genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.252.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85764310--85764445	37	3.7	37	94	0	245	26	29	20	23	1.99
85764586--85765005	48	8.8	48	93	1	691	29	28	7	35	1.84
85767578--85768032	48	8.9	50	79	14	420	35	6	27	30	1.81
85767682--85767731	24	2.1	24	100	0	100	34	8	30	28	1.86
85767634--85767779	72	2.0	72	100	0	292	34	6	28	30	1.83
85767584--85767826	120	2.0	121	96	2	454	35	6	27	30	1.82
85767706--85768044	95	3.6	96	94	1	592	35	6	28	29	1.82
85767706--85768044	143	2.4	143	94	1	590	35	6	28	29	1.82
85767706--85768044	48	7.1	48	96	1	592	35	6	28	29	1.82
85768185--85768330	37	3.9	37	90	0	229	23	18	29	28	1.98
85769593--85769977	120	3.2	120	93	0	626	22	21	29	27	1.99
85769591--85769977	40	9.7	40	89	0	567	22	20	29	27	1.99
85770153--85770203	25	2.0	25	81	7	59	33	13	33	19	1.91
85770200--85770290	28	3.2	28	78	9	103	20	16	30	31	1.95
85773651--85773995	48	7.1	48	95	1	591	36	6	26	31	1.81
85774142--85774286	37	3.9	37	91	0	227	24	17	30	27	1.97
85775088--85775756	48	14.0	48	96	0	1178	31	26	6	34	1.83
85775736--85775777	21	2.0	21	100	0	84	23	28	14	33	1.94
85775688--85775825	69	2.0	69	98	0	267	28	28	8	34	1.87
85775640--85775873	117	2.0	117	96	0	432	29	28	8	34	1.87
85775592--85775921	165	2.0	165	95	0	588	29	28	8	33	1.87
85775545--85775969	213	2.0	212	94	0	751	29	27	8	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85775757--85775975	48	4.6	48	95	0	384	29	27	7	35	1.84
85817446--85817497	27	1.9	27	84	0	68	65	1	25	7	1.30
85820640--85821770	564	2.0	564	98	0	2208	28	22	17	31	1.97
85823071--85823140	16	4.4	16	83	0	86	31	2	32	32	1.73
85823070--85823140	32	2.2	32	84	0	97	30	4	32	32	1.77
85823126--85823214	44	2.0	45	87	12	130	31	5	24	38	1.79
85823117--85823230	44	2.7	39	75	23	106	31	4	25	38	1.76
85823287--85823337	26	2.0	26	88	3	77	41	0	7	50	1.31
85824165--85824205	22	1.9	22	90	5	66	19	29	41	9	1.83
85824325--85824379	28	1.9	29	89	10	87	20	45	20	14	1.85
85826417--85826711	47	6.3	47	90	1	457	28	30	8	32	1.87
85826560--85826638	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
85826585--85826660	22	3.3	22	66	16	64	26	30	10	32	1.90
85830653--85831083	40	10.8	40	92	0	695	24	30	23	21	1.99
85832939--85833280	47	7.3	47	89	1	515	28	30	8	32	1.86
85836100--85836328	47	4.9	47	72	14	186	23	28	19	28	1.98
85841608--85841970	42	8.3	42	69	14	189	30	24	17	27	1.97
85841618--85841863	85	2.9	85	78	5	248	31	23	16	28	1.96
85841608--85841785	43	4.2	43	76	10	168	30	25	15	27	1.96
85841838--85842002	48	3.4	48	80	5	165	28	22	18	30	1.97
85846778--85846847	28	2.5	28	88	4	97	32	25	12	28	1.93
85847237--85847534	101	2.8	105	93	4	505	41	15	8	34	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85847216--85847534	109	3.0	107	89	7	515	40	16	7	35	1.77
85849604--85849647	22	2.0	22	100	0	88	50	4	18	27	1.66
85851158--85851212	27	2.0	27	86	6	76	45	1	1	50	1.22
85854599--85854645	17	2.9	16	78	9	60	48	12	10	27	1.74
85873702--85873744	6	7.0	6	78	5	50	74	0	2	23	0.93
85874608--85874713	53	2.0	53	98	0	203	35	16	16	32	1.90
85876093--85876141	22	2.2	22	89	7	73	32	22	12	32	1.91
85877583--85877632	21	2.5	19	77	6	55	66	2	14	18	1.35
85880506--85880564	28	2.1	28	96	0	109	35	27	8	28	1.86
85885366--85886326	48	20.0	48	93	3	1495	33	7	28	29	1.84
85886459--85886598	37	3.8	37	95	0	253	22	20	32	24	1.98
85887874--85888152	40	7.0	40	95	0	486	20	22	30	26	1.98
85888316--85888366	25	2.0	25	81	7	59	35	13	29	21	1.92
85891458--85892178	48	15.0	48	89	5	1019	33	8	28	30	1.87
85891930--85892002	21	3.3	21	66	26	60	30	10	31	27	1.91
85892311--85892450	37	3.8	37	92	0	235	24	19	30	25	1.98
85894869--85895099	40	5.8	40	87	1	295	25	25	26	22	2.00
85894874--85895092	120	1.8	119	87	4	325	26	25	25	23	2.00
85902809--85903030	39	5.8	38	88	8	301	23	24	28	23	2.00
85902808--85903030	77	2.9	78	89	5	323	24	24	28	23	2.00
85905096--85905138	14	2.9	15	81	18	54	60	0	2	37	1.10
85905087--85905145	30	2.0	29	90	3	91	57	0	5	37	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85905275--85905358	37	2.2	37	79	14	91	65	3	9	21	1.37
85906429--85906487	25	2.4	25	91	5	93	10	5	35	49	1.59
85911908--85911949	3	14.3	3	90	5	68	30	0	0	69	0.89
85924463--85924640	27	6.6	27	82	3	196	27	15	27	29	1.96
85924460--85924640	82	2.2	81	85	2	238	27	15	27	29	1.96
85926773--85926805	16	2.1	16	94	0	57	21	21	24	33	1.97
85938625--85938842	40	5.5	40	89	2	307	25	28	22	23	1.99
85943728--85943773	5	9.0	5	78	21	51	60	0	2	36	1.09
85957049--85957172	23	5.3	23	75	14	103	33	18	24	23	1.97
85957059--85957195	44	3.0	45	82	9	136	35	18	22	23	1.96
85959166--85959236	19	3.9	17	69	18	54	64	0	1	33	1.02
85959533--85959601	11	5.8	12	69	14	54	60	1	2	34	1.20
85959576--85959621	17	2.8	17	75	15	51	63	6	0	30	1.20
85959488--85959619	58	2.2	60	80	12	150	59	2	4	33	1.30
85959631--85959736	14	7.0	15	72	11	67	58	0	6	33	1.30
85961067--85961104	4	9.5	4	86	11	51	21	0	2	76	0.91
85961307--85961860	205	2.7	206	89	2	846	29	21	18	31	1.96
85974067--85974131	19	3.5	18	78	12	62	61	1	3	33	1.21
85974060--85974179	61	2.0	60	82	14	149	60	1	3	35	1.23
85974105--85974175	13	5.8	12	69	14	56	60	1	2	35	1.20
85974138--85974326	23	7.8	24	69	16	81	60	2	4	33	1.28
85974141--85974193	22	2.5	21	82	11	56	58	3	1	35	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85974102--85974322	25	9.6	22	68	23	95	60	1	4	33	1.26
85974216--85974266	20	2.5	21	72	18	54	60	0	5	33	1.21
85974104--85974319	16	14.6	15	65	20	73	59	1	4	34	1.27
85977469--85977602	47	3.0	47	80	8	147	36	25	14	23	1.93
85977516--85977618	40	2.6	39	84	3	143	34	26	15	23	1.94
85977858--85977889	16	1.9	17	93	6	57	43	9	9	37	1.69
85979540--85979609	26	2.7	26	90	0	104	18	25	28	27	1.98
85979659--85979725	20	3.3	20	95	4	118	34	19	10	35	1.86
85979659--85979714	11	5.5	11	75	16	66	33	19	10	35	1.87
85979659--85979731	9	7.4	10	73	17	64	35	19	9	35	1.84
85980220--85980247	8	3.5	8	100	0	56	14	21	21	42	1.88
85987636--85987702	26	2.6	26	95	0	116	25	23	23	26	2.00
85987752--85987798	20	2.3	20	92	7	78	34	19	10	36	1.86
85996816--85997364	27	20.6	27	81	5	539	31	10	19	38	1.86
85996816--85997365	53	10.3	54	83	4	573	31	10	19	38	1.86
85996816--85997364	80	6.9	81	80	5	555	31	10	19	38	1.86
86000656--86000783	56	2.3	55	93	1	211	26	15	25	32	1.96
86002407--86002485	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
86002604--86002889	47	6.1	47	96	0	491	28	30	8	32	1.87
86021634--86021801	82	2.0	82	100	0	336	28	25	3	42	1.72
86024364--86024446	30	2.8	30	72	7	87	27	16	27	27	1.97
86026571--86026642	30	2.4	29	84	11	92	15	23	0	61	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86026646--86026676	12	2.6	12	100	0	62	25	16	12	45	1.83
86026736--86026785	6	8.2	6	79	16	50	0	18	4	78	0.91
86026736--86026785	21	2.3	22	83	12	68	0	18	4	78	0.91
86026739--86026790	26	2.0	26	85	11	70	0	17	5	76	0.97
86030926--86030963	18	2.1	18	90	0	58	21	21	13	44	1.85
86037963--86038030	27	2.5	27	83	6	84	42	20	20	16	1.89
86037963--86038048	28	3.2	26	82	9	91	38	22	22	17	1.93
86045781--86045885	27	3.8	26	85	8	120	35	20	24	19	1.96
86045781--86045885	55	1.9	54	84	5	140	35	20	24	19	1.96
86045786--86045885	28	3.6	28	81	5	114	34	22	25	19	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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