genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.204.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68940686--68940935	51	4.9	51	91	2	405	28	25	14	32	1.95
68940968--68941040	24	3.0	24	94	4	121	26	19	16	38	1.92
68942579--68942726	66	2.2	66	92	0	242	19	12	25	41	1.87
68944858--68944975	45	2.6	45	90	0	182	27	8	23	40	1.83
68946489--68946524	10	3.5	10	92	3	54	33	13	11	41	1.80
68956638--68956704	20	3.3	20	91	0	107	32	11	22	32	1.90
68956756--68956827	23	3.1	23	90	4	117	27	19	20	31	1.97
68956756--68956829	24	3.1	24	92	1	123	28	18	21	31	1.97
68964671--68964716	20	2.3	20	96	0	83	34	10	19	34	1.87
68964664--68964728	20	3.4	18	87	4	67	33	12	21	32	1.90
68964777--68964883	20	5.1	20	83	13	119	24	21	21	32	1.98
68964780--68964885	22	5.0	22	84	13	136	23	21	21	33	1.98
68964776--68964883	42	2.6	43	85	12	161	25	21	21	32	1.98
68964776--68964899	20	5.8	22	78	11	89	25	21	23	29	1.99
68982030--68982207	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
68982031--68982186	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
68982027--68982207	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
68986504--68986636	69	1.9	70	90	1	214	32	14	16	36	1.89
68988024--68988379	47	7.6	47	95	0	595	33	8	29	28	1.88
68989930--68989970	21	1.9	22	85	5	57	26	12	7	53	1.64
68993379--68993415	18	2.1	18	94	0	65	45	0	24	29	1.53
69000019--69000196	52	3.5	50	82	7	207	25	30	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69000019--69000196	51	3.5	50	84	7	216	25	30	15	28	1.96
69002083--69002118	18	2.0	18	100	0	72	33	16	22	27	1.95
69002617--69002700	43	2.0	43	100	0	168	42	19	8	29	1.80
69006404--69006551	52	2.9	51	88	4	210	28	28	13	29	1.94
69011513--69011814	39	7.7	40	88	5	399	25	22	27	24	2.00
69019640--69019941	39	7.7	40	88	5	399	25	22	27	24	2.00
69019693--69019974	78	3.6	79	87	5	256	25	21	28	24	1.99
69023107--69023157	27	2.0	25	88	7	75	13	17	21	47	1.82
69023424--69023534	29	3.9	29	75	6	102	27	28	13	30	1.94
69023750--69023788	16	2.4	16	91	0	60	15	20	15	48	1.81
69025009--69025041	16	2.1	16	94	0	57	12	3	33	51	1.54
69033188--69033299	27	4.2	26	84	7	134	16	23	23	37	1.93
69033188--69033299	54	2.1	54	88	3	163	16	23	23	37	1.93
69035823--69035981	43	3.7	42	78	10	162	32	25	18	23	1.97
69039457--69039492	9	3.8	9	86	13	54	16	0	0	83	0.65
69041991--69042125	27	5.0	27	77	4	121	37	20	14	28	1.91
69042015--69042122	54	2.0	54	83	0	135	37	18	12	31	1.89
69042131--69042282	27	5.7	26	80	3	160	19	16	24	40	1.91
69042119--69042282	81	2.0	81	83	2	204	19	17	22	40	1.91
69044863--69045034	43	4.0	43	78	4	150	23	18	24	33	1.96
69046992--69047072	41	2.0	41	85	7	112	25	13	30	29	1.94
69065031--69065135	52	2.0	52	88	0	156	33	21	6	38	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69068130--69068271	40	3.6	40	91	2	225	23	23	26	26	2.00
69073509--69073648	37	3.8	37	95	0	235	24	31	19	25	1.98
69073789--69074129	48	7.0	48	94	1	574	31	27	6	34	1.82
69079324--69079465	40	3.6	40	87	4	200	24	22	25	27	2.00
69103810--69103847	20	1.9	20	89	10	60	15	7	23	52	1.69
69117827--69118051	40	5.7	40	84	5	251	25	27	21	25	2.00
69117829--69118044	119	1.8	120	82	7	278	25	26	21	26	1.99
69120335--69120544	40	5.3	40	87	0	269	24	30	21	23	1.99
69120335--69120544	80	2.6	79	89	0	312	24	30	21	23	1.99
69125950--69126290	40	8.6	40	88	3	449	24	20	27	26	1.99
69125950--69126290	118	2.9	118	87	2	468	24	20	27	26	1.99
69125989--69126289	158	1.9	158	88	2	453	25	20	27	26	1.99
69125951--69126325	158	2.4	157	82	6	443	25	20	28	26	1.99
69133958--69134225	40	6.6	40	84	7	290	25	20	27	26	1.99
69133958--69134225	85	3.3	79	81	9	290	25	20	27	26	1.99
69133958--69134201	125	2.0	124	83	4	312	25	19	27	27	1.99
69133997--69134260	85	3.3	80	82	4	228	26	20	27	25	1.99
69149608--69149684	34	2.3	34	82	10	113	24	24	27	23	2.00
69152151--69152196	23	2.0	24	86	4	67	52	28	2	17	1.56
69152721--69152826	42	2.5	43	81	4	126	33	25	16	24	1.96
69154601--69154693	39	2.4	39	88	0	132	24	27	20	26	1.99
69162590--69162721	39	3.4	39	87	0	183	24	28	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69170144--69170367	79	2.8	79	86	6	294	25	20	27	27	1.99
69170198--69170367	40	4.3	40	93	3	281	25	18	27	28	1.98
69170144--69170400	79	3.3	79	83	6	256	26	19	27	26	1.99
69177850--69178074	40	5.7	40	90	5	307	25	21	27	26	1.99
69177850--69178107	120	2.2	119	82	8	294	26	20	27	25	1.99
69187088--69187118	7	4.4	7	100	0	62	12	0	0	87	0.55
69192008--69192135	39	3.3	39	93	0	202	24	26	19	29	1.98
69195207--69195253	22	2.1	22	92	0	76	27	27	25	19	1.99
69195483--69195547	27	2.4	27	84	2	87	40	23	21	15	1.91
69195703--69195983	27	10.6	27	82	5	324	25	22	17	34	1.95
69195703--69195983	107	2.6	105	80	9	320	25	22	17	34	1.95
69197514--69197683	92	1.8	93	91	1	279	28	28	21	21	1.99
69197509--69197680	46	3.7	46	76	14	183	29	27	20	22	1.99
69209960--69210022	34	1.9	33	90	6	101	30	23	23	22	1.99
69209960--69210042	37	2.4	34	82	10	87	30	26	24	19	1.98
69219841--69220161	140	2.3	138	81	9	366	26	18	28	26	1.98
69219985--69220156	48	3.6	49	79	3	188	26	18	29	25	1.98
69232442--69232509	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
69232331--69232658	174	1.9	174	96	0	611	31	24	14	29	1.95
69232611--69232689	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
69235094--69235476	40	9.6	40	92	2	565	26	27	20	24	1.99
69243142--69243524	40	9.6	40	91	2	538	27	27	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69246859--69246891	14	2.2	16	89	10	52	24	3	18	54	1.57
69248014--69248109	43	2.2	42	75	14	97	28	15	31	25	1.96
69252448--69252569	42	2.8	42	75	8	104	30	17	21	31	1.96
69252469--69252569	42	2.4	43	80	5	116	29	17	20	31	1.96
69252469--69252587	43	2.8	43	76	11	102	27	18	23	30	1.98
69253115--69253160	23	2.0	24	86	4	67	17	2	28	52	1.56
69253590--69253648	12	4.9	12	80	0	64	16	40	30	11	1.85
69259196--69259225	15	2.0	15	100	0	60	20	60	6	13	1.55
69263839--69264057	46	4.8	46	75	6	210	21	20	27	30	1.98
69268720--69268773	22	2.5	22	90	0	81	25	7	25	40	1.82
69285051--69285223	46	3.7	46	77	13	201	21	21	27	29	1.99
69285048--69285218	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.99
69288156--69288259	24	4.4	23	76	9	86	24	21	20	34	1.96
69289350--69289390	20	2.0	20	95	0	73	14	17	41	26	1.88
69291605--69291771	86	1.9	86	93	0	289	29	19	21	28	1.98
69295826--69295890	28	2.3	28	87	10	89	32	24	13	29	1.94
69301083--69301136	20	2.8	19	79	17	58	66	5	3	24	1.29
69307220--69307280	24	2.6	24	80	12	72	77	0	11	11	1.01
69307235--69307280	18	2.5	19	82	10	60	80	0	10	8	0.91
69309110--69309147	19	2.0	20	84	5	51	57	0	42	0	0.98
69314051--69314094	22	2.0	22	95	0	79	4	20	22	52	1.65
69315628--69315671	23	1.9	23	86	9	63	68	6	6	18	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69319534--69319558	11	2.3	11	100	0	50	60	8	0	32	1.26
69320200--69320246	13	3.6	13	80	11	51	12	34	34	19	1.89
69327161--69327189	7	4.1	7	100	0	58	27	27	0	44	1.54
69329028--69329053	3	8.7	3	100	0	52	34	65	0	0	0.93
69331174--69331211	19	2.1	19	90	5	60	60	5	2	31	1.33
69331146--69331208	18	3.4	19	75	14	53	65	3	1	30	1.18
69331345--69331402	29	1.9	31	89	6	93	65	5	5	24	1.34
69334288--69334378	19	4.9	19	90	8	152	38	10	14	36	1.81
69334288--69334401	19	5.8	22	86	10	87	37	9	14	37	1.80
69334670--69334703	18	1.9	17	88	5	50	29	0	0	70	0.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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