genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   

This is table  83  of  373  ( 44737 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26047523--26047677	81	1.9	81	81	5	188	30	9	21	37	1.86
26047631--26047891	27	9.7	27	87	0	360	31	9	19	39	1.83
26047571--26047891	81	4.0	80	84	3	340	31	9	20	38	1.84
26050589--26050809	40	5.5	40	86	6	295	25	26	24	23	2.00
26050589--26050809	83	2.7	80	87	5	295	25	26	24	23	2.00
26054516--26054555	11	3.5	12	80	13	57	57	0	0	42	0.98
26054506--26054565	22	2.7	21	92	5	93	58	1	1	38	1.18
26056796--26056886	42	2.2	42	82	7	105	20	38	24	16	1.93
26065514--26065583	23	2.9	24	81	10	72	31	17	24	27	1.97
26074286--26074367	43	1.9	43	94	0	146	34	31	15	18	1.92
26076918--26077005	41	2.1	41	81	10	99	27	14	25	32	1.95
26077919--26078040	61	2.0	61	100	0	244	32	4	24	37	1.77
26089352--26089394	11	3.8	11	80	17	52	30	2	2	65	1.18
26091136--26091241	26	4.1	26	92	0	176	33	6	23	36	1.81
26092750--26093134	40	9.6	40	94	1	646	23	28	20	27	1.99
26100395--26100819	40	10.6	40	95	1	726	23	28	20	27	1.99
26117215--26117251	17	2.2	17	90	9	58	16	16	18	48	1.81
26118659--26118709	26	2.0	26	92	0	84	15	21	27	35	1.94
26118816--26118871	28	2.0	28	100	0	112	21	17	25	35	1.95
26118804--26118878	28	2.4	33	76	21	106	24	17	22	36	1.95
26125380--26125548	39	4.3	40	89	2	225	26	28	20	24	1.99
26125378--26125548	79	2.2	79	84	2	227	26	28	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26125378--26125601	40	5.7	40	85	4	231	26	28	20	24	1.99
26125378--26125601	79	2.8	79	81	4	218	26	28	20	24	1.99
26125533--26125610	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
26133241--26133463	40	5.6	39	85	3	241	26	27	20	24	1.99
26133241--26133463	120	1.9	119	81	6	272	26	27	20	24	1.99
26135844--26135884	21	2.0	21	85	0	55	26	2	12	58	1.46
26141255--26141283	14	2.0	15	93	6	51	20	6	17	55	1.65
26141399--26141527	50	2.5	51	88	5	190	35	14	22	27	1.93
26141503--26141682	31	5.8	31	90	2	263	27	19	27	25	1.99
26141708--26141871	47	3.6	48	83	8	166	29	15	26	29	1.96
26141802--26141915	42	2.7	43	89	4	169	30	14	26	28	1.95
26148710--26149037	50	6.5	50	76	3	273	27	17	24	30	1.97
26148710--26149037	101	3.3	98	74	6	280	27	17	24	30	1.97
26148710--26149045	151	2.2	151	86	1	467	27	18	24	30	1.98
26149251--26149282	16	2.0	16	93	0	55	53	0	12	34	1.39
26149606--26149964	180	2.0	180	86	2	506	37	8	18	34	1.82
26153188--26153297	42	2.6	42	80	0	121	26	25	19	29	1.98
26158306--26158391	43	2.0	43	84	13	115	24	18	30	26	1.98
26159480--26159506	13	2.1	13	100	0	54	55	0	7	37	1.28
26185913--26186046	46	2.9	45	84	7	155	23	29	17	29	1.97
26195041--26195211	49	3.5	49	79	5	161	29	19	25	25	1.99
26196382--26196422	22	1.9	22	95	5	75	9	46	29	14	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26209382--26209418	20	1.9	18	89	10	56	37	16	21	24	1.93
26218806--26218836	3	10.3	3	100	0	62	35	0	0	64	0.94
26221486--26221525	18	2.2	19	86	4	55	60	10	2	27	1.42
26224010--26224381	156	2.4	157	86	5	522	34	20	16	27	1.95
26224295--26224354	30	2.0	30	90	6	95	38	30	11	20	1.88
26234118--26234160	19	2.3	19	84	4	52	72	0	11	16	1.13
26235379--26235411	15	2.1	17	88	11	52	39	0	3	57	1.14
26238050--26238082	18	1.9	18	88	11	52	54	0	0	45	0.99
26238327--26238366	21	2.0	21	95	5	73	27	0	30	42	1.56
26238625--26238739	32	3.6	32	91	1	178	42	8	10	38	1.70
26247768--26247972	44	4.4	48	71	18	182	23	29	18	27	1.98
26247768--26247972	48	4.4	44	72	18	159	23	29	18	27	1.98
26252237--26252555	48	6.6	47	83	3	307	25	27	19	27	1.99
26252241--26252555	145	2.2	144	79	6	334	26	27	19	27	1.99
26252624--26252653	6	5.0	6	100	0	60	50	16	0	33	1.46
26269895--26269924	14	2.2	13	94	5	51	20	6	13	60	1.55
26274429--26274454	10	2.6	10	100	0	52	42	23	7	26	1.81
26274967--26275101	40	3.3	40	80	8	139	36	26	14	22	1.92
26276548--26276705	41	3.9	40	81	5	165	31	24	16	27	1.96
26276553--26276711	81	1.9	83	84	2	214	30	24	16	27	1.97
26276595--26276736	40	3.5	40	78	4	142	30	24	16	28	1.96
26283929--26284581	47	13.6	47	91	4	1018	29	29	7	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26283929--26284581	96	6.8	94	91	4	1018	29	29	7	33	1.86
26283979--26284057	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
26294528--26294626	49	2.0	48	94	1	171	34	21	14	30	1.93
26294528--26294603	23	3.2	23	63	23	57	34	18	15	31	1.92
26297654--26297682	14	2.0	15	93	6	51	51	20	6	20	1.70
26299137--26299200	31	2.2	29	81	13	69	26	20	4	48	1.69
26305827--26305861	13	2.7	13	100	0	70	28	22	25	22	1.99
26308210--26308430	40	5.6	40	82	2	241	25	23	26	24	2.00
26319871--26320091	40	5.6	40	82	2	241	25	23	26	24	2.00
26329591--26329686	34	2.8	33	75	10	77	20	28	22	28	1.99
26333564--26333628	29	2.3	29	83	2	78	27	26	3	43	1.70
26341231--26341350	60	2.0	60	90	3	188	31	22	16	29	1.96
26345289--26345447	55	2.9	56	77	5	164	28	33	17	20	1.95
26346825--26346925	31	3.3	31	91	4	159	30	25	14	28	1.95
26346949--26347040	42	2.2	42	98	0	175	31	19	16	32	1.94
26348229--26348327	27	3.7	27	87	4	146	28	7	23	41	1.80
26348203--26348327	54	2.3	53	84	5	153	28	7	21	42	1.79
26348228--26348369	54	2.7	53	80	8	153	28	11	22	38	1.88
26377806--26377868	18	3.4	18	68	23	58	46	11	15	26	1.80
26377802--26377884	38	2.2	38	97	0	157	49	10	13	26	1.74
26378181--26378301	43	2.8	45	86	5	151	32	26	16	24	1.96
26378791--26378845	28	1.9	29	88	3	85	29	23	1	45	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26393125--26393264	27	5.2	27	79	3	147	27	20	10	42	1.84
26393126--26393264	54	2.6	54	82	6	183	28	19	10	42	1.83
26393269--26393435	81	2.1	81	93	0	280	38	19	17	23	1.93
26393269--26393464	27	7.3	27	85	0	230	37	19	18	23	1.94
26393269--26393462	81	2.4	81	88	0	262	37	19	19	24	1.94
26393663--26393745	27	3.1	26	86	5	103	19	20	22	37	1.94
26393833--26393891	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
26394056--26394127	27	2.7	27	79	10	76	20	25	16	37	1.93
26394247--26394433	6	30.8	6	75	16	163	20	17	13	48	1.80
26394247--26394433	85	2.2	85	95	0	329	20	17	13	48	1.80
26394247--26394433	30	6.4	30	84	11	253	20	17	13	48	1.80
26396447--26396588	27	5.3	27	78	3	160	26	23	11	38	1.88
26396419--26396599	54	3.4	54	79	3	204	28	23	12	36	1.90
26396593--26396788	27	7.3	27	84	0	230	36	19	19	24	1.95
26396593--26396786	81	2.4	81	87	0	271	37	18	19	24	1.94
26396991--26397069	27	3.0	26	85	5	95	21	18	22	36	1.95
26397157--26397215	22	2.7	22	83	0	73	22	25	20	32	1.98
26397380--26397453	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
26397571--26397757	6	30.8	6	74	16	163	20	17	13	48	1.80
26397571--26397757	30	6.4	30	84	9	251	20	17	13	48	1.80
26397632--26397698	25	2.8	24	90	2	98	17	17	14	49	1.80
26397571--26397757	85	2.2	85	96	0	338	20	17	13	48	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26397571--26397778	30	7.1	30	83	11	234	20	17	13	48	1.81
26400145--26400189	23	1.9	24	90	4	74	33	20	2	44	1.63
26400551--26400720	43	4.0	42	82	9	175	34	27	16	21	1.95
26400551--26400720	86	2.0	85	83	5	218	34	27	16	21	1.95
26403156--26403216	27	2.3	27	85	5	79	24	16	26	32	1.96
26408078--26408214	39	3.5	40	92	5	208	24	18	29	27	1.98
26408048--26408214	40	4.2	40	87	5	189	23	17	29	28	1.97
26411951--26412053	37	2.8	37	90	0	170	24	30	20	25	1.99
26412226--26412534	48	6.4	48	96	0	564	31	27	7	34	1.84
26416524--26416691	40	4.2	39	80	3	156	25	27	23	23	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373