genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.162.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  162  of  373  ( 44737 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54160275--54160506	49	4.7	49	79	3	230	29	27	17	25	1.98
54160756--54160809	27	2.0	27	85	0	72	38	14	5	40	1.70
54161662--54161721	31	1.9	31	93	0	102	30	11	21	36	1.89
54162693--54162749	30	1.9	30	92	0	96	59	17	12	10	1.60
54162693--54162750	15	3.9	14	78	10	62	60	17	12	10	1.58
54165867--54166111	49	4.9	49	80	4	294	28	26	18	26	1.98
54165878--54166111	100	2.4	98	83	5	299	29	26	18	25	1.98
54176005--54176093	42	2.1	43	81	6	101	29	19	23	28	1.98
54189687--54189816	47	2.8	47	90	0	188	21	14	30	33	1.93
54191758--54191982	49	4.5	50	77	5	215	25	16	25	31	1.97
54202593--54202619	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
54207771--54207902	47	2.8	47	78	0	147	25	14	25	34	1.94
54213522--54213786	40	6.7	40	85	5	286	26	27	21	24	1.99
54213489--54213786	80	3.7	80	79	9	263	25	27	21	25	1.99
54213718--54213795	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
54220451--54220715	40	6.7	40	85	5	286	26	27	21	24	1.99
54220418--54220715	80	3.7	80	79	9	263	25	27	21	25	1.99
54220647--54220724	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
54227031--54227069	15	2.6	15	95	0	69	33	12	38	15	1.85
54233702--54233864	46	3.6	45	80	6	150	22	31	20	25	1.98
54239483--54239585	28	3.7	28	85	3	145	25	13	32	29	1.94
54239483--54239602	56	2.1	57	86	4	163	28	13	31	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54246663--54247102	47	9.1	47	87	5	565	31	12	29	26	1.92
54246912--54246986	23	3.2	23	66	23	66	29	9	32	29	1.88
54246924--54246995	22	3.0	25	62	25	64	29	11	31	27	1.91
54247076--54247166	46	2.0	46	84	0	119	32	9	31	25	1.89
54246674--54247149	151	3.3	140	85	7	438	32	12	29	26	1.92
54247309--54247453	37	3.9	37	92	0	236	23	20	31	24	1.98
54248723--54248954	40	5.8	40	90	0	356	23	22	28	25	1.99
54249148--54249299	57	2.7	56	76	8	150	25	16	28	29	1.97
54253004--54253438	47	9.1	47	86	5	575	31	12	29	26	1.93
54253125--54253200	24	3.2	24	62	23	61	28	13	32	25	1.93
54253248--54253322	23	3.2	23	62	23	57	28	10	33	28	1.90
54253412--54253502	46	2.0	46	84	0	119	32	9	31	25	1.89
54253018--54253487	146	3.3	139	84	7	489	32	12	29	25	1.93
54253647--54253796	37	4.1	37	92	0	237	22	20	31	26	1.98
54257805--54257845	20	2.0	20	95	0	73	34	12	24	29	1.91
54258617--54258674	27	2.1	27	83	0	71	31	12	17	39	1.86
54260469--54260777	38	8.1	38	90	1	422	36	25	20	17	1.94
54264290--54264387	27	3.5	28	87	2	126	26	13	27	32	1.93
54278196--54278419	40	5.6	40	91	1	308	24	20	28	26	1.99
54278164--54278419	80	3.2	80	86	3	286	24	19	28	27	1.99
54278161--54278419	120	2.2	119	82	4	308	24	20	28	27	1.99
54286093--54286315	40	5.6	40	86	3	236	24	20	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54286168--54286350	79	2.3	80	81	1	217	25	20	28	25	1.99
54292801--54292924	59	2.1	58	81	14	139	37	4	3	55	1.35
54295953--54295986	10	3.1	11	91	8	52	0	8	0	91	0.43
54300923--54300966	20	2.3	19	84	4	52	50	4	4	40	1.43
54300930--54300966	20	1.9	20	88	5	58	51	2	5	40	1.39
54300929--54300972	20	2.4	18	79	17	54	54	2	4	38	1.33
54303885--54304056	48	3.6	48	91	0	290	23	30	21	23	1.99
54304604--54304647	20	2.3	19	84	4	52	27	22	0	50	1.50
54306526--54306701	56	3.2	55	90	2	264	27	11	24	36	1.90
54306526--54306732	56	3.7	56	87	4	197	28	10	24	36	1.89
54317134--54317176	22	2.0	22	95	0	77	16	37	11	34	1.85
54318645--54318731	34	2.5	35	81	3	88	25	24	25	25	2.00
54319932--54320041	35	3.1	35	62	23	86	41	26	2	29	1.69
54319930--54320071	70	2.0	70	97	0	266	42	24	3	28	1.71
54320222--54320625	200	2.0	197	89	3	614	41	17	14	26	1.88
54322756--54322825	28	2.5	28	90	4	106	32	27	12	27	1.93
54323209--54323503	101	2.8	105	93	4	490	42	15	7	35	1.74
54323188--54323506	109	3.0	107	89	7	506	40	16	7	35	1.76
54325920--54326221	47	6.4	47	92	0	442	27	30	8	33	1.86
54331900--54331937	19	2.0	19	100	0	76	36	21	10	31	1.87
54335905--54336063	50	3.1	50	81	9	182	38	12	13	34	1.83
54338633--54338808	46	3.8	45	78	4	172	29	27	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54338641--54338812	93	1.8	93	88	0	263	28	28	20	22	1.99
54340515--54340563	19	2.6	18	78	9	53	18	18	4	59	1.53
54340753--54340825	18	4.1	18	77	15	71	9	21	1	67	1.28
54340769--54340825	16	3.2	17	73	24	55	8	21	0	70	1.14
54340786--54340840	21	2.7	20	84	13	76	9	21	1	67	1.28
54342954--54343058	52	2.1	48	79	10	120	39	12	14	34	1.83
54342929--54343087	50	3.1	51	79	7	164	39	11	14	33	1.83
54356725--54356893	40	4.2	40	86	0	205	24	30	21	23	1.99
54364629--54364797	40	4.2	40	86	0	205	24	30	21	23	1.99
54372236--54372405	41	4.2	40	73	18	152	22	21	27	28	1.99
54384371--54384418	23	2.1	23	100	0	96	35	0	25	39	1.56
54384324--54384467	72	2.0	70	95	2	261	33	4	27	34	1.78
54384394--54384993	96	6.3	94	95	2	1011	32	8	29	29	1.86
54384394--54384993	47	12.6	47	95	1	1011	32	8	29	29	1.86
54384394--54384993	239	2.5	240	94	2	1034	32	8	29	29	1.86
54385112--54385190	37	2.1	37	85	0	104	26	18	29	25	1.98
54396967--54397152	50	3.8	49	83	7	207	25	18	27	27	1.98
54396967--54397153	101	1.9	100	83	5	236	25	18	27	28	1.98
54402768--54402974	40	5.2	40	91	4	305	24	22	27	25	2.00
54410797--54410942	40	3.7	40	82	7	172	23	21	27	26	1.99
54410797--54410975	80	2.2	80	80	6	186	25	21	26	26	1.99
54416987--54417225	79	3.1	78	86	5	297	22	23	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54416987--54417225	39	6.1	40	88	4	303	22	23	28	25	1.99
54416987--54417213	118	1.9	117	86	6	316	22	22	29	25	1.99
54431191--54431374	40	4.6	40	87	4	239	24	28	23	23	1.99
54439244--54439467	40	5.7	39	90	3	290	25	28	23	23	2.00
54439244--54439467	79	2.8	80	87	4	312	25	28	23	23	2.00
54449151--54449266	25	4.6	25	75	3	81	27	18	22	31	1.97
54451803--54451920	19	6.2	18	80	5	110	16	16	26	39	1.90
54451813--54451920	57	1.9	57	86	3	155	16	16	27	38	1.90
54451803--54451920	38	3.1	38	82	2	130	16	16	26	39	1.90
54454399--54454451	21	2.5	22	78	9	56	30	5	28	35	1.80
54457721--54457897	28	6.4	28	94	2	288	26	13	28	31	1.94
54457721--54457897	55	3.2	55	94	1	293	26	13	28	31	1.94
54457721--54457897	83	2.1	82	93	1	300	26	13	28	31	1.94
54465749--54465900	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
54465749--54465900	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
54470847--54471023	40	4.5	40	85	4	218	25	23	25	24	2.00
54470847--54471023	79	2.2	79	84	5	216	25	23	25	24	2.00
54474599--54474821	80	2.8	79	82	3	232	24	21	28	26	1.99
54474652--54474821	40	4.3	40	90	0	234	23	21	28	26	1.99
54474674--54474856	79	2.3	80	82	1	226	25	20	28	25	1.99
54480017--54480088	29	2.5	29	84	4	92	27	15	30	26	1.96
54485261--54485437	40	4.5	40	85	4	218	26	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54485264--54485437	79	2.2	79	84	6	219	27	21	26	24	2.00
54486981--54487153	40	4.3	40	76	12	169	31	26	10	31	1.91
54486980--54487153	80	2.2	80	93	1	305	31	25	10	31	1.90
54496536--54496715	40	4.4	40	86	5	231	23	23	26	25	2.00
54501816--54502003	40	4.7	40	88	3	281	25	22	27	25	2.00
54501816--54502026	80	2.7	79	83	7	277	26	22	26	25	2.00
54501816--54502036	119	1.9	119	83	7	297	26	22	26	24	2.00
54509884--54510100	40	5.5	40	91	3	316	24	23	27	24	2.00
54509880--54510100	119	1.9	119	87	5	331	25	22	27	24	2.00
54516937--54517073	56	2.4	56	88	5	206	27	13	24	35	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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