genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.185.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  185  of  373  ( 44737 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62156883--62157044	81	2.0	81	87	0	234	33	13	17	35	1.89
62157026--62157067	3	14.3	3	80	5	50	33	2	2	61	1.21
62162856--62162920	32	2.0	32	100	0	130	35	18	9	36	1.83
62171056--62171107	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
62178140--62178281	67	2.1	67	85	5	185	31	22	27	18	1.97
62178211--62178262	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
62178516--62178547	8	4.0	8	95	0	55	9	40	25	25	1.85
62185239--62185442	39	5.2	39	88	0	300	28	25	20	25	1.99
62193040--62193185	39	3.7	39	94	0	247	28	26	19	26	1.99
62204221--62204391	46	3.7	46	75	4	173	29	26	19	23	1.98
62204222--62204392	93	1.8	93	88	0	261	29	27	19	22	1.98
62211215--62211299	43	2.0	43	81	9	102	28	28	17	25	1.98
62216366--62216709	40	8.6	40	92	1	530	23	27	20	28	1.99
62224871--62225041	39	4.3	40	86	3	204	26	28	19	25	1.99
62224871--62225084	79	2.7	79	78	6	218	26	28	19	25	1.99
62225026--62225103	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
62232039--62232263	40	5.7	40	81	6	197	27	27	20	25	1.99
62232195--62232272	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
62234235--62234579	40	8.6	40	91	1	548	24	28	20	27	1.99
62237121--62237179	25	2.4	24	83	13	75	27	22	20	30	1.98
62237132--62237203	24	2.9	24	83	6	81	26	20	25	27	1.99
62237250--62237297	11	4.6	11	80	12	57	33	18	12	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62241056--62241112	23	2.5	22	81	13	62	33	19	3	43	1.68
62241383--62241541	42	3.6	42	86	7	194	28	26	15	30	1.96
62241453--62241709	48	5.2	49	75	12	199	31	26	12	29	1.93
62243336--62243858	261	2.0	264	93	1	910	37	17	8	36	1.79
62249585--62249645	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
62250888--62251062	50	3.5	49	87	3	244	26	16	26	30	1.97
62250888--62251071	99	1.9	100	88	1	280	26	16	25	30	1.97
62251161--62251212	25	2.0	26	81	11	61	40	1	21	36	1.64
62262743--62262843	39	2.6	39	82	3	123	23	24	26	24	2.00
62270519--62270608	29	3.1	29	88	1	128	30	26	13	30	1.94
62276084--62276113	15	2.0	15	93	0	51	20	23	6	50	1.71
62286289--62286455	46	3.6	46	77	13	198	30	30	18	20	1.96
62299551--62299728	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
62299552--62299707	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
62299548--62299728	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
62303029--62303198	46	3.7	46	76	12	127	24	30	18	27	1.98
62308784--62308820	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
62309378--62309553	46	3.8	46	76	12	189	20	20	29	29	1.98
62309375--62309545	93	1.8	93	91	0	279	20	21	29	28	1.98
62312206--62312366	46	3.6	45	80	8	175	27	20	29	22	1.99
62312203--62312409	46	4.6	44	79	12	154	26	20	29	23	1.99
62315176--62315212	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62315767--62315891	47	2.7	47	85	10	152	19	22	31	27	1.98
62319483--62319897	95	4.4	96	76	15	352	24	29	19	26	1.98
62319484--62319754	48	5.7	47	76	14	229	25	30	18	25	1.98
62319483--62319846	46	7.7	47	74	14	259	25	30	18	26	1.98
62337771--62338097	81	4.0	81	86	4	381	38	18	8	34	1.82
62337783--62338122	27	12.6	26	80	6	302	39	18	8	32	1.82
62338126--62338177	27	1.9	27	84	0	68	36	25	9	28	1.87
62338168--62338325	27	5.9	28	78	11	136	33	18	21	25	1.97
62338162--62338329	54	3.1	54	73	15	159	33	19	20	26	1.96
62338759--62338820	22	2.9	21	80	7	70	20	22	22	33	1.97
62338979--62339080	27	3.8	27	80	5	98	19	21	21	37	1.95
62339217--62339336	6	19.3	6	69	19	77	19	18	14	48	1.81
62339217--62339332	31	3.7	31	86	5	144	18	18	13	48	1.81
62341275--62341509	27	8.7	27	86	0	290	40	19	6	34	1.78
62341275--62341587	81	3.9	81	83	3	335	39	19	7	33	1.81
62341275--62341587	27	11.6	26	81	4	284	39	19	7	33	1.81
62341275--62341509	54	4.3	54	92	0	362	40	19	6	34	1.78
62341627--62341793	27	6.2	27	83	7	164	33	19	20	25	1.97
62349242--62349281	18	2.2	18	95	0	71	25	32	10	32	1.89
62350012--62350036	13	1.9	13	100	0	50	88	4	8	0	0.64
62351115--62351337	39	5.7	40	85	8	266	25	22	27	24	2.00
62351115--62351337	79	2.8	81	84	9	282	25	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62351115--62351370	79	3.3	79	81	10	217	26	21	27	24	1.99
62367730--62367974	39	6.2	40	82	7	245	25	28	22	23	1.99
62367746--62367975	79	2.9	76	81	8	255	25	28	22	23	1.99
62367753--62367973	118	1.9	118	84	5	304	25	28	22	23	1.99
62371774--62372041	50	5.5	50	79	10	234	24	27	17	30	1.97
62371855--62372026	95	1.8	94	84	3	238	26	29	17	27	1.98
62372379--62372485	55	1.9	55	90	0	169	32	28	14	23	1.95
62373357--62373522	48	3.6	47	83	7	164	24	30	19	25	1.98
62373398--62373527	48	2.8	46	86	6	181	23	30	20	24	1.99
62377922--62377952	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
62378041--62378139	28	3.5	27	80	12	101	52	9	9	29	1.64
62378091--62378147	28	2.0	28	96	0	105	50	12	10	26	1.72
62378908--62378977	27	2.6	27	81	2	77	44	4	8	42	1.54
62381836--62381998	60	2.7	60	82	9	179	27	23	21	26	1.99
62384815--62384886	34	2.1	35	82	7	85	22	23	9	44	1.82
62385881--62386014	60	2.2	63	80	9	161	28	26	18	26	1.98
62386036--62386081	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
62386566--62386610	19	2.4	19	100	0	90	17	33	17	31	1.94
62386585--62386637	27	2.0	27	92	0	88	15	35	18	30	1.92
62390697--62390726	12	2.5	12	100	0	60	0	43	26	30	1.55
62396860--62396914	27	2.1	27	93	3	94	56	0	18	25	1.42
62398146--62398231	43	2.0	43	88	4	129	52	1	22	24	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62399096--62399338	116	2.1	116	86	4	339	24	27	29	18	1.98
62401564--62401693	47	2.8	47	85	0	188	35	26	16	22	1.94
62410746--62410910	43	3.8	43	78	7	183	32	26	18	21	1.97
62410748--62410910	86	1.9	85	83	8	215	32	26	19	21	1.97
62413456--62413576	48	2.5	47	86	1	170	27	25	20	26	1.99
62413456--62413648	48	4.1	47	70	15	150	29	25	19	25	1.98
62420667--62420844	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
62420668--62420823	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
62420664--62420844	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
62423934--62424158	40	5.7	40	82	6	233	24	27	21	25	1.99
62426701--62426737	3	12.3	3	88	0	56	62	0	2	35	1.10
62426769--62426802	17	2.0	17	88	0	50	76	2	5	14	1.09
62427935--62428020	43	2.0	43	88	4	129	53	1	22	23	1.53
62427962--62428005	15	2.8	17	74	19	51	54	0	22	22	1.45
62430373--62430447	19	3.9	19	94	0	132	12	28	36	24	1.91
62430369--62430456	38	2.3	38	96	0	158	12	29	34	23	1.92
62439580--62439630	25	2.0	25	92	0	84	31	29	19	19	1.97
62439585--62439664	25	3.2	25	78	8	74	35	18	23	22	1.96
62439949--62439978	15	1.9	16	93	6	53	43	23	0	33	1.54
62444083--62444265	39	4.7	40	87	8	236	25	22	27	24	2.00
62447490--62447661	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
62447492--62447714	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62447490--62447714	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
62447646--62447723	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
62462987--62463043	27	2.1	27	83	0	69	38	14	19	28	1.90
62464993--62465017	13	1.9	13	100	0	50	24	16	36	24	1.94
62465526--62465590	28	2.3	28	92	5	105	33	29	7	29	1.85
62465696--62465796	28	3.6	28	78	4	105	20	24	19	34	1.96
62465696--62465785	27	3.2	28	76	7	85	20	23	21	35	1.96
62474690--62474925	28	8.6	28	90	2	318	25	14	29	30	1.95
62474669--62474924	55	4.6	56	92	1	340	24	14	29	31	1.95
62474690--62474924	83	2.9	83	91	1	339	25	14	28	30	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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