genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.361.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119638330--119638376	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
119649653--119649778	63	2.0	63	96	0	234	40	11	10	37	1.76
119651713--119651814	51	2.0	51	98	0	195	38	11	28	21	1.89
119653645--119654457	150	5.3	149	75	10	527	31	18	17	33	1.94
119662468--119662504	18	2.1	18	94	0	65	35	5	13	45	1.66
119667425--119667477	28	1.9	28	84	3	72	54	0	5	39	1.24
119673051--119673095	22	2.0	23	86	4	65	31	0	11	57	1.33
119677432--119677468	14	2.7	15	84	16	53	24	0	5	70	1.08
119678301--119678346	23	2.0	23	84	12	60	45	10	4	39	1.59
119678308--119678352	23	2.0	23	82	8	56	40	13	6	40	1.71
119684550--119684590	21	2.0	21	90	9	66	39	2	24	34	1.69
119685874--119685950	39	2.0	39	89	0	118	25	18	29	25	1.98
119688131--119688299	46	3.7	46	78	13	202	22	20	27	28	1.99
119688124--119688294	93	1.8	93	94	0	306	22	21	28	28	1.99
119689789--119690071	18	15.3	18	69	11	115	36	14	12	36	1.84
119690235--119690427	45	4.3	45	91	1	280	41	20	18	19	1.91
119690836--119690882	5	9.2	5	90	4	67	38	23	0	38	1.55
119697911--119697961	13	4.0	13	76	21	54	23	1	0	74	0.92
119697909--119697946	6	6.5	6	91	8	53	18	0	0	81	0.69
119697909--119697961	24	2.2	24	90	6	81	22	1	0	75	0.90
119700184--119700334	44	3.5	44	80	12	154	32	7	13	47	1.70
119706083--119706130	16	2.8	16	78	9	51	54	4	4	37	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119709130--119709164	18	1.9	18	88	0	52	37	0	2	60	1.12
119711845--119711893	17	2.7	18	78	15	57	26	10	14	48	1.75
119715061--119715115	25	2.1	25	83	6	65	58	7	5	29	1.48
119718737--119718765	15	1.9	15	100	0	58	20	6	10	62	1.50
119721850--119721893	19	2.3	19	84	11	54	47	15	4	31	1.66
119735742--119735785	19	2.3	19	84	11	54	47	15	4	31	1.66
119740696--119740757	32	1.9	33	86	3	90	51	0	1	46	1.10
119746865--119746920	21	2.8	21	74	15	55	57	5	3	33	1.39
119750404--119750429	7	3.7	7	100	0	52	15	0	0	84	0.62
119752245--119752273	15	1.9	15	100	0	58	55	17	6	20	1.65
119754903--119754931	12	2.4	12	100	0	58	6	27	6	58	1.50
119756284--119756337	26	2.1	26	100	0	108	38	14	3	42	1.64
119760314--119760485	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	21	1.99
119760307--119760482	46	3.8	46	78	12	207	28	28	21	21	1.98
119760310--119760502	46	4.2	46	72	17	141	29	28	20	21	1.98
119773716--119773763	19	2.5	18	77	12	51	54	0	2	43	1.12
119773846--119773891	24	1.9	24	86	0	65	45	4	0	50	1.21
119788794--119788844	11	4.6	11	76	9	59	35	0	0	64	0.94
119788794--119788850	22	2.5	22	75	10	62	35	0	0	64	0.93
119788883--119788919	19	2.0	19	89	5	58	64	10	0	24	1.25
119789109--119789157	26	2.0	23	85	14	64	40	6	4	48	1.47
119790596--119790639	17	2.6	18	78	10	56	68	6	6	18	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119791465--119791621	39	4.0	39	92	4	244	29	20	3	45	1.68
119797345--119797370	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
119812008--119812052	23	2.0	23	86	4	65	46	0	0	53	1.00
119812084--119812154	36	1.9	37	86	8	101	70	0	1	28	0.96
119812607--119812659	21	2.5	22	78	12	65	41	1	1	54	1.22
119812636--119812691	16	3.5	16	80	7	60	41	1	1	55	1.21
119812641--119812693	15	3.5	15	78	12	54	43	1	0	54	1.11
119817211--119817271	30	2.0	30	90	0	95	39	18	9	32	1.83
119817249--119817292	21	2.1	21	91	0	70	38	25	4	31	1.76
119820912--119820970	16	3.6	16	79	2	64	57	3	3	35	1.32
119820915--119820949	18	2.0	17	88	5	52	60	5	0	34	1.21
119838978--119839189	39	5.4	40	82	2	144	24	23	25	27	2.00
119839007--119839189	78	2.3	79	82	1	224	23	22	25	28	1.99
119839007--119839192	39	4.7	39	82	0	174	23	23	24	28	2.00
119851018--119851057	6	6.7	6	100	0	80	67	0	0	32	0.91
119852063--119852096	16	2.1	17	88	5	52	41	2	8	47	1.50
119852707--119852755	25	1.9	25	84	12	64	46	42	0	10	1.37
119864927--119865317	131	3.0	132	81	3	441	35	19	18	26	1.94
119868697--119868723	14	1.9	14	100	0	54	81	0	0	18	0.69
119870142--119870171	9	3.3	9	95	0	51	3	13	30	53	1.56
119877504--119877568	29	2.2	28	84	10	78	47	4	1	46	1.32
119879635--119879685	16	3.3	16	69	20	54	25	7	1	64	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119879631--119879707	30	2.6	30	100	0	154	27	6	2	63	1.32
119879631--119879706	14	5.1	14	69	12	62	26	6	2	64	1.31
119879643--119879692	16	3.2	16	72	11	59	28	6	4	62	1.37
119879882--119879914	6	5.3	6	92	7	57	15	3	0	81	0.80
119880465--119880497	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
119880796--119881050	46	5.5	46	86	4	307	19	24	14	41	1.89
119880825--119881043	93	2.4	93	87	0	314	19	24	15	40	1.90
119880796--119881050	139	1.8	138	85	0	357	19	24	14	41	1.89
119885324--119885431	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
119892525--119892551	14	1.9	14	100	0	54	81	0	0	18	0.69
119893950--119893979	9	3.3	9	95	0	51	3	13	30	53	1.56
119896617--119896672	21	2.6	22	78	13	55	53	5	5	35	1.47
119896711--119896785	31	2.3	32	75	20	77	62	5	2	29	1.31
119896837--119896878	3	13.7	3	80	14	50	66	0	2	30	1.04
119896850--119896892	23	2.0	21	86	9	59	65	2	6	25	1.30
119897081--119897129	22	2.2	23	89	10	84	61	4	4	30	1.33
119897708--119897965	133	1.9	133	89	0	399	27	19	25	26	1.99
119900763--119901121	131	2.7	132	83	1	436	25	18	19	36	1.95
119902371--119902468	19	5.2	19	91	7	155	38	10	15	35	1.81
119911914--119912543	45	14.7	45	70	16	381	29	18	24	26	1.98
119911838--119912150	127	2.5	126	88	2	448	30	17	25	26	1.98
119911959--119912522	82	6.7	82	76	9	533	29	18	24	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119912087--119912606	127	4.1	127	74	13	485	30	19	23	26	1.98
119911920--119912416	172	2.9	172	90	2	782	29	17	24	27	1.98
119912465--119912561	45	2.2	45	78	0	104	27	21	25	24	1.99
119914189--119914234	20	2.4	19	82	13	58	26	4	2	67	1.21
119914197--119914253	20	3.1	19	83	16	68	28	3	0	68	1.06
119914214--119914298	16	5.6	16	72	18	56	29	3	3	63	1.28
119914271--119914313	16	2.6	17	82	10	54	27	2	2	67	1.15
119915714--119917048	132	10.1	132	92	0	2175	31	17	23	26	1.97
119915722--119917048	88	15.1	88	73	9	889	32	17	23	26	1.97
119917653--119917750	19	5.2	19	90	7	155	38	10	15	35	1.81
119917643--119917726	36	2.4	35	88	11	111	38	10	14	36	1.81
119918107--119918138	14	2.3	14	94	0	55	37	6	0	56	1.25
119919494--119919586	47	2.0	47	82	6	116	30	23	13	32	1.94
119919588--119919705	31	3.8	31	96	0	218	26	28	18	26	1.98
119919681--119919809	50	2.5	51	87	2	188	24	24	17	34	1.95
119924565--119924625	20	3.1	19	77	13	70	36	11	11	40	1.77
119924655--119924699	24	1.9	23	86	13	65	42	11	4	42	1.60
119926762--119926805	16	2.8	15	80	10	52	59	2	2	36	1.23
119930225--119930383	27	5.9	27	79	10	166	20	25	20	33	1.97
119930222--119930383	54	3.0	54	89	2	238	20	25	20	33	1.97
119930229--119930383	81	1.9	80	81	6	188	21	25	19	33	1.97
119932112--119932334	40	5.6	40	95	2	344	27	27	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119932079--119932334	80	3.2	79	89	4	349	26	27	21	23	1.99
119932267--119932332	22	3.2	22	62	16	59	30	27	19	22	1.98
119934945--119934978	15	2.2	16	90	10	54	67	5	5	20	1.33
119934971--119935071	3	33.3	3	71	5	51	57	3	10	27	1.51
119936773--119936917	45	3.1	47	82	7	147	29	21	15	33	1.95
119936819--119936917	45	2.2	44	89	7	155	29	23	16	31	1.96
119936820--119936941	45	2.7	45	86	3	122	30	22	17	30	1.96
119936925--119937192	68	3.9	68	86	0	374	26	20	24	28	1.99
119936924--119937192	136	2.0	136	92	0	448	26	20	24	28	1.99
119937238--119937872	85	7.5	85	91	1	977	21	24	20	33	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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