genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.109.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35852496--35852601	48	2.2	48	83	9	128	15	24	1	58	1.47
35853740--35853789	21	2.4	21	77	12	57	10	8	4	78	1.09
35855267--35855313	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
35867018--35867337	46	7.0	46	94	0	489	21	23	15	39	1.91
35869289--35869337	3	17.3	3	76	19	52	69	0	2	28	1.00
35869295--35869333	11	3.5	11	92	0	69	69	0	2	28	1.02
35869296--35869337	19	2.2	19	87	8	59	71	0	2	26	0.98
35869307--35869382	20	3.7	21	77	10	68	59	6	1	32	1.32
35874165--35874337	86	2.0	86	86	2	240	21	16	23	38	1.92
35874167--35874337	43	4.0	43	81	6	186	21	16	23	38	1.93
35875806--35875929	48	2.6	48	88	0	185	26	16	29	27	1.97
35877238--35877409	93	1.8	93	93	0	299	27	30	20	20	1.98
35877230--35877405	46	3.8	46	79	12	207	28	29	20	21	1.98
35878824--35878887	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
35879081--35879222	24	6.0	24	88	5	200	29	21	19	29	1.97
35879102--35879221	23	5.1	23	91	3	186	30	20	18	30	1.96
35879102--35879222	47	2.6	47	94	0	206	30	20	18	30	1.96
35879274--35879338	20	3.2	20	93	0	112	32	21	12	33	1.90
35879274--35879327	11	5.3	11	70	17	53	31	20	12	35	1.90
35881724--35881941	48	4.5	48	78	3	222	27	17	27	27	1.98
35886232--35886523	50	5.8	50	75	5	239	32	24	16	26	1.96
35888687--35888716	14	2.1	14	93	0	51	23	6	6	63	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35901949--35902039	35	2.6	35	91	0	146	39	29	12	18	1.87
35905526--35905579	25	2.1	27	83	16	71	27	3	5	62	1.34
35909367--35909523	42	3.6	42	75	13	154	27	28	19	24	1.98
35909367--35909542	42	4.0	42	70	8	118	28	27	18	25	1.98
35909359--35909621	90	2.9	90	80	6	235	27	26	19	25	1.99
35913256--35913442	48	3.9	48	95	1	320	34	5	28	31	1.81
35913583--35913685	37	2.8	37	89	0	152	23	18	32	26	1.97
35916718--35916773	17	3.4	16	78	14	62	42	1	0	55	1.10
35918510--35918542	17	2.0	17	88	5	50	69	0	0	30	0.88
35918497--35918548	25	2.1	25	85	7	70	67	1	1	28	1.12
35920052--35920084	13	2.5	14	90	9	52	69	0	0	30	0.88
35921813--35921847	17	1.9	19	88	11	56	62	2	5	28	1.32
35922711--35922795	9	9.2	9	71	10	55	31	1	2	64	1.13
35922763--35922787	11	2.3	11	100	0	50	16	0	0	84	0.63
35922865--35922898	17	2.1	16	88	5	50	35	0	0	64	0.94
35923300--35923358	31	1.9	31	85	0	82	32	16	16	33	1.92
35923635--35923695	25	2.4	26	81	13	74	31	3	1	63	1.20
35925515--35925578	18	3.4	19	79	14	71	35	0	4	59	1.18
35925509--35925592	19	4.5	20	68	19	65	36	0	3	59	1.15
35933070--35933163	45	2.1	46	97	2	181	39	14	6	39	1.72
35935972--35936049	38	2.1	38	100	0	156	26	20	10	42	1.84
35936131--35936332	45	4.6	44	73	15	170	29	26	17	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35938795--35938889	46	2.1	46	100	0	190	38	14	6	40	1.72
35941698--35941775	38	2.1	38	100	0	156	26	20	10	42	1.84
35941857--35942058	45	4.6	44	73	15	170	29	26	17	25	1.98
35944742--35944845	24	4.4	23	77	9	95	33	18	24	24	1.97
35947842--35947952	43	2.5	44	83	1	143	32	14	26	27	1.95
35947975--35948085	48	2.5	43	77	12	107	27	15	22	34	1.94
35955551--35955590	21	1.9	21	94	0	71	62	0	10	27	1.27
35956222--35956246	13	1.9	13	100	0	50	8	40	36	16	1.77
35956286--35956392	55	1.9	55	80	0	124	14	27	28	28	1.96
35963924--35964130	43	4.6	43	73	6	135	31	15	22	30	1.95
35964047--35964138	48	1.9	48	86	0	130	28	15	23	32	1.95
35964019--35964148	48	2.7	48	76	3	129	29	15	22	33	1.94
35969986--35970069	43	2.0	43	92	0	141	25	10	26	38	1.88
35969996--35970094	43	2.3	43	87	6	139	25	10	25	39	1.87
35984065--35984169	42	2.5	42	78	10	106	26	18	24	30	1.98
35987553--35987578	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
35988063--35988240	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
35988064--35988219	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
35988060--35988240	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
35995651--35995676	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
35996156--35996331	27	6.5	27	81	5	176	26	15	27	30	1.96
35996156--35996310	82	1.9	80	86	5	222	27	15	27	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35996152--35996331	81	2.2	81	82	3	220	27	15	26	30	1.96
36009772--36009859	40	2.2	40	93	0	149	29	19	22	28	1.98
36009788--36010048	40	6.5	40	90	4	348	23	18	28	29	1.98
36011541--36011575	18	2.0	18	88	5	54	68	0	0	31	0.90
36011830--36011887	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
36011866--36011956	19	4.9	19	90	8	152	36	14	10	38	1.81
36012075--36012114	21	2.0	20	85	5	53	12	2	12	72	1.22
36017326--36017455	47	2.7	48	86	4	183	20	20	27	32	1.97
36018794--36018980	38	4.8	38	84	4	198	29	25	22	21	1.99
36018794--36018963	76	2.2	77	85	4	218	30	25	22	21	1.99
36028407--36028580	48	3.6	48	81	8	149	17	18	29	33	1.95
36028448--36028580	48	2.8	49	85	5	182	18	18	29	34	1.94
36035774--36035812	19	2.1	19	100	0	78	53	5	15	25	1.62
36035776--36035823	19	2.5	19	86	6	53	58	4	14	22	1.54
36037073--36037217	72	2.0	73	80	10	163	59	4	8	27	1.47
36037369--36037727	3	118.3	3	66	12	76	63	3	6	25	1.36
36037549--36037651	41	2.5	42	76	9	104	66	3	5	24	1.31
36037613--36037691	28	2.8	28	78	16	74	67	0	7	25	1.17
36038020--36038119	24	4.1	24	96	1	173	15	22	11	52	1.73
36038244--36038271	13	2.2	13	100	0	56	7	0	53	39	1.28
36038677--36038955	91	3.1	91	87	2	409	30	19	15	34	1.93
36038958--36039143	45	4.2	44	78	8	196	25	22	17	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36039059--36039173	45	2.6	45	86	8	137	25	26	19	28	1.98
36039073--36039487	178	2.3	177	80	4	433	26	25	17	30	1.97
36039305--36039689	135	2.9	132	80	6	406	25	25	18	30	1.98
36040957--36040999	17	2.5	17	75	14	52	9	4	2	83	0.87
36046056--36046206	51	3.0	51	92	0	257	39	10	21	27	1.87
36047012--36047231	46	4.8	46	89	2	282	41	14	25	19	1.89
36047080--36047155	24	3.2	25	63	21	63	44	17	22	15	1.86
36047161--36047313	80	1.9	80	88	4	229	41	17	23	17	1.90
36065791--36066000	39	5.3	39	91	2	316	25	22	27	24	2.00
36072627--36072888	39	6.7	40	87	7	328	25	22	27	24	2.00
36078998--36079167	40	4.3	40	85	0	207	24	30	21	23	1.99
36081596--36081781	41	4.6	41	89	3	261	24	24	26	24	2.00
36081598--36081751	81	1.9	82	90	4	249	24	24	25	25	2.00
36089327--36089368	21	2.0	21	85	4	57	28	7	21	42	1.79
36089375--36089517	38	3.8	38	83	8	168	25	20	28	25	1.99
36091532--36091576	18	2.5	18	85	7	56	6	24	6	62	1.44
36091761--36091807	21	2.3	20	82	10	51	4	23	4	68	1.26
36091885--36091998	57	2.1	57	93	5	198	34	21	14	29	1.93
36093695--36093800	27	4.0	27	77	9	85	32	25	15	27	1.95
36093765--36093820	27	2.0	28	83	10	71	30	26	14	28	1.95
36095310--36095377	26	2.7	25	77	13	77	25	30	16	27	1.96
36095620--36095649	15	1.9	16	93	6	53	20	26	6	46	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36096837--36096868	17	1.9	16	93	6	55	15	9	31	43	1.78
36101266--36101300	18	2.0	18	88	5	54	28	8	20	42	1.81
36102301--36102334	18	1.9	18	88	5	52	20	38	23	17	1.93
36103691--36103723	16	2.1	16	94	0	57	18	9	27	45	1.79
36104183--36104221	19	2.0	20	85	5	53	58	2	5	33	1.33
36123431--36123611	40	4.6	40	81	4	188	23	26	24	25	2.00
36128397--36128429	17	1.9	17	93	0	57	42	0	36	21	1.53
36131217--36131250	12	2.8	12	100	0	68	50	0	17	32	1.47
36137469--36137493	13	1.9	13	100	0	50	16	12	16	56	1.68
36137687--36137737	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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