genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.172.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  172  of  373  ( 44737 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57741179--57741367	23	8.2	23	85	4	206	30	25	21	22	1.99
57744643--57744678	18	2.0	18	100	0	72	33	11	16	38	1.84
57758086--57758149	28	2.3	28	88	0	92	17	17	39	26	1.91
57761941--57762076	37	3.6	38	92	5	224	25	30	18	25	1.98
57762228--57762386	43	3.8	42	81	14	156	33	28	6	31	1.82
57768041--57768116	27	2.8	27	80	7	100	44	23	6	25	1.77
57773757--57774062	55	5.6	54	82	5	348	36	17	24	22	1.95
57773765--57774062	109	2.7	109	93	1	492	35	17	24	22	1.95
57779600--57780028	27	16.2	27	82	6	511	27	23	9	40	1.86
57779855--57779896	19	2.2	19	100	0	84	16	26	9	47	1.77
57779801--57779950	73	2.1	73	92	0	246	24	23	9	42	1.83
57779863--57779905	19	2.3	19	87	0	59	23	27	9	39	1.85
57779828--57779921	46	2.0	46	91	0	152	22	24	9	43	1.83
57779774--57779970	100	2.0	100	87	2	288	25	23	9	41	1.84
57780033--57780200	27	6.2	27	81	2	178	36	17	20	26	1.94
57780041--57780202	54	3.0	54	88	1	227	36	17	20	25	1.94
57780032--57780199	81	2.1	81	80	4	196	36	16	20	26	1.93
57780404--57780509	27	4.0	26	90	3	140	21	19	20	37	1.94
57780404--57780509	54	2.0	54	88	5	162	21	19	20	37	1.94
57780597--57780655	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
57780820--57780893	27	2.8	27	83	6	80	17	24	22	35	1.95
57781011--57781112	6	16.8	6	77	17	104	19	17	13	49	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57781011--57781112	30	3.4	30	90	6	161	19	17	13	49	1.80
57782714--57782761	24	2.0	24	95	0	87	27	31	12	29	1.93
57792235--57792312	38	2.1	38	92	0	129	35	17	5	41	1.72
57793312--57793411	50	2.0	50	100	0	200	32	28	8	32	1.86
57797040--57798009	503	1.9	505	84	5	1308	30	27	16	26	1.96
57798290--57798384	29	3.3	29	88	1	129	31	28	12	27	1.93
57801311--57801370	27	2.3	26	82	2	66	38	20	20	21	1.94
57802405--57802507	37	2.8	37	93	0	179	27	32	18	22	1.97
57802677--57803034	48	7.5	48	96	0	635	29	28	7	34	1.85
57806699--57806768	25	2.7	25	84	6	79	25	25	24	24	2.00
57807696--57807803	27	3.9	27	74	13	85	33	7	17	41	1.77
57807760--57807909	27	5.6	26	81	6	149	28	8	20	42	1.82
57807787--57807909	54	2.3	54	87	2	176	29	8	20	41	1.82
57807760--57807942	54	3.4	54	80	3	154	29	10	19	39	1.86
57807760--57807942	81	2.3	81	82	7	203	29	10	19	39	1.86
57807760--57807949	27	7.0	27	75	11	122	28	11	21	38	1.87
57807941--57808057	27	4.3	27	82	4	128	38	9	23	28	1.86
57807941--57808057	54	2.2	54	84	3	146	38	9	23	28	1.86
57809189--57809242	27	2.0	27	86	10	76	35	22	20	22	1.96
57809244--57809412	27	6.3	26	83	7	180	26	19	18	35	1.95
57809245--57809412	53	3.2	53	84	6	214	26	19	17	35	1.94
57809244--57809412	80	2.1	80	87	4	243	26	19	18	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57816447--57816499	25	2.2	24	86	3	70	43	18	20	16	1.88
57826839--57827007	47	3.6	47	97	0	311	36	13	24	25	1.92
57826980--57827154	54	3.2	54	82	5	219	36	14	24	24	1.93
57826994--57827179	55	3.4	54	80	5	196	35	17	24	22	1.95
57826994--57827207	108	2.0	109	84	3	281	37	16	24	21	1.93
57830294--57830453	43	3.8	41	80	13	198	29	28	18	24	1.98
57833096--57833273	40	4.5	40	87	2	234	24	23	28	24	2.00
57845218--57845393	40	4.5	40	87	3	234	23	23	28	24	2.00
57853333--57853510	40	4.5	40	91	2	261	24	24	27	24	2.00
57855199--57855227	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
57856913--57857044	6	21.8	6	73	16	103	50	13	15	20	1.77
57856913--57857044	30	4.4	30	88	2	185	50	13	15	20	1.77
57857162--57857227	27	2.5	26	82	7	78	37	24	21	16	1.93
57857186--57857243	27	2.1	27	84	6	73	36	29	18	15	1.92
57857546--57857628	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
57857827--57858022	27	7.3	27	86	0	230	26	19	18	35	1.95
57858032--57858838	27	29.9	27	86	5	1066	39	9	23	27	1.86
57860858--57861044	6	30.8	6	75	16	163	49	13	17	19	1.80
57860837--57861044	30	7.1	30	80	12	218	49	13	17	19	1.80
57860858--57861044	85	2.2	85	96	0	338	49	13	17	19	1.80
57861162--57861227	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
57861162--57861235	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57861186--57861243	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
57861400--57861458	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
57861546--57861628	27	3.1	26	84	8	96	37	21	21	19	1.94
57861829--57862015	27	6.9	27	86	3	225	26	20	17	35	1.95
57861829--57862012	81	2.3	82	86	3	248	27	20	17	34	1.95
57861859--57862014	81	1.9	81	90	5	253	26	19	17	35	1.95
57862033--57862807	27	28.9	27	85	5	895	40	9	21	27	1.85
57862249--57862291	22	2.0	22	95	0	77	41	11	18	27	1.85
57864825--57864981	6	25.8	6	74	16	137	47	15	18	19	1.83
57864825--57864956	24	5.5	24	81	7	160	47	15	18	18	1.82
57864860--57864908	19	2.6	19	87	9	66	46	12	18	22	1.82
57864836--57864981	43	3.4	42	83	8	170	46	15	18	19	1.84
57864825--57864981	73	2.3	67	88	6	224	47	15	18	19	1.83
57865099--57865172	27	2.8	27	82	13	91	33	21	24	20	1.97
57865337--57865395	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
57865483--57865565	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
57865765--57865949	27	6.9	27	82	4	196	27	19	17	36	1.94
57865763--57865949	54	3.5	54	86	2	243	26	19	18	35	1.94
57865765--57865957	81	2.4	81	82	4	219	27	18	17	36	1.93
57865967--57866370	27	15.0	27	85	5	491	40	10	22	27	1.86
57865967--57866370	54	7.5	54	89	4	602	40	10	22	27	1.86
57871503--57871624	47	2.6	47	97	0	226	36	13	24	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57871611--57871798	55	3.5	54	80	5	193	35	17	26	21	1.95
57871913--57871945	16	2.0	17	88	5	50	42	3	15	39	1.62
57877586--57877706	47	2.6	47	91	0	197	38	13	23	24	1.90
57877705--57877911	108	1.9	109	81	6	251	36	17	23	22	1.94
57882147--57882243	30	3.2	30	75	2	106	28	26	15	28	1.96
57884942--57885012	37	1.9	37	86	11	101	76	2	18	2	1.04
57884952--57885001	6	8.2	6	83	14	50	76	2	20	2	0.99
57885062--57885092	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
57887272--57887368	30	3.2	30	75	2	106	28	26	15	28	1.96
57889234--57889510	39	7.1	39	95	0	473	22	25	29	22	1.99
57906314--57906536	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
57906389--57906571	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
57912441--57912663	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
57912516--57912698	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
57925012--57925042	8	3.9	8	100	0	62	77	9	12	0	0.99
57925875--57925961	41	2.1	41	93	4	149	25	12	34	27	1.92
57931423--57931503	41	2.0	41	87	4	119	25	16	28	29	1.96
57943316--57943367	25	2.1	24	82	3	59	42	21	19	17	1.89
57948828--57948913	31	2.8	31	89	1	138	24	24	17	33	1.96
57949135--57949201	26	2.6	25	90	4	107	25	22	26	25	2.00
57949118--57949202	25	3.4	24	83	12	100	25	23	23	27	2.00
57951610--57951781	93	1.8	93	89	0	272	27	28	22	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57951603--57951778	46	3.8	46	75	10	178	28	28	21	21	1.99
57955670--57955715	16	2.8	17	83	6	58	19	8	2	69	1.25
57956800--57956907	26	4.2	26	96	0	198	31	6	25	36	1.82
57958517--57958712	27	7.3	27	79	7	184	17	20	23	37	1.94
57958517--57958712	54	3.6	54	89	1	277	17	20	23	37	1.94
57958517--57958712	81	2.4	80	82	8	218	17	20	23	37	1.94
57978941--57978970	15	2.0	15	93	0	51	3	13	33	50	1.58
57981477--57981560	31	2.7	31	92	1	143	27	23	17	30	1.97
57981584--57981675	42	2.2	42	90	0	139	34	20	14	30	1.92
57981820--57981916	25	3.8	26	91	1	153	25	22	24	26	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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