genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.104.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33975583--33975814	49	4.7	49	82	5	295	29	26	18	25	1.98
33975574--33975814	100	2.4	99	86	2	331	29	26	18	25	1.98
33976461--33976520	30	2.0	30	87	6	86	28	26	8	36	1.85
33977412--33977471	31	1.9	32	86	10	88	30	30	11	28	1.92
33989245--33989271	13	2.1	13	100	0	54	25	22	7	44	1.79
33990182--33990271	36	2.5	36	78	10	103	73	5	17	3	1.17
33993091--33993207	62	1.9	59	82	5	144	41	4	3	50	1.38
33993622--33993663	12	3.2	13	80	10	50	30	19	0	50	1.48
33997895--33998088	47	4.1	47	89	0	280	33	10	28	26	1.90
33998298--33998439	37	3.8	37	97	0	257	23	18	32	25	1.97
33999929--33999974	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
33999936--33999980	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
34004718--34004995	48	5.8	48	77	0	241	26	24	18	30	1.98
34019027--34019244	45	4.7	44	73	10	125	24	29	19	26	1.98
34019123--34019295	94	1.9	91	84	8	233	23	27	21	27	1.99
34028233--34028370	48	2.9	48	88	0	222	31	31	18	18	1.95
34030266--34030370	20	5.3	19	66	20	63	36	22	26	14	1.93
34030243--34030396	40	3.9	38	80	7	164	36	20	25	16	1.94
34030297--34030464	40	4.2	40	80	3	162	33	20	27	18	1.96
34031021--34031085	29	2.2	29	80	0	76	23	26	16	33	1.96
34035850--34035953	52	2.0	52	90	0	163	21	17	29	31	1.96
34037509--34037578	28	2.4	29	84	11	92	22	35	14	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34037586--34037645	28	2.1	28	82	11	70	25	28	16	30	1.97
34037708--34037743	18	1.9	19	88	5	56	16	36	19	27	1.93
34037850--34037892	16	2.7	16	88	0	68	9	13	20	55	1.66
34045220--34045318	29	3.4	29	79	10	114	24	33	15	27	1.95
34050965--34050995	14	2.2	14	100	0	62	19	6	29	45	1.75
34051255--34051284	12	2.5	12	94	0	51	13	23	20	43	1.86
34051798--34052005	91	2.3	91	86	2	274	45	4	3	46	1.41
34052035--34052066	16	1.9	17	93	6	57	53	0	0	46	1.00
34052059--34052271	61	3.4	63	69	17	194	41	2	6	49	1.41
34052021--34052312	120	2.4	119	90	3	471	42	2	5	50	1.36
34052142--34052176	18	2.0	17	88	5	52	40	0	0	60	0.97
34052262--34052295	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
34052250--34052523	147	1.9	149	95	2	500	47	2	3	46	1.34
34052408--34052442	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
34052604--34052698	45	2.1	44	86	9	131	32	26	6	34	1.82
34052677--34052746	16	4.4	16	85	7	97	34	35	0	30	1.58
34052679--34052746	32	2.1	32	91	5	111	33	36	0	29	1.58
34052782--34052849	30	2.3	30	100	0	136	44	2	32	20	1.67
34054387--34054667	48	5.9	48	93	0	463	33	7	28	30	1.84
34054808--34054947	37	3.8	37	95	0	244	23	19	31	25	1.98
34062571--34062679	37	2.9	37	90	0	164	27	31	18	22	1.97
34062826--34063107	48	5.8	48	87	6	397	32	25	5	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34062826--34063107	98	2.9	97	91	3	442	32	25	5	36	1.79
34062829--34063107	146	1.9	147	89	4	436	32	25	5	36	1.79
34065398--34065488	28	3.2	27	77	11	94	31	30	16	20	1.95
34065711--34066057	40	8.7	40	90	0	523	26	28	21	23	1.99
34079223--34079765	47	11.5	47	93	2	885	32	7	29	30	1.86
34079223--34079771	143	3.9	141	92	2	879	32	8	29	30	1.86
34079223--34079765	190	2.9	187	93	3	892	32	7	29	30	1.86
34082279--34082638	40	9.1	40	91	2	537	23	20	29	26	1.99
34085836--34086402	47	12.5	47	85	10	770	32	8	29	29	1.87
34085836--34086402	96	6.3	94	85	11	770	32	8	29	29	1.87
34085996--34086064	22	3.3	22	63	29	60	31	13	26	28	1.93
34085836--34086402	134	4.2	136	83	10	716	32	8	29	29	1.87
34091259--34092256	43	23.6	43	83	5	1013	17	32	32	17	1.93
34091259--34092256	85	11.8	84	81	7	809	17	32	32	17	1.93
34091259--34092256	128	7.9	129	82	6	992	17	32	32	17	1.93
34092554--34092632	24	3.3	25	80	8	92	20	36	36	6	1.78
34093899--34093926	8	3.5	8	100	0	56	10	39	14	35	1.81
34098660--34098842	40	4.6	40	79	8	187	26	22	26	24	2.00
34098716--34098867	79	1.9	79	81	7	184	28	20	26	25	1.99
34106620--34106697	39	2.0	39	87	2	111	26	19	26	26	1.99
34106580--34106764	40	4.7	40	79	6	198	25	21	27	25	1.99
34106633--34106797	79	2.1	79	79	6	174	27	19	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34113866--34114041	46	3.8	45	80	12	205	20	20	29	29	1.98
34113863--34114033	93	1.8	93	93	0	297	20	21	29	28	1.98
34115452--34115539	45	2.0	45	93	0	149	37	23	13	25	1.92
34120407--34120480	29	2.6	29	76	19	77	71	6	4	17	1.24
34123159--34123189	15	2.1	15	100	0	62	48	0	25	25	1.52
34124523--34124598	21	3.5	21	67	18	57	22	13	25	39	1.90
34124528--34124614	44	2.0	45	90	2	140	22	13	25	37	1.91
34128456--34128636	40	4.6	40	88	2	249	25	22	25	25	2.00
34136636--34136816	40	4.6	40	90	2	276	24	23	25	25	2.00
34148453--34148628	46	3.8	46	76	10	187	28	27	21	22	1.99
34148461--34148631	93	1.8	93	89	0	270	27	28	22	22	1.99
34151022--34151107	15	5.7	15	84	5	120	58	12	17	11	1.63
34154037--34154207	93	1.8	93	93	0	297	28	26	22	23	1.99
34154030--34154205	46	3.8	46	78	10	205	28	26	21	22	1.99
34179132--34179208	21	3.5	21	70	16	66	22	12	25	38	1.90
34179154--34179224	21	3.2	22	67	25	67	22	11	26	39	1.88
34179137--34179224	45	2.0	45	97	0	167	23	12	25	38	1.90
34179527--34179583	28	2.0	28	100	0	114	42	14	17	26	1.87
34182916--34182955	21	2.0	21	85	5	55	15	37	22	25	1.93
34189168--34189273	55	1.9	55	86	7	153	24	21	31	22	1.98
34191456--34191536	38	2.1	38	100	0	162	33	19	19	27	1.96
34197581--34197756	46	3.8	46	76	12	189	21	19	28	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34197578--34197749	93	1.8	93	92	0	290	21	20	29	29	1.98
34200688--34200853	40	4.2	40	93	0	262	27	27	22	22	1.99
34206093--34206146	24	2.2	24	84	12	67	27	38	16	16	1.90
34211764--34211929	40	4.2	40	94	0	271	27	27	21	22	1.99
34213853--34213974	55	2.2	55	79	0	127	23	20	31	23	1.98
34215484--34215537	23	2.2	25	83	6	67	72	1	1	24	1.05
34222730--34222777	23	2.1	23	88	0	69	27	10	16	45	1.80
34223182--34223230	25	2.0	25	83	0	62	24	24	0	51	1.49
34229744--34229851	26	4.2	26	95	0	180	33	7	23	36	1.83
34231469--34231597	27	4.8	27	83	6	156	17	24	22	35	1.95
34231469--34231595	54	2.4	54	89	0	209	17	24	22	35	1.95
34239640--34239746	28	3.8	28	92	0	160	29	25	10	34	1.89
34244372--34244479	26	4.2	26	93	0	189	32	8	24	35	1.85
34246101--34246178	27	2.9	26	86	7	111	17	24	23	34	1.96
34245735--34246621	443	2.0	443	97	0	1693	29	16	21	32	1.96
34246544--34246684	27	5.2	27	83	8	171	17	24	24	34	1.96
34246544--34246684	54	2.6	53	92	2	219	17	24	24	34	1.96
34248609--34248784	46	3.8	46	77	10	196	21	19	28	30	1.98
34248608--34248777	93	1.8	93	92	0	286	21	20	28	29	1.98
34253687--34253738	24	2.1	26	82	13	65	40	15	0	44	1.46
34255399--34255439	21	2.0	21	90	9	66	48	2	4	43	1.37
34265892--34266063	46	3.7	46	91	0	281	31	26	19	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34272635--34272723	45	2.0	45	86	4	126	30	15	24	29	1.96
34272699--34272962	143	1.8	143	80	0	321	30	20	21	26	1.98
34277843--34277969	40	3.2	40	84	6	125	29	24	20	25	1.99
34279891--34279920	15	2.0	15	100	0	60	33	13	6	46	1.69
34282264--34282332	31	2.2	32	92	2	113	55	2	5	36	1.39
34287005--34287093	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
34287005--34287084	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
34287016--34287093	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
34304727--34304963	134	1.8	130	87	6	354	37	4	8	48	1.55
34304866--34304909	20	2.2	20	87	0	61	45	0	4	50	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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