genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.106.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34597731--34597915	98	1.9	98	80	4	221	26	16	26	30	1.96
34608686--34608839	76	2.0	76	93	0	263	24	9	25	40	1.84
34616557--34616707	42	3.6	42	77	7	162	32	16	22	28	1.96
34618193--34618362	43	4.0	42	75	8	148	24	15	25	35	1.94
34625643--34625685	17	2.5	17	88	0	68	30	18	18	32	1.95
34632246--34632396	48	3.1	48	81	1	178	30	19	23	25	1.98
34632246--34632440	96	2.0	96	83	2	239	30	20	23	25	1.98
34638360--34638543	40	4.6	40	83	6	230	25	23	26	25	2.00
34638360--34638579	80	2.8	80	85	5	279	24	23	26	25	2.00
34661627--34661665	20	1.9	20	89	5	60	7	25	15	51	1.70
34674475--34674813	48	7.0	48	90	5	547	35	6	26	30	1.82
34674470--34674813	98	3.5	98	94	1	604	35	6	26	31	1.82
34674470--34674812	146	2.3	148	89	4	554	35	6	26	31	1.82
34674872--34674979	37	2.9	37	92	0	171	24	17	31	26	1.97
34676187--34676250	31	2.1	31	100	0	128	35	12	15	35	1.85
34676486--34676553	34	2.0	34	97	0	127	33	20	10	35	1.87
34678785--34679047	46	5.6	46	77	11	202	27	18	28	25	1.98
34692387--34692564	27	6.6	27	82	3	196	26	14	28	30	1.95
34692384--34692564	82	2.2	81	82	2	220	27	14	27	30	1.95
34704260--34704372	43	2.7	42	79	8	122	30	26	20	22	1.98
34707425--34707482	30	1.9	30	100	0	116	46	5	27	20	1.72
34707631--34707660	14	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34716508--34716565	27	2.2	27	84	3	82	32	22	13	31	1.93
34718984--34719157	46	3.8	46	76	10	183	21	21	28	28	1.99
34718979--34719150	93	1.8	93	89	0	272	21	22	28	27	1.99
34723460--34723491	5	6.4	5	96	0	55	34	0	3	62	1.11
34724594--34724656	33	1.9	33	100	0	126	49	11	6	33	1.64
34738795--34738918	48	2.5	49	86	2	169	26	22	14	36	1.93
34739831--34740367	273	2.0	273	84	1	700	27	24	17	29	1.97
34750171--34750285	47	2.5	46	84	7	144	28	28	8	33	1.87
34752831--34752871	20	2.0	20	85	9	55	46	17	7	29	1.74
34754095--34754690	40	14.9	40	92	0	1003	28	29	20	21	1.98
34756009--34756164	38	3.9	38	75	14	150	29	14	25	30	1.95
34758276--34758409	68	2.0	68	85	5	182	50	4	3	41	1.40
34758795--34758834	19	2.1	19	90	0	62	35	2	5	57	1.34
34764826--34764883	27	2.2	27	93	3	100	29	17	15	37	1.90
34769625--34769663	20	2.0	20	85	10	53	41	0	23	35	1.55
34770963--34771193	115	2.0	115	95	0	417	41	9	18	29	1.82
34771683--34771758	38	2.0	38	94	0	134	27	18	13	40	1.88
34775729--34775904	46	3.8	46	78	14	200	20	21	29	28	1.98
34775726--34775897	93	1.8	93	93	2	301	20	21	29	27	1.98
34785131--34785306	46	3.8	46	78	14	200	20	21	29	28	1.98
34785128--34785299	93	1.8	93	93	2	301	20	21	29	27	1.98
34799468--34799679	40	5.3	40	82	1	221	25	22	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34801808--34802827	510	2.0	510	97	0	1941	26	17	29	26	1.98
34808215--34808411	40	4.9	40	80	1	216	25	23	25	24	2.00
34818293--34818368	26	2.9	27	88	4	109	30	19	15	34	1.93
34828208--34828247	18	2.1	18	86	9	53	50	2	5	42	1.37
34839333--34839539	47	4.4	47	89	0	297	33	9	29	27	1.89
34839658--34839736	37	2.1	37	86	4	106	25	20	30	24	1.98
34841602--34841747	43	3.4	43	98	0	283	23	15	34	26	1.94
34841729--34841802	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
34842192--34842348	40	3.9	40	88	0	233	27	21	26	24	1.99
34842113--34842348	80	3.0	80	80	5	210	26	22	26	24	2.00
34842115--34842345	120	1.9	120	82	5	288	26	22	26	24	2.00
34842511--34842562	25	2.1	25	82	7	61	32	7	28	30	1.85
34845866--34846072	47	4.4	47	91	0	306	33	9	29	28	1.88
34846194--34846269	37	2.1	37	87	5	109	23	19	30	26	1.98
34854951--34855039	40	2.2	40	100	0	178	41	14	6	37	1.72
34856149--34856192	21	2.1	21	91	0	70	31	20	15	31	1.94
34858074--34858283	40	5.3	40	88	0	278	25	20	26	27	1.99
34858021--34858283	80	3.3	80	83	2	280	25	20	26	26	1.99
34860491--34860620	43	3.1	41	80	5	136	27	14	25	32	1.95
34866262--34866287	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
34866770--34866943	27	6.4	27	83	4	197	27	14	27	29	1.96
34866771--34866926	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34883404--34883429	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
34883907--34884084	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
34883908--34884063	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
34883904--34884084	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
34891499--34891524	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
34892007--34892182	27	6.5	27	82	3	192	27	14	27	30	1.95
34892008--34892163	82	1.9	81	86	3	224	26	14	28	30	1.95
34892004--34892182	82	2.2	81	81	3	216	27	14	27	30	1.95
34895044--34895109	23	2.7	24	77	11	64	34	18	18	28	1.94
34899447--34899472	5	5.2	5	100	0	52	38	19	0	42	1.51
34931851--34931888	17	2.2	17	86	9	51	47	15	2	34	1.60
34943405--34943502	51	1.9	51	95	4	180	35	7	23	33	1.82
34947220--34947252	16	2.1	16	94	0	57	27	36	3	33	1.72
34951096--34951134	13	3.0	13	96	0	69	30	43	25	0	1.55
34954366--34954452	43	2.0	43	100	0	174	40	18	0	41	1.50
34955382--34955552	43	4.0	43	78	6	168	33	25	14	26	1.94
34961266--34961312	23	2.0	23	95	0	85	34	21	17	27	1.95
34961601--34961705	43	2.5	42	77	10	106	31	25	17	25	1.97
34961605--34961705	42	2.4	43	78	5	107	32	23	17	25	1.97
34964199--34964624	47	9.1	47	95	0	701	32	9	29	28	1.88
34964743--34964821	37	2.1	37	86	4	106	25	20	29	25	1.99
34989231--34989276	21	2.2	21	92	3	76	41	0	17	41	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34992154--34992357	40	5.2	40	86	4	263	25	21	26	26	1.99
34993730--34993858	49	2.6	49	95	0	222	24	18	27	29	1.98
34996867--34996933	15	4.5	15	81	9	75	7	16	17	58	1.61
34999091--34999165	37	2.0	37	94	0	132	26	17	26	29	1.97
34999133--34999257	49	2.6	49	92	0	196	24	16	28	30	1.96
35003610--35003909	47	6.4	47	90	1	433	33	6	30	29	1.83
35003640--35003727	25	3.6	24	69	17	74	35	3	29	31	1.74
35003665--35003749	22	3.7	21	69	17	62	34	5	30	29	1.81
35010343--35010379	19	1.9	19	89	10	58	29	8	18	43	1.79
35013437--35013469	16	2.1	16	94	0	57	30	12	18	39	1.87
35017179--35017287	43	2.6	41	78	5	119	29	24	14	31	1.95
35024453--35024628	46	3.8	46	78	10	196	21	21	28	28	1.99
35024450--35024621	93	1.8	93	92	0	290	22	22	28	27	1.99
35027240--35027289	23	2.2	23	82	7	57	36	2	10	52	1.47
35027658--35027708	7	7.7	7	85	12	72	15	0	39	45	1.47
35027658--35027704	13	3.6	13	88	8	69	17	0	40	42	1.49
35027740--35027890	65	2.5	55	73	19	149	41	3	14	40	1.62
35027765--35027936	65	2.6	64	87	6	247	44	4	11	40	1.59
35027966--35028221	126	2.0	126	90	0	404	37	18	17	26	1.93
35032352--35032558	45	4.6	45	90	3	287	26	25	23	25	2.00
35033354--35033409	25	2.2	25	96	0	103	50	12	8	28	1.70
35034077--35034216	68	2.1	68	98	0	271	41	19	4	35	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35034694--35034761	30	2.3	30	86	0	100	13	17	39	29	1.88
35036454--35036493	11	3.7	10	87	12	53	37	0	35	27	1.57
35037301--35037340	19	2.0	20	85	4	55	42	2	15	40	1.60
35038055--35038088	16	2.2	16	94	5	61	47	2	0	50	1.16
35041257--35041303	22	2.2	22	84	3	60	55	8	4	31	1.49
35046995--35047145	27	5.6	27	82	3	151	28	29	15	27	1.96
35046995--35047144	55	2.8	54	82	4	158	28	29	15	26	1.96
35055060--35055237	27	6.6	27	81	3	169	30	26	15	27	1.96
35055060--35055237	54	3.3	55	81	3	191	30	26	15	27	1.96
35077227--35077377	27	5.6	27	85	3	160	27	15	28	28	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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