genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.122.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39920639--39920793	79	2.0	78	83	10	199	24	21	28	25	1.99
39928601--39928785	40	4.7	40	82	6	207	23	22	28	26	1.99
39928654--39928808	79	2.0	78	81	10	181	25	20	28	26	1.99
39930502--39930552	20	2.5	20	93	0	84	11	33	35	19	1.88
39933655--39933990	40	8.5	40	89	2	484	25	22	26	26	2.00
39943491--39943601	43	2.6	43	77	5	125	31	25	15	27	1.95
39943606--39943739	50	2.7	50	87	2	180	19	32	19	28	1.96
39944661--39944710	20	2.5	20	93	0	82	12	32	36	20	1.89
39946267--39946370	28	3.7	29	75	5	97	25	28	13	32	1.93
39946261--39946370	56	2.0	56	83	7	143	24	28	14	32	1.94
39946380--39946463	40	2.1	39	82	6	98	30	28	13	27	1.94
39949128--39949380	46	5.5	45	76	12	203	26	29	18	25	1.98
39949128--39949334	90	2.3	90	81	10	233	26	29	18	25	1.98
39949165--39949382	46	4.7	47	80	8	218	25	31	19	24	1.98
39949165--39949379	94	2.3	90	85	7	265	25	31	18	24	1.98
39953902--39954077	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
39953899--39954070	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
39960921--39961096	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
39960918--39961089	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
39965411--39965486	40	1.9	40	86	0	107	40	15	11	31	1.84
39978634--39978659	11	2.4	11	100	0	52	46	0	0	53	1.00
39981703--39981867	29	5.9	28	79	9	169	30	4	17	47	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39981703--39981867	56	2.9	55	79	13	176	30	4	17	47	1.67
39982807--39982916	17	6.5	17	76	0	103	30	9	15	45	1.77
39982808--39982916	51	2.1	51	84	0	137	30	9	14	45	1.76
39982940--39982999	18	3.4	17	81	4	57	25	10	11	53	1.68
39983348--39983401	21	2.5	21	81	3	63	16	38	31	12	1.87
39985087--39985307	46	4.7	48	79	10	192	23	31	19	26	1.98
39988341--39988368	11	2.5	11	100	0	56	25	35	17	21	1.95
39988295--39988413	57	2.1	58	82	7	145	25	33	17	23	1.96
39996591--39996859	48	5.8	45	76	15	198	24	29	18	26	1.98
40003015--40003240	48	4.7	48	75	11	189	24	29	19	26	1.98
40011713--40011780	34	2.0	34	100	0	136	41	26	11	20	1.87
40018047--40018094	17	2.9	17	84	9	55	54	8	0	37	1.31
40019300--40019354	24	2.3	24	96	0	101	41	7	40	10	1.68
40020888--40020925	20	2.0	19	85	10	51	42	26	0	31	1.56
40020973--40021008	17	2.1	18	89	5	56	44	8	0	47	1.33
40028992--40029121	47	2.8	47	80	0	152	23	14	26	34	1.94
40030494--40030575	42	2.0	42	90	0	128	36	24	12	26	1.91
40033949--40034059	27	4.2	26	81	12	118	35	21	25	18	1.95
40033949--40034059	26	4.1	27	77	16	106	35	21	25	18	1.95
40040233--40040404	93	1.8	93	92	2	292	27	28	22	21	1.99
40040226--40040401	46	3.8	46	75	14	182	28	28	21	21	1.98
40041878--40041928	17	2.9	18	82	8	52	41	17	1	39	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40043405--40043509	43	2.4	43	85	6	124	36	25	16	21	1.94
40051296--40051354	16	3.7	16	75	20	61	54	0	1	44	1.10
40051370--40051424	27	2.0	27	100	0	110	49	10	7	32	1.65
40054780--40054985	49	4.2	48	73	9	186	33	19	25	21	1.97
40068321--40068490	46	3.7	46	78	13	186	21	21	28	28	1.99
40068318--40068488	93	1.8	93	92	0	288	21	21	28	28	1.99
40068718--40068755	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
40080354--40080475	43	2.9	42	82	2	145	30	15	26	27	1.96
40080560--40080606	20	2.3	20	82	7	60	36	2	25	36	1.68
40093134--40093304	39	4.3	40	87	5	224	26	22	25	25	2.00
40093134--40093337	79	2.6	79	81	8	186	27	22	25	24	2.00
40098915--40099152	38	6.3	38	86	1	334	20	22	24	32	1.98
40104722--40104996	38	7.3	38	89	0	426	21	22	24	32	1.98
40107467--40107511	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
40111287--40111328	18	2.2	19	87	8	59	26	9	9	54	1.63
40111286--40111318	9	3.7	9	100	0	66	30	12	9	48	1.71
40116339--40116422	27	3.1	27	83	8	109	33	20	22	23	1.97
40116562--40116674	27	4.2	27	90	0	163	21	22	22	34	1.97
40119329--40119522	39	5.0	39	80	3	194	31	3	18	46	1.65
40119327--40119522	78	2.5	77	84	5	243	31	3	18	46	1.65
40124144--40124518	47	8.0	47	90	0	561	32	11	29	26	1.92
40124219--40124294	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40124332--40124411	25	3.3	25	66	22	71	31	10	28	30	1.89
40124144--40124518	94	4.0	94	93	0	633	32	11	29	26	1.92
40124683--40124832	37	4.1	37	94	0	246	21	20	33	25	1.97
40126093--40126404	40	7.8	40	88	1	401	25	20	27	25	1.99
40130207--40130577	47	7.9	47	90	0	562	31	12	29	26	1.93
40130278--40130353	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
40130207--40130577	94	3.9	94	92	0	634	31	12	29	26	1.93
40130742--40130891	37	4.1	37	90	5	223	20	20	34	25	1.97
40133866--40133941	23	3.3	23	81	5	82	22	21	18	38	1.94
40141229--40141300	23	3.1	23	82	6	92	25	18	18	38	1.92
40141203--40141300	46	2.0	49	84	11	132	26	19	17	36	1.94
40147096--40147162	21	3.2	21	79	8	73	44	19	4	31	1.70
40150573--40150681	58	1.9	58	86	5	159	33	23	16	26	1.96
40153192--40153218	13	2.1	13	100	0	54	29	0	22	48	1.51
40154355--40154483	44	3.0	43	84	5	145	27	17	24	30	1.97
40157231--40157376	27	5.4	27	88	0	211	34	20	21	23	1.97
40159348--40159515	46	3.6	46	84	6	203	26	23	14	35	1.93
40159387--40159515	46	2.8	46	92	0	213	24	24	15	35	1.94
40159851--40159911	30	2.0	30	84	6	79	31	24	6	37	1.81
40165161--40165223	32	2.0	32	90	0	99	30	17	22	30	1.96
40177149--40177309	40	4.1	40	95	3	281	22	23	27	26	2.00
40177149--40177299	79	1.9	79	97	0	284	22	23	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40190640--40190843	39	5.1	40	82	9	229	26	27	20	25	1.99
40190640--40190804	80	2.1	80	86	5	228	26	27	20	25	1.99
40190640--40190843	80	2.6	82	82	7	215	26	27	20	25	1.99
40197721--40197892	40	4.3	40	85	2	195	24	28	22	25	1.99
40197877--40197954	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
40200805--40200844	20	2.0	21	85	14	57	27	12	27	32	1.93
40204033--40204143	27	4.1	27	80	5	118	17	23	21	37	1.93
40204033--40204143	54	2.1	53	82	1	132	17	23	21	37	1.93
40209473--40209588	43	2.7	42	78	5	135	28	25	15	30	1.96
40209473--40209599	42	3.0	42	77	2	146	27	25	15	30	1.96
40211624--40211661	11	3.5	11	86	13	53	47	10	0	42	1.38
40213772--40214036	27	9.8	27	84	0	314	30	21	8	39	1.83
40213761--40214155	27	14.7	27	82	1	175	34	21	8	35	1.83
40213806--40214065	81	3.2	81	84	3	317	31	20	8	40	1.83
40214027--40214181	54	2.9	55	80	3	145	41	22	9	26	1.83
40214139--40214305	27	6.2	27	82	1	201	36	18	18	26	1.94
40214088--40214277	81	2.4	81	80	7	192	37	20	15	26	1.92
40214137--40214302	53	3.1	54	83	5	203	36	18	19	25	1.94
40214138--40214305	80	2.1	81	84	3	223	36	18	18	26	1.94
40214736--40214801	6	10.8	6	76	15	64	18	18	16	46	1.84
40214714--40214792	31	2.5	31	89	0	122	17	17	15	49	1.80
40214717--40214789	25	3.0	24	84	13	87	17	17	16	47	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40214714--40214801	12	7.2	12	74	16	74	18	17	15	48	1.81
40220525--40220695	46	3.7	46	76	9	168	23	28	19	29	1.98
40220380--40220645	138	1.9	145	83	6	359	24	27	18	28	1.98
40220380--40220695	140	2.2	143	81	7	340	24	27	18	29	1.98
40225274--40225885	47	13.1	47	92	1	933	27	30	9	32	1.88
40233978--40234038	30	2.0	30	83	0	77	29	26	4	39	1.77
40245199--40245370	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
40245192--40245367	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
40247229--40247330	27	3.7	28	82	3	118	32	14	23	29	1.94
40247429--40247486	27	2.1	27	96	0	107	44	10	24	20	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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