genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23431780--23431818	20	1.9	21	84	5	53	25	10	30	33	1.89
23434725--23434780	27	2.1	26	83	3	67	19	25	21	33	1.97
23437539--23437587	15	3.0	17	88	11	84	18	18	20	42	1.89
23439615--23439771	43	3.7	43	73	10	151	26	18	24	31	1.98
23442908--23442986	30	2.6	30	100	0	158	24	32	24	18	1.97
23444652--23444684	8	4.1	8	100	0	66	75	12	0	12	1.04
23447145--23447248	52	2.0	52	92	0	172	45	3	15	35	1.64
23448089--23448198	44	2.5	44	96	0	202	24	29	15	30	1.96
23455741--23455934	40	4.9	40	89	0	291	26	21	27	24	1.99
23455741--23455963	80	2.8	80	86	2	299	27	21	26	23	1.99
23459711--23459973	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
23481912--23482093	40	4.6	40	88	4	253	30	26	21	20	1.98
23481921--23482093	79	2.2	78	87	4	249	31	26	20	21	1.98
23486731--23486761	14	2.1	15	94	5	55	54	0	3	41	1.16
23488748--23488781	17	1.9	18	88	5	52	70	8	0	20	1.13
23488742--23488801	24	2.6	22	82	10	59	73	6	3	16	1.18
23497783--23497816	17	2.0	17	88	11	52	70	2	0	26	1.01
23508430--23508519	43	2.1	43	85	2	119	25	16	23	34	1.95
23513234--23513374	55	2.6	55	80	0	156	27	31	26	14	1.95
23518890--23518923	13	2.6	13	100	0	68	17	14	20	47	1.83
23532608--23532711	42	2.5	42	82	4	113	22	24	34	19	1.96
23539116--23539202	43	2.0	43	97	0	165	49	5	24	20	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23541544--23541660	61	1.9	61	96	0	216	50	12	23	13	1.76
23543566--23543693	49	2.6	49	83	6	152	21	24	22	31	1.98
23543713--23543927	46	4.6	47	78	6	222	23	29	17	28	1.97
23543713--23543887	94	1.9	94	87	0	260	24	30	16	28	1.96
23543745--23543938	94	2.1	94	83	1	237	25	29	16	28	1.97
23545938--23545964	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
23551098--23551276	48	3.8	48	78	3	200	23	28	20	27	1.99
23555230--23555283	24	2.2	24	84	12	67	68	0	0	31	0.90
23555230--23555283	20	2.7	20	77	5	56	68	0	0	31	0.90
23555710--23555747	20	1.9	20	94	0	67	47	2	5	44	1.39
23555714--23555757	20	2.2	20	83	0	52	47	4	9	38	1.56
23571750--23571955	53	3.8	53	79	2	223	37	17	24	20	1.94
23579556--23579638	40	2.1	40	93	0	139	31	12	25	31	1.92
23582024--23582081	25	2.4	24	85	8	73	31	5	3	60	1.35
23582070--23582095	12	2.2	12	100	0	52	23	0	0	76	0.78
23584601--23584711	57	2.0	57	83	5	145	26	30	15	27	1.96
23584598--23584709	28	4.0	28	84	2	127	26	30	15	27	1.96
23588794--23588827	15	2.2	16	94	5	61	14	5	29	50	1.67
23598046--23598149	27	3.9	27	73	5	75	42	20	18	19	1.90
23598476--23598614	27	5.1	27	85	1	190	30	12	15	40	1.85
23602563--23602741	27	6.6	27	80	5	173	25	15	29	29	1.96
23602564--23602713	82	1.8	81	88	4	230	26	16	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23602560--23602741	82	2.2	81	81	3	222	25	15	28	29	1.96
23602698--23602751	27	2.0	27	81	0	63	25	16	27	29	1.97
23610664--23610838	27	6.6	27	80	3	167	26	15	28	29	1.96
23610661--23610809	81	1.9	80	84	5	203	27	16	27	28	1.97
23622558--23622601	8	5.5	8	77	0	52	47	18	22	11	1.80
23622559--23622609	16	3.2	16	81	10	68	50	19	19	9	1.75
23622566--23622611	24	2.0	23	87	12	67	50	17	21	10	1.77
23622820--23622905	28	3.0	28	84	3	109	27	15	27	29	1.96
23631117--23631143	14	1.9	14	100	0	54	37	14	29	18	1.91
23659159--23659238	39	2.1	39	92	0	133	37	11	16	35	1.84
23660663--23660795	68	2.0	67	96	1	248	41	13	19	25	1.88
23663604--23663770	49	3.5	49	78	10	186	25	27	20	26	1.99
23663550--23663778	93	2.4	94	84	9	272	27	28	20	23	1.99
23663637--23663782	44	3.1	49	75	12	162	28	28	19	23	1.98
23671474--23671646	46	3.8	45	75	13	172	23	20	26	30	1.98
23695056--23695227	92	1.9	93	95	1	310	27	29	21	21	1.99
23695049--23695223	46	3.8	46	76	14	198	29	28	21	21	1.98
23702592--23702764	93	1.9	93	96	0	319	27	29	21	21	1.98
23702585--23702760	46	3.8	46	78	12	207	28	28	21	21	1.98
23702636--23702779	46	3.1	46	70	22	122	29	27	20	22	1.98
23704050--23704144	42	2.2	43	85	9	133	30	27	16	25	1.97
23707024--23707055	8	4.0	8	95	0	55	3	25	21	50	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23713481--23713510	15	1.9	16	93	6	53	60	23	0	16	1.36
23713481--23713519	16	2.5	15	87	4	51	58	25	0	15	1.37
23714739--23714851	43	2.6	43	78	14	108	27	27	20	24	1.99
23716688--23716840	27	5.7	27	85	5	186	30	23	8	37	1.85
23716827--23716981	27	5.7	27	86	1	195	43	18	7	30	1.77
23716827--23716981	81	1.9	81	87	0	229	43	18	7	30	1.77
23716991--23717044	27	2.0	26	86	10	74	40	12	11	35	1.79
23718114--23718205	42	2.2	42	100	0	184	31	14	20	33	1.92
23718227--23718306	30	2.6	30	90	4	124	30	18	22	28	1.98
23720205--23720296	42	2.2	42	94	0	157	39	20	11	28	1.88
23720443--23720537	25	3.8	25	90	0	145	26	22	25	26	2.00
23721500--23721557	27	2.1	27	96	0	107	20	29	18	31	1.97
23721623--23721674	27	1.9	27	92	0	86	36	13	11	38	1.81
23721712--23721863	54	2.8	53	88	3	223	28	8	21	40	1.83
23721712--23721866	81	1.9	80	85	3	213	29	9	21	40	1.83
23721608--23721918	80	3.8	81	74	7	229	29	9	19	41	1.83
23721687--23722052	27	13.7	27	81	4	190	31	7	21	38	1.82
23722850--23723229	27	14.2	27	78	6	297	38	20	9	31	1.84
23722850--23723164	81	3.9	81	80	4	359	38	19	8	32	1.83
23722850--23723142	159	1.8	159	87	0	433	39	19	8	32	1.82
23722850--23723148	54	5.6	54	86	2	397	39	20	8	32	1.82
23723159--23723283	27	4.7	27	77	9	94	36	21	10	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23723273--23723486	27	7.9	27	84	3	252	35	18	21	23	1.95
23723265--23723491	81	2.8	81	87	4	314	37	18	20	24	1.94
23723763--23723820	27	2.2	26	84	3	71	20	24	20	34	1.97
23723939--23724044	6	17.3	6	75	14	92	18	15	14	51	1.76
23723939--23724023	25	3.4	25	83	4	111	18	15	14	51	1.76
23726070--23726147	27	2.9	27	82	3	86	41	20	6	32	1.78
23726113--23726205	27	3.4	27	75	11	98	41	18	8	31	1.80
23726254--23726305	27	1.9	27	84	7	70	38	23	21	17	1.93
23727138--23727300	26	6.3	26	84	3	215	27	19	23	28	1.98
23731910--23731956	20	2.3	20	85	7	69	34	10	19	36	1.86
23732006--23732103	25	3.8	26	91	2	146	26	21	23	28	1.99
23732539--23732593	27	2.0	27	100	0	110	18	7	21	52	1.69
23738430--23738608	54	3.3	54	78	6	159	42	21	8	27	1.82
23738430--23738622	27	7.1	27	77	7	144	41	20	8	28	1.82
23738559--23738671	27	4.1	27	77	8	93	41	15	7	34	1.77
23738725--23738801	27	2.9	28	81	11	90	33	18	23	24	1.96
23739599--23739668	25	2.8	24	86	4	86	27	27	22	22	1.99
23739611--23739681	25	2.9	24	83	10	81	28	25	21	25	1.99
23742187--23742341	27	5.8	27	80	6	174	29	24	8	38	1.85
23742187--23742338	53	2.9	54	87	3	193	28	23	8	38	1.84
23742167--23742368	80	2.5	79	76	7	185	31	22	8	37	1.84
23742201--23742474	54	5.1	54	78	7	175	35	22	7	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23742333--23742569	27	8.7	27	75	7	176	40	19	8	31	1.83
23742331--23742483	81	1.9	81	90	2	245	41	20	8	29	1.81
23743474--23743541	25	2.8	24	86	4	82	26	29	23	20	1.99
23743691--23743782	42	2.2	42	94	0	157	31	15	20	32	1.94
23753579--23753665	45	1.9	45	95	0	156	25	13	26	34	1.93
23766177--23766364	49	3.8	49	87	1	232	27	18	25	28	1.98
23768588--23768629	13	2.9	14	80	13	50	52	2	0	45	1.13
23768593--23768622	15	1.9	16	93	6	53	60	0	0	40	0.97
23768666--23768712	19	2.8	17	81	12	53	51	0	0	48	1.00
23769599--23769654	20	2.8	19	86	7	85	50	1	0	48	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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