genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13797363--13797534	93	1.8	93	94	0	308	27	29	22	20	1.98
13797355--13797530	46	3.8	46	79	12	216	28	28	21	21	1.98
13813239--13813313	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
13813367--13813730	40	9.1	40	88	0	514	25	20	28	26	1.99
13817050--13817502	47	9.6	47	90	2	692	32	8	30	28	1.87
13826939--13826974	18	2.1	18	89	5	56	30	13	11	44	1.79
13828204--13828271	28	2.4	29	87	2	102	29	30	14	25	1.95
13831629--13831800	93	1.8	93	94	0	308	27	29	22	20	1.98
13831621--13831796	46	3.8	46	79	12	216	28	28	21	21	1.98
13834174--13834262	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
13834174--13834253	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
13834185--13834262	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
13837215--13837386	93	1.8	93	94	0	308	27	29	22	20	1.98
13837207--13837382	46	3.8	46	79	12	216	28	28	21	21	1.98
13842979--13843035	26	2.2	26	84	3	71	15	0	7	77	0.98
13843435--13843529	43	2.2	45	86	3	131	28	25	15	30	1.96
13843276--13844303	176	5.8	177	88	3	1430	26	24	18	30	1.98
13845162--13845205	21	2.1	21	100	0	88	54	13	9	22	1.67
13845448--13845609	61	2.6	64	80	8	190	13	24	17	43	1.86
13848653--13848755	42	2.5	42	81	12	113	16	20	14	48	1.81
13849341--13849387	25	2.0	24	84	16	62	31	0	25	42	1.55
13850803--13851223	141	3.0	141	93	0	698	31	5	23	38	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13852440--13852499	32	2.0	31	81	12	72	35	5	13	46	1.65
13853809--13853881	24	3.0	23	82	7	74	54	1	1	42	1.17
13854237--13854285	2	24.5	2	100	0	98	0	51	0	48	1.00
13858094--13858126	12	2.8	12	86	4	50	18	6	0	75	1.00
13862765--13863018	49	5.1	49	78	7	269	43	16	18	21	1.88
13862769--13863018	100	2.5	100	88	0	356	43	16	18	21	1.88
13863230--13863264	7	5.0	7	100	0	70	57	0	42	0	0.99
13864522--13864561	3	13.3	3	94	0	71	67	2	0	30	1.04
13871284--13871377	48	2.0	48	85	8	129	40	27	11	20	1.87
13873792--13873885	48	2.0	48	83	8	120	41	27	10	20	1.85
13875877--13875932	26	2.1	28	83	6	71	48	5	1	44	1.36
13875944--13875991	22	2.2	23	85	7	64	41	4	0	54	1.20
13882595--13882637	6	6.8	6	97	2	68	20	30	0	48	1.50
13882624--13882727	45	2.4	45	83	6	124	27	20	6	45	1.76
13891660--13891689	14	2.1	14	93	0	51	40	13	23	23	1.90
13894977--13895197	48	4.6	48	79	2	237	27	18	28	25	1.98
13894977--13895208	96	2.4	98	88	2	335	28	17	28	25	1.98
13898959--13899131	47	3.7	47	95	0	301	33	11	28	26	1.91
13899334--13899441	37	2.9	37	94	0	180	23	18	31	26	1.97
13902740--13903117	48	7.9	48	93	1	641	35	6	27	30	1.83
13902740--13903117	146	2.6	146	94	1	654	35	6	27	30	1.83
13903261--13903360	37	2.7	37	96	0	182	24	19	33	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13904650--13905021	40	9.3	40	92	0	600	25	19	27	27	1.99
13905049--13905216	57	2.9	57	87	1	230	22	17	30	30	1.96
13905110--13905209	28	3.6	27	82	8	128	21	17	30	32	1.95
13905081--13905182	29	3.6	29	78	7	109	21	16	32	29	1.95
13905053--13905209	28	5.5	28	74	6	127	21	17	30	30	1.96
13908339--13908774	48	9.0	48	95	1	755	34	5	27	31	1.81
13908915--13909017	37	2.8	37	90	0	170	24	19	31	25	1.98
13912573--13912628	29	2.0	27	82	6	67	12	12	3	71	1.27
13917760--13917813	21	2.6	19	72	16	54	18	25	38	16	1.92
13917882--13917911	13	2.3	13	94	0	51	13	36	26	23	1.92
13918485--13918515	14	2.2	14	94	0	53	87	0	3	9	0.66
13936627--13936926	47	6.3	47	91	2	429	33	8	29	28	1.87
13937045--13937123	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
13939689--13940004	48	6.6	47	88	4	411	26	30	18	23	1.98
13939689--13940004	144	2.2	143	88	4	456	26	30	18	23	1.98
13944285--13944341	27	2.1	27	93	0	96	56	12	0	31	1.36
13944300--13944341	12	3.1	14	74	19	52	59	11	0	28	1.33
13949132--13949239	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
13956216--13956323	26	4.2	26	91	0	180	33	7	23	36	1.83
13961186--13961329	40	3.4	40	79	10	153	26	29	20	24	1.99
13961186--13961327	44	3.3	43	81	8	175	26	28	20	23	1.99
13961471--13961517	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13965730--13965836	7	15.1	7	70	13	58	36	42	0	20	1.52
13965879--13965963	21	3.9	21	72	11	80	43	27	1	28	1.62
13965863--13965952	46	2.0	46	95	0	162	41	26	2	30	1.68
13966120--13966365	81	3.0	80	82	4	264	19	21	21	37	1.94
13966120--13966338	41	5.4	41	85	3	266	19	22	21	37	1.94
13966120--13966365	41	6.1	40	85	4	205	19	21	21	37	1.94
13966390--13966415	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
13966566--13966673	26	4.2	26	92	0	171	37	22	8	32	1.84
13972835--13972863	15	1.9	15	100	0	58	27	24	0	48	1.51
13974600--13974662	31	2.0	31	100	0	126	31	15	7	44	1.76
13976040--13976102	30	2.1	30	90	0	99	28	15	14	41	1.87
13994244--13994339	32	3.0	32	76	0	102	38	32	7	21	1.81
13994253--13994330	16	4.9	16	79	0	75	37	32	7	23	1.83
13994244--13994369	16	7.9	16	69	3	74	39	30	7	22	1.81
13994491--13994568	24	3.2	24	71	7	59	39	21	10	28	1.86
13997977--13998030	22	2.5	22	87	0	72	40	22	25	11	1.87
14002228--14002296	25	3.1	22	72	25	56	53	1	4	40	1.30
14002417--14002489	20	3.7	19	77	14	76	64	0	5	30	1.16
14004048--14004377	90	3.7	90	88	0	471	27	27	13	30	1.94
14004068--14004376	45	6.9	45	71	9	227	28	27	13	30	1.94
14004302--14004454	77	2.0	77	90	0	243	24	24	15	35	1.94
14004379--14004678	45	6.7	45	70	12	195	27	25	15	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14004379--14004706	90	3.6	90	89	0	485	27	25	14	32	1.95
14004123--14004624	257	2.0	257	89	0	772	26	26	14	32	1.95
14004048--14004712	347	1.9	347	90	1	1046	27	26	13	31	1.94
14012605--14012643	12	3.2	12	81	0	51	2	38	0	58	1.12
14016668--14016731	20	3.2	20	76	12	69	64	0	6	29	1.18
14016663--14016731	19	3.5	21	77	13	67	65	0	5	28	1.16
14026500--14026722	79	2.8	78	82	9	256	24	27	22	25	2.00
14026500--14026722	39	5.7	40	85	8	257	24	27	22	25	2.00
14031474--14031561	43	2.0	43	93	0	149	31	18	20	29	1.96
14036754--14036875	47	2.6	47	92	0	208	37	11	23	27	1.89
14036863--14037042	55	3.3	54	80	8	181	35	18	23	22	1.95
14036863--14037045	54	3.4	55	79	8	173	36	18	23	21	1.95
14044658--14044729	33	2.2	33	92	0	117	27	27	19	25	1.99
14051577--14051615	15	2.5	15	91	4	60	51	0	5	43	1.24
14052793--14052878	43	2.0	43	88	0	127	51	1	23	24	1.56
14055228--14055352	59	2.1	59	98	0	241	48	11	16	24	1.78
14056823--14056873	22	2.3	22	93	0	84	58	7	3	29	1.44
14059600--14059688	19	4.8	19	87	8	139	37	11	14	37	1.82
14059621--14059676	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
14059608--14059688	35	2.2	37	91	6	130	37	12	13	37	1.83
14061038--14061112	26	2.9	26	95	0	132	32	5	28	34	1.80
14062614--14062666	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14068495--14068553	9	6.6	9	83	14	77	84	1	13	0	0.69
14068497--14068559	15	4.4	14	79	18	67	84	1	14	0	0.71
14069506--14069833	84	3.9	85	83	7	440	31	22	21	24	1.98
14069682--14069819	41	3.3	41	67	20	106	31	19	21	26	1.97
14069878--14070456	206	2.8	206	92	0	944	30	17	22	29	1.97
14070860--14070971	18	6.3	18	88	5	174	35	10	16	37	1.83
14070868--14070982	35	3.2	35	96	2	203	37	12	13	36	1.83
14074388--14074432	20	2.3	20	88	3	65	28	17	26	26	1.98
14074456--14074597	61	2.3	61	82	8	155	27	20	26	25	1.99
14076775--14076813	20	2.0	19	85	5	51	51	0	10	38	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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