genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.196.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65926947--65927138	47	4.1	47	90	1	269	32	11	31	25	1.91
65927112--65927248	46	3.0	46	85	2	186	35	8	30	24	1.86
65934806--65934838	17	1.9	17	93	0	57	57	0	6	36	1.23
65934941--65935010	23	3.0	23	73	12	63	65	0	1	32	1.01
65934948--65934994	18	2.6	19	87	12	64	63	0	2	34	1.06
65934924--65935008	39	2.2	38	79	8	91	64	1	1	32	1.08
65951602--65951701	51	2.0	51	84	4	130	29	26	19	26	1.98
65955132--65955254	28	4.4	28	88	2	167	33	27	12	26	1.92
65966081--65966158	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
65966111--65966438	174	1.9	174	97	0	620	29	14	24	30	1.95
65970182--65970291	27	4.1	27	82	5	116	36	20	23	19	1.95
65970182--65970291	54	2.0	54	82	6	134	36	20	23	19	1.95
65973762--65973844	25	3.4	25	88	6	118	28	25	18	27	1.98
65975562--65975731	46	3.7	46	76	12	168	31	29	18	21	1.97
65976161--65976220	30	2.0	30	87	6	86	26	25	10	38	1.87
65979790--65980341	47	11.7	47	90	3	853	32	8	28	29	1.87
65979907--65979984	22	3.4	22	66	10	66	32	11	29	26	1.91
65979790--65980341	143	3.9	143	92	3	872	32	8	28	29	1.87
65980463--65980538	37	2.1	37	89	0	116	22	19	31	26	1.98
65982397--65982776	40	9.5	40	87	4	214	24	21	28	25	1.99
65982397--65982828	80	5.4	80	90	3	351	24	21	28	25	1.99
65982511--65982828	40	7.9	40	92	0	503	23	21	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65982511--65982828	80	4.0	80	96	0	557	23	21	28	26	1.99
65987573--65987791	109	2.0	109	98	0	420	39	4	21	34	1.74
65997009--65997082	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
66005319--66005393	29	2.6	29	89	0	105	26	16	30	26	1.96
66014546--66014587	21	2.0	21	85	0	57	11	33	38	16	1.86
66017913--66018062	40	3.8	40	90	0	219	22	28	22	26	1.99
66021428--66021682	55	4.8	53	80	11	240	36	16	25	21	1.94
66021435--66021635	108	1.8	110	87	4	300	34	16	25	22	1.95
66028915--66029169	55	4.8	54	78	11	228	37	16	24	21	1.94
66028915--66029122	55	3.8	53	81	7	249	35	16	25	22	1.95
66028922--66029122	108	1.8	110	89	4	318	34	17	25	22	1.95
66031176--66031396	40	5.6	40	82	7	256	25	21	26	26	2.00
66038560--66038606	25	1.9	25	82	4	60	36	6	25	31	1.81
66039197--66039419	40	5.6	40	86	2	295	23	23	26	26	2.00
66039201--66039419	82	2.7	80	86	4	282	23	23	26	26	2.00
66046760--66046807	25	1.9	25	86	0	69	35	4	27	33	1.76
66047410--66047593	40	4.6	40	82	4	226	23	24	26	25	2.00
66047414--66047566	83	1.8	83	91	0	252	22	24	28	24	2.00
66051330--66051481	27	5.6	27	93	3	241	30	28	13	26	1.94
66051330--66051481	55	2.8	55	94	0	259	30	28	13	26	1.94
66055998--66056126	43	3.0	43	94	1	213	25	24	19	30	1.98
66058595--66058747	77	2.0	77	94	0	270	22	11	19	45	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66061183--66061324	61	2.4	57	83	5	176	52	4	0	42	1.26
66066764--66066941	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
66066785--66066940	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
66073532--66073765	38	6.2	38	82	4	267	15	16	25	43	1.87
66073532--66073765	76	3.1	76	86	1	326	15	16	25	43	1.87
66073532--66073757	114	2.0	114	89	3	348	15	15	25	42	1.87
66077847--66078043	103	1.9	103	91	0	322	28	28	21	20	1.98
66079353--66079390	20	1.9	20	88	0	58	36	31	13	18	1.89
66082504--66082651	48	3.1	48	88	0	215	25	21	24	29	1.99
66094722--66094757	18	2.1	17	90	10	56	16	33	36	13	1.89
66097151--66097285	65	2.1	65	91	0	216	22	23	28	25	1.99
66097277--66097345	30	2.3	30	84	0	93	21	36	26	15	1.94
66099350--66099409	29	2.1	29	84	3	77	43	1	25	30	1.64
66099936--66100001	32	2.1	32	100	0	132	30	18	16	34	1.93
66102202--66102263	31	2.0	31	93	0	106	38	6	16	38	1.74
66105058--66105149	43	2.2	41	79	11	96	32	23	13	30	1.93
66106474--66106541	35	1.9	35	90	0	109	39	4	17	38	1.70
66107789--66107861	32	2.3	32	95	0	128	19	42	19	19	1.90
66110326--66110479	42	3.6	42	79	6	168	31	15	23	29	1.95
66112928--66113041	44	2.7	42	77	8	115	24	18	25	31	1.97
66116695--66116731	18	2.1	18	100	0	74	32	0	18	48	1.49
66129551--66129705	42	3.7	42	82	6	179	30	14	25	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66133967--66134014	6	7.5	6	82	13	60	81	4	0	14	0.84
66134658--66135047	130	3.0	130	80	5	412	36	18	18	27	1.94
66140930--66141319	130	3.0	129	81	7	412	34	19	18	26	1.95
66144383--66144654	132	2.1	133	92	0	447	29	25	19	25	1.98
66155783--66156172	130	3.0	130	82	7	454	35	19	18	26	1.95
66158872--66159110	47	5.1	47	92	0	370	32	9	30	27	1.89
66159229--66159307	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
66161160--66161262	43	2.4	43	98	0	197	22	14	35	27	1.93
66161244--66161317	29	2.6	29	84	4	96	25	14	32	27	1.95
66161632--66161827	40	4.9	40	81	5	184	26	22	27	24	2.00
66161632--66161828	80	2.5	81	82	5	222	25	22	26	24	2.00
66165230--66165468	47	5.1	47	91	0	370	31	9	30	28	1.88
66165587--66165665	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
66167879--66168106	40	5.7	40	95	0	384	30	21	26	21	1.98
66172985--66173015	16	1.9	16	93	0	53	9	0	9	80	0.90
66173051--66173082	9	3.6	9	91	0	55	28	9	15	46	1.77
66187224--66187299	21	3.6	21	80	0	80	38	19	3	38	1.71
66204276--66204545	47	5.7	47	97	1	495	31	8	30	30	1.88
66204663--66204741	37	2.1	37	88	0	113	26	17	29	26	1.98
66206421--66206483	29	2.1	30	85	8	85	60	0	0	39	0.97
66206427--66206491	27	2.3	28	84	5	78	60	0	1	38	1.07
66206436--66206508	28	2.7	27	81	10	78	61	0	1	36	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66206450--66206512	18	3.5	18	78	6	74	58	0	1	39	1.07
66208850--66208943	37	2.5	37	84	6	111	28	7	21	42	1.80
66214902--66214949	21	2.3	21	92	0	78	22	35	27	14	1.93
66222230--66222386	42	3.7	42	76	5	127	32	24	17	25	1.97
66222238--66222342	43	2.5	43	81	4	124	31	23	17	27	1.97
66226474--66226533	30	2.0	30	87	6	86	40	6	25	28	1.80
66228818--66228861	14	2.7	18	73	26	60	45	4	18	31	1.69
66231014--66231097	31	2.7	31	88	1	125	28	22	16	32	1.96
66231290--66231426	26	5.3	26	86	5	183	27	23	21	28	1.99
66231290--66231427	53	2.7	52	91	6	221	26	23	21	28	1.99
66232228--66232319	27	3.4	27	83	8	107	20	25	19	34	1.96
66232433--66232629	27	7.3	26	72	14	118	29	9	21	39	1.85
66232350--66232615	54	4.9	54	74	6	178	30	10	19	39	1.85
66232615--66232737	27	4.6	27	89	0	183	43	9	20	26	1.82
66232566--66232782	81	2.7	80	71	2	200	37	8	20	33	1.83
66239800--66239841	17	2.4	18	88	11	61	40	33	0	26	1.56
66240614--66240729	43	2.7	43	76	9	112	31	24	18	26	1.97
66244446--66244618	46	3.7	46	78	7	206	21	20	28	28	1.98
66244445--66244613	93	1.8	93	94	0	302	21	20	28	28	1.98
66249139--66249192	20	2.6	21	82	11	67	35	0	7	57	1.27
66249178--66249205	8	3.5	8	100	0	56	25	0	0	75	0.81
66251336--66251514	46	3.9	46	89	1	243	40	14	22	22	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66262682--66262751	21	3.2	21	64	18	52	22	10	25	41	1.85
66264377--66264414	20	2.0	19	85	10	51	21	36	28	13	1.91
66265720--66265748	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
66273855--66273883	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
66277368--66277539	44	3.7	45	74	11	143	20	29	20	29	1.98
66284972--66285230	47	5.6	46	69	13	126	23	28	20	27	1.99
66284927--66285230	93	3.3	92	75	8	242	23	28	19	28	1.98
66289314--66289383	21	3.2	21	68	18	61	22	12	24	40	1.89
66292155--66292212	19	3.2	19	70	9	57	43	0	1	55	1.10
66308306--66308330	13	1.9	13	100	0	50	0	24	16	60	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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