genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   

This is table  72  of  373  ( 44737 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21895389--21895662	49	5.8	49	71	10	133	27	20	28	24	1.99
21903415--21903522	26	4.2	26	91	0	162	36	23	8	32	1.84
21903415--21903522	52	2.1	52	92	3	182	36	23	8	32	1.84
21910469--21910576	26	4.2	26	89	0	171	37	23	6	33	1.80
21916661--21916719	31	1.9	31	100	0	118	10	35	18	35	1.85
21916670--21916720	16	3.2	16	70	25	54	7	33	17	41	1.79
21918800--21918954	6	25.0	6	70	16	93	49	13	17	20	1.80
21918800--21918931	37	3.6	36	78	11	133	47	14	18	19	1.82
21918843--21918954	31	3.6	31	89	3	154	49	12	16	22	1.79
21919091--21919164	27	2.8	27	89	2	105	36	21	24	17	1.95
21919334--21919387	22	2.5	22	73	11	56	35	20	22	22	1.96
21919813--21920035	27	8.3	27	88	0	286	25	20	19	34	1.96
21919993--21920360	27	13.6	27	79	4	312	30	9	20	39	1.84
21922312--21922350	21	1.9	21	89	5	62	12	35	28	23	1.91
21925121--21925920	266	3.0	266	90	0	1269	28	16	18	37	1.92
21931757--21931801	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
21940421--21940468	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
21940512--21940569	20	2.9	20	97	0	107	34	12	20	32	1.90
21940516--21940569	11	5.3	11	70	17	53	35	12	20	31	1.90
21940621--21940692	24	3.0	24	83	6	92	29	19	22	29	1.98
21940886--21940949	31	2.1	31	85	5	85	37	14	21	26	1.92
21948453--21948500	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21948613--21948678	23	2.8	24	93	4	116	30	19	21	28	1.98
21948640--21948709	35	2.0	36	86	8	99	22	22	21	32	1.98
21948930--21948989	31	1.9	31	89	0	93	35	15	21	28	1.93
21956487--21956514	13	2.2	13	100	0	56	39	25	7	28	1.82
21971762--21971822	32	1.9	32	93	0	104	16	13	13	57	1.66
21971944--21972000	21	2.7	21	83	8	71	26	19	0	54	1.44
21972002--21972041	7	5.7	7	96	0	62	30	7	0	62	1.23
21972068--21972107	15	2.7	15	84	0	53	15	15	2	67	1.34
21972181--21972239	28	2.1	28	100	0	118	44	3	3	49	1.36
21976346--21976383	19	2.0	20	89	5	60	71	0	7	21	1.11
21977437--21977546	49	2.3	48	82	7	125	26	16	30	27	1.97
21977483--21977548	24	2.8	24	90	0	105	24	16	33	25	1.96
21980697--21980805	37	2.9	37	94	0	182	27	31	18	22	1.97
21980951--21981137	48	3.8	48	86	5	241	31	26	6	36	1.82
21981107--21981347	47	5.1	47	90	0	329	26	30	10	32	1.90
21981175--21981252	23	3.2	25	67	29	78	29	33	8	28	1.87
21981247--21981318	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
21985318--21985668	40	8.8	40	93	0	605	25	28	21	24	1.99
21986933--21987082	37	4.1	37	92	3	239	27	31	18	22	1.97
21987228--21987413	100	1.9	96	87	6	275	31	26	5	36	1.80
21987228--21987414	48	3.8	48	88	5	268	31	26	5	36	1.80
21987384--21987577	47	4.1	47	88	0	271	26	29	11	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21996494--21996518	11	2.3	11	100	0	50	68	8	0	24	1.16
22001149--22001254	54	2.0	54	90	0	167	35	22	13	28	1.92
22002154--22002178	12	2.1	12	100	0	50	28	0	8	64	1.22
22006038--22006073	14	2.5	15	90	9	65	16	8	30	44	1.77
22007988--22008044	20	2.8	20	78	0	60	22	28	1	47	1.61
22014636--22014692	29	2.0	28	89	3	87	24	19	21	35	1.96
22030671--22030805	44	3.1	44	95	0	243	23	21	11	43	1.84
22041385--22041455	34	2.1	34	89	5	108	25	22	19	32	1.98
22055355--22055442	45	2.0	45	90	0	140	22	14	26	36	1.93
22060335--22060519	40	4.7	40	82	6	216	25	28	21	24	1.99
22060335--22060519	79	2.3	81	80	8	209	25	28	21	24	1.99
22071938--22071998	30	2.0	30	84	6	79	27	24	6	40	1.80
22074608--22074667	25	2.3	26	85	2	77	51	36	0	11	1.38
22082865--22082894	5	6.2	5	92	7	53	43	20	0	36	1.52
22086687--22086737	26	2.0	25	88	11	77	62	0	3	33	1.13
22086749--22086792	17	2.6	16	82	10	52	63	6	6	22	1.43
22092354--22092407	16	3.4	16	86	0	72	38	1	25	33	1.67
22094263--22094312	25	2.0	24	81	11	57	60	0	2	38	1.09
22094269--22094312	17	2.6	17	82	10	56	65	0	0	34	0.93
22111196--22111300	47	2.2	47	96	0	192	34	7	30	27	1.85
22117372--22117411	16	2.4	17	91	4	64	67	0	32	0	0.91
22121557--22121719	81	2.0	81	95	0	290	22	25	19	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22127684--22127726	16	2.7	16	85	0	50	58	18	13	9	1.62
22127938--22128059	29	4.2	29	85	1	138	30	15	28	25	1.96
22133132--22133170	20	2.0	20	94	0	69	15	28	30	25	1.96
22133232--22133502	145	1.9	145	85	3	375	28	19	31	21	1.97
22136888--22137136	48	5.0	48	89	7	383	35	6	28	29	1.81
22136977--22137064	28	3.2	28	67	20	85	35	5	30	28	1.80
22136965--22137123	55	3.0	55	86	12	260	34	5	30	29	1.81
22136888--22137123	103	2.4	102	92	5	394	34	5	29	30	1.81
22137277--22137379	37	2.8	37	98	0	197	22	20	32	25	1.98
22144617--22144784	40	4.2	40	82	8	139	27	26	20	25	1.99
22144654--22144784	40	3.3	39	86	4	181	28	26	20	24	1.99
22144652--22144837	80	2.3	80	82	9	220	27	26	20	24	1.99
22164684--22164926	40	6.1	40	87	2	337	28	26	20	24	1.99
22166346--22166373	13	2.2	13	100	0	56	57	14	0	28	1.38
22173216--22173260	15	3.0	15	81	9	56	53	17	13	15	1.73
22176441--22176550	27	4.1	27	74	8	89	39	21	22	16	1.92
22185485--22185545	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
22186530--22186604	31	2.4	31	88	6	116	20	34	29	16	1.94
22189613--22189694	34	2.4	34	97	0	155	40	23	10	25	1.87
22191394--22191457	28	2.3	28	91	0	101	18	17	37	26	1.93
22191781--22192243	27	17.4	27	79	9	427	37	20	11	31	1.87
22192195--22192249	27	2.0	27	92	0	92	36	18	14	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22192198--22192256	27	2.2	27	87	0	82	44	16	11	27	1.83
22197930--22198015	34	2.6	34	85	5	104	27	22	20	29	1.99
22204087--22204151	33	2.0	33	93	0	112	32	21	20	26	1.97
22204287--22204387	27	3.8	26	76	5	85	36	18	22	21	1.95
22204528--22204632	27	3.9	27	82	7	124	20	20	21	36	1.96
22204710--22204815	54	2.0	54	83	3	133	32	10	16	41	1.82
22204708--22204830	27	4.6	26	80	6	120	30	8	17	43	1.79
22204812--22204946	27	5.0	27	81	3	146	29	18	15	36	1.92
22206138--22206210	27	2.7	27	80	0	83	17	21	23	36	1.94
22208052--22208257	40	5.2	40	88	4	292	28	27	20	23	1.99
22208050--22208257	80	2.6	80	92	2	339	28	27	20	23	1.99
22209255--22209300	24	1.9	24	82	8	58	43	23	6	26	1.78
22214458--22214485	13	2.2	13	100	0	56	57	14	0	28	1.38
22220998--22221203	80	2.6	80	94	0	351	28	27	21	23	1.99
22220998--22221203	40	5.2	40	90	1	317	28	27	21	23	1.99
22223778--22223990	56	3.8	56	89	2	327	32	23	15	28	1.95
22223778--22223990	114	1.9	112	93	1	363	32	23	15	28	1.95
22233532--22233913	50	7.6	50	73	6	256	29	25	18	27	1.98
22233529--22233866	150	2.2	150	87	1	471	28	26	18	26	1.98
22234532--22234590	30	2.0	30	89	0	91	27	27	6	38	1.81
22245465--22245528	20	3.2	20	90	0	101	17	12	35	34	1.87
22254803--22254894	40	2.3	40	90	0	148	30	15	22	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22263204--22263380	46	3.9	44	78	14	187	30	26	19	23	1.98
22263212--22263383	93	1.8	93	91	2	283	29	26	20	23	1.99
22265808--22265851	22	2.0	22	86	0	61	52	18	15	13	1.75
22268770--22268902	46	2.8	48	76	13	150	28	24	20	26	1.99
22277087--22277123	16	2.3	16	85	0	56	24	29	18	27	1.98
22277686--22277711	13	2.0	13	100	0	52	23	7	15	53	1.67
22279864--22279955	13	7.1	13	75	11	64	43	2	16	38	1.60
22279864--22279921	25	2.2	27	81	6	66	46	0	17	36	1.48
22281168--22281202	17	2.1	17	100	0	70	42	11	17	28	1.83
22284831--22284865	16	2.2	16	100	0	70	57	11	5	25	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373