genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30220107--30220399	162	1.8	161	86	2	426	23	22	29	24	1.99
30222614--30222674	30	2.0	30	100	0	122	18	29	16	36	1.92
30224789--30224966	58	3.1	58	82	4	216	30	13	14	42	1.83
30224991--30225239	69	3.6	69	75	1	212	18	23	22	36	1.95
30234588--30234793	42	4.9	42	80	3	234	31	24	14	30	1.94
30243337--30243380	20	2.2	20	100	0	88	38	25	13	22	1.91
30248414--30248636	40	5.6	40	83	8	235	24	28	22	24	2.00
30248414--30248637	79	2.8	78	82	8	263	24	28	22	24	2.00
30248414--30248637	39	5.7	40	85	6	262	24	28	22	24	2.00
30268367--30268560	47	4.1	47	89	0	271	32	10	29	27	1.90
30268441--30268516	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
30268530--30268868	48	6.8	48	87	9	509	35	6	26	31	1.82
30268531--30268865	148	2.2	152	89	8	517	35	6	26	31	1.83
30268679--30268870	104	1.8	107	93	4	329	35	6	27	30	1.82
30269016--30269125	37	3.0	37	95	0	193	22	18	31	27	1.97
30272580--30272662	42	1.9	44	85	4	116	27	21	22	27	1.99
30282614--30283020	47	8.6	47	92	1	661	28	29	8	33	1.86
30307552--30307769	93	2.3	97	80	10	227	28	18	29	23	1.98
30328435--30328488	27	2.0	27	96	0	99	25	3	27	42	1.72
30330614--30330965	40	8.8	40	90	3	485	24	21	29	24	1.99
30330614--30330965	122	2.9	119	89	2	517	24	21	29	24	1.99
30351754--30351984	97	2.4	97	83	5	272	22	29	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30351754--30352024	47	5.6	49	77	9	231	23	28	18	29	1.98
30352687--30352711	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
30355726--30355751	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
30357796--30357874	36	2.2	36	93	0	131	7	24	13	54	1.65
30357839--30357864	13	2.0	13	100	0	52	0	30	7	61	1.24
30361384--30361470	28	3.1	28	69	17	74	43	1	2	52	1.21
30361568--30361780	67	3.2	66	63	23	145	46	3	4	45	1.40
30361524--30361789	137	1.9	138	89	0	417	46	4	4	44	1.42
30361672--30361706	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
30361557--30361975	156	2.9	145	83	8	473	46	5	3	43	1.45
30361648--30361975	156	2.1	156	96	0	602	46	6	3	43	1.46
30361828--30361876	15	2.9	18	80	20	61	44	0	0	55	0.99
30361828--30361882	15	3.4	16	80	16	53	43	0	1	54	1.10
30362098--30362166	16	4.2	16	94	3	120	37	36	0	26	1.57
30362098--30362166	33	2.1	32	94	2	120	37	36	0	26	1.57
30367463--30367507	24	1.9	23	82	13	56	40	6	20	33	1.78
30368035--30368080	21	2.2	21	96	0	83	58	2	15	23	1.48
30372415--30372472	30	1.9	30	89	0	89	36	10	25	27	1.89
30375707--30375743	18	2.1	18	89	0	56	27	24	8	40	1.83
30378290--30378331	22	1.9	22	90	0	66	33	21	14	30	1.93
30382825--30383184	179	2.0	178	90	2	562	35	8	21	35	1.83
30393629--30393663	18	2.0	18	88	5	54	20	25	40	14	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30402966--30403021	28	2.0	28	86	10	78	16	21	44	17	1.86
30408283--30408406	40	3.1	39	78	2	113	30	19	21	28	1.98
30408456--30408599	40	3.6	40	86	1	191	30	21	21	26	1.98
30408910--30409080	7	24.1	7	71	2	63	21	0	32	45	1.56
30408910--30409080	14	12.1	14	70	4	74	21	0	32	45	1.56
30408968--30409056	21	4.2	21	76	1	70	19	0	37	43	1.51
30409467--30409513	21	2.2	21	85	7	69	21	4	27	46	1.69
30409498--30409551	21	2.6	21	81	0	63	16	0	35	48	1.47
30415606--30415750	43	3.4	42	81	5	175	26	17	27	28	1.97
30415717--30415782	32	2.1	32	88	5	98	25	16	28	28	1.97
30417006--30417176	94	1.8	92	87	7	256	29	19	26	23	1.98
30417009--30417222	46	4.6	46	75	10	179	28	19	28	23	1.98
30419074--30419210	46	3.0	45	88	4	193	26	31	8	33	1.87
30419184--30419469	47	6.0	47	85	4	385	25	29	11	32	1.92
30419214--30419474	145	1.8	141	88	3	324	26	28	11	33	1.92
30430149--30430311	85	1.9	85	81	5	195	25	19	26	27	1.99
30432206--30432398	100	1.9	100	94	0	341	25	18	26	30	1.98
30432211--30432385	49	3.5	49	85	3	260	25	17	26	30	1.97
30434449--30434507	21	2.8	21	94	0	100	30	10	33	25	1.89
30434762--30434800	19	2.1	19	100	0	78	33	0	0	66	0.92
30434761--30434798	9	4.0	10	83	10	53	34	0	0	65	0.93
30438744--30438823	33	2.5	33	94	6	139	36	12	8	42	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30440377--30440473	50	1.9	50	97	0	185	31	13	20	34	1.91
30454720--30455747	342	3.0	343	96	0	1864	31	13	22	32	1.93
30461150--30461271	43	2.9	42	82	9	167	27	18	24	29	1.98
30461354--30461400	20	2.3	20	88	0	76	31	2	29	36	1.70
30466924--30467101	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
30466945--30467100	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
30469569--30469687	27	4.4	27	83	0	148	36	19	20	24	1.95
30492358--30493387	343	3.0	343	96	0	1882	31	13	22	32	1.93
30498802--30498923	43	2.9	42	82	9	167	27	18	24	29	1.98
30499006--30499052	20	2.3	20	88	0	76	31	2	29	36	1.70
30504936--30505061	28	4.5	28	94	1	209	32	28	12	26	1.93
30507944--30508076	24	5.5	25	75	12	109	39	19	25	15	1.91
30511277--30511303	9	3.0	9	100	0	54	44	0	22	33	1.53
30512154--30512203	25	2.0	25	100	0	100	20	8	20	52	1.71
30515710--30515772	30	2.1	30	100	0	126	36	6	19	38	1.77
30516694--30516897	48	4.2	48	89	2	318	36	6	25	31	1.81
30516696--30516889	98	2.0	98	94	0	343	36	6	25	30	1.82
30517030--30517138	37	3.0	37	91	1	184	22	19	32	25	1.97
30524027--30524056	15	2.0	15	93	0	51	30	6	0	63	1.20
30524594--30524664	28	2.6	26	80	12	65	32	5	4	57	1.41
30524618--30524679	27	2.3	27	83	8	81	29	3	6	61	1.37
30526023--30526067	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30533520--30533560	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
30534110--30534148	3	13.7	3	86	10	55	38	0	0	61	0.96
30534112--30534148	14	2.6	14	91	8	58	37	0	0	62	0.96
30534110--30534148	17	2.3	17	95	0	69	38	0	0	61	0.96
30538107--30538138	9	3.7	9	95	4	57	21	21	12	43	1.86
30546171--30546281	43	2.5	44	79	2	125	27	24	25	23	2.00
30548503--30548552	3	16.7	3	100	0	100	34	0	0	66	0.92
30553555--30553584	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
30560647--30560701	23	2.4	23	87	3	76	38	1	10	49	1.49
30563359--30563433	34	2.2	34	80	4	89	37	18	4	40	1.70
30581767--30581859	41	2.3	41	94	0	159	20	24	21	33	1.97
30582536--30582565	6	4.8	6	95	4	51	80	0	0	20	0.72
30590768--30590964	55	3.6	54	82	6	229	22	23	17	36	1.95
30590922--30591152	47	5.0	45	73	9	185	22	23	16	36	1.94
30593393--30593477	44	1.9	44	85	4	118	24	24	14	36	1.93
30599660--30599854	55	3.6	54	77	7	182	23	25	14	36	1.93
30600044--30600130	44	2.0	44	86	4	122	24	26	13	35	1.93
30605528--30605638	55	2.0	55	96	0	204	20	4	33	41	1.73
30613483--30613634	40	3.8	40	95	1	261	25	28	23	22	1.99
30627927--30627964	12	3.3	12	85	10	53	63	0	7	28	1.23
30628197--30628246	20	2.5	20	78	12	57	28	2	22	48	1.62
30632793--30632852	28	2.3	26	84	15	88	20	5	23	51	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30638804--30638842	14	2.8	14	96	0	69	53	12	7	25	1.65
30641043--30641200	43	3.7	43	72	12	137	24	17	25	31	1.97
30642706--30642743	12	3.3	12	85	10	53	63	0	7	28	1.23
30649801--30650073	40	6.8	40	86	2	350	25	28	21	24	1.99
30649835--30650075	122	2.0	120	89	1	365	26	28	20	24	1.99
30652623--30652661	18	2.0	21	85	14	57	35	2	25	35	1.70
30662418--30662449	16	2.0	16	93	0	55	31	31	28	9	1.88
30662495--30662570	5	14.6	5	72	22	59	22	1	1	75	0.96
30664277--30664531	55	4.8	55	81	8	262	22	25	17	34	1.96
30664322--30664524	108	1.9	110	89	4	322	24	25	18	32	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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