100	0	126	46	19	6	28	1.74
44115627--44115771	41	3.5	41	93	1	220	36	24	20	19	1.95
44115744--44115787	16	2.8	16	96	0	79	31	25	27	15	1.96
44118051--44118137	27	3.2	27	93	0	138	42	17	9	31	1.80
44118132--44118192	27	2.3	27	85	0	86	42	18	9	29	1.82
44118201--44118415	53	4.0	54	90	2	310	32	22	4	40	1.73
44118206--44118415	27	7.9	27	89	1	298	32	21	4	40	1.73
44118201--44118415	80	2.7	80	89	2	326	32	22	4	40	1.73
44118855--44118966	6	18.3	6	74	10	84	20	17	11	50	1.77
44118855--44118945	37	2.5	37	82	7	96	20	18	10	49	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44118883--44118964	43	1.9	43	87	0	119	19	19	12	48	1.80
44120918--44121141	27	8.3	27	77	3	193	37	21	9	30	1.85
44121135--44121394	27	9.6	27	89	0	367	29	22	7	40	1.82
44121079--44121393	81	3.9	81	84	1	213	31	22	8	38	1.84
44121833--44121887	6	9.0	6	80	4	56	18	14	14	52	1.74
44121896--44121929	18	1.9	17	88	5	50	23	11	11	52	1.70
44124023--44124331	153	2.0	153	98	0	591	41	18	5	34	1.75
44125668--44125703	18	2.0	18	100	0	72	38	33	0	27	1.57
44129849--44129926	29	2.7	29	84	4	95	43	8	11	35	1.72
44138912--44138992	42	1.9	42	82	5	101	22	34	22	20	1.97
44156904--44157007	50	2.1	51	81	10	119	35	18	24	22	1.95
44160275--44160634	47	7.6	47	93	1	594	32	7	30	29	1.85
44160275--44160634	143	2.5	143	92	2	593	32	7	30	29	1.85
44160275--44160634	190	1.9	190	95	0	648	32	7	30	29	1.85
44162091--44162164	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
44162477--44162712	40	5.9	40	80	4	201	24	22	28	25	1.99
44166949--44167298	47	7.6	47	89	7	522	33	7	30	29	1.84
44166949--44167298	135	2.5	137	86	10	503	33	7	30	29	1.84
44166953--44167298	182	1.9	180	93	1	602	33	7	30	29	1.84
44168752--44168825	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
44169138--44169373	40	5.9	40	80	4	201	24	22	28	25	1.99
44173610--44173968	47	7.6	47	93	2	594	32	7	30	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44173610--44173968	143	2.5	142	92	4	591	32	7	30	29	1.86
44179869--44179927	11	5.7	11	76	15	72	37	11	18	32	1.87
44179871--44179927	20	2.8	20	100	0	114	36	10	19	33	1.86
44179975--44180070	25	3.8	25	94	1	165	25	25	23	26	2.00
44179975--44180070	51	1.9	50	93	2	165	25	25	23	26	2.00
44179986--44180095	50	2.2	51	82	8	127	25	24	24	25	2.00
44180290--44180363	30	2.4	31	88	2	105	32	20	25	21	1.97
44187803--44187841	11	3.7	11	80	13	55	38	12	17	30	1.88
44187889--44187945	25	2.3	25	84	6	71	28	21	26	24	1.99
44188163--44188235	31	2.4	31	84	4	96	32	20	24	21	1.97
44188153--44188226	30	2.4	30	84	2	94	33	21	24	20	1.97
44189348--44189396	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
44191977--44192120	46	3.1	46	74	14	143	29	28	19	22	1.98
44195723--44195769	20	2.4	20	85	3	60	55	6	6	31	1.51
44197801--44197884	22	4.0	22	70	9	84	29	14	8	47	1.73
44197788--44197868	41	2.0	41	100	0	162	28	12	9	49	1.72
44200770--44201023	21	12.2	21	71	7	106	43	16	20	18	1.88
44200786--44201024	42	5.7	42	77	5	232	44	16	20	18	1.87
44200784--44201020	84	2.8	84	86	1	314	43	16	20	19	1.88
44205783--44205807	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
44206032--44206102	18	3.9	18	74	9	63	30	9	15	43	1.79
44206119--44206182	18	3.6	18	78	0	74	39	12	12	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44206111--44206191	36	2.2	36	84	0	99	37	9	13	39	1.78
44213848--44213916	32	2.2	32	91	0	120	30	15	13	40	1.86
44217788--44218068	139	2.0	139	100	0	562	28	13	23	34	1.93
44218235--44218274	21	1.9	21	94	0	71	22	7	17	52	1.69
44225493--44225665	46	3.7	45	81	7	186	29	20	28	20	1.98
44227158--44227188	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
44227155--44227194	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
44227305--44227332	5	5.6	5	100	0	56	17	39	0	42	1.50
44227450--44227645	55	3.6	53	77	9	173	22	25	17	34	1.96
44242674--44242892	46	4.7	45	76	15	200	26	20	31	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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