genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.116.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37872185--37872235	21	2.4	22	93	6	88	39	3	5	50	1.45
37878297--37878366	30	2.3	30	97	0	131	20	24	34	21	1.97
37879316--37879350	17	1.9	19	88	11	56	54	5	14	25	1.62
37880357--37880477	42	2.8	43	81	8	149	30	14	25	28	1.95
37880367--37880477	43	2.6	42	81	7	134	30	16	25	27	1.96
37885125--37885248	47	2.6	47	96	0	230	23	20	28	27	1.99
37890322--37890485	80	2.0	80	98	0	319	41	10	15	31	1.82
37893109--37893234	49	2.6	49	83	0	162	24	26	20	28	1.99
37893257--37893376	48	2.5	48	87	0	177	29	25	14	30	1.95
37896720--37896897	27	6.6	27	82	5	162	28	29	15	26	1.96
37896741--37896896	82	1.9	81	85	3	215	27	30	16	26	1.96
37904747--37904923	27	6.5	27	83	5	169	28	29	15	25	1.96
37904768--37904923	82	1.9	81	85	3	215	28	30	15	26	1.96
37906954--37907006	20	2.7	20	87	0	79	24	39	22	13	1.90
37909657--37909841	40	4.7	40	82	6	216	25	28	22	24	1.99
37909659--37909839	79	2.3	80	81	7	208	24	28	22	24	1.99
37912455--37912530	40	1.9	40	88	0	116	31	14	23	30	1.94
37912454--37912549	40	2.4	40	82	8	115	31	14	26	28	1.95
37912876--37912903	14	2.0	14	100	0	56	42	0	14	42	1.45
37916554--37917123	40	14.6	40	89	5	839	28	19	27	25	1.99
37916554--37917123	79	7.3	80	89	5	839	28	19	27	25	1.99
37916770--37916834	31	2.1	31	97	0	121	29	13	26	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37930906--37931024	49	2.4	48	81	6	141	28	23	21	26	1.99
37930906--37930999	25	3.8	25	90	2	145	27	24	21	26	1.99
37931220--37931334	31	3.7	31	90	1	178	33	17	26	23	1.96
37943148--37943194	24	2.0	24	91	0	76	36	2	38	23	1.67
37944613--37944724	27	4.2	26	79	6	107	16	23	22	38	1.93
37944616--37944721	53	2.0	53	83	9	135	16	23	20	38	1.93
37945778--37945811	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
37950984--37951030	24	2.0	24	86	0	67	38	2	38	21	1.65
37952439--37952549	27	4.1	27	81	7	127	16	23	22	37	1.93
37952439--37952558	54	2.2	54	83	2	152	16	25	22	35	1.95
37957319--37957490	93	1.8	93	87	2	256	22	19	29	28	1.98
37969049--37969484	50	8.8	50	75	9	333	25	18	25	30	1.98
37969095--37969492	142	2.7	145	86	5	525	25	19	25	29	1.98
37969242--37969484	101	2.4	100	82	2	281	25	18	25	29	1.98
37970026--37970383	180	2.0	180	88	3	533	39	8	19	32	1.82
37975409--37975485	38	2.0	39	97	2	147	31	10	14	44	1.79
37976853--37976887	13	2.5	14	90	9	54	31	11	14	42	1.81
37995256--37995349	48	2.0	48	100	0	188	26	25	13	34	1.94
37996378--37996415	9	4.6	8	87	12	51	36	0	0	63	0.95
38002534--38002578	23	2.0	23	90	0	72	42	26	20	11	1.85
38014051--38014129	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
38014248--38014611	47	7.7	47	92	1	570	28	30	9	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38017994--38018216	40	5.6	40	83	6	213	24	20	27	27	1.99
38017994--38018218	80	2.8	79	82	7	242	24	20	28	27	1.99
38018069--38018251	79	2.3	80	81	1	217	25	20	27	26	1.99
38017994--38018251	119	2.2	120	80	4	281	25	20	27	26	1.99
38033719--38033830	27	4.2	26	82	13	129	36	24	23	16	1.94
38033719--38033830	54	2.1	54	85	6	147	36	24	23	16	1.94
38046652--38046697	23	2.0	22	84	16	58	32	19	28	19	1.96
38047005--38047076	15	4.3	17	71	23	55	16	4	2	76	1.06
38047006--38047040	17	2.1	16	89	5	52	14	2	0	82	0.77
38047005--38047068	25	2.5	25	82	7	67	17	4	3	75	1.11
38058237--38058296	20	3.0	20	69	9	59	30	18	31	20	1.96
38058101--38058297	40	4.9	40	81	1	234	34	18	26	19	1.96
38060449--38060810	96	3.8	96	85	1	460	27	31	16	24	1.96
38060485--38060821	142	2.4	144	88	1	498	27	30	16	24	1.96
38060486--38060821	48	7.0	48	89	1	478	27	30	16	25	1.96
38068278--38068614	144	2.3	144	88	1	496	28	28	15	27	1.96
38068278--38068614	48	7.0	48	85	1	406	28	28	15	27	1.96
38074104--38074215	26	4.3	26	85	6	140	38	28	12	20	1.89
38080517--38080584	34	2.0	34	100	0	136	20	14	23	41	1.89
38083054--38083173	60	2.0	61	85	6	163	26	26	20	26	1.99
38083054--38083202	60	2.5	59	80	9	151	25	25	21	27	1.99
38094105--38094569	40	11.6	40	93	0	779	24	27	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38101828--38102291	40	11.6	40	93	1	770	24	27	20	27	1.99
38105713--38105758	23	2.0	23	83	4	58	30	10	4	54	1.55
38112127--38112187	31	2.0	31	83	0	77	39	19	19	21	1.93
38123331--38123408	20	3.5	20	67	23	57	28	30	20	20	1.98
38135663--38135698	12	3.0	12	83	0	54	86	0	13	0	0.58
38135666--38135703	20	1.9	19	89	5	58	84	0	15	0	0.63
38135668--38135702	10	3.3	10	85	14	52	85	0	14	0	0.59
38136933--38137150	40	5.5	40	86	2	271	23	23	27	25	2.00
38148355--38148401	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
38148751--38148938	100	1.9	101	93	1	324	27	19	23	29	1.98
38148750--38148931	50	3.7	49	75	12	199	28	18	24	29	1.98
38149142--38149173	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
38151422--38151464	22	2.0	20	82	8	50	60	0	6	32	1.23
38153808--38153964	44	3.6	44	75	6	147	19	22	22	36	1.95
38153770--38154008	88	2.7	87	83	1	271	20	21	22	35	1.96
38158670--38158854	79	2.3	82	82	7	220	24	27	23	24	2.00
38158651--38158854	40	5.1	40	80	8	220	24	27	23	25	2.00
38166578--38166717	39	3.6	39	84	6	178	26	27	20	25	1.99
38193164--38193206	22	2.0	20	82	8	50	60	0	6	32	1.23
38194232--38194275	21	2.1	21	83	4	54	4	22	40	31	1.74
38195665--38195706	21	2.0	21	85	0	57	38	7	14	40	1.73
38199317--38199367	23	2.3	23	93	3	86	21	1	21	54	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38199335--38199452	52	2.3	51	80	11	134	26	1	16	55	1.51
38199286--38199565	13	20.6	13	70	22	120	23	2	17	55	1.54
38199293--38199505	77	2.8	77	78	18	216	24	1	17	55	1.51
38199409--38199473	18	3.5	18	76	19	71	27	0	15	56	1.39
38199378--38199552	59	2.9	60	80	12	139	24	2	16	56	1.54
38199439--38199552	59	1.9	59	90	0	183	23	3	16	56	1.56
38199427--38199591	59	2.8	59	82	5	147	25	3	16	55	1.56
38199942--38199971	15	2.0	15	93	0	51	10	6	10	73	1.25
38200172--38200211	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
38200195--38200234	20	2.0	20	90	0	62	25	10	15	50	1.74
38200180--38200246	34	1.9	35	87	3	100	29	8	14	46	1.76
38205487--38205602	42	2.7	43	80	4	137	25	22	26	25	2.00
38205490--38205602	43	2.7	42	75	14	115	25	22	26	25	2.00
38209313--38209483	31	5.5	31	90	0	279	30	24	16	28	1.96
38209705--38209794	25	3.6	25	95	1	155	23	23	27	25	2.00
38210603--38210682	27	3.0	27	88	3	108	23	26	18	31	1.98
38210725--38211056	27	12.3	27	78	6	226	30	8	20	40	1.83
38210811--38211042	53	4.3	53	81	7	211	28	8	21	41	1.82
38210812--38211015	80	2.5	79	82	8	225	27	8	21	41	1.83
38210836--38211042	80	2.6	80	83	4	231	28	8	21	41	1.83
38211033--38211164	27	4.9	27	87	0	174	41	6	21	31	1.77
38211008--38211157	54	2.8	54	83	0	147	41	6	18	34	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38211509--38211956	224	2.0	224	99	0	887	25	30	17	26	1.98
38216761--38216867	42	2.5	43	77	4	119	27	21	25	26	1.99
38217543--38217607	33	2.0	33	93	6	114	35	10	23	30	1.89
38232715--38232892	27	6.6	27	82	3	196	26	15	28	29	1.96
38232716--38232871	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
38232712--38232892	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	29	1.97
38240717--38240894	27	6.6	27	82	3	196	26	15	28	29	1.96
38240718--38240873	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
38240714--38240894	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	29	1.97
38245321--38245370	24	2.1	24	85	7	66	16	42	18	24	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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