genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.246.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83748239--83748303	18	3.6	18	82	0	76	44	15	16	23	1.86
83751661--83751707	21	2.2	21	77	7	51	21	17	34	27	1.95
83752866--83752970	52	2.1	49	91	8	167	38	6	7	47	1.58
83752866--83752948	26	3.2	26	68	19	82	39	8	8	43	1.65
83753779--83753885	27	3.9	27	84	9	137	37	22	23	16	1.94
83753778--83753884	54	2.0	54	88	3	162	38	22	22	16	1.93
83754272--83754304	8	4.1	8	85	14	50	3	21	24	51	1.62
83761682--83761797	43	2.7	43	90	2	171	28	12	23	35	1.92
83761682--83761869	43	4.4	44	80	9	156	28	14	23	34	1.94
83762798--83762836	19	2.0	20	85	5	53	30	5	23	41	1.76
83763586--83763765	86	2.1	85	95	1	324	38	8	27	25	1.85
83765035--83765473	47	9.6	47	86	11	565	33	7	29	29	1.86
83765371--83765445	22	3.3	22	65	17	62	32	10	30	26	1.90
83769363--83769467	27	3.9	26	83	7	129	17	24	20	37	1.94
83769363--83769474	54	2.1	54	88	3	163	16	24	21	37	1.94
83777179--83777291	27	4.2	26	85	7	145	15	23	23	37	1.93
83777179--83777291	54	2.1	54	90	3	174	15	23	23	37	1.93
83784814--83785046	50	4.7	49	77	3	178	30	26	15	27	1.96
83784863--83785044	101	1.8	101	83	0	247	30	25	15	27	1.96
83786311--83786379	28	2.5	28	82	0	84	27	5	31	34	1.81
83788738--83788813	40	1.9	40	88	0	116	19	15	30	34	1.93
83788828--83788905	28	2.8	28	84	0	102	25	12	33	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83798289--83798452	85	1.9	86	82	1	204	26	18	24	29	1.98
83800586--83800621	17	2.1	17	100	0	72	38	5	30	25	1.78
83809032--83809148	15	8.1	14	72	17	62	26	8	0	64	1.22
83809020--83809127	29	3.8	28	73	22	82	26	8	0	63	1.28
83809095--83809140	15	2.9	15	90	6	65	26	6	0	67	1.15
83809063--83809184	52	2.4	54	74	18	125	27	7	0	64	1.20
83809213--83809253	4	10.2	4	100	0	82	24	0	0	75	0.80
83809298--83809397	25	3.9	25	73	8	76	32	8	1	59	1.33
83812987--83813164	27	6.6	27	80	3	160	30	28	14	26	1.95
83812987--83813164	54	3.3	55	80	3	182	30	28	14	26	1.95
83819217--83819591	177	2.1	177	89	0	588	31	18	21	28	1.97
83819449--83819702	133	1.9	132	91	1	321	29	18	22	30	1.97
83819272--83819923	305	2.1	306	83	6	748	30	18	22	28	1.97
83820198--83820381	44	4.1	45	66	15	121	32	18	21	28	1.97
83820108--83820405	133	2.2	133	90	0	470	31	18	20	29	1.97
83819582--83820252	177	3.8	177	87	2	901	30	18	22	28	1.97
83820241--83820763	177	2.9	177	89	0	778	30	18	22	27	1.98
83820730--83821245	44	11.6	44	65	16	215	31	21	25	22	1.98
83820706--83821291	88	6.6	88	87	2	789	32	20	24	22	1.98
83822207--83822323	15	8.1	14	72	17	62	26	8	0	64	1.22
83822195--83822302	29	3.8	28	73	22	82	26	8	0	63	1.28
83822270--83822315	15	2.9	15	90	6	65	26	6	0	67	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83822238--83822359	52	2.4	54	74	18	125	27	7	0	64	1.20
83824403--83824716	40	7.8	40	94	0	538	24	22	29	23	1.99
83829114--83829272	43	3.7	42	78	12	139	30	25	18	25	1.98
83829122--83829276	44	3.6	41	77	6	123	31	24	18	25	1.97
83833132--83833192	28	2.2	28	87	0	86	29	27	19	22	1.98
83833343--83833407	27	2.4	27	82	2	78	40	21	21	16	1.92
83833543--83833633	27	3.4	27	76	11	96	25	18	19	36	1.95
83833555--83833634	27	3.0	27	84	0	115	25	20	20	35	1.96
83838199--83838266	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
83838373--83838440	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
83838542--83838620	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
83838092--83838589	174	2.9	174	98	0	960	30	24	14	29	1.95
83846153--83846220	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
83846327--83846394	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
83846496--83846574	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
83846046--83846543	174	2.9	174	98	0	960	30	24	14	29	1.95
83853107--83853172	28	2.4	28	86	0	105	33	24	16	25	1.96
83867629--83867729	43	2.3	43	84	0	139	33	28	15	21	1.95
83869171--83869201	15	2.0	16	93	6	55	38	6	3	51	1.44
83869332--83869357	13	2.0	13	100	0	52	61	7	7	23	1.49
83872630--83872671	8	5.4	8	82	5	50	16	0	2	80	0.81
83872629--83872678	15	3.3	15	88	0	64	22	0	2	76	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83873458--83873504	21	2.2	21	84	3	58	38	44	2	14	1.58
83873465--83873497	14	2.3	15	89	5	50	36	45	3	15	1.61
83873492--83873545	14	3.8	14	79	13	56	50	27	0	22	1.50
83873687--83873775	7	12.4	7	73	9	63	44	33	1	20	1.59
83873687--83873775	14	6.2	14	77	3	70	44	33	1	20	1.59
83873755--83873794	21	2.0	20	85	5	53	40	42	0	17	1.49
83873688--83873794	50	2.1	50	81	13	123	44	34	0	19	1.57
83873278--83873991	317	2.3	305	84	6	875	45	22	1	29	1.63
83874067--83874211	41	3.6	40	79	7	150	31	20	20	27	1.97
83874134--83874391	133	1.9	135	91	3	423	31	20	18	28	1.97
83889696--83889724	12	2.4	12	100	0	58	27	6	6	58	1.50
83892951--83892980	12	2.6	12	94	5	53	33	3	0	63	1.11
83892982--83893021	18	2.2	18	86	8	55	65	15	0	20	1.28
83897791--83897876	28	3.0	28	89	1	136	18	3	30	47	1.65
83897794--83897888	28	3.6	26	83	13	115	15	3	33	47	1.62
83897853--83897908	23	2.4	23	85	5	69	10	1	35	51	1.47
83898091--83898165	21	3.5	23	71	15	70	14	21	28	36	1.93
83903215--83903261	18	2.6	19	77	19	55	70	4	19	6	1.26
83903331--83903378	18	2.5	20	80	12	66	66	0	25	8	1.19
83911170--83911199	14	2.1	14	93	0	51	80	0	20	0	0.72
83915375--83915413	11	3.5	11	89	0	60	89	10	0	0	0.48
83919930--83919995	18	3.6	18	69	27	50	39	6	0	54	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83919923--83919995	26	2.7	29	77	14	82	38	6	0	54	1.27
83923433--83923502	22	2.9	24	83	10	81	58	5	4	31	1.41
83923518--83923651	25	5.5	25	70	16	75	55	2	5	35	1.37
83923602--83923648	15	3.2	15	76	11	53	61	0	2	36	1.08
83923934--83923972	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
83924137--83924180	21	2.1	21	95	0	79	27	9	40	22	1.84
83924158--83924247	30	3.0	30	95	0	153	17	6	48	26	1.72
83924881--83925434	87	6.3	87	77	12	440	37	18	16	28	1.92
83925259--83925291	14	2.4	14	94	0	57	63	6	12	18	1.48
83925362--83926340	75	13.3	75	86	4	1307	34	19	15	30	1.93
83925362--83926340	221	4.4	221	94	1	1662	34	19	15	30	1.93
83925362--83926340	296	3.3	295	85	7	1285	34	19	15	30	1.93
83926249--83926503	89	2.8	86	80	13	239	37	18	16	27	1.92
83939442--83939488	20	2.3	20	96	0	85	4	19	14	61	1.49
83941677--83941784	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
83944585--83944749	23	7.2	23	81	2	179	24	18	25	31	1.97
83944575--83944741	69	2.4	69	87	2	228	24	20	24	30	1.98
83952344--83952390	21	2.2	21	92	0	76	25	23	29	21	1.99
83954277--83954394	43	2.8	42	81	2	146	30	15	24	29	1.95
83954480--83954526	20	2.3	20	85	0	67	31	4	27	36	1.76
83956533--83956572	19	2.1	19	95	0	71	0	17	5	77	0.94
83957960--83958024	22	3.0	22	82	6	71	18	20	13	47	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83963978--83964032	28	2.0	28	82	7	67	29	0	27	43	1.55
83964231--83964326	40	2.5	38	76	8	97	16	22	29	31	1.96
83964658--83964707	13	3.8	13	91	2	73	26	2	22	50	1.60
83968813--83968980	48	3.5	48	79	4	216	23	26	19	29	1.98
83972283--83972332	20	2.6	19	84	9	57	36	22	0	42	1.54
83974176--83974386	80	2.7	80	86	2	302	27	22	27	23	1.99
83974176--83974363	40	4.7	40	90	0	297	26	22	27	23	2.00
83984433--83984781	47	7.4	47	93	1	509	27	30	8	33	1.87
83987262--83987338	40	2.0	40	86	2	111	29	25	20	23	1.99
83987313--83987363	25	2.0	25	96	0	93	43	27	13	15	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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