genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.159.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53029113--53029315	55	3.7	54	80	8	209	23	25	16	34	1.95
53032483--53032658	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
53032480--53032650	93	1.8	93	94	0	306	21	21	29	27	1.98
53036252--53036385	70	1.9	70	96	0	250	38	21	3	35	1.72
53038675--53038833	43	3.8	40	81	9	167	30	26	18	25	1.98
53038947--53038998	15	3.4	15	75	15	61	34	19	3	42	1.69
53038942--53039003	31	2.0	31	100	0	124	35	19	3	41	1.67
53039984--53040012	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
53042007--53042156	67	2.2	66	81	8	169	32	17	29	21	1.96
53042031--53042214	67	2.8	64	77	8	194	29	16	30	22	1.96
53044240--53044361	43	2.9	42	79	9	140	27	22	14	35	1.93
53054017--53054126	43	2.6	43	88	1	150	28	20	29	22	1.98
53076523--53076574	26	2.0	26	92	0	86	36	13	13	36	1.84
53082785--53082917	50	2.7	50	88	1	196	27	17	27	27	1.98
53084982--53085071	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
53085177--53085243	28	2.4	28	89	0	107	31	7	26	34	1.84
53098626--53098736	35	3.2	35	81	0	132	32	18	21	27	1.96
53101093--53101300	40	5.2	40	80	7	217	25	21	27	25	1.99
53101097--53101314	79	2.7	79	78	10	203	25	21	27	25	1.99
53109124--53109302	40	4.5	40	88	4	240	24	22	29	23	1.99
53114109--53114296	40	4.7	40	92	0	322	25	22	28	23	1.99
53121861--53122048	40	4.7	40	93	0	322	25	22	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53126741--53126821	23	3.6	22	81	5	90	37	18	19	24	1.94
53126758--53126847	23	4.0	23	74	5	76	34	21	21	23	1.97
53126758--53126847	46	2.0	45	89	6	137	34	21	21	23	1.97
53134615--53134776	47	3.5	47	73	18	167	29	27	19	24	1.98
53137857--53137895	20	2.0	20	90	5	62	38	0	0	61	0.96
53145350--53145406	26	2.1	27	83	3	71	26	1	5	66	1.22
53146140--53146171	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
53151265--53151296	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
53151939--53152212	9	29.4	9	70	15	118	62	4	2	31	1.28
53151932--53151999	27	2.5	27	83	7	75	64	4	1	29	1.21
53152093--53152142	24	2.1	24	85	3	66	60	6	2	32	1.32
53176330--53176656	159	2.1	159	84	0	420	19	23	36	21	1.95
53179340--53179549	42	5.0	42	87	5	282	20	17	26	36	1.94
53180137--53180177	3	13.7	3	100	0	82	68	31	0	0	0.90
53180664--53180702	20	1.9	20	84	5	51	43	5	7	43	1.55
53183640--53183747	25	4.3	25	78	0	117	30	21	20	27	1.98
53183631--53183729	50	2.0	50	85	0	135	30	21	21	27	1.98
53195257--53195281	13	1.9	13	100	0	50	16	32	40	12	1.84
53200718--53200776	28	2.1	27	82	14	68	18	11	3	66	1.38
53204515--53204644	47	2.8	47	91	0	197	30	27	17	23	1.97
53210173--53210239	24	2.8	24	80	8	73	35	17	26	19	1.94
53210231--53210303	26	2.8	26	87	0	101	41	20	23	15	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53210236--53210320	26	3.2	26	80	11	84	41	20	22	16	1.90
53216279--53216321	22	2.0	22	100	0	86	16	18	18	46	1.84
53221073--53221119	21	2.2	21	100	0	94	31	25	0	42	1.55
53221083--53221128	21	2.2	21	88	0	65	39	26	0	34	1.57
53225929--53225955	13	2.1	13	100	0	54	7	14	29	48	1.71
53229132--53229255	55	2.3	55	84	0	149	25	29	28	16	1.97
53239821--53239857	18	2.0	19	89	5	58	13	24	5	56	1.58
53240538--53240605	30	2.3	30	82	5	75	27	20	2	48	1.64
53242809--53242861	27	2.0	27	88	7	81	35	16	16	30	1.92
53243309--53243481	90	1.9	90	92	0	292	28	27	19	23	1.98
53251304--53251366	28	2.2	29	80	2	74	28	33	12	25	1.92
53258936--53259060	29	4.3	29	88	1	171	28	30	15	25	1.96
53260684--53260889	40	5.2	40	94	0	342	28	27	21	22	1.99
53266942--53266991	26	1.9	26	88	8	75	42	8	18	32	1.79
53272521--53272739	46	4.7	44	76	13	174	24	29	19	26	1.98
53283851--53283903	27	2.0	27	85	3	72	28	11	20	39	1.87
53285171--53285318	48	3.1	48	89	0	224	38	7	24	29	1.83
53285961--53285985	13	1.9	13	100	0	50	40	12	16	32	1.84
53291532--53291581	26	1.9	26	88	8	75	46	0	6	48	1.27
53294739--53294983	48	5.1	48	96	0	454	36	6	27	29	1.81
53295130--53295274	37	3.9	37	95	0	245	23	17	31	26	1.97
53296653--53297010	47	7.6	47	93	1	574	29	29	8	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53296702--53296781	25	3.3	24	65	18	67	32	27	5	35	1.79
53296653--53297010	190	1.9	188	93	2	619	29	29	8	33	1.86
53300805--53300856	25	2.1	25	85	7	70	30	32	7	28	1.85
53301032--53301354	40	8.1	40	90	2	479	26	28	20	24	1.99
53301032--53301449	120	3.6	118	87	5	563	26	28	21	23	1.99
53301329--53301380	26	2.0	26	100	0	104	30	34	19	15	1.93
53301289--53301420	66	2.0	66	96	0	246	27	31	21	20	1.98
53301355--53301449	40	2.4	40	96	0	181	25	30	22	22	1.99
53301249--53301449	106	1.9	106	96	0	375	26	30	20	21	1.98
53301369--53301435	23	3.2	23	60	24	56	23	26	25	23	2.00
53302865--53303124	47	5.6	47	90	5	402	29	29	8	33	1.86
53302865--53303124	96	2.8	94	90	4	402	29	29	8	33	1.86
53306567--53307035	40	11.7	40	89	0	668	23	21	28	26	1.99
53309639--53309717	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
53309851--53309965	58	2.0	58	94	3	205	30	30	10	28	1.90
53309909--53310114	47	4.4	47	96	1	369	30	29	9	30	1.89
53309976--53310054	25	3.3	25	64	10	74	34	27	5	32	1.79
53314535--53314701	49	3.4	48	86	10	221	31	7	28	31	1.85
53314904--53315004	37	2.9	36	86	7	129	22	16	31	28	1.96
53316322--53316480	42	3.7	44	82	12	156	28	30	6	33	1.83
53316377--53316531	41	4.0	40	76	18	157	29	28	6	36	1.82
53316322--53316479	87	1.9	86	83	10	209	27	31	6	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53322161--53322408	47	5.3	47	88	7	362	29	29	8	33	1.87
53322213--53322408	95	2.0	97	97	1	369	30	28	8	33	1.86
53333404--53333472	6	11.3	6	79	14	79	18	15	14	50	1.78
53342788--53342962	46	3.8	46	77	13	187	20	21	29	28	1.98
53342783--53342955	93	1.9	93	91	0	283	20	22	30	26	1.99
53345439--53345483	23	2.0	23	82	8	56	46	24	4	24	1.71
53347543--53347574	16	2.0	16	100	0	64	18	37	18	25	1.94
53350927--53350954	9	3.1	9	100	0	56	42	0	35	21	1.53
53355224--53355399	46	3.8	46	79	10	214	22	21	27	28	1.99
53355221--53355391	93	1.8	93	94	0	306	22	21	28	28	1.99
53358223--53358272	24	2.2	23	82	13	59	34	8	32	26	1.85
53363232--53363335	31	3.4	31	84	0	136	46	12	20	21	1.83
53363257--53363304	12	3.9	12	74	15	53	47	10	18	22	1.79
53363840--53364302	27	17.2	27	89	0	622	39	7	22	30	1.81
53364279--53364448	54	3.2	53	77	7	173	29	8	21	40	1.84
53364279--53364454	81	2.2	80	79	3	201	30	8	22	39	1.84
53364294--53364448	27	5.8	27	80	8	147	29	9	22	39	1.85
53384889--53384953	23	2.8	24	85	2	78	36	16	21	24	1.94
53384891--53384984	24	3.9	24	77	6	75	34	15	23	26	1.95
53388021--53388151	47	2.8	47	84	2	165	33	27	16	22	1.95
53390971--53391044	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
53395375--53395756	47	8.1	47	92	1	584	32	9	29	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53395375--53395701	143	2.3	143	94	1	568	32	8	28	29	1.87
53395375--53395756	190	2.0	188	90	1	593	32	9	29	28	1.88
53395875--53395953	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
53406822--53406926	44	2.4	43	81	9	106	35	26	14	23	1.93
53410208--53410319	43	2.6	43	84	4	138	21	16	33	28	1.95
53416320--53416416	50	1.9	50	97	0	185	41	19	2	37	1.63
53434502--53434779	50	5.5	50	75	7	215	32	24	16	26	1.96
53437626--53437669	20	2.2	20	87	0	61	43	18	2	36	1.63
53437842--53437899	26	2.3	24	85	5	80	32	15	27	24	1.95
53454231--53454408	40	4.5	40	89	2	243	24	22	27	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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