genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.226.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76763029--76763201	49	3.5	48	79	10	174	28	21	27	22	1.99
76768664--76768749	43	2.0	43	88	0	127	27	31	18	22	1.97
76770703--76770795	46	2.0	46	87	0	132	38	13	24	22	1.91
76774172--76774196	5	5.0	5	100	0	50	80	0	20	0	0.72
76777870--76778007	40	3.5	40	88	1	197	25	23	27	23	2.00
76781516--76781692	40	4.4	40	83	4	209	24	22	27	25	2.00
76781516--76781692	80	2.2	80	87	5	243	24	22	27	25	2.00
76783867--76784090	40	5.7	39	88	2	306	22	23	28	25	1.99
76792088--76792228	39	3.6	40	89	3	207	21	21	30	26	1.98
76792050--76792251	39	5.2	38	80	13	182	22	21	29	26	1.99
76792052--76792261	78	2.7	78	78	9	223	22	20	30	26	1.99
76792630--76794120	743	2.0	746	85	4	2046	32	14	20	32	1.93
76800222--76800593	48	7.8	48	86	3	453	27	29	17	25	1.98
76807160--76807390	48	4.9	48	77	7	249	29	23	19	26	1.98
76807160--76807390	91	2.5	95	85	4	283	29	23	19	26	1.98
76818176--76818223	24	2.0	24	84	8	62	39	12	6	41	1.68
76818412--76818474	31	2.0	32	93	3	110	34	20	0	44	1.52
76822691--76822955	46	5.7	46	72	16	197	22	18	27	31	1.97
76822739--76822902	47	3.5	47	75	11	183	23	19	27	29	1.98
76822700--76822946	93	2.7	93	90	0	377	22	19	27	30	1.98
76832774--76832818	21	2.2	20	84	4	54	35	0	20	44	1.51
76833304--76833371	26	2.7	25	84	6	75	19	23	22	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76833425--76833497	24	3.1	23	77	11	76	15	24	23	36	1.93
76852693--76852948	41	6.1	41	79	11	223	19	28	17	34	1.94
76852827--76852922	48	2.0	48	100	0	192	20	27	18	33	1.96
76854074--76854142	30	2.3	30	100	0	138	14	33	28	23	1.94
76860504--76860555	17	2.9	17	81	10	68	42	17	13	26	1.86
76862565--76862599	15	2.3	15	90	0	52	5	25	37	31	1.80
76864807--76864972	42	3.9	41	78	6	161	31	25	13	30	1.93
76873593--76873706	52	2.2	52	79	6	124	45	5	9	39	1.59
76874920--76874964	24	1.9	23	86	4	63	40	0	4	55	1.20
76876270--76876310	22	1.9	21	85	5	55	19	29	39	12	1.88
76880299--76880388	47	1.9	47	81	4	110	26	28	14	30	1.95
76880352--76880502	46	3.2	44	78	10	142	23	29	19	27	1.98
76886898--76886936	17	2.3	18	82	13	55	48	0	7	43	1.31
76892505--76892727	46	4.6	46	75	12	159	24	29	18	27	1.98
76892547--76892727	46	3.9	48	76	11	189	24	29	18	28	1.98
76892560--76892730	94	1.8	92	86	7	247	24	28	18	28	1.98
76897229--76897488	40	6.6	40	91	3	411	23	22	27	26	2.00
76904367--76904466	39	2.6	39	77	0	110	36	8	15	41	1.76
76909810--76909847	15	2.6	14	88	8	58	42	2	0	55	1.14
76913566--76913847	46	5.9	45	74	10	165	25	16	31	26	1.97
76913712--76913842	49	2.7	48	81	8	149	23	19	32	25	1.98
76936752--76936834	16	5.2	16	75	13	50	21	2	2	73	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76936763--76936834	6	13.8	5	79	17	60	22	2	0	75	0.94
76936773--76936829	22	2.6	21	83	8	69	24	3	0	71	1.01
76951256--76951295	21	2.0	21	85	9	57	15	42	17	25	1.88
76960203--76960302	50	2.0	50	100	0	200	30	16	16	38	1.90
76965349--76965398	17	3.0	16	75	18	57	48	0	0	52	1.00
76965554--76965606	24	2.3	23	84	9	65	43	3	5	47	1.45
76965564--76965611	24	2.0	24	95	0	87	37	6	4	52	1.46
76965568--76965623	24	2.4	24	84	3	69	41	8	1	48	1.45
76966429--76966508	41	1.9	42	85	10	110	32	1	21	45	1.60
76966446--76966660	88	2.4	90	86	5	305	36	1	20	42	1.61
76966570--76966709	25	5.5	24	81	11	154	36	2	19	42	1.63
76966522--76966607	34	2.7	32	83	5	102	37	1	18	43	1.58
76966570--76966750	78	2.2	80	82	6	215	36	1	19	41	1.62
76966570--76966726	54	3.0	53	72	19	134	35	1	20	42	1.63
76966812--76967189	126	3.0	126	88	1	546	38	16	16	27	1.90
76971300--76971351	25	2.1	24	82	10	61	67	1	1	28	1.12
76971327--76971392	19	3.5	19	73	8	71	63	3	3	30	1.24
76971332--76971412	38	2.1	38	93	0	135	62	2	2	32	1.21
76971567--76971610	21	2.1	21	82	0	52	38	2	25	34	1.68
76986430--76986489	30	2.0	30	90	0	93	38	10	23	28	1.87
76987333--76987463	65	2.0	65	100	0	262	21	7	24	46	1.77
76991923--76992045	46	2.6	46	77	7	115	29	22	28	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76993949--76994078	63	2.1	63	100	0	260	40	4	25	29	1.75
76996182--76996296	55	2.1	55	80	6	126	19	25	35	20	1.95
76998745--76998789	23	2.0	23	100	0	90	48	13	26	11	1.75
77002462--77002722	47	5.6	47	75	13	175	28	19	29	22	1.98
77002500--77002724	47	4.8	47	78	10	212	28	20	29	21	1.98
77007567--77007999	215	2.0	215	93	0	731	31	20	21	27	1.98
77017808--77017870	34	1.9	32	83	6	81	77	14	3	4	1.05
77019047--77019075	13	2.3	13	94	5	51	72	6	6	13	1.26
77027225--77027284	26	2.3	27	80	13	72	48	20	5	26	1.70
77027769--77027885	59	2.0	59	96	0	216	33	24	17	23	1.97
77033146--77033190	23	1.9	23	82	13	56	46	0	4	48	1.22
77033843--77033867	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
77033845--77033955	45	2.5	45	91	2	170	20	18	18	42	1.90
77033935--77033982	6	7.8	6	88	2	60	18	22	16	41	1.90
77035737--77036144	47	8.7	45	75	10	281	23	28	20	27	1.99
77035837--77036146	91	3.4	91	87	4	394	24	28	20	27	1.99
77037974--77038005	15	2.1	16	88	11	50	53	21	3	21	1.60
77051391--77051562	43	4.0	43	83	3	211	22	29	20	27	1.98
77051392--77051560	87	2.0	86	89	1	257	21	29	20	27	1.98
77052334--77052468	70	1.9	70	92	0	225	35	20	13	31	1.91
77056023--77056063	19	2.2	20	91	8	68	70	0	29	0	0.87
77057586--77057610	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77057588--77057698	45	2.5	45	84	0	168	19	20	18	40	1.92
77057565--77057702	45	2.9	49	78	11	151	18	21	20	39	1.92
77057866--77058258	18	21.1	18	71	13	215	34	11	16	38	1.84
77058008--77058245	97	2.4	97	95	1	422	34	10	15	39	1.82
77058085--77058172	35	2.5	36	81	3	106	34	10	14	40	1.80
77058110--77058228	62	1.9	61	84	1	157	34	10	15	40	1.80
77061787--77061824	19	2.0	19	85	10	51	21	18	21	39	1.93
77067792--77067829	20	1.9	20	84	10	51	36	7	18	36	1.80
77068408--77068540	67	2.0	67	92	0	221	28	24	12	34	1.92
77070622--77070730	43	2.5	43	85	2	148	32	26	16	24	1.96
77070929--77070970	20	2.1	21	86	8	61	71	4	0	23	1.05
77071948--77071981	15	2.3	15	94	0	59	52	20	11	14	1.73
77076432--77076536	7	14.7	7	69	16	56	40	40	0	19	1.51
77076432--77076510	15	5.4	14	72	6	59	37	41	0	20	1.52
77076591--77076644	7	7.7	7	78	0	54	48	25	0	25	1.52
77076591--77076649	14	4.2	14	77	0	64	49	23	0	27	1.51
77076807--77077025	41	5.4	41	88	2	325	21	24	21	32	1.98
77076941--77077068	42	3.0	43	83	5	120	21	23	17	37	1.94
77076807--77077067	123	2.1	123	83	5	332	21	24	20	34	1.97
77081253--77081307	27	2.0	27	100	0	110	45	21	7	25	1.77
77081304--77081336	16	2.1	16	88	11	50	57	27	6	9	1.53
77082285--77082491	108	1.9	107	81	4	247	22	25	21	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77083397--77083460	33	2.0	32	87	3	92	23	15	7	53	1.68
77084046--77084075	14	2.1	14	100	0	60	43	13	16	26	1.85
77086571--77086813	119	2.0	119	97	0	459	41	18	4	34	1.71
77087447--77087479	14	2.3	15	89	5	50	24	15	6	54	1.63
77090497--77090521	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
77092034--77092091	18	3.3	17	80	4	53	46	5	18	29	1.71
77092044--77092091	17	2.7	18	80	6	53	47	6	16	29	1.71
77094272--77094349	31	2.5	31	95	2	140	26	26	19	26	1.99
77094373--77094464	42	2.2	42	96	0	166	39	21	11	27	1.89
77094609--77094783	26	6.8	26	90	0	255	28	22	21	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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