genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.250.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85048481--85048648	46	3.6	46	72	10	144	22	19	26	31	1.98
85048527--85048695	47	3.6	47	71	7	146	23	18	24	33	1.97
85048477--85048742	93	2.9	93	85	3	356	23	19	25	30	1.98
85051733--85051869	57	2.4	57	80	6	134	28	24	18	29	1.98
85053445--85053469	11	2.3	11	100	0	50	36	28	16	20	1.93
85057023--85057056	16	2.0	17	88	11	52	26	29	38	5	1.80
85057311--85057362	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
85064039--85064090	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
85064129--85064188	27	2.3	26	82	2	66	21	21	20	36	1.95
85075684--85075802	43	2.8	43	92	0	193	23	28	20	27	1.99
85077999--85078058	27	2.3	26	82	2	66	36	20	20	23	1.95
85087880--85087932	27	2.0	27	88	7	81	16	28	26	28	1.97
85092336--85092408	31	2.4	31	83	0	92	13	30	34	21	1.92
85093919--85094209	42	6.9	42	89	1	433	29	27	16	26	1.97
85098704--85098735	16	2.0	16	100	0	64	25	0	12	62	1.30
85106055--85106139	40	2.1	41	80	10	95	61	1	2	35	1.17
85106870--85106921	22	2.4	21	81	9	61	50	9	15	25	1.74
85107362--85107401	18	2.2	19	86	4	55	32	7	0	60	1.25
85109258--85109308	25	2.0	26	85	14	72	49	1	5	43	1.38
85124841--85124912	11	6.7	10	80	13	65	73	0	25	1	0.91
85124836--85124890	4	14.0	4	88	11	87	72	0	27	0	0.85
85131060--85131187	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85131059--85131187	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
85139065--85139193	29	4.5	28	86	4	168	32	25	12	29	1.92
85140984--85141242	40	6.5	40	87	0	322	35	19	3	41	1.69
85140984--85141233	13	18.8	13	68	19	88	36	19	3	40	1.69
85149162--85149240	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
85149358--85149651	47	6.2	47	90	2	453	29	30	8	31	1.86
85149358--85149651	95	3.1	94	90	2	453	29	30	8	31	1.86
85152979--85153094	40	2.9	40	82	0	115	25	29	20	24	1.99
85153084--85153256	40	4.3	41	84	5	205	23	27	19	28	1.98
85152989--85153256	80	3.3	80	76	9	242	24	27	19	27	1.99
85153544--85153622	29	2.7	29	82	5	97	29	31	15	24	1.95
85153604--85154050	43	10.4	43	96	0	795	26	35	15	22	1.94
85155915--85155993	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
85156111--85156404	47	6.2	47	90	2	453	29	30	8	31	1.86
85156111--85156404	95	3.1	94	90	2	453	29	30	8	31	1.86
85167696--85167730	13	2.7	13	95	0	61	25	28	8	37	1.85
85181632--85181744	23	4.8	24	73	17	78	27	22	15	35	1.93
85183083--85184442	682	2.0	682	96	0	2522	36	8	20	35	1.82
85184603--85184726	46	2.7	47	83	6	164	29	19	29	20	1.97
85184600--85184766	46	3.6	46	78	6	158	29	19	28	22	1.98
85188061--85188313	68	3.9	64	77	9	226	29	16	29	24	1.97
85190857--85190899	20	2.2	20	91	0	68	11	20	37	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85192180--85192342	42	3.9	42	69	1	112	25	25	18	30	1.98
85192139--85192373	84	2.8	84	82	1	292	25	25	17	31	1.97
85195467--85195682	40	5.5	40	86	4	280	23	21	28	26	1.99
85195463--85195682	79	2.8	79	85	6	286	24	21	27	26	1.99
85203455--85203714	79	3.3	80	89	3	368	25	22	26	25	2.00
85203459--85203714	119	2.2	119	87	4	367	24	22	27	25	2.00
85203459--85203714	40	6.5	40	90	4	369	24	22	27	25	2.00
85211155--85211407	42	5.9	42	68	7	134	28	23	15	32	1.95
85211123--85211362	84	2.9	84	82	2	284	28	24	15	31	1.96
85214071--85214204	40	3.5	38	75	13	114	24	21	19	34	1.96
85214071--85214355	79	3.7	76	76	7	200	24	21	17	36	1.94
85214109--85214353	79	3.2	79	79	6	225	24	20	17	37	1.93
85220549--85220614	30	2.2	30	81	10	73	63	13	12	10	1.52
85220563--85220632	15	4.8	14	80	13	70	62	17	11	8	1.52
85220563--85220632	30	2.4	30	81	15	92	62	17	11	8	1.52
85226990--85227043	22	2.5	22	81	3	65	18	29	33	18	1.95
85244300--85244475	46	3.8	46	82	7	223	19	19	31	28	1.97
85245805--85245916	27	4.1	27	76	7	102	18	22	21	37	1.94
85252191--85252233	22	2.0	22	85	0	59	6	23	2	67	1.27
85253443--85253554	27	4.1	27	83	7	129	16	23	23	37	1.93
85253443--85253554	54	2.1	54	86	3	154	16	23	23	37	1.93
85256791--85257139	40	8.7	40	92	0	572	21	26	20	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85261610--85261706	43	2.3	43	96	0	176	44	25	9	20	1.81
85275643--85275683	21	2.0	21	85	0	55	21	17	41	19	1.90
85276809--85276845	18	2.1	18	94	0	65	43	16	5	35	1.71
85283447--85283578	39	3.4	39	90	0	192	30	19	25	25	1.98
85283447--85283596	78	1.9	78	80	2	176	30	20	25	24	1.99
85292976--85293127	40	3.8	41	88	3	211	23	21	28	26	1.99
85292976--85293147	80	2.2	80	84	3	213	23	20	28	27	1.99
85301049--85301193	40	3.6	40	88	1	184	24	21	28	25	1.99
85301042--85301213	80	2.2	79	81	3	193	25	20	26	27	1.99
85302812--85302904	39	2.4	39	87	0	123	29	19	26	24	1.98
85305111--85305239	50	2.5	51	87	5	181	37	16	21	24	1.93
85305215--85305363	31	4.8	31	89	0	217	28	19	26	26	1.99
85305387--85305511	47	2.7	47	86	1	162	28	16	25	29	1.96
85305482--85305595	43	2.7	42	93	2	192	30	16	25	27	1.97
85311754--85312074	47	6.7	48	96	1	549	30	30	8	30	1.87
85311936--85312014	25	3.3	25	64	10	74	34	27	5	32	1.79
85315584--85315964	80	4.8	80	86	1	462	24	27	22	24	2.00
85315588--85315964	120	3.1	120	84	2	445	24	27	23	24	2.00
85315569--85315885	40	7.9	40	89	0	436	25	27	22	24	2.00
85315586--85315964	40	9.5	40	85	3	198	24	27	22	24	2.00
85316270--85316348	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
85316330--85316475	43	3.4	43	99	0	283	26	36	15	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85318341--85318417	37	2.1	37	90	0	118	25	32	19	22	1.97
85318537--85318900	47	7.7	47	95	0	647	29	29	9	31	1.88
85318762--85318840	25	3.3	25	64	10	74	34	27	5	32	1.79
85321339--85321491	28	5.5	28	96	1	265	26	11	28	33	1.91
85321314--85321491	56	3.2	56	91	2	270	25	11	28	34	1.91
85321339--85321491	83	1.8	83	92	2	263	26	11	28	33	1.91
85329583--85329734	28	5.5	28	97	0	270	25	11	28	34	1.91
85329556--85329734	56	3.2	56	91	1	270	26	11	27	34	1.91
85335524--85335741	40	5.5	40	88	2	264	24	22	27	25	2.00
85343565--85343782	40	5.5	40	92	2	291	23	23	27	25	2.00
85350868--85350892	13	1.9	13	100	0	50	12	32	40	16	1.84
85358382--85358490	40	2.7	41	76	2	139	27	27	23	21	1.99
85361383--85361761	38	9.0	38	70	18	218	31	23	15	30	1.95
85361390--85361681	85	3.4	85	92	0	496	30	23	15	30	1.95
85361598--85361726	48	2.7	48	89	1	188	33	23	13	30	1.92
85361513--85361757	133	1.8	132	87	2	366	32	23	14	29	1.94
85362457--85362761	27	11.3	27	83	4	314	31	8	20	39	1.83
85362476--85362761	81	3.5	81	86	2	353	30	8	21	39	1.83
85362530--85362761	107	2.2	108	88	0	349	31	7	20	40	1.81
85369877--85369987	30	3.6	30	75	13	93	64	0	33	1	1.04
85369905--85369971	24	2.8	24	77	8	57	64	0	35	0	0.94
85375308--85375334	11	2.5	11	100	0	54	37	22	25	14	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85381533--85381577	15	3.0	15	78	12	56	57	17	15	8	1.63
85394618--85394685	33	2.1	33	100	0	136	25	29	20	25	1.99
85399084--85399182	44	2.3	43	79	8	112	33	26	18	22	1.96
85402191--85402358	27	6.3	27	80	6	189	34	19	20	25	1.96
85402191--85402357	54	3.1	54	85	2	212	34	18	20	25	1.96
85402868--85402977	6	17.8	6	68	15	55	20	16	13	50	1.78
85402874--85402934	25	2.4	25	83	5	79	21	18	13	47	1.82
85402890--85402977	37	2.4	37	80	0	95	20	15	13	50	1.78
85415790--85415948	80	2.0	81	80	6	180	32	20	7	38	1.81
85417012--85417041	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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