genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15792552--15792626	22	3.3	22	66	23	64	25	29	13	32	1.93
15795804--15795843	3	13.0	3	94	5	71	65	2	0	32	1.06
15796020--15796061	20	2.2	19	95	4	75	76	0	0	23	0.79
15797465--15797616	40	3.8	40	81	6	198	26	21	22	30	1.99
15797449--15797617	82	2.0	83	90	1	268	25	18	22	33	1.97
15797449--15797617	40	4.1	42	76	10	152	25	18	22	33	1.97
15797588--15797984	134	3.0	131	81	6	403	28	23	19	28	1.99
15798033--15799832	132	13.6	131	92	2	2567	29	26	17	27	1.97
15805192--15806998	132	13.7	132	92	2	2799	27	17	26	28	1.97
15805192--15806998	527	3.4	528	92	1	2869	27	17	26	28	1.97
15807045--15807289	134	1.8	134	91	0	409	27	21	22	28	1.99
15807415--15807566	40	3.8	40	81	6	198	30	22	21	26	1.99
15807413--15807582	82	2.1	83	89	1	270	33	22	18	25	1.97
15807414--15807582	40	4.1	42	76	10	152	33	22	18	25	1.97
15808969--15809004	10	3.6	10	85	14	56	25	0	0	75	0.81
15808964--15809006	20	2.2	20	100	0	86	23	0	0	76	0.78
15809185--15809215	3	10.0	3	93	6	53	32	0	3	64	1.09
15812566--15812653	40	2.2	41	79	2	106	35	25	15	23	1.95
15814408--15814463	21	2.7	21	91	0	94	14	25	37	23	1.92
15818316--15818452	50	2.7	50	88	0	193	35	21	14	29	1.93
15818953--15818993	21	2.0	21	85	4	57	51	19	0	29	1.47
15828626--15829093	48	9.8	48	75	6	374	30	19	27	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15828629--15829096	96	4.9	96	78	4	444	30	19	27	23	1.98
15828617--15829090	144	3.3	143	84	4	614	29	18	27	23	1.98
15831878--15832042	40	4.1	40	81	6	183	26	27	21	24	2.00
15840251--15840280	14	2.1	14	93	0	51	20	46	0	33	1.51
15843721--15843760	20	2.0	21	85	14	57	27	5	15	52	1.63
15846419--15846445	14	1.9	14	100	0	54	74	0	11	14	1.08
15846418--15846479	32	1.9	32	87	9	90	72	3	8	16	1.21
15848150--15848195	24	1.9	24	100	0	92	23	4	2	69	1.17
15848128--15848197	24	2.6	27	78	19	83	21	2	5	70	1.22
15849373--15849487	61	1.9	61	90	0	185	26	16	19	38	1.92
15851299--15851336	14	2.8	14	88	4	51	44	0	0	55	0.99
15852094--15852271	89	2.0	90	80	9	204	41	16	19	21	1.90
15863442--15863516	37	2.0	37	89	0	114	38	16	18	26	1.91
15864910--15865132	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
15865064--15865141	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
15872786--15873010	40	5.7	40	85	4	240	26	28	20	24	1.99
15872942--15873019	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
15895190--15895221	3	10.7	3	100	0	64	34	31	0	34	1.58
15895728--15896852	374	3.0	374	97	0	2081	37	24	10	27	1.88
15897387--15897588	40	5.0	40	86	2	271	21	21	8	49	1.75
15897387--15897588	80	2.5	80	91	1	314	21	21	8	49	1.75
15900619--15900661	18	2.4	18	88	0	59	37	18	9	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15903009--15903104	31	3.2	30	68	19	74	27	21	8	42	1.81
15903007--15903175	60	2.8	60	84	3	203	21	21	12	44	1.84
15903652--15903719	32	2.2	32	86	2	93	42	13	20	23	1.87
15903663--15903767	32	3.5	32	75	17	98	47	9	18	24	1.78
15903588--15903767	91	2.0	89	83	4	227	46	12	18	22	1.83
15922357--15922472	40	2.9	41	87	3	155	39	13	10	36	1.79
15924270--15924313	21	2.1	21	100	0	88	43	4	18	34	1.70
15935245--15935278	17	2.0	17	94	0	59	26	29	8	35	1.87
15936622--15936660	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
15936665--15936812	75	2.0	75	100	0	296	37	8	21	33	1.83
15936961--15937058	23	4.3	23	90	2	162	20	21	26	31	1.98
15936963--15937051	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
15942156--15942194	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
15942199--15942346	75	2.0	75	100	0	296	37	8	21	33	1.83
15942495--15942592	23	4.3	23	88	2	153	20	19	28	31	1.97
15942497--15942585	45	2.0	45	93	0	151	19	20	29	31	1.97
15945429--15945589	43	3.8	43	76	6	157	26	14	25	33	1.95
15965572--15965692	59	2.1	59	96	0	224	34	16	16	32	1.91
15967278--15967332	22	2.5	22	84	0	74	30	10	18	40	1.85
15969313--15969347	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
15973147--15973189	13	3.3	12	87	9	50	41	0	6	51	1.29
15974348--15974396	15	3.3	15	82	0	62	24	28	24	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15974313--15974436	57	2.2	56	83	1	149	27	26	23	22	2.00
15976510--15976577	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
15976399--15976726	174	1.9	174	94	0	584	31	25	14	29	1.95
15976679--15976757	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
15984738--15984805	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
15984627--15984954	174	1.9	174	95	0	593	30	25	14	29	1.95
15984907--15984985	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
15986773--15986805	14	2.4	14	90	5	50	36	0	6	57	1.23
15991896--15992084	25	7.6	25	76	3	157	20	15	25	38	1.92
15991894--15992084	50	3.8	50	81	2	204	20	15	25	38	1.92
15991894--15992056	75	2.2	75	80	2	184	20	15	25	38	1.92
16004796--16004892	30	3.2	30	83	0	122	18	25	27	27	1.98
16011263--16011301	17	2.2	18	86	4	53	53	2	0	43	1.14
16011876--16011912	16	2.2	17	90	4	58	32	5	0	62	1.18
16022738--16022762	4	6.2	4	100	0	50	0	24	0	76	0.80
16023731--16023760	11	2.7	11	89	0	51	80	3	0	16	0.85
16023729--16023760	16	1.9	16	93	6	55	78	3	0	18	0.89
16025407--16025447	17	2.4	17	88	12	57	73	2	2	21	1.07
16026490--16026522	6	5.5	6	92	0	57	18	0	0	81	0.68
16026490--16026545	12	4.2	14	78	13	57	16	0	3	80	0.85
16028405--16028469	30	2.2	30	91	0	103	16	35	32	15	1.91
16034036--16034076	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16036824--16036876	26	2.0	27	88	3	81	41	5	15	37	1.70
16040534--16040604	37	1.9	37	97	0	133	40	16	9	32	1.82
16040763--16040807	22	2.0	23	83	12	58	40	15	24	20	1.91
16040989--16041074	42	2.0	42	97	0	163	46	17	5	30	1.71
16048893--16048918	6	4.3	6	100	0	52	19	15	34	30	1.93
16068948--16069026	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
16074995--16075024	13	2.3	13	94	0	51	30	3	26	40	1.72
16078415--16078477	19	3.3	19	78	14	67	55	1	0	42	1.09
16078423--16078480	27	2.1	27	84	6	73	51	1	0	46	1.11
16079023--16079049	13	2.1	13	100	0	54	0	0	7	92	0.38
16080381--16080437	24	2.4	24	88	8	82	38	5	7	49	1.53
16081155--16081198	18	2.5	18	92	3	72	15	2	20	61	1.45
16082012--16082082	17	4.2	17	76	7	74	35	7	14	43	1.72
16082012--16082099	33	2.6	34	78	10	83	35	7	12	44	1.72
16097500--16097713	39	5.5	39	88	1	313	29	21	24	24	1.99
16097500--16097713	77	2.8	78	88	0	322	29	21	24	24	1.99
16102992--16103104	60	1.9	59	83	1	145	36	20	3	39	1.70
16103579--16103620	7	6.0	7	97	0	75	16	42	11	28	1.84
16107930--16108111	43	4.2	43	90	0	274	23	30	22	23	1.99
16109151--16109402	138	1.8	138	93	0	441	49	12	9	28	1.71
16111057--16111095	7	5.6	7	100	0	78	12	0	0	87	0.55
16111058--16111104	21	2.2	21	88	0	67	19	0	0	80	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16111753--16111780	14	2.0	14	100	0	56	42	35	0	21	1.53
16111938--16111975	7	5.4	7	87	0	58	28	55	0	15	1.41
16112190--16112276	41	2.2	40	85	2	111	65	6	4	22	1.36
16112478--16112697	41	5.4	41	90	1	316	19	20	23	35	1.95
16112878--16113102	80	2.8	80	93	0	378	29	9	14	46	1.76
16114014--16114057	20	2.3	19	84	7	54	68	2	0	29	1.02
16114679--16114732	6	8.7	6	76	15	56	74	3	1	20	1.07
16119134--16119248	7	16.1	7	67	10	54	37	40	0	22	1.54
16119291--16119375	21	3.9	21	75	11	89	44	25	1	28	1.61
16119275--16119364	46	2.0	46	97	0	171	42	25	2	30	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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