Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   

This is table  348  of  373  ( 44737 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
116089285--116089411
50
2.5
51
93
1
211
34
16
23
25
1.95
116089387--116089504
31
3.8
31
93
0
200
25
18
28
27
1.98
116089521--116089645
47
2.7
47
84
1
162
28
16
26
29
1.96
116089604--116089716
56
2.0
56
94
3
201
27
12
28
31
1.93
116089707--116089768
31
2.0
31
87
0
88
32
11
27
29
1.91
116093192--116093270
38
2.1
38
95
0
140
43
13
20
22
1.87
116110619--116110729
21
5.3
21
91
0
177
54
4
33
7
1.48
116117216--116117244
14
2.1
14
93
6
51
62
20
0
17
1.33
116117239--116117280
12
3.4
12
90
3
57
71
28
0
0
0.86
116117250--116117281
6
5.3
6
92
0
55
68
31
0
0
0.90
116124219--116124256
18
2.1
18
95
0
67
34
15
2
47
1.60
116124356--116124401
21
2.2
21
84
3
58
21
15
2
60
1.45
116124439--116124463
13
1.9
13
100
0
50
40
8
0
52
1.31
116124549--116124576
6
4.7
6
100
0
56
50
0
0
50
1.00
116124560--116124613
23
2.3
23
90
3
81
38
0
1
59
1.08
116125872--116125906
6
5.8
6
96
0
61
71
17
0
11
1.14
116126728--116126766
19
2.1
19
95
0
69
61
0
0
38
0.96
116128106--116128154
26
1.9
26
84
12
66
51
4
2
42
1.32
116131462--116131497
18
2.0
18
100
0
72
27
11
11
50
1.72
116133958--116134001
18
2.4
18
85
7
54
27
4
2
65
1.23
116134260--116134300
20
2.0
20
85
4
55
46
0
21
31
1.52
116136191--116136253
30
2.1
30
87
0
90
47
19
7
25
1.76
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
116139612--116139691
38
2.1
38
83
0
97
20
20
27
32
1.97
116143551--116143591
2
21.5
2
80
9
50
53
2
2
41
1.27
116143544--116143591
15
3.1
16
85
11
64
54
4
2
39
1.32
116143551--116143591
17
2.4
17
95
0
73
53
2
2
41
1.27
116143553--116143592
13
3.1
13
86
10
55
55
2
2
40
1.27
116143600--116143693
32
2.9
31
76
13
93
56
6
3
34
1.41
116143618--116143720
22
4.7
22
74
16
72
59
5
1
33
1.32
116143667--116143745
25
3.5
22
73
15
63
56
7
3
31
1.45
116143862--116143903
3
14.0
3
94
0
66
61
0
0
38
0.96
116144228--116144262
11
3.2
11
95
0
61
54
5
0
40
1.24
116144228--116144270
9
4.4
10
83
13
54
51
6
0
41
1.29
116144341--116144455
21
5.1
23
75
17
82
53
3
6
35
1.45
116144354--116144455
23
4.5
23
76
17
83
56
3
3
35
1.36
116144411--116144496
38
2.2
38
85
10
111
59
3
1
36
1.22
116144409--116144528
13
10.0
12
71
15
88
58
3
0
37
1.21
116144421--116144526
24
4.2
24
79
10
97
58
3
0
36
1.23
116144421--116144532
11
10.1
11
68
19
54
58
4
0
36
1.25
116144563--116144587
12
2.1
12
100
0
50
56
8
0
36
1.29
116144663--116144705
14
3.2
13
80
9
50
67
0
6
25
1.15
116144796--116144836
6
6.7
6
86
5
55
78
2
2
17
0.98
116144796--116144831
13
2.8
13
91
4
56
80
0
2
16
0.83
116144799--116144836
19
2.0
19
89
0
58
78
2
2
15
0.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
116146646--116147059
86
4.8
86
87
3
611
35
19
16
28
1.93
116146800--116146832
14
2.4
14
94
0
57
51
9
21
18
1.73
116146646--116147059
171
2.4
171
96
0
756
35
19
16
28
1.93
116147051--116147118
33
2.1
33
100
0
136
44
8
8
38
1.67
116147958--116148076
44
2.7
43
89
3
184
15
21
16
46
1.84
116150886--116151166
18
15.2
18
71
12
158
37
15
11
35
1.84
116150886--116151166
36
7.6
36
70
12
192
37
15
11
35
1.84
116150963--116151160
54
3.7
53
77
11
206
38
15
10
34
1.82
116150969--116151166
72
2.7
71
84
4
247
38
15
11
35
1.83
116151334--116151528
45
4.3
45
94
0
309
40
20
20
18
1.92
116151937--116151993
5
11.2
5
88
3
78
36
24
0
38
1.56
116152119--116152181
25
2.4
26
79
10
67
31
9
1
57
1.40
116152351--116152411
21
2.9
21
79
13
63
47
18
0
34
1.49
116153649--116153673
11
2.3
11
100
0
50
56
0
0
44
0.99
116157408--116157680
46
6.0
46
88
3
372
22
23
14
39
1.90
116157537--116157612
25
3.2
25
64
21
63
21
21
15
42
1.89
116159817--116159855
11
3.5
11
89
0
60
71
0
2
25
0.98
116163176--116163220
22
2.0
22
95
0
81
46
4
20
28
1.69
116167051--116167099
23
2.2
23
88
3
73
36
2
32
28
1.69
116167581--116167620
20
2.0
21
85
5
55
57
22
2
17
1.52
116171348--116171389
21
1.9
23
85
9
61
54
14
0
30
1.40
116172407--116172444
16
2.3
17
86
4
51
39
0
0
60
0.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
116172382--116172444
25
2.5
24
84
5
72
39
0
1
58
1.07
116172407--116172463
25
2.3
25
82
8
64
38
1
0
59
1.08
116175166--116175272
6
17.8
6
97
0
187
0
17
50
31
1.47
116180933--116180978
17
2.8
18
84
15
64
28
43
28
0
1.55
116185762--116185831
35
2.0
35
94
0
122
15
21
10
52
1.71
116186780--116186843
31
2.1
31
90
0
101
25
23
14
37
1.92
116187037--116187131
24
4.0
24
86
6
131
28
23
21
27
1.99
116187058--116187130
23
3.1
23
94
2
119
30
21
20
27
1.98
116187181--116187247
20
3.3
20
89
0
107
32
20
13
32
1.92
116195081--116195128
22
2.1
23
92
3
80
29
18
18
33
1.95
116195177--116195242
20
3.3
20
87
2
98
33
21
12
33
1.90
116207465--116207492
6
4.7
6
100
0
56
85
14
0
0
0.59
116207581--116207607
13
2.1
13
100
0
54
29
7
7
55
1.55
116208068--116208119
7
7.4
7
84
0
59
32
44
0
23
1.54
116208055--116208119
21
3.1
21
78
8
69
33
41
0
24
1.55
116208398--116208479
11
8.1
10
79
12
80
39
1
0
59
1.05
116208376--116208474
11
9.2
11
73
19
75
36
3
0
60
1.12
116208364--116208474
22
5.3
21
71
18
81
36
2
0
61
1.10
116208376--116208480
53
2.0
53
90
3
167
39
2
0
58
1.13
116208374--116208480
42
2.5
43
85
5
130
40
2
0
57
1.14
116208399--116208479
9
8.1
9
78
11
54
39
1
0
59
1.05
116208879--116208930
21
2.5
21
87
6
70
36
38
0
25
1.56
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
116209603--116209723
41
3.0
41
90
3
199
28
30
23
17
1.97
116209759--116209891
40
3.4
39
83
7
164
21
21
21
36
1.95
116210160--116210399
120
2.0
119
87
0
345
35
15
17
31
1.92
116211201--116211251
20
2.5
20
84
12
61
60
7
0
31
1.25
116211221--116211258
19
2.1
18
85
14
51
55
5
0
39
1.23
116211265--116211312
11
4.3
11
80
12
53
70
0
4
25
1.04
116211265--116211319
11
5.3
10
76
20
51
70
0
3
25
1.03
116213004--116213036
15
2.2
15
100
0
66
57
18
0
24
1.40
116213758--116213790
13
2.5
13
90
0
57
33
6
27
33
1.81
116213973--116214069
33
2.8
35
72
20
89
51
1
2
45
1.19
116214008--116214093
33
2.8
30
77
14
79
51
1
2
45
1.21
116215646--116215689
16
2.8
16
85
0
61
68
0
15
15
1.22
116225117--116225158
17
2.3
18
80
16
50
61
7
23
7
1.47
116226192--116226234
23
1.9
23
90
4
70
41
4
9
44
1.57
116229864--116229917
25
2.2
25
83
6
67
35
0
5
59
1.21
116231853--116231895
20
2.3
19
88
8
61
48
0
0
51
1.00
116235001--116235032
16
2.1
15
94
5
55
62
0
0
37
0.95
116235100--116235162
25
2.5
26
85
10
85
66
4
3
25
1.26
116236987--116237525
44
12.3
44
75
8
481
29
26
16
27
1.97
116236987--116237527
132
4.1
132
94
0
933
29
26
16
27
1.97
116236987--116237527
263
2.1
264
93
0
933
29
26
16
27
1.97
116249358--116249420
25
2.5
26
85
10
85
66
4
3
25
1.26
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
116250893--116250931
11
3.5
11
89
6
53
23
35
2
38
1.68
116250925--116250964
21
1.9
21
90
10
64
25
22
7
45
1.78
116252111--116252136
7
3.7
7
100
0
52
26
0
15
57
1.38
116253184--116253554
128
2.9
128
93
3
631
35
4
5
55
1.43
116256595--116256902
125
2.5
126
93
0
528
27
17
16
38
1.91
116268476--116268534
30
2.0
30
93
0
100
61
10
3
25
1.44
116270238--116270271
16
2.1
16
89
10
52
55
0
8
35
1.31
116270434--116270550
47
2.5
47
88
2
173
14
18
23
42
1.88
116270678--116270729
18
2.8
19
70
5
52
30
5
11
51
1.61
116270752--116270825
18
4.1
18
78
0
76
40
8
10
40
1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373