genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.180.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  180  of  373  ( 44737 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60259308--60259511	79	2.6	79	82	5	200	25	21	27	25	1.99
60267486--60267706	39	5.6	40	85	6	242	24	22	28	24	1.99
60267486--60267706	79	2.8	80	82	10	240	24	22	28	24	1.99
60267536--60267729	79	2.5	78	84	5	214	25	21	27	24	1.99
60284648--60284868	39	5.6	40	86	7	269	24	28	22	25	1.99
60284648--60284868	79	2.8	80	84	8	267	24	28	22	25	1.99
60285947--60285971	13	1.9	13	100	0	50	0	8	4	88	0.64
60292595--60292815	40	5.7	40	85	8	262	24	27	22	25	2.00
60293888--60293912	13	1.9	13	100	0	50	0	8	4	88	0.64
60300431--60300493	15	4.3	15	80	9	76	60	14	15	9	1.59
60303265--60303443	46	3.7	46	79	15	218	28	29	20	21	1.98
60308069--60308249	39	4.6	39	93	0	299	29	29	20	19	1.98
60308303--60308337	18	2.0	17	94	5	61	51	14	0	34	1.42
60312385--60312787	220	1.8	220	97	0	770	42	27	9	20	1.83
60316749--60316926	27	6.6	27	80	3	160	29	28	15	26	1.96
60316770--60316925	82	1.9	81	86	3	224	29	27	15	27	1.96
60324851--60325028	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
60324872--60325027	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
60328754--60328958	40	5.2	40	84	7	224	26	26	22	24	2.00
60331371--60331410	19	2.0	20	86	13	57	37	15	0	47	1.45
60333311--60333394	42	2.0	42	88	0	123	41	14	9	34	1.78
60336142--60336254	42	2.7	43	79	5	122	26	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60340354--60340537	40	4.6	40	85	5	257	25	27	21	26	2.00
60344031--60344168	72	1.9	72	93	0	240	27	24	18	28	1.98
60350102--60350236	55	2.4	56	87	2	191	33	22	15	28	1.95
60353298--60353331	17	2.1	16	94	5	59	79	14	0	5	0.91
60354559--60354678	44	2.8	41	79	13	118	27	16	23	32	1.96
60354559--60354697	43	3.2	42	76	13	106	27	15	23	34	1.94
60372042--60372205	43	3.9	41	80	6	159	25	17	24	32	1.96
60372042--60372187	43	3.4	41	80	11	161	26	17	23	32	1.96
60379235--60379378	46	3.1	47	70	17	131	29	27	19	24	1.98
60381759--60381814	15	3.7	15	90	9	96	62	10	14	12	1.55
60399621--60399711	34	2.7	34	81	5	87	28	27	19	24	1.99
60404397--60404560	46	3.5	46	79	8	170	30	19	26	23	1.98
60407097--60407378	51	5.6	51	80	8	278	30	25	18	24	1.98
60414176--60414253	24	3.3	23	65	28	63	28	28	17	25	1.98
60414124--60414361	49	4.8	49	81	9	243	31	26	18	24	1.97
60418093--60418138	19	2.4	19	96	0	83	52	4	15	28	1.61
60421757--60421894	43	3.3	41	78	10	127	31	16	22	28	1.96
60421757--60421861	43	2.5	42	84	6	133	30	17	21	30	1.96
60424285--60424372	6	14.3	6	71	17	65	46	14	19	19	1.84
60424285--60424372	19	4.8	18	70	18	65	46	14	19	19	1.84
60424294--60424372	31	2.5	31	87	0	113	46	13	20	18	1.83
60424512--60424610	27	3.7	26	87	5	126	36	21	23	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60424769--60424833	22	3.0	22	75	8	69	33	20	23	23	1.97
60434396--60434492	32	3.0	32	98	0	185	30	7	23	38	1.82
60435974--60436024	26	2.0	26	88	7	77	35	23	15	25	1.94
60447513--60447568	9	5.8	9	76	15	58	37	19	7	35	1.79
60447504--60447570	20	3.3	20	89	0	107	34	17	10	37	1.85
60451086--60451122	11	2.9	14	76	23	53	21	62	0	16	1.33
60455077--60455123	21	2.2	22	88	3	69	21	36	19	23	1.95
60461772--60461935	46	3.5	46	76	11	199	21	18	29	30	1.97
60461814--60461982	47	3.6	47	76	12	195	22	18	30	28	1.97
60461764--60461990	93	2.4	93	97	0	427	22	18	29	29	1.98
60465473--60465644	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
60465420--60465642	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
60465500--60465677	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
60472608--60472777	40	4.3	39	86	6	200	25	21	27	25	1.99
60472635--60472812	79	2.2	80	79	5	184	25	21	28	25	1.99
60475633--60475675	15	2.9	15	89	0	59	41	11	16	30	1.83
60475633--60475682	15	3.3	15	81	10	57	44	10	18	28	1.81
60477640--60477860	40	5.6	40	92	2	340	21	27	23	26	1.99
60481209--60481264	29	1.9	29	92	0	94	33	14	23	28	1.94
60481604--60481872	46	5.8	44	72	17	165	27	18	30	24	1.98
60489329--60489547	46	4.6	45	76	15	153	28	19	29	23	1.98
60496025--60496184	78	2.1	78	96	0	293	28	16	24	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60502933--60503008	37	2.1	37	92	0	125	47	11	21	19	1.81
60505244--60505284	20	2.0	20	95	0	73	39	2	19	39	1.65
60507752--60507776	12	2.1	12	100	0	50	8	16	36	40	1.77
60508179--60508211	18	1.9	17	88	11	50	27	21	12	39	1.88
60508807--60508832	11	2.4	11	100	0	52	53	19	0	26	1.45
60509196--60509267	27	2.7	27	80	0	81	29	12	20	37	1.90
60509583--60509639	29	2.0	29	86	6	80	31	29	17	21	1.96
60515034--60515094	30	2.0	30	83	0	77	29	22	8	39	1.83
60521788--60521923	57	2.4	57	92	4	222	25	14	21	38	1.92
60539596--60539691	6	15.7	6	75	20	74	50	14	15	19	1.79
60539616--60539693	31	2.5	30	89	6	120	51	14	15	19	1.77
60540098--60540616	27	19.3	27	87	1	666	25	21	19	33	1.97
60540139--60540824	81	8.5	80	79	7	299	27	17	19	35	1.94
60540601--60540956	54	6.6	54	86	0	424	30	8	21	39	1.82
60540601--60540956	27	13.2	27	82	1	381	30	8	21	39	1.82
60540935--60540996	27	2.3	27	97	0	115	35	6	24	33	1.81
60551581--60551627	17	2.8	17	83	0	58	51	6	4	38	1.47
60556988--60557136	40	3.8	40	80	4	142	25	28	20	26	1.99
60557007--60557191	79	2.3	80	78	7	189	26	27	20	25	1.99
60565169--60565351	79	2.3	81	83	7	223	24	27	22	24	2.00
60565148--60565351	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
60567276--60567315	11	3.6	11	82	0	53	77	7	2	12	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60568818--60568946	48	2.7	49	77	11	133	17	18	27	36	1.94
60583812--60583978	91	1.8	91	89	2	264	20	19	29	29	1.97
60585341--60585382	18	2.3	18	80	12	50	57	16	0	26	1.40
60586023--60586066	21	2.2	20	84	8	54	63	2	27	6	1.31
60585990--60586068	18	4.4	18	80	16	76	64	2	25	7	1.33
60592780--60592912	45	3.0	45	79	0	140	24	15	27	33	1.95
60602889--60603002	27	4.3	26	83	5	138	37	23	24	14	1.92
60604420--60604472	24	2.2	24	86	0	70	20	41	3	33	1.70
60610733--60610843	27	4.2	26	85	5	141	36	22	26	15	1.94
60613583--60613701	45	2.6	45	85	2	141	26	14	24	35	1.93
60613687--60613789	41	2.5	42	79	9	104	28	19	28	24	1.98
60613686--60613804	43	2.8	42	78	12	120	26	17	28	26	1.98
60621000--60621075	23	3.3	23	73	14	84	34	21	21	23	1.97
60620998--60621088	46	2.0	46	89	4	139	35	19	20	24	1.96
60621000--60621087	23	3.8	23	74	14	83	34	20	20	25	1.97
60621669--60621718	21	2.4	21	76	3	57	44	16	4	36	1.66
60624144--60624189	18	2.5	20	75	13	53	65	0	26	8	1.21
60624302--60624339	15	2.5	15	95	0	67	55	7	26	10	1.61
60633898--60633942	20	2.2	20	80	0	54	28	28	13	28	1.94
60635766--60635826	30	2.1	29	93	3	104	34	24	13	27	1.93
60645803--60645863	30	2.1	29	90	9	97	34	22	13	29	1.92
60655596--60655663	9	7.9	9	70	26	58	57	19	0	23	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60655596--60655649	10	4.9	11	74	17	58	55	18	0	25	1.43
60655596--60655649	23	2.5	22	87	6	74	55	18	0	25	1.43
60655597--60655663	37	1.9	33	85	11	89	56	19	0	23	1.42
60655811--60655849	19	2.0	21	90	10	64	43	10	10	35	1.73
60655808--60655924	50	2.3	50	81	8	121	40	14	14	30	1.86
60659375--60659454	40	2.0	40	100	0	160	37	15	22	25	1.93
60661781--60661808	14	2.0	14	100	0	56	28	21	28	21	1.99
60666165--60666410	49	4.9	50	81	2	262	26	17	26	29	1.97
60669296--60669320	13	1.9	13	100	0	50	16	24	40	20	1.91
60684758--60684794	18	2.0	19	89	5	58	51	8	13	27	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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