Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   

This is table  22  of  373  ( 44737 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6284955--6286622
832
2.0
832
97
0
3185
32
17
19
30
1.95
6286989--6287019
16
1.9
16
93
0
53
22
0
3
74
0.96
6287003--6287040
20
2.0
20
89
5
60
26
7
2
63
1.35
6290909--6291067
30
5.3
30
97
0
282
25
50
6
18
1.70
6291543--6291754
25
8.6
25
69
15
93
33
6
4
56
1.44
6291821--6291876
25
2.3
24
79
14
62
37
16
3
42
1.65
6302700--6302738
12
3.3
12
85
3
53
84
0
15
0
0.62
6302702--6302738
19
1.9
19
94
0
65
83
0
16
0
0.64
6303723--6303768
13
3.5
13
82
8
58
17
10
2
69
1.27
6303635--6303933
100
3.0
101
88
2
417
24
17
17
40
1.90
6303939--6304480
76
7.3
73
85
6
669
30
15
19
34
1.93
6303939--6304446
148
3.4
148
91
1
757
31
15
19
33
1.93
6304551--6304583
14
2.4
14
94
0
57
18
12
6
63
1.48
6304386--6304939
87
6.0
89
75
10
379
28
15
16
38
1.90
6304386--6304739
182
2.0
179
82
6
428
29
16
17
36
1.92
6304386--6304741
90
3.9
92
80
8
358
28
16
17
36
1.92
6304648--6304841
102
1.9
103
84
4
266
28
15
15
40
1.88
6304779--6304984
87
2.4
87
81
4
227
30
13
18
37
1.89
6305630--6305683
18
3.3
18
66
28
57
22
50
7
20
1.73
6305620--6305718
30
3.3
30
92
2
155
26
51
5
17
1.65
6306261--6306331
25
2.8
26
80
6
92
36
5
2
54
1.38
6306275--6306336
15
4.1
14
76
19
54
35
3
1
59
1.23
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6306282--6306384
31
3.6
30
74
14
83
32
4
4
58
1.40
6306352--6306414
25
2.5
24
84
7
72
30
4
6
58
1.43
6306475--6306530
25
2.3
24
79
14
62
37
16
3
42
1.65
6313455--6313506
24
2.1
26
85
7
72
55
11
3
28
1.53
6316880--6316930
19
3.2
15
73
21
50
43
0
1
54
1.11
6316963--6316999
16
2.3
16
86
13
58
40
0
0
59
0.97
6317011--6317052
20
2.0
22
86
9
61
54
0
0
45
0.99
6320981--6321011
5
6.4
5
92
7
55
80
0
0
19
0.71
6321421--6321485
26
2.6
25
73
22
64
49
3
10
36
1.53
6321518--6321580
3
21.0
3
76
20
53
63
1
3
31
1.19
6322590--6322679
46
2.0
46
95
0
162
6
11
38
43
1.67
6322959--6323048
44
2.0
44
80
0
99
27
25
18
27
1.98
6323318--6323648
44
7.6
45
74
10
223
26
21
21
30
1.98
6335729--6335759
5
6.4
5
92
7
55
80
0
0
19
0.71
6335689--6335759
15
4.9
14
69
14
54
73
4
2
19
1.13
6336168--6336232
26
2.6
25
73
22
64
49
3
10
36
1.53
6337263--6337303
20
2.0
20
86
9
57
12
9
60
17
1.57
6337333--6337422
46
2.0
46
95
0
162
6
11
38
43
1.67
6341363--6341387
12
2.1
12
100
0
50
8
16
32
44
1.76
6343870--6343911
21
2.0
22
85
4
59
57
4
9
28
1.51
6356773--6356813
21
2.0
21
90
0
64
29
21
29
19
1.98
6360816--6360853
19
2.1
19
90
9
62
76
0
23
0
0.79
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6363539--6363599
16
3.9
15
89
2
77
50
37
3
8
1.48
6363539--6363599
31
2.0
31
83
6
79
50
37
3
8
1.48
6363574--6363614
15
2.5
17
84
7
50
48
43
4
2
1.37
6363683--6363792
13
9.4
13
71
22
100
38
52
0
9
1.33
6363696--6363784
22
4.0
22
95
0
160
37
53
0
8
1.32
6363677--6363802
35
3.3
35
78
19
146
37
53
0
9
1.34
6363683--6363803
44
2.7
44
78
10
145
38
52
0
9
1.35
6364508--6364547
19
2.2
19
86
8
57
22
15
5
57
1.57
6375992--6376662
206
3.3
206
93
1
1141
29
18
23
28
1.98
6376983--6377028
15
3.0
15
80
3
56
50
39
6
4
1.48
6377003--6377043
15
2.5
17
84
7
50
48
43
4
2
1.37
6377112--6377204
13
7.8
13
73
18
94
37
52
0
9
1.34
6377125--6377191
22
3.0
22
93
0
116
37
53
0
8
1.32
6377106--6377215
35
3.1
36
86
2
125
35
53
0
10
1.36
6384883--6385031
31
4.8
31
89
0
217
26
18
28
26
1.98
6385050--6385262
47
4.6
47
80
10
190
28
14
27
30
1.95
6385053--6385306
42
5.6
48
83
8
209
29
13
26
30
1.94
6385053--6385271
91
2.4
93
81
7
234
28
13
26
31
1.94
6386744--6386783
13
3.2
13
82
3
55
37
12
2
47
1.55
6387245--6387285
20
2.1
20
90
4
66
14
21
19
43
1.87
6392832--6392873
18
2.3
18
83
0
57
59
4
0
35
1.19
6393267--6393298
14
2.3
14
94
0
55
31
3
0
65
1.08
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6393857--6393889
17
1.9
17
88
11
50
45
3
9
42
1.51
6397605--6397668
31
2.1
31
85
2
85
48
3
10
37
1.54
6398340--6398373
11
3.0
11
87
8
50
67
0
0
32
0.91
6398355--6398402
11
4.5
11
78
5
53
50
0
0
50
1.00
6405169--6405218
20
2.5
20
83
3
64
34
2
2
62
1.18
6410111--6410156
19
2.3
21
85
7
60
30
10
10
47
1.73
6413960--6413995
14
2.5
15
90
4
56
44
0
13
41
1.44
6414128--6414242
43
2.8
41
74
9
117
22
19
27
30
1.98
6415554--6415598
11
3.9
11
80
11
54
35
0
2
62
1.08
6416834--6416877
22
2.0
22
100
0
88
50
13
13
22
1.77
6417745--6417961
46
4.7
46
88
1
292
40
14
23
21
1.90
6418889--6418944
22
2.5
21
81
16
60
37
0
19
42
1.52
6419765--6419869
36
2.9
36
86
0
138
23
8
22
44
1.80
6420251--6420303
26
2.0
26
100
0
106
18
11
26
43
1.84
6428439--6428492
27
2.0
27
100
0
108
37
14
22
25
1.93
6428441--6428498
27
2.1
27
93
0
98
37
17
18
25
1.93
6428453--6428616
81
2.0
81
98
0
319
41
17
12
28
1.86
6435642--6435677
18
1.9
19
88
5
56
25
22
0
52
1.47
6435647--6435685
18
2.2
18
85
0
51
23
25
0
51
1.49
6438525--6438603
39
2.0
39
97
0
149
7
35
12
44
1.71
6440664--6440725
6
10.3
6
79
6
63
75
1
6
16
1.08
6440663--6440725
24
2.7
23
80
7
72
74
1
6
17
1.10
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6442276--6442317
22
2.0
21
86
13
61
61
4
11
21
1.48
6448183--6448257
39
1.9
39
97
0
141
9
30
14
45
1.77
6449001--6449169
48
3.5
50
80
6
197
28
19
28
23
1.98
6449039--6449218
98
1.8
98
82
7
231
28
17
29
23
1.97
6453436--6453500
19
3.3
19
73
12
60
73
3
4
18
1.13
6473444--6473710
131
2.0
131
81
1
311
28
17
16
37
1.92
6478746--6478827
38
2.2
37
95
4
148
59
7
4
28
1.45
6483055--6483095
21
2.0
21
90
4
66
46
2
0
51
1.14
6490114--6490195
32
2.6
30
84
11
94
41
4
6
47
1.50
6490444--6490483
20
2.0
20
90
0
62
65
0
32
2
1.06
6491377--6491404
5
5.6
5
100
0
56
82
0
0
17
0.68
6492366--6492420
20
2.8
20
86
10
78
56
5
5
32
1.45
6492360--6492499
74
1.9
74
82
5
176
57
2
5
35
1.35
6492527--6492589
24
2.6
24
83
11
76
52
4
4
38
1.44
6492639--6492692
22
2.5
20
77
13
54
53
7
3
35
1.47
6494535--6494730
77
2.6
75
82
8
245
31
22
18
27
1.97
6494543--6494971
75
5.5
75
79
13
331
33
20
17
28
1.95
6494659--6494817
87
1.8
86
87
2
239
35
18
16
28
1.93
6494543--6494967
161
2.7
151
80
11
502
32
20
17
29
1.95
6494542--6494971
237
1.8
237
89
3
686
33
20
17
28
1.95
6503262--6503303
22
1.9
22
90
0
66
50
4
19
26
1.67
6507257--6507310
20
2.7
20
83
11
65
55
9
5
29
1.54
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6507267--6507310
21
2.1
21
87
4
63
52
9
6
31
1.59
6507246--6507337
47
2.0
46
87
6
132
55
6
4
33
1.45
6507299--6507481
24
6.6
27
68
22
105
57
3
4
33
1.36
6507230--6507386
27
6.2
26
71
17
116
57
5
4
33
1.41
6507322--6507386
13
4.8
13
74
12
51
66
3
3
27
1.22
6507342--6507469
64
2.0
64
80
11
147
58
2
5
33
1.34
6507355--6507440
35
2.3
34
81
15
91
59
2
4
33
1.31
6507420--6507487
11
6.0
11
71
6
55
52
5
4
36
1.46
6507529--6507575
21
2.2
21
80
0
58
57
4
2
36
1.30
6510459--6510503
23
2.0
23
100
0
90
28
8
13
48
1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373