genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24073029--24073076	20	2.4	20	96	0	87	27	39	25	8	1.84
24073998--24074116	43	2.8	42	82	2	148	29	14	26	30	1.95
24081359--24081465	43	2.5	43	86	3	153	36	23	14	25	1.93
24090085--24090147	29	2.1	30	94	2	110	44	11	12	31	1.78
24098542--24098649	43	2.5	43	80	3	137	35	22	15	26	1.94
24103851--24103897	20	2.3	20	96	0	85	34	10	21	34	1.88
24103948--24104020	23	3.1	23	92	3	119	30	20	19	30	1.97
24103947--24104041	24	4.0	24	86	6	131	29	21	21	28	1.98
24104235--24104298	31	2.1	31	81	0	74	39	12	20	28	1.89
24111688--24111870	79	2.3	81	82	7	214	24	22	27	25	2.00
24111689--24111872	40	4.6	40	81	9	198	24	22	28	25	1.99
24111741--24111905	79	2.1	79	82	6	192	26	20	27	25	1.99
24119466--24119520	21	2.5	22	85	2	67	18	29	32	20	1.96
24120798--24120881	44	1.9	44	80	4	98	28	25	17	28	1.98
24121371--24121416	20	2.3	20	85	7	58	32	13	2	52	1.52
24129009--24129043	17	2.1	17	100	0	70	40	0	14	45	1.45
24133120--24133243	25	4.8	26	90	7	191	26	24	21	27	1.99
24133120--24133243	27	4.8	27	91	4	186	26	24	21	27	1.99
24133299--24133339	20	2.0	20	100	0	82	34	19	9	36	1.85
24133375--24133422	25	1.9	25	86	0	69	31	18	18	31	1.95
24163880--24163938	28	2.1	28	96	0	109	49	20	0	30	1.49
24196734--24196816	20	4.1	20	76	11	87	13	24	19	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24203726--24203911	81	2.3	81	95	0	336	41	17	10	30	1.83
24219261--24219322	25	2.6	25	94	5	110	30	20	37	11	1.88
24222196--24222256	30	2.0	30	87	0	86	31	22	6	39	1.80
24224215--24224274	27	2.3	26	82	2	66	21	21	20	36	1.95
24242454--24242584	51	2.6	51	80	4	151	29	19	22	29	1.98
24248398--24248433	17	2.0	19	89	10	58	13	33	38	13	1.85
24276256--24276366	42	2.6	42	81	6	127	29	26	16	27	1.97
24276989--24277064	30	2.5	31	93	4	122	27	30	22	19	1.98
24279588--24279615	12	2.3	12	100	0	56	21	7	14	57	1.61
24282396--24282510	44	2.7	43	78	11	126	26	28	21	23	1.99
24289270--24289440	40	4.3	40	89	0	209	28	28	19	23	1.98
24289270--24289416	79	1.9	80	86	1	215	28	27	19	24	1.98
24289268--24289492	40	5.7	40	85	2	184	28	28	19	24	1.99
24289306--24289492	80	2.3	79	80	2	203	28	28	19	24	1.98
24300619--24300695	35	2.2	36	95	4	147	40	14	9	36	1.77
24300880--24300999	43	2.8	43	78	5	136	29	25	15	30	1.95
24300880--24301008	42	3.0	42	77	6	143	29	24	14	31	1.95
24314228--24314274	13	3.6	13	82	0	58	31	2	2	63	1.18
24322468--24322534	31	2.2	31	81	7	84	47	16	11	23	1.80
24323512--24323606	50	1.9	50	93	0	163	44	14	14	26	1.84
24323682--24323732	3	17.3	3	79	4	50	0	35	0	64	0.94
24324160--24324248	42	2.1	42	100	0	178	42	11	2	43	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24328416--24328447	15	2.1	15	100	0	64	37	21	6	34	1.79
24329814--24329854	15	2.7	15	80	0	55	51	17	14	17	1.77
24331759--24331847	37	2.3	38	81	16	105	42	21	8	26	1.82
24336411--24336441	6	5.2	6	100	0	62	67	0	16	16	1.23
24336408--24336450	18	2.4	18	88	0	68	58	0	23	18	1.40
24336611--24336666	26	2.2	26	93	0	94	44	10	12	32	1.77
24345760--24345805	21	2.4	18	82	13	56	28	2	2	67	1.14
24345769--24345820	19	2.7	20	80	17	56	34	1	1	61	1.18
24346020--24346082	20	3.5	18	79	14	76	36	4	0	58	1.19
24352648--24352720	13	5.5	13	81	4	83	83	0	16	0	0.64
24352663--24352719	6	8.8	6	82	17	62	84	0	15	0	0.63
24352660--24352721	7	9.1	7	79	13	76	82	0	17	0	0.67
24352648--24352718	19	3.5	20	84	7	83	83	0	16	0	0.66
24352649--24352718	20	3.5	20	84	9	88	82	0	17	0	0.66
24352660--24352720	27	2.3	26	83	13	79	83	0	16	0	0.64
24353987--24354123	41	3.2	41	64	27	104	24	16	25	33	1.95
24353967--24354593	87	7.2	87	89	3	928	27	15	24	31	1.96
24353967--24354564	254	2.3	257	90	3	932	27	15	24	31	1.96
24357909--24357964	25	2.3	23	76	11	58	64	0	33	1	1.04
24359220--24359271	19	2.7	20	80	17	56	34	3	1	59	1.27
24359407--24359439	17	1.9	17	93	0	57	36	6	0	57	1.23
24359471--24359533	20	3.5	18	79	14	67	34	4	1	58	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24367242--24367306	21	3.0	21	70	12	60	24	12	21	41	1.87
24367226--24367306	43	1.9	42	92	2	135	25	13	22	38	1.91
24374751--24374841	42	2.2	42	92	4	148	23	13	25	38	1.91
24378141--24378286	73	2.0	72	83	7	181	23	17	28	30	1.97
24383430--24383807	50	7.5	50	74	8	347	26	16	25	31	1.96
24383430--24383815	151	2.6	150	91	2	630	26	16	25	31	1.97
24383576--24383757	101	1.8	101	81	4	233	26	15	25	32	1.95
24384018--24384049	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
24384131--24384173	18	2.4	18	100	0	86	60	9	20	9	1.55
24389489--24389577	27	3.3	26	74	13	83	41	17	16	23	1.90
24391331--24391396	24	2.8	24	77	9	71	28	30	3	37	1.72
24393167--24393220	21	2.7	20	88	5	74	37	20	0	42	1.52
24395224--24395256	17	1.9	17	93	0	57	39	0	6	54	1.25
24397033--24397163	43	3.0	43	94	0	226	28	5	24	41	1.76
24397615--24398059	50	8.8	50	76	6	373	26	18	24	30	1.98
24397665--24398059	101	3.9	100	78	5	332	26	19	25	29	1.98
24397665--24398056	151	2.6	151	87	2	563	26	19	25	29	1.98
24398616--24399153	180	3.0	180	91	1	839	39	8	18	33	1.81
24409476--24409575	51	2.0	51	80	7	114	32	30	16	22	1.95
24409534--24409619	43	2.0	43	86	0	118	25	31	19	23	1.98
24415948--24415992	20	2.2	20	92	0	72	8	22	37	31	1.85
24425733--24425781	21	2.3	21	92	0	80	32	20	24	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24430540--24430606	34	2.0	34	88	5	100	41	22	4	31	1.73
24433232--24433296	33	2.0	33	96	0	121	47	12	10	29	1.75
24435212--24435344	40	3.3	40	87	0	185	19	22	30	27	1.98
24438864--24438933	22	3.3	21	66	26	58	31	14	30	24	1.94
24439000--24439120	22	5.2	22	64	24	70	31	13	29	25	1.93
24438843--24439210	141	2.7	137	88	6	539	33	12	29	25	1.92
24438843--24439170	47	7.1	47	92	4	553	33	12	28	25	1.92
24439194--24439345	46	3.3	46	93	0	252	36	10	30	21	1.87
24446461--24448003	512	3.0	512	99	0	3032	28	14	25	31	1.95
24463870--24463912	19	2.3	18	81	14	52	18	4	16	60	1.52
24464051--24464257	67	3.2	63	78	10	211	30	16	29	22	1.96
24480723--24480761	17	2.2	18	90	4	62	15	48	25	10	1.76
24490544--24490731	40	4.7	41	85	7	244	22	22	27	26	1.99
24490546--24490731	80	2.3	80	89	0	293	22	23	27	26	1.99
24496332--24496397	25	2.6	25	87	0	87	31	18	12	37	1.87
24499242--24499423	28	6.5	28	96	0	303	32	28	12	26	1.93
24511109--24511134	10	2.6	10	100	0	52	53	15	0	30	1.42
24516143--24516194	25	2.1	25	96	0	95	21	23	17	38	1.93
24516433--24516537	43	2.5	43	86	7	151	28	20	24	26	1.99
24524334--24524423	44	2.0	44	97	0	171	27	8	25	37	1.86
24527362--24527489	29	4.5	29	79	3	145	24	14	28	32	1.94
24537265--24537354	45	2.0	45	93	0	153	30	13	15	41	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24539563--24539601	19	2.1	19	85	0	51	69	0	12	17	1.19
24541740--24541810	28	2.5	28	88	8	101	30	26	14	28	1.95
24549441--24549511	28	2.5	28	88	8	101	30	26	14	28	1.95
24563429--24563606	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
24563450--24563605	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
24564085--24564115	14	2.2	14	100	0	62	41	0	6	51	1.27
24567972--24568031	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
24570270--24570386	40	2.9	40	90	0	180	24	25	22	27	2.00
24570283--24570465	40	4.6	40	82	5	178	24	26	22	26	2.00
24570270--24570465	80	2.4	81	82	5	211	24	26	22	26	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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