genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          369   370   371   372   373   

This is table  88  of  373  ( 44737 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28002189--28002584	49	7.9	50	80	2	447	26	18	25	29	1.98
28002189--28002590	150	2.7	150	93	0	705	26	18	25	29	1.98
28013260--28013293	15	2.3	15	100	0	68	58	23	11	5	1.55
28017624--28017672	25	2.0	25	100	0	98	55	8	8	28	1.58
28018488--28018569	14	5.9	14	69	8	51	25	20	32	20	1.97
28018590--28018640	21	2.4	21	80	3	57	25	13	31	29	1.94
28019205--28019261	24	2.3	25	82	8	73	56	3	0	40	1.17
28023329--28023382	26	2.1	26	96	0	99	31	20	31	16	1.95
28024360--28024420	30	2.0	30	83	0	77	39	6	24	29	1.80
28031207--28031236	15	2.0	15	100	0	60	33	6	20	40	1.78
28033690--28033818	50	2.5	51	91	5	208	35	17	22	24	1.95
28033794--28033942	31	4.8	31	88	0	217	27	18	26	26	1.98
28033959--28034082	47	2.7	47	88	1	169	29	16	25	29	1.96
28034054--28034168	42	2.7	43	85	4	144	33	13	25	28	1.93
28038459--28038556	42	2.3	42	83	1	124	35	22	14	27	1.93
28038434--28038559	43	3.0	42	77	10	130	34	23	15	26	1.94
28038459--28038584	42	2.9	42	80	8	103	35	24	14	25	1.93
28040174--28040305	61	2.2	61	95	0	237	15	9	40	33	1.81
28048104--28048366	39	6.7	40	86	6	326	25	22	26	25	2.00
28069061--28069117	28	2.0	28	100	0	114	40	14	17	28	1.88
28075939--28076123	40	4.7	40	82	7	171	25	27	21	24	1.99
28075939--28076123	79	2.3	82	83	9	231	25	27	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28079690--28079951	39	6.6	39	88	4	316	25	27	21	25	2.00
28087618--28087837	40	5.7	40	83	10	260	25	27	21	25	1.99
28087618--28087837	75	2.8	79	83	8	263	25	27	21	25	1.99
28109751--28109911	38	4.2	38	80	12	170	21	22	24	30	1.99
28109735--28109911	76	2.3	76	83	8	216	22	22	24	29	1.99
28118752--28118972	40	5.6	40	86	4	297	25	28	23	23	2.00
28121397--28121525	38	3.4	38	88	4	179	20	21	24	32	1.98
28121368--28121545	76	2.3	77	84	5	225	22	23	25	29	1.99
28123208--28123711	47	10.6	47	92	3	783	29	28	7	33	1.86
28123258--28123336	25	3.3	24	66	16	65	31	30	5	32	1.79
28129084--28129122	14	2.9	14	82	17	55	53	2	5	38	1.37
28136621--28136701	39	2.1	39	83	2	101	49	11	9	29	1.70
28137030--28137084	25	2.2	25	77	6	58	10	9	29	50	1.68
28147347--28147414	24	2.8	24	84	2	91	30	22	22	25	1.99
28148198--28148260	30	2.1	30	100	0	126	31	9	19	39	1.83
28159411--28159591	40	4.6	40	89	2	258	25	25	23	25	2.00
28167595--28167735	40	3.5	40	90	2	205	26	26	22	24	2.00
28174090--28174132	22	2.0	22	90	0	68	30	13	37	18	1.90
28175848--28176064	79	2.7	79	84	7	278	25	27	22	24	2.00
28175848--28176068	40	5.6	40	87	6	274	24	28	22	24	2.00
28183918--28184141	40	5.7	40	84	6	262	25	27	22	24	2.00
28183918--28184138	118	1.9	120	82	9	283	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28189245--28189301	29	2.0	29	82	6	71	31	12	24	31	1.92
28189654--28189850	46	4.2	46	76	14	165	27	18	29	24	1.98
28205646--28205814	46	3.6	48	80	13	183	28	18	30	22	1.98
28205698--28205857	46	3.4	47	83	5	184	26	18	31	23	1.97
28209174--28209198	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
28209411--28209439	15	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
28209847--28209871	12	2.1	12	100	0	50	76	0	0	24	0.80
28211948--28211992	17	2.6	17	80	13	56	68	0	0	31	0.89
28211950--28211992	18	2.5	18	81	11	54	69	0	0	30	0.88
28218121--28218149	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
28221767--28221890	63	2.0	63	90	0	194	24	14	8	52	1.70
28222344--28222386	18	2.4	18	96	0	77	46	2	0	51	1.13
28222429--28222496	14	4.9	14	70	20	52	60	7	0	32	1.24
28222425--28222502	18	4.0	18	75	18	75	60	7	0	32	1.25
28225007--28225054	6	8.0	6	95	0	87	35	0	64	0	0.94
28225262--28225304	15	2.9	15	96	3	79	32	0	11	55	1.36
28238294--28238391	35	2.8	35	84	0	133	42	18	9	29	1.81
28242902--28242985	43	2.0	43	92	0	141	27	32	19	21	1.97
28243587--28243612	8	3.2	8	100	0	52	26	26	0	46	1.53
28244323--28244374	21	2.4	22	83	3	61	21	9	23	46	1.80
28248731--28249011	39	7.2	39	91	0	445	22	28	23	24	1.99
28248731--28249011	117	2.4	117	95	0	508	22	28	23	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28264848--28264913	31	2.2	30	88	2	96	34	22	16	25	1.95
28264879--28265019	44	3.2	44	88	4	198	30	26	19	24	1.98
28268361--28268470	43	2.6	42	80	5	141	30	18	23	27	1.97
28273084--28273155	34	2.1	34	82	5	83	29	20	16	33	1.95
28278025--28278211	100	1.9	100	87	2	277	35	11	13	39	1.81
28277950--28278222	50	5.5	50	78	8	250	33	11	16	38	1.85
28279253--28279287	14	2.5	14	100	0	70	25	5	14	54	1.62
28285559--28285771	50	4.3	50	79	4	196	30	11	18	38	1.86
28300420--28300477	25	2.2	27	75	6	66	36	3	1	58	1.25
28300422--28300479	26	2.2	27	81	9	66	34	3	1	60	1.24
28309948--28310117	43	4.0	43	79	6	200	24	18	27	30	1.98
28324762--28324877	39	3.0	39	94	0	205	22	21	29	26	1.99
28324762--28324925	39	4.2	38	83	7	179	21	22	28	26	1.99
28324762--28324905	78	1.8	78	85	5	202	22	22	28	26	1.99
28324762--28324925	78	2.1	78	83	7	201	21	22	28	26	1.99
28326760--28326791	16	1.9	17	93	6	57	43	15	9	31	1.78
28326946--28327107	84	1.9	84	81	5	193	27	24	16	31	1.96
28345422--28345646	40	5.6	39	86	7	299	24	28	24	22	1.99
28345422--28345646	83	2.8	80	88	4	353	24	28	24	22	1.99
28347744--28347774	16	1.9	16	93	0	53	45	16	22	16	1.85
28347995--28348052	29	2.0	28	83	9	73	24	13	32	29	1.94
28349293--28349326	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28354393--28354584	47	4.1	47	92	0	285	31	13	30	25	1.93
28354558--28354703	46	3.1	46	85	2	184	33	8	30	28	1.86
28359975--28360126	27	5.6	27	92	3	232	27	13	28	30	1.94
28359975--28360126	55	2.8	55	92	0	241	27	13	28	30	1.94
28376801--28377012	40	5.3	40	85	3	214	24	20	26	29	1.99
28382499--28382577	32	2.4	33	87	6	108	27	22	24	25	2.00
28420334--28420394	27	2.3	27	81	13	72	31	3	3	62	1.27
28425221--28425351	65	2.0	65	100	0	262	41	18	15	24	1.88
28427500--28427685	68	2.8	66	79	10	202	26	27	15	30	1.96
28443505--28443551	21	2.2	22	88	3	69	23	19	36	21	1.95
28446034--28446072	20	2.0	20	84	0	51	33	7	25	33	1.84
28447949--28448166	40	5.5	40	85	7	268	26	21	27	25	1.99
28448018--28448201	80	2.3	80	82	5	205	27	21	26	25	2.00
28455913--28456133	40	5.6	39	85	7	261	25	21	27	25	2.00
28455913--28456133	39	5.6	40	84	9	235	25	21	27	25	2.00
28455913--28456133	78	2.8	80	84	6	281	25	21	27	25	2.00
28455913--28456168	79	3.3	79	80	8	204	26	21	27	25	1.99
28457472--28457512	10	4.3	10	75	12	50	12	2	9	75	1.13
28457506--28457547	17	2.4	18	80	11	52	23	4	2	69	1.20
28459222--28459268	6	7.7	6	84	13	51	21	0	10	68	1.20
28459222--28459268	11	3.8	12	78	15	51	21	0	10	68	1.20
28459214--28459272	31	2.0	30	83	6	75	22	1	10	66	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28461098--28461149	26	2.0	26	100	0	104	46	3	26	23	1.69
28462481--28462580	27	3.7	27	76	5	103	31	24	13	32	1.93
28467388--28467565	84	2.1	84	91	0	284	39	7	17	35	1.79
28469944--28470184	50	4.8	50	84	1	268	21	28	22	27	1.99
28471276--28471302	12	2.2	12	100	0	54	37	18	14	29	1.91
28488750--28488875	37	3.3	38	90	6	186	24	21	28	25	1.99
28488750--28488908	76	2.1	76	82	6	189	26	20	27	25	1.99
28496593--28496777	79	2.3	80	81	10	209	24	23	27	24	2.00
28496593--28496777	40	4.7	40	80	9	200	24	23	27	24	2.00
28496645--28496810	79	2.1	79	78	6	176	25	21	27	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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