genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17733402--17733808	2	199.0	2	72	14	287	42	6	5	44	1.53
17733402--17733808	13	32.3	13	71	20	126	42	6	5	44	1.53
17733412--17733795	104	3.7	103	78	15	389	42	6	5	45	1.52
17733507--17733808	65	4.5	64	76	11	254	43	5	6	44	1.53
17733413--17733780	11	35.6	10	73	15	119	43	5	5	45	1.51
17736031--17736067	14	2.7	14	95	4	67	51	0	0	48	1.00
17742033--17742111	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
17742230--17742667	47	9.1	48	92	3	706	28	30	8	31	1.88
17742230--17742667	96	4.6	95	93	2	725	28	30	8	31	1.88
17745095--17745171	3	25.7	3	75	10	59	25	5	5	63	1.36
17745095--17745145	21	2.5	20	90	6	75	29	7	1	60	1.36
17745194--17745289	46	2.2	46	81	11	119	27	9	2	61	1.38
17747473--17747580	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
17752659--17752688	15	1.9	16	93	6	53	36	13	0	50	1.42
17754608--17754668	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
17758540--17758789	44	5.8	42	74	9	182	28	22	22	26	1.99
17758629--17758789	86	1.8	86	82	5	207	27	23	22	26	2.00
17758540--17758786	130	1.9	130	89	0	386	28	21	22	27	1.99
17758540--17758814	130	2.1	130	86	2	374	28	22	21	27	1.99
17758800--17759492	88	7.8	88	85	3	913	27	24	20	27	1.99
17758827--17759492	44	15.0	44	66	15	298	27	24	20	27	1.99
17759516--17759666	44	3.4	43	82	8	185	24	19	27	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17759517--17759685	91	1.9	88	80	6	196	27	18	27	26	1.98
17767713--17767754	21	2.0	21	85	0	57	69	16	0	14	1.20
17768343--17768424	3	27.0	3	71	14	53	32	2	2	62	1.22
17768340--17768424	18	4.8	18	72	18	72	32	2	2	62	1.21
17768511--17768568	26	2.3	26	82	8	66	36	5	5	53	1.46
17768624--17768684	22	2.5	26	76	15	67	34	4	6	54	1.48
17768681--17768739	3	19.7	3	77	6	57	32	3	5	59	1.36
17769031--17769081	27	2.0	27	84	7	70	29	5	0	64	1.17
17770539--17770572	17	2.0	17	88	11	52	0	8	2	88	0.62
17774316--17774340	12	2.1	12	100	0	50	60	0	16	24	1.36
17774812--17774927	61	1.9	59	86	6	162	51	5	2	40	1.38
17774906--17774954	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
17777710--17777868	27	5.9	27	82	11	184	33	21	25	19	1.97
17777728--17777871	54	2.7	54	94	2	245	34	22	25	18	1.96
17779468--17779575	26	4.2	26	91	0	180	37	24	6	32	1.81
17783628--17783709	25	3.3	24	78	10	85	32	21	18	26	1.97
17783642--17783721	25	3.2	25	76	3	90	31	22	20	26	1.98
17784227--17784272	22	2.1	22	95	0	83	32	2	21	43	1.65
17784803--17784878	37	2.1	37	100	0	152	34	15	18	31	1.92
17786234--17786268	17	2.1	17	89	5	54	48	0	11	40	1.39
17789281--17789391	42	2.6	42	85	2	152	20	30	26	22	1.98
17796005--17796180	27	6.5	27	83	4	162	26	14	28	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17796005--17796159	82	1.9	80	85	5	213	27	14	28	29	1.95
17796004--17796180	54	3.3	53	81	6	194	27	14	28	29	1.95
17796001--17796180	82	2.2	80	81	3	209	27	15	27	30	1.96
17800610--17800770	79	2.0	79	87	2	234	35	10	16	37	1.84
17801381--17801409	14	2.0	15	93	6	51	72	0	0	27	0.85
17803451--17803477	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
17804899--17805079	97	1.9	96	83	1	236	28	20	16	33	1.95
17804996--17805124	44	2.9	45	75	4	136	27	20	20	31	1.97
17805193--17805696	44	10.7	45	65	17	157	28	21	19	30	1.98
17805428--17805531	45	2.3	44	85	4	129	25	23	18	32	1.97
17805330--17805509	99	1.8	98	83	3	236	27	20	18	32	1.96
17804953--17805795	429	2.0	427	86	2	1174	28	21	18	31	1.97
17805024--17805797	286	2.7	285	86	1	1102	29	20	18	31	1.97
17804953--17805797	143	5.9	143	84	2	995	28	21	18	31	1.97
17806303--17806426	65	1.9	65	86	3	178	50	10	20	19	1.77
17809679--17809871	47	3.9	53	80	9	155	27	15	25	31	1.95
17809750--17809871	47	2.6	46	86	1	163	29	15	25	29	1.96
17809843--17809956	42	2.7	43	89	4	169	30	14	26	28	1.95
17813734--17813985	40	6.3	40	89	3	330	23	19	27	28	1.98
17818349--17818588	131	1.8	131	80	7	290	35	13	14	36	1.86
17818879--17818943	32	2.1	31	82	8	78	69	1	9	20	1.24
17819197--17819230	15	2.3	15	94	0	59	61	2	5	29	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17820348--17820398	20	2.7	18	82	14	59	43	0	19	37	1.51
17821117--17821202	43	2.0	44	83	2	111	25	19	23	31	1.98
17823217--17823269	19	2.5	22	82	8	67	11	28	37	22	1.89
17824932--17824961	14	2.2	14	94	5	53	40	6	13	40	1.71
17824945--17824988	19	2.2	20	92	4	72	27	11	11	50	1.72
17827807--17827852	15	3.2	15	71	22	53	28	2	41	28	1.68
17834087--17834156	33	2.1	33	82	15	83	40	0	5	54	1.24
17834395--17834439	6	7.3	6	82	2	54	75	0	24	0	0.80
17834395--17834439	12	3.7	12	87	3	63	75	0	24	0	0.80
17834385--17834439	24	2.2	25	87	9	78	70	1	27	0	0.97
17834400--17834434	18	1.9	18	94	0	61	71	0	28	0	0.86
17835422--17835522	45	2.2	45	89	3	150	21	20	19	37	1.94
17835506--17835540	18	1.9	18	94	0	61	17	28	17	37	1.92
17841873--17841942	33	2.1	33	82	15	83	40	0	5	54	1.24
17843203--17843303	45	2.2	45	89	3	150	21	20	19	37	1.94
17843287--17843321	18	1.9	18	94	0	61	17	28	17	37	1.92
17846524--17846551	13	2.2	13	100	0	56	21	28	7	42	1.79
17850419--17850459	22	1.9	21	85	5	55	21	29	39	9	1.86
17852118--17852255	40	3.5	40	89	3	199	23	23	28	23	1.99
17863828--17863930	24	4.2	24	78	2	89	17	31	20	31	1.96
17863800--17863881	24	3.3	26	70	14	66	18	26	18	36	1.94
17863814--17863915	24	4.2	25	77	6	93	18	29	20	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17863771--17863907	49	2.7	50	78	9	145	16	26	20	36	1.94
17863911--17864030	25	4.9	24	69	12	73	21	26	19	32	1.97
17864292--17864337	15	2.9	17	78	12	53	47	0	19	32	1.50
17869984--17870032	23	2.3	22	83	13	59	67	0	0	32	0.91
17870299--17870348	24	2.0	25	84	3	66	46	0	0	54	1.00
17870307--17870362	24	2.2	27	84	9	73	42	0	0	57	0.99
17870318--17870389	38	1.9	37	82	2	90	41	2	0	55	1.14
17882026--17882068	21	2.0	21	90	0	68	18	18	39	23	1.92
17882515--17882553	15	2.4	16	83	12	53	30	12	0	56	1.37
17882521--17882553	15	2.1	16	94	5	59	30	15	0	54	1.41
17882571--17882612	12	3.5	12	75	12	50	9	14	2	73	1.18
17889701--17889730	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
17889755--17889786	10	3.3	10	95	4	57	31	6	0	62	1.20
17896070--17896163	6	14.2	6	84	12	98	20	1	0	78	0.81
17896071--17896163	38	2.3	42	87	12	133	19	1	0	79	0.79
17896915--17897107	97	1.9	99	82	10	243	30	16	24	28	1.97
17897754--17897801	20	2.5	20	89	3	71	29	6	2	62	1.31
17902326--17902456	64	2.0	64	98	0	253	37	7	8	46	1.63
17906490--17906529	21	1.9	21	85	10	55	55	5	15	25	1.60
17907429--17907678	41	6.1	41	75	2	198	37	15	24	23	1.93
17910521--17910753	34	6.9	34	68	15	153	30	13	13	42	1.82
17910522--17910753	68	3.4	67	85	2	279	30	13	13	42	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17911739--17911787	24	2.0	24	88	0	71	42	4	12	40	1.61
17913453--17913584	29	4.6	29	83	2	106	29	29	12	28	1.93
17913451--17913584	57	2.3	58	80	2	137	29	29	14	27	1.95
17915034--17915059	7	3.7	7	100	0	52	42	46	11	0	1.40
17919280--17919433	78	2.0	78	94	0	272	34	25	15	24	1.95
17920648--17920838	42	4.5	42	86	3	258	29	26	15	28	1.96
17925168--17925226	30	2.0	30	86	0	82	35	5	23	35	1.77
17930640--17930872	49	4.9	49	75	9	189	27	20	28	24	1.99
17930640--17930868	98	2.4	93	84	7	284	27	20	28	24	1.99
17931228--17931283	28	2.0	28	96	0	103	51	0	23	25	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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