genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.195.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65631198--65631464	46	5.7	45	77	11	211	23	29	18	27	1.98
65631195--65631472	94	3.0	92	78	15	286	24	29	18	26	1.98
65631201--65631464	140	1.9	141	84	7	358	23	29	18	28	1.98
65638755--65638791	19	1.9	19	94	0	65	27	32	16	24	1.96
65639236--65639295	27	2.2	27	85	5	77	60	0	3	36	1.14
65645076--65645122	21	2.2	21	84	0	67	2	51	19	27	1.58
65645546--65645574	13	2.1	14	93	6	51	55	6	0	37	1.27
65650605--65650701	9	11.0	9	73	14	69	37	2	16	44	1.60
65650915--65650980	12	4.4	16	80	18	79	59	13	12	15	1.62
65650911--65650976	28	2.3	29	94	2	116	57	12	15	15	1.65
65652323--65652430	26	4.2	26	90	0	171	33	7	22	37	1.82
65654152--65654194	21	2.0	21	91	8	70	11	0	53	34	1.37
65658134--65658241	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
65662121--65662229	37	2.9	37	93	0	182	26	32	18	22	1.97
65662379--65662658	98	2.9	98	97	1	517	31	26	6	35	1.83
65662376--65662658	48	5.8	48	89	6	444	31	26	6	35	1.83
65662674--65662792	23	5.1	22	62	28	59	24	31	12	31	1.92
65662580--65662821	47	5.1	47	86	3	283	27	28	9	33	1.89
65662482--65662821	94	3.6	93	86	5	305	28	28	8	34	1.87
65665617--65665657	18	2.3	18	100	0	82	36	21	24	17	1.94
65666757--65666799	18	2.4	18	100	0	86	51	20	4	23	1.66
65667379--65667469	40	2.3	40	82	1	112	24	19	17	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65668150--65668174	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
65668780--65668825	21	2.2	21	84	0	56	26	0	21	52	1.47
65669139--65669598	41	11.3	41	83	4	508	26	17	22	33	1.96
65669139--65669598	81	5.7	81	82	5	502	26	17	22	33	1.96
65679537--65679598	32	1.9	32	93	0	106	12	45	30	11	1.78
65680087--65680136	3	17.0	3	78	12	50	36	2	0	62	1.07
65680520--65680589	30	2.4	29	83	4	86	30	5	8	55	1.53
65696413--65697646	140	9.0	140	86	5	1531	26	18	23	31	1.97
65697141--65697648	126	3.9	126	80	8	570	27	18	21	32	1.97
65696439--65697648	266	4.4	266	87	3	1249	26	18	23	31	1.97
65697940--65697970	7	4.4	7	91	0	53	3	0	48	48	1.17
65697930--65697970	21	2.0	21	90	0	64	9	0	46	43	1.36
65698956--65699038	35	2.4	35	97	0	157	14	43	21	20	1.87
65701927--65702104	27	6.6	27	83	3	178	29	28	15	26	1.96
65701948--65702103	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
65705578--65705717	47	3.0	47	91	0	208	34	9	28	27	1.88
65705603--65705674	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
65707903--65707927	13	1.9	13	100	0	50	40	8	0	52	1.31
65709421--65709511	19	4.8	19	70	17	73	58	5	4	31	1.41
65709699--65709785	39	2.2	39	79	4	104	51	4	8	35	1.52
65711146--65711202	30	1.9	30	89	7	89	43	26	8	21	1.81
65711106--65711263	87	1.8	86	89	4	248	38	20	12	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65711175--65711296	57	2.2	55	86	5	165	41	17	12	28	1.85
65711531--65711725	72	2.7	72	83	4	248	35	24	14	25	1.93
65719887--65719925	18	2.2	17	86	4	51	41	7	5	46	1.55
65719944--65720201	17	15.2	16	70	14	144	46	12	14	26	1.79
65719943--65720284	17	19.9	18	68	16	142	45	11	14	28	1.79
65720079--65720167	33	2.7	33	84	5	110	50	8	13	26	1.71
65719944--65720284	34	9.9	34	71	13	157	45	11	14	28	1.79
65719889--65720284	17	23.2	17	66	16	110	45	11	13	29	1.77
65720218--65720284	35	1.9	35	87	3	100	43	11	14	29	1.82
65720387--65720429	21	2.0	22	86	8	63	41	9	13	34	1.77
65720592--65720637	15	2.8	16	90	9	67	71	0	0	28	0.86
65720762--65720811	1	50.0	1	95	0	91	0	2	0	98	0.14
65720954--65720987	11	3.0	11	86	4	50	0	0	14	85	0.60
65721048--65721085	18	2.2	18	86	13	53	7	13	0	78	0.94
65721057--65721102	22	2.1	22	84	8	58	2	23	0	73	0.94
65721497--65721607	30	3.8	28	77	15	98	45	2	22	28	1.66
65721512--65721607	30	3.2	29	85	5	138	45	3	22	28	1.67
65741749--65741815	32	2.1	32	100	0	134	40	11	14	32	1.83
65747367--65747525	43	3.7	43	77	15	145	30	25	20	23	1.98
65753602--65753846	48	5.1	48	94	0	418	35	6	26	30	1.82
65753993--65754101	37	2.9	37	86	2	157	22	18	31	27	1.97
65757186--65757227	11	4.1	10	80	14	50	52	28	0	19	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65757966--65758087	43	2.8	42	80	7	129	32	22	18	26	1.97
65764789--65764830	21	1.9	23	85	9	61	45	28	0	26	1.54
65767138--65767232	42	2.3	42	80	12	106	33	27	16	22	1.95
65769745--65769779	17	1.9	19	88	11	56	51	8	11	28	1.67
65771471--65771530	31	1.9	31	86	6	86	20	40	20	20	1.92
65772893--65773077	79	2.3	82	81	7	220	25	27	22	24	2.00
65772874--65773077	40	5.1	40	81	8	220	25	26	22	25	2.00
65781094--65781287	39	5.0	39	79	9	193	25	26	22	25	2.00
65797754--65797793	20	2.0	21	85	9	57	35	15	5	45	1.68
65806843--65806889	20	2.4	20	79	13	53	44	2	0	53	1.12
65815140--65815176	19	1.9	19	88	0	56	16	5	27	51	1.66
65817475--65817519	21	2.1	21	100	0	90	31	20	4	44	1.71
65822155--65822252	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
65822183--65822265	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
65822155--65822266	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
65825631--65825676	24	2.0	24	86	4	67	69	0	0	30	0.89
65827812--65827862	25	2.0	25	96	0	93	31	15	13	39	1.87
65833236--65833353	43	2.8	42	80	5	130	33	14	21	31	1.93
65836424--65836530	41	2.7	40	80	8	121	30	25	17	26	1.97
65836422--65836530	37	2.8	41	79	9	118	31	24	18	25	1.98
65840203--65840280	32	2.4	34	78	10	90	19	28	15	37	1.92
65840257--65840416	33	4.8	33	89	0	230	34	21	8	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65840419--65840684	29	8.9	30	78	15	243	25	28	15	30	1.96
65840406--65840579	87	2.0	87	90	2	278	24	29	13	31	1.94
65843038--65843191	42	3.6	42	82	6	186	32	14	22	29	1.94
65850521--65850578	24	2.4	25	77	16	59	36	1	1	60	1.17
65852868--65852936	10	6.9	10	83	6	95	66	1	10	21	1.29
65853418--65853473	22	2.6	21	80	11	60	50	0	1	48	1.11
65853425--65853491	18	3.6	18	82	10	64	46	0	2	50	1.16
65853449--65853494	18	2.6	18	89	3	67	45	0	4	50	1.21
65878072--65878182	57	1.9	57	85	3	152	25	33	17	24	1.96
65878073--65878189	28	4.1	28	73	14	98	26	30	16	26	1.96
65878409--65878447	8	4.9	8	80	0	51	10	23	23	43	1.84
65881730--65881767	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
65881996--65882164	46	3.7	46	79	4	196	30	27	20	21	1.98
65881997--65882167	93	1.8	93	93	0	297	29	28	20	21	1.98
65886090--65886179	28	3.2	28	79	7	101	26	33	14	25	1.94
65886397--65886433	16	2.3	16	95	0	65	5	16	21	56	1.59
65893216--65893298	39	2.2	39	80	10	91	30	0	7	62	1.22
65897129--65897286	55	2.9	55	83	5	205	20	25	18	34	1.96
65897609--65897716	26	4.2	26	89	0	171	33	6	23	37	1.80
65903412--65903519	26	4.2	26	91	0	180	32	6	24	37	1.81
65909696--65909728	17	1.9	17	93	0	57	57	0	6	36	1.23
65909695--65909751	26	2.1	29	87	9	84	64	0	5	29	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65909815--65909907	37	2.5	38	77	8	102	60	2	2	35	1.21
65911716--65911886	44	3.9	44	92	0	252	28	25	15	31	1.95
65912109--65912199	44	2.1	44	93	0	155	29	26	13	30	1.94
65911541--65912558	312	3.3	310	89	2	1487	29	22	17	30	1.96
65912424--65912509	43	2.0	43	90	0	136	30	22	15	32	1.94
65920660--65920851	47	4.1	47	90	1	269	32	11	31	25	1.91
65920825--65920961	46	3.0	46	85	2	186	36	8	29	24	1.86
65922446--65922915	119	3.9	120	86	2	653	25	21	27	25	2.00
65922446--65922915	40	11.8	40	86	3	635	25	21	27	25	2.00
65923091--65923145	25	2.2	26	83	9	78	30	10	29	29	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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