Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   

This is table  32  of  373  ( 44737 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
9045931--9045955
2
12.5
2
100
0
50
0
0
48
52
1.00
9061998--9062440
224
2.0
224
92
0
735
41
21
11
25
1.86
9063282--9063347
31
2.2
31
86
8
91
37
9
6
46
1.60
9070360--9070391
14
2.3
14
94
0
55
28
37
15
18
1.92
9071958--9071995
18
2.1
18
95
0
67
52
10
5
31
1.58
9076011--9076056
16
2.9
16
90
3
67
13
0
41
45
1.43
9086881--9086919
20
2.0
20
85
10
53
74
7
2
15
1.15
9091601--9091722
62
1.9
62
85
5
163
22
22
10
43
1.84
9091738--9092015
47
5.9
47
79
6
278
31
20
15
32
1.94
9091745--9091919
48
3.7
48
83
3
192
34
23
14
27
1.94
9092228--9092490
137
2.0
135
86
8
367
35
17
15
31
1.91
9095672--9095709
20
1.9
20
88
0
58
44
2
0
52
1.14
9100508--9100536
9
3.2
9
100
0
58
20
0
20
58
1.39
9102330--9102375
24
2.0
23
91
4
74
23
23
19
32
1.97
9113243--9113285
22
1.9
23
86
13
63
30
4
9
55
1.52
9115186--9115255
31
2.3
31
80
9
81
38
11
12
37
1.80
9127454--9127503
19
2.5
19
83
9
55
32
2
14
52
1.53
9129339--9129371
12
2.5
13
85
14
50
57
0
0
42
0.98
9129341--9129366
12
2.2
12
100
0
52
53
0
0
46
1.00
9129553--9129592
20
1.9
20
85
10
53
10
22
0
67
1.20
9129642--9129674
9
3.8
9
88
4
50
0
21
0
78
0.75
9135314--9135352
19
2.1
19
100
0
78
58
5
15
20
1.55
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
9138874--9138932
11
5.2
11
84
8
73
64
1
0
33
1.04
9140782--9140821
2
20.0
2
100
0
80
0
50
0
50
1.00
9149823--9149981
35
4.6
34
87
3
203
31
24
12
31
1.92
9149857--9149992
69
1.9
70
88
2
202
30
25
12
32
1.92
9150253--9150283
16
1.9
16
100
0
62
6
19
16
58
1.59
9155317--9155351
7
5.0
7
100
0
70
85
0
14
0
0.59
9162903--9162962
24
2.5
23
74
15
59
65
0
30
5
1.14
9162951--9163016
34
1.9
34
82
11
82
65
0
33
1
1.02
9177332--9177368
16
2.3
17
86
9
51
54
0
0
45
1.00
9182327--9182373
19
2.3
22
79
17
57
44
4
12
38
1.62
9182681--9182736
5
10.6
5
81
11
67
39
0
3
57
1.16
9182684--9182737
12
4.3
12
80
17
65
40
0
3
55
1.17
9182767--9182829
29
2.1
30
82
8
76
61
7
28
1
1.33
9183832--9183888
15
3.9
15
88
2
89
35
0
12
52
1.39
9184261--9184305
23
2.0
23
86
0
63
15
22
24
37
1.93
9184294--9184329
17
2.1
18
89
5
56
13
22
33
30
1.93
9187065--9187255
103
1.9
103
82
4
242
23
13
27
35
1.92
9191376--9191433
20
2.9
20
82
10
82
5
25
25
43
1.75
9209695--9209739
19
2.3
19
85
14
56
35
0
2
62
1.08
9213345--9213374
16
1.9
15
93
6
51
26
6
20
46
1.75
9215224--9215265
11
4.0
10
87
9
57
28
28
0
42
1.56
9216375--9216421
14
3.2
14
79
14
51
63
4
6
25
1.36
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
9217063--9217105
18
2.4
18
88
0
59
20
30
9
39
1.84
9225469--9225522
27
2.0
27
100
0
108
40
29
7
22
1.81
9226996--9227060
24
2.8
24
79
4
71
55
7
1
35
1.38
9229464--9229589
41
3.1
41
79
4
146
16
21
27
34
1.95
9231684--9231738
26
2.1
26
83
6
67
27
16
0
56
1.40
9231801--9231906
17
6.1
17
90
4
131
35
11
16
36
1.84
9231796--9231919
52
2.3
54
90
4
198
37
11
15
36
1.83
9231804--9231919
35
3.3
35
95
3
198
37
12
14
36
1.84
9237749--9237808
28
2.2
27
85
8
77
56
0
1
41
1.09
9239131--9239182
20
2.6
20
81
6
61
63
7
0
28
1.22
9252261--9252324
33
1.9
33
87
0
92
29
14
20
35
1.92
9256453--9256478
12
2.2
12
100
0
52
7
7
0
84
0.77
9258254--9258283
15
2.0
15
100
0
60
60
13
6
20
1.55
9262866--9262903
19
2.0
19
85
10
51
42
0
15
42
1.47
9263164--9263235
33
2.2
32
88
11
103
40
0
6
52
1.28
9263288--9263331
23
1.9
23
85
0
61
36
4
11
47
1.60
9268701--9268854
76
2.0
76
100
0
308
31
12
19
36
1.90
9272101--9272146
19
2.3
20
78
14
51
41
0
19
39
1.52
9272406--9272477
33
2.2
32
88
11
103
40
0
6
52
1.28
9272866--9272893
9
3.1
9
100
0
56
42
0
46
10
1.38
9278395--9278505
28
4.0
27
84
5
125
32
16
24
27
1.96
9278951--9278993
19
2.3
19
83
0
50
23
23
25
27
2.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
9283511--9283565
18
2.9
19
94
5
103
36
10
16
36
1.84
9283511--9283588
18
3.8
22
86
10
80
35
8
16
38
1.80
9283855--9283891
18
2.0
19
89
5
58
32
0
0
67
0.91
9287368--9287475
26
4.2
26
91
0
180
37
24
6
32
1.81
9294894--9295003
26
4.2
26
94
2
177
34
4
24
36
1.76
9296623--9296735
27
4.2
27
86
3
138
15
23
23
36
1.94
9296621--9296735
54
2.1
54
90
3
178
15
23
24
36
1.94
9298839--9298892
15
3.4
16
78
12
58
62
0
16
20
1.32
9306710--9306792
34
2.5
34
84
5
98
28
16
24
30
1.97
9308833--9308910
33
2.4
33
86
0
102
19
10
41
29
1.84
9317279--9317340
19
3.2
20
86
4
92
58
0
0
41
0.98
9317593--9317672
36
2.2
38
86
4
110
28
3
5
62
1.33
9317707--9317742
12
3.0
12
87
0
54
25
2
0
72
0.98
9321346--9321383
15
2.5
15
84
12
51
57
2
0
39
1.12
9332128--9332152
13
1.9
13
100
0
50
92
0
8
0
0.40
9350737--9350790
16
3.4
16
86
0
72
37
1
27
33
1.68
9354324--9354364
17
2.3
19
79
8
50
21
9
19
48
1.77
9363261--9363299
9
4.6
8
84
12
51
66
2
0
30
1.05
9363254--9363299
17
2.7
18
83
10
60
65
2
0
32
1.05
9363549--9363581
11
2.8
12
86
13
50
60
0
0
39
0.97
9374425--9374457
3
11.3
3
87
6
50
72
0
27
0
0.85
9374995--9375038
3
14.7
3
95
0
79
70
0
29
0
0.88
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
9374993--9375041
9
5.4
9
95
0
71
73
0
26
0
0.83
9376330--9376398
30
2.3
31
82
7
79
23
13
17
46
1.83
9380360--9380417
29
2.0
29
90
6
91
37
0
13
48
1.43
9380892--9380938
21
2.3
21
96
3
87
51
4
12
31
1.59
9385288--9385329
19
2.2
20
86
4
59
42
11
7
38
1.69
9385282--9385330
20
2.4
21
76
13
57
40
10
6
42
1.63
9392811--9392861
21
2.4
22
90
9
79
37
11
0
50
1.39
9398508--9398750
121
2.0
121
100
0
486
28
13
19
38
1.89
9403801--9403832
6
4.9
7
92
7
50
25
0
0
75
0.81
9403810--9403858
19
2.5
20
80
6
57
18
10
0
71
1.13
9424504--9424624
46
2.6
48
85
2
156
28
15
29
26
1.96
9427469--9427500
15
2.1
15
100
0
64
46
21
6
25
1.74
9436288--9436356
25
2.7
26
73
8
70
17
4
2
75
1.09
9436300--9436356
16
3.4
17
74
13
55
19
5
1
73
1.11
9436283--9436371
25
3.6
25
72
14
67
15
5
5
73
1.22
9438120--9438183
26
2.5
26
70
14
60
20
9
3
67
1.33
9438774--9438815
20
2.0
21
81
9
50
23
14
14
47
1.80
9441496--9441630
70
1.9
70
93
0
234
31
13
19
36
1.90
9442399--9442557
43
3.7
43
87
0
212
25
21
30
22
1.99
9447795--9447853
23
2.5
24
78
10
68
44
0
1
54
1.10
9448053--9448170
55
2.1
55
95
0
209
39
16
15
27
1.89
9455824--9455894
3
23.7
3
82
5
72
26
2
7
63
1.34
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
9456240--9456276
6
6.2
6
93
0
56
64
5
0
29
1.15
9458046--9458077
16
2.0
16
93
0
55
40
6
0
53
1.26
9458979--9459069
40
2.2
41
90
1
139
24
25
29
20
1.99
9462485--9462700
108
2.0
108
94
0
378
41
23
4
31
1.73
9464038--9464079
17
2.5
17
88
3
59
28
11
0
59
1.33
9465578--9465639
31
2.0
30
85
14
83
40
1
0
58
1.08
9465631--9465664
15
2.1
16
89
10
52
58
0
0
41
0.98
9465594--9465657
31
2.1
31
82
8
78
43
1
0
54
1.09
9465697--9465753
15
3.5
15
71
17
51
49
0
1
49
1.11
9465699--9465735
19
1.9
19
88
0
56
48
0
0
51
1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373