genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9466088--9466293	101	2.0	101	94	0	358	43	12	10	33	1.76
9467346--9467409	33	2.0	32	96	3	119	39	21	9	29	1.85
9467347--9467417	33	2.2	33	89	5	108	43	19	8	28	1.80
9477155--9477571	94	4.4	94	73	13	299	25	28	17	27	1.98
9477155--9477563	46	8.7	47	73	12	242	25	28	18	28	1.98
9481460--9481498	17	2.3	17	100	0	78	43	10	10	35	1.73
9482364--9482407	19	2.3	19	100	0	88	4	31	13	50	1.62
9482807--9482851	19	2.4	19	100	0	90	33	8	6	51	1.59
9483162--9483228	34	2.0	33	88	8	100	25	23	19	31	1.98
9493470--9493604	50	2.7	50	92	0	216	28	34	20	17	1.95
9497706--9497779	11	6.7	11	72	25	59	33	1	1	63	1.11
9514698--9514874	46	3.8	46	93	0	282	21	20	27	30	1.98
9516364--9516585	46	4.8	46	84	7	288	19	22	29	28	1.98
9516409--9516485	20	3.5	20	68	21	64	18	22	31	28	1.97
9516478--9516557	26	3.3	26	66	20	82	21	30	27	21	1.98
9525614--9525703	40	2.3	39	84	7	112	35	36	11	16	1.84
9526129--9526204	38	2.0	38	92	0	125	36	17	28	17	1.92
9529698--9529865	26	6.7	26	71	13	70	37	20	20	20	1.95
9529708--9529764	26	2.3	25	85	8	73	38	19	22	19	1.93
9529904--9530091	65	2.9	64	80	3	216	34	23	20	21	1.97
9532070--9532102	17	1.9	17	93	0	57	45	0	3	51	1.16
9532490--9532521	15	2.1	15	100	0	64	46	6	28	18	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9538952--9539050	50	2.0	50	95	0	180	46	22	11	20	1.81
9549474--9549547	31	2.4	31	80	11	80	45	4	4	45	1.41
9550434--9550528	47	2.0	47	87	4	138	29	5	22	43	1.75
9550642--9550690	19	2.6	19	74	25	50	24	2	6	67	1.24
9553359--9553388	15	2.0	15	93	0	51	30	10	0	60	1.30
9553727--9554045	129	2.5	130	89	2	484	28	16	19	35	1.94
9560171--9560362	64	3.0	64	91	0	294	30	16	14	38	1.88
9560425--9560595	86	2.0	86	86	3	238	32	21	23	23	1.98
9560425--9560649	86	2.6	87	81	5	224	31	19	24	24	1.98
9560758--9561154	44	9.0	44	65	11	186	28	24	20	26	1.99
9560731--9561337	88	6.9	88	86	1	739	28	23	20	27	1.99
9561347--9561466	44	2.7	44	77	3	125	29	19	22	29	1.98
9561346--9562082	89	8.3	88	71	13	338	31	17	21	29	1.97
9561584--9562313	44	16.4	44	70	10	383	29	18	23	27	1.98
9561833--9562082	133	1.9	134	83	2	333	28	20	24	28	1.99
9561838--9562082	89	2.8	89	87	0	348	27	20	23	28	1.99
9561836--9562128	89	3.3	89	84	1	257	30	19	22	27	1.98
9561353--9562313	316	3.1	314	84	6	1172	30	18	22	28	1.97
9561970--9562307	183	1.8	183	79	5	396	28	20	22	28	1.99
9564199--9564527	130	2.6	130	88	2	477	28	17	19	34	1.95
9565626--9565726	47	2.1	47	90	0	157	34	22	14	27	1.94
9566917--9567176	129	2.0	129	97	0	493	38	8	30	23	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9569746--9569797	25	2.1	25	100	0	104	44	15	11	28	1.81
9573235--9573314	26	3.2	26	92	3	128	25	23	22	28	1.99
9583985--9584097	55	2.1	55	83	3	138	16	26	30	26	1.97
9588788--9588834	24	2.0	24	91	0	76	10	4	23	61	1.46
9590539--9590671	39	3.4	39	76	10	135	33	21	19	25	1.97
9591205--9591280	22	3.5	22	73	5	55	25	0	28	46	1.53
9591241--9591275	15	2.4	15	90	4	54	20	0	34	45	1.51
9591294--9591401	7	15.1	7	73	11	76	20	0	37	42	1.52
9591620--9591660	7	5.7	7	82	5	55	19	0	36	43	1.51
9591620--9591661	15	2.9	14	79	6	57	21	0	35	42	1.53
9591928--9591965	20	2.0	20	89	5	60	65	2	5	26	1.27
9591932--9591975	20	2.2	20	84	4	54	65	4	4	25	1.30
9591970--9592006	19	1.9	19	94	0	65	72	2	5	18	1.15
9595936--9596080	40	3.6	40	83	4	175	22	25	24	26	2.00
9599621--9599765	40	3.6	40	83	4	175	22	25	24	26	2.00
9601860--9601906	23	2.0	23	100	0	94	17	8	17	57	1.63
9604565--9604596	9	3.6	9	100	0	64	78	9	0	12	0.97
9609007--9609038	9	3.6	9	100	0	64	78	9	0	12	0.97
9610172--9610360	43	4.4	43	82	7	217	23	17	29	29	1.97
9614337--9614608	138	2.0	138	93	1	465	48	15	9	26	1.76
9616255--9616287	7	4.6	7	96	3	57	15	0	0	84	0.61
9616249--9616287	14	2.6	15	88	12	62	17	0	2	79	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9616599--9616624	7	3.7	7	100	0	52	46	38	0	15	1.46
9616720--9616761	15	2.9	15	82	3	50	40	30	0	28	1.57
9616781--9616824	7	6.3	7	86	0	61	31	52	0	15	1.44
9617034--9617120	41	2.2	40	85	2	111	65	6	4	22	1.36
9617250--9617309	31	1.9	32	82	3	77	26	21	11	40	1.88
9617346--9617566	41	5.4	41	86	4	277	18	22	21	37	1.95
9617370--9617594	41	5.5	39	85	6	182	18	24	20	36	1.95
9621852--9621910	10	5.9	10	80	7	75	66	1	10	22	1.31
9632156--9632187	11	2.9	11	100	0	64	46	25	0	28	1.53
9640455--9640485	14	2.2	14	94	0	53	25	0	16	58	1.38
9640917--9641026	24	4.6	24	79	4	116	23	12	30	33	1.92
9640916--9641026	48	2.3	48	85	0	141	23	12	30	33	1.92
9644719--9644771	18	2.9	18	86	8	63	16	3	0	79	0.88
9644719--9644758	6	6.7	6	94	0	62	17	2	0	80	0.83
9647690--9647718	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
9654824--9654876	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
9654987--9655014	14	2.0	14	100	0	56	21	28	28	21	1.99
9656376--9656457	26	3.2	26	89	0	137	34	24	8	32	1.86
9664463--9664570	26	4.2	26	90	0	171	37	24	7	31	1.83
9665985--9666036	19	2.8	18	85	5	59	21	1	1	75	1.00
9669562--9669765	53	3.8	52	77	8	205	25	27	16	31	1.96
9672608--9672733	66	1.9	66	82	6	157	13	23	18	45	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9681163--9681223	30	2.0	30	87	0	86	39	6	22	31	1.80
9681933--9682140	67	3.2	64	78	10	206	30	15	29	24	1.96
9692349--9692387	17	2.3	17	91	8	62	20	5	12	61	1.50
9694246--9694349	52	2.0	52	100	0	208	23	21	17	38	1.93
9713847--9714018	93	1.8	93	92	0	290	28	29	20	20	1.98
9713839--9714014	46	3.8	46	78	12	198	29	28	20	21	1.98
9723639--9723688	21	2.4	21	74	12	50	22	36	24	18	1.95
9729327--9729428	26	3.9	26	97	0	177	36	25	5	32	1.80
9732991--9733043	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
9734512--9734587	26	2.9	26	94	0	134	35	26	6	31	1.82
9740317--9740418	26	3.9	26	97	0	177	36	25	5	32	1.80
9740881--9740947	35	1.9	35	90	0	107	35	5	11	46	1.65
9741943--9742062	63	1.9	64	85	1	170	48	13	5	32	1.66
9743839--9743880	21	2.0	21	100	0	84	28	19	28	23	1.98
9743840--9743888	21	2.3	21	92	0	80	32	18	24	24	1.97
9743888--9744016	27	4.8	27	83	6	165	35	21	23	19	1.96
9743884--9744016	54	2.5	54	92	2	223	36	21	23	19	1.95
9745642--9745749	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
9751020--9751150	27	4.8	28	84	6	171	35	22	22	18	1.95
9751024--9751150	54	2.4	54	93	0	218	35	23	23	17	1.95
9752772--9752853	26	3.2	26	96	0	146	36	24	7	31	1.83
9757409--9757464	28	2.0	28	100	0	112	53	14	3	28	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9757777--9757897	40	3.2	38	69	21	92	35	18	18	28	1.94
9757740--9757904	75	2.2	75	84	4	217	36	18	18	26	1.94
9757739--9757941	75	2.7	74	76	6	185	35	18	19	26	1.95
9769874--9769981	27	4.0	27	79	5	121	37	20	22	19	1.94
9769874--9769981	54	2.0	53	85	1	144	37	20	22	19	1.94
9770305--9770387	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
9770602--9770660	27	2.2	28	78	9	68	30	16	22	30	1.96
9770612--9770859	27	9.2	27	86	0	300	26	18	17	37	1.93
9770612--9770859	81	3.1	81	82	0	336	26	18	17	37	1.93
9770612--9770890	27	10.4	27	84	1	292	26	17	17	37	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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