genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.101.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32845417--32845956	114	4.7	115	77	8	438	36	23	14	25	1.93
32846802--32846876	22	3.4	22	72	7	62	20	0	30	49	1.49
32846829--32846907	16	5.2	16	71	18	62	13	0	35	50	1.42
32846802--32846908	44	2.4	45	87	1	153	17	0	32	49	1.47
32846915--32847105	41	4.7	41	72	3	143	20	19	21	37	1.95
32846996--32847195	41	4.9	40	79	3	159	22	21	19	37	1.94
32846913--32847174	123	2.1	122	80	3	285	20	19	20	38	1.93
32851110--32851135	7	3.7	7	100	0	52	30	0	53	15	1.42
32868547--32868774	40	5.7	40	90	3	343	25	20	27	27	1.99
32870875--32871026	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
32870875--32871026	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
32878881--32879031	27	5.6	27	95	1	257	26	14	29	29	1.95
32880687--32880870	40	4.6	40	81	9	198	23	22	28	25	2.00
32880739--32880893	79	2.0	79	83	7	199	25	21	27	25	2.00
32888734--32888917	40	4.6	41	82	8	213	24	22	27	25	2.00
32888789--32888940	79	1.9	79	84	7	202	26	20	26	26	1.99
32891202--32891226	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
32892604--32892745	40	3.5	40	82	4	160	26	16	22	34	1.95
32900002--32900109	34	3.2	33	74	17	105	30	24	23	22	1.99
32899997--32900097	34	3.0	34	78	8	116	30	23	23	21	1.99
32899997--32900126	67	2.0	66	86	7	183	30	23	23	22	1.99
32901210--32901315	39	2.7	39	92	0	176	22	19	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32901210--32901353	39	3.7	39	87	1	173	22	21	28	27	1.99
32901279--32901393	39	2.9	39	79	7	101	20	23	27	27	1.99
32902212--32902259	23	2.1	23	81	14	55	41	16	12	29	1.85
32902348--32902447	27	3.7	27	91	1	157	33	18	19	30	1.95
32905211--32905348	43	3.2	44	76	11	135	31	23	18	26	1.97
32905203--32905304	42	2.4	43	81	4	127	31	24	18	25	1.98
32906921--32907224	40	7.6	40	93	1	468	26	27	20	24	1.99
32906921--32907263	80	4.3	79	89	3	440	27	27	20	24	1.99
32906921--32907263	120	2.9	118	86	3	456	27	27	20	24	1.99
32914354--32914657	40	7.6	40	93	1	468	26	27	20	24	1.99
32914354--32914696	80	4.3	79	89	3	440	27	27	20	24	1.99
32914354--32914696	120	2.9	118	86	3	456	27	27	20	24	1.99
32918235--32918357	6	20.2	6	78	15	128	49	15	15	19	1.79
32918235--32918315	31	2.7	31	85	11	123	50	14	16	18	1.78
32918246--32918357	43	2.6	43	88	5	156	49	16	15	19	1.80
32918301--32918377	31	2.5	31	93	2	127	49	16	14	19	1.80
32918518--32918619	27	3.8	27	79	5	89	37	19	21	21	1.95
32919269--32919571	27	11.3	27	88	0	401	24	20	20	34	1.96
32919609--32919950	27	12.7	26	78	7	263	31	8	20	39	1.83
32919689--32919957	108	2.5	108	91	0	421	31	7	21	39	1.81
32919689--32919950	54	4.8	54	88	0	371	30	7	20	40	1.81
32919675--32919950	27	10.2	27	84	0	329	31	8	19	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32922185--32922292	37	2.9	37	88	0	162	28	30	17	23	1.97
32922500--32922646	47	3.1	47	89	0	213	27	29	10	32	1.90
32922546--32922621	22	3.3	22	65	28	59	25	31	13	30	1.93
32927196--32927225	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
32929728--32929899	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
32929721--32929896	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
32933468--32933645	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
32933469--32933624	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
32933465--32933645	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
32935063--32935200	43	3.2	43	85	5	154	26	21	28	24	1.99
32935090--32935217	43	3.0	43	87	2	179	25	21	30	22	1.99
32943642--32943767	56	2.3	55	88	1	189	30	30	17	20	1.96
32943923--32944022	43	2.3	43	89	0	146	35	33	21	11	1.88
32944011--32944131	40	3.0	40	87	0	170	28	28	22	20	1.99
32952335--32952889	43	13.0	43	84	3	654	26	15	26	31	1.96
32955662--32955722	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
32957230--32957595	47	7.7	47	95	2	633	30	29	8	31	1.87
32957430--32957510	22	3.5	23	66	11	67	30	28	9	30	1.89
32957408--32957488	25	3.4	24	65	11	67	33	27	4	34	1.78
32964105--32964206	30	3.4	30	89	6	152	49	12	16	21	1.79
32964105--32964181	6	12.8	6	77	15	79	51	11	15	20	1.74
32964324--32964396	27	2.8	26	83	8	85	35	21	24	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32964709--32964788	27	3.0	26	88	3	106	37	20	21	21	1.94
32964987--32965181	27	7.3	27	83	1	212	26	18	17	36	1.94
32964990--32965181	81	2.4	80	84	0	249	27	19	17	36	1.94
32965186--32965516	27	12.3	27	87	2	468	40	10	22	26	1.86
32966407--32966592	56	3.3	56	98	0	354	26	15	24	33	1.95
32971308--32971337	16	1.9	15	93	6	51	60	13	13	13	1.60
32974693--32974846	27	5.7	27	77	3	69	40	17	15	25	1.89
32974732--32974847	27	4.3	26	80	7	108	43	18	15	21	1.87
32974882--32974931	23	2.2	23	86	13	68	26	14	18	42	1.87
32975189--32975247	18	3.3	18	72	9	57	25	20	13	40	1.89
32977594--32977691	42	2.3	43	79	10	103	34	23	15	26	1.94
32991297--32991395	42	2.3	42	84	5	128	33	24	17	25	1.96
32991276--32991399	43	2.9	44	82	9	141	32	26	17	23	1.97
32993631--32993704	31	2.4	30	77	16	80	18	16	9	55	1.67
32994117--32994153	19	1.9	20	88	5	58	62	8	5	24	1.44
32996535--32996598	25	2.6	25	82	5	85	68	3	9	18	1.30
32998252--32998286	12	2.8	12	91	4	52	17	22	0	60	1.37
32998691--32998737	16	2.9	17	79	20	55	80	4	4	10	0.98
33002347--33002381	12	2.8	12	91	4	52	17	22	0	60	1.37
33005105--33005137	16	2.1	16	100	0	66	57	18	12	12	1.64
33006095--33006142	21	2.3	21	85	7	62	31	54	2	12	1.49
33007864--33007971	26	4.2	26	95	0	189	37	25	6	31	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33016433--33016798	40	9.2	40	91	0	583	28	26	21	23	1.99
33018617--33018943	175	1.9	175	88	1	505	29	14	24	30	1.95
33021424--33021451	13	2.2	13	100	0	56	57	14	0	28	1.38
33026996--33027441	40	11.2	40	94	0	743	29	26	21	22	1.99
33028857--33028884	13	2.2	13	100	0	56	57	14	0	28	1.38
33042204--33042283	15	5.4	15	77	7	83	10	16	13	60	1.59
33042195--33042282	30	3.0	30	80	8	90	10	15	15	57	1.64
33051713--33051889	40	4.5	40	87	4	227	23	27	24	24	2.00
33063115--33063288	46	3.8	46	78	14	196	29	29	20	21	1.98
33063166--33063309	47	3.1	46	74	18	131	29	27	19	23	1.98
33070688--33070859	93	1.8	93	92	2	292	29	29	20	21	1.98
33070681--33070853	46	3.7	47	78	13	196	30	29	19	21	1.97
33070684--33070875	46	4.2	46	72	15	146	29	28	19	22	1.98
33075956--33076036	40	2.0	40	100	0	162	40	14	22	22	1.90
33078883--33079027	40	3.6	41	84	6	188	22	24	25	26	2.00
33086891--33087035	40	3.6	39	85	4	164	24	26	23	26	2.00
33089642--33089774	29	4.7	29	80	6	146	32	30	15	21	1.94
33089642--33089774	57	2.3	57	83	5	144	32	30	15	21	1.94
33089780--33090168	40	9.8	40	92	1	613	28	31	21	19	1.97
33091454--33091556	37	2.8	37	93	0	179	25	32	19	23	1.98
33091729--33091989	48	5.4	48	93	0	423	29	27	8	34	1.86
33098840--33098988	40	3.8	40	84	2	176	24	18	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33108134--33108158	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
33109297--33109381	41	2.1	41	95	0	152	31	15	22	30	1.95
33109338--33109581	56	4.4	56	85	3	303	30	13	20	34	1.92
33109349--33109612	112	2.4	112	82	7	270	29	14	21	34	1.93
33118464--33118502	10	3.8	10	93	6	69	30	17	17	33	1.94
33118464--33118503	21	1.9	21	100	0	80	30	17	17	35	1.93
33118543--33118593	25	2.0	25	84	0	66	27	17	23	31	1.97
33124474--33124513	10	3.9	10	93	6	71	30	20	17	32	1.95
33124474--33124514	21	2.0	21	100	0	82	29	19	17	34	1.94
33124554--33124604	25	2.0	25	92	0	84	27	17	23	31	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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