genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.152.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  152  of  373  ( 44737 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50405049--50405232	27	6.8	26	81	7	174	28	8	20	41	1.82
50405050--50405200	81	1.9	81	86	5	216	28	7	21	42	1.81
50405231--50405428	27	7.3	27	86	2	236	38	9	24	28	1.86
50405231--50405428	54	3.7	54	89	1	272	38	9	24	28	1.86
50405231--50405428	81	2.4	81	88	1	281	38	9	24	28	1.86
50405274--50405448	81	2.2	81	87	0	242	37	9	22	30	1.87
50408722--50408773	23	2.4	20	87	12	68	30	5	0	63	1.18
50416665--50416800	47	3.0	46	86	3	184	32	11	30	25	1.92
50416665--50416785	47	2.6	47	92	1	190	31	10	30	27	1.90
50416967--50417071	37	2.8	37	94	0	174	23	17	31	27	1.97
50425015--50426599	206	7.7	206	93	0	2668	29	17	24	28	1.97
50426562--50426644	44	1.9	43	80	7	96	27	13	31	27	1.94
50428428--50428479	23	2.4	20	87	12	68	30	5	0	63	1.18
50434166--50434199	18	2.0	16	88	11	50	32	41	0	26	1.56
50437508--50437550	18	2.2	18	84	12	50	48	4	2	44	1.36
50441252--50441456	28	7.6	27	91	5	315	30	28	14	26	1.95
50441252--50441456	55	3.8	55	94	2	342	30	28	14	26	1.95
50441252--50441456	108	1.9	109	91	2	340	30	28	14	26	1.95
50449352--50449558	27	7.6	27	91	3	189	30	28	14	26	1.95
50449352--50449558	55	3.8	55	95	0	342	30	28	14	26	1.95
50458016--50458064	21	2.2	23	89	7	75	42	24	0	32	1.55
50458891--50459004	42	2.7	42	79	12	110	31	25	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50462416--50462458	20	2.2	20	100	0	86	34	13	9	41	1.77
50464207--50464236	12	2.5	12	94	0	51	60	16	10	13	1.59
50468574--50468726	42	3.6	42	77	6	121	25	27	20	26	1.99
50474115--50474286	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
50474108--50474283	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
50487892--50487929	20	1.9	20	84	10	51	57	5	0	36	1.21
50492196--50492228	6	5.5	6	100	0	66	18	15	0	66	1.25
50496228--50496283	28	2.0	28	89	0	85	30	28	12	28	1.93
50496271--50496364	40	2.3	40	90	0	143	31	24	19	24	1.98
50497571--50497645	38	2.0	37	94	2	132	41	12	18	28	1.86
50504504--50504612	37	2.9	37	91	0	173	26	30	20	22	1.98
50504759--50505139	48	7.8	48	88	6	579	31	27	6	35	1.82
50504762--50505139	98	3.9	98	97	0	695	31	26	6	35	1.82
50505155--50505273	23	5.1	22	62	28	59	24	30	13	31	1.93
50505109--50505302	47	4.1	47	91	0	289	27	28	10	33	1.90
50505061--50505302	94	2.6	93	85	4	299	27	28	9	33	1.89
50509375--50509913	180	3.0	181	87	1	789	33	20	8	37	1.84
50512594--50512635	19	2.2	19	87	8	59	30	23	0	45	1.53
50516322--50516399	37	2.1	37	100	0	156	32	32	2	33	1.72
50520072--50520161	47	1.9	47	97	0	171	18	30	23	27	1.98
50531916--50531956	21	2.0	21	85	9	57	34	2	26	36	1.70
50533213--50533398	40	4.7	39	80	5	203	26	19	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50533211--50533390	80	2.3	79	84	6	238	26	19	27	26	1.99
50534363--50534426	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
50534635--50534717	25	3.4	25	91	5	125	28	21	21	27	1.99
50534764--50534826	20	3.2	20	95	0	108	31	20	12	34	1.90
50534750--50534826	40	1.9	39	82	10	93	32	19	12	35	1.90
50534764--50534820	11	5.5	11	76	16	68	31	19	14	35	1.91
50534770--50534836	9	7.0	9	74	12	53	31	19	13	35	1.90
50542694--50542764	25	2.9	25	97	2	135	29	21	25	23	1.99
50542810--50542856	20	2.3	20	92	0	76	34	17	12	36	1.87
50542810--50542846	11	3.5	11	78	14	51	32	18	13	35	1.90
50549806--50549834	11	2.6	11	100	0	58	58	13	27	0	1.36
50552114--50552359	40	6.2	39	89	2	312	28	28	19	23	1.98
50552101--50552360	119	2.2	120	84	4	339	28	27	20	24	1.99
50554514--50554543	14	2.2	13	94	5	51	30	0	13	56	1.37
50555504--50555991	45	10.9	45	90	1	723	28	27	20	23	1.99
50556304--50556398	45	2.1	45	88	3	138	26	29	18	25	1.98
50558374--50558559	80	2.3	80	83	9	229	27	27	20	23	1.99
50558376--50558559	40	4.6	40	83	7	205	27	27	21	23	1.99
50566169--50566353	79	2.3	80	84	9	236	28	27	20	23	1.99
50566134--50566353	40	5.6	40	80	9	202	27	27	20	24	1.99
50579184--50579368	79	2.3	81	84	7	236	25	27	22	24	2.00
50579184--50579368	40	4.7	40	82	7	225	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50580900--50581067	40	4.2	40	82	8	148	27	27	20	24	1.99
50580935--50581120	80	2.3	80	83	9	229	27	27	20	23	1.99
50580937--50581120	40	4.6	40	83	7	205	27	27	21	23	1.99
50588727--50588912	80	2.3	80	83	9	229	27	27	20	23	1.99
50588729--50588912	40	4.6	40	83	7	205	27	27	21	23	1.99
50592945--50593048	22	4.4	22	67	21	66	31	5	1	60	1.31
50592901--50593049	74	2.0	74	100	0	298	29	8	2	59	1.40
50603192--50603287	48	2.0	48	100	0	192	37	18	12	31	1.88
50612866--50613090	40	5.7	40	82	2	231	25	28	22	24	2.00
50621387--50621480	40	2.3	41	85	10	124	28	14	27	28	1.96
50624713--50624841	64	2.0	64	93	3	224	33	17	20	28	1.95
50630437--50630484	25	1.9	25	82	0	60	35	20	14	29	1.93
50630512--50630564	20	2.8	20	86	11	67	37	9	18	33	1.83
50630616--50630687	27	2.8	26	87	6	94	26	25	22	26	2.00
50630616--50630700	24	3.4	25	80	8	93	29	22	22	25	1.99
50642691--50642960	137	2.0	135	79	4	292	31	25	20	22	1.98
50648532--50648682	42	3.6	42	83	5	198	29	17	26	27	1.97
50658920--50659073	42	3.7	40	74	8	121	31	16	22	29	1.95
50668333--50668363	15	2.1	15	93	0	53	35	9	16	38	1.81
50675182--50675425	50	4.9	49	79	3	229	25	18	26	29	1.98
50687702--50687882	40	4.6	40	88	2	251	27	23	27	22	1.99
50689405--50689456	26	2.0	26	92	0	86	26	5	13	53	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50694315--50694487	46	3.8	45	76	11	172	22	19	27	30	1.98
50694312--50694481	93	1.8	93	88	2	261	22	19	28	30	1.98
50695821--50695872	24	2.2	24	82	6	61	32	19	26	21	1.97
50703893--50704000	27	4.0	26	87	8	144	37	22	24	16	1.94
50703893--50704000	54	2.0	54	89	3	164	37	22	24	16	1.94
50711663--50711774	27	4.2	26	83	10	127	37	23	23	16	1.93
50711663--50711774	54	2.1	54	86	3	154	37	23	23	16	1.93
50714245--50714318	37	2.0	37	100	0	148	54	13	5	27	1.61
50725903--50726089	6	30.8	6	76	16	172	48	16	17	18	1.82
50725882--50726089	30	7.1	29	78	13	203	48	15	17	18	1.82
50725903--50726089	85	2.2	85	94	0	329	48	16	17	18	1.82
50726212--50726272	27	2.2	28	82	5	72	39	19	21	19	1.93
50726226--50726278	27	2.0	27	85	7	72	37	16	24	20	1.93
50726231--50726288	27	2.1	27	81	6	64	37	25	18	17	1.93
50726445--50726501	22	2.6	22	80	0	60	31	22	26	19	1.98
50729258--50729604	47	7.4	47	91	0	550	32	8	30	28	1.87
50731133--50731310	27	6.6	27	83	3	205	29	28	15	26	1.96
50731154--50731309	82	1.9	81	88	3	233	29	28	16	26	1.96
50731792--50731817	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
50734178--50734236	27	2.2	27	84	6	75	37	25	18	18	1.94
50734439--50734634	27	7.3	27	81	0	194	25	18	19	36	1.94
50734458--50734634	81	2.2	81	83	2	221	23	18	19	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50734644--50735289	27	23.9	27	83	0	752	40	9	23	27	1.84
50737302--50737469	6	27.8	6	78	14	177	49	14	16	19	1.80
50737302--50737463	30	5.6	30	82	12	221	49	14	16	19	1.80
50737302--50737463	85	1.9	85	97	0	306	49	14	16	19	1.80
50737587--50737652	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
50737587--50737660	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
50737611--50737668	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
50737825--50737883	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
50737971--50738053	27	3.1	26	84	5	103	38	20	21	19	1.93
50738254--50738439	27	6.9	27	82	4	178	26	19	17	36	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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