genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.177.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   

This is table  177  of  373  ( 44737 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59270478--59270667	40	4.8	40	89	5	224	23	20	28	27	1.99
59272070--59273640	519	3.0	517	90	1	2477	26	22	23	27	2.00
59274289--59274336	6	7.8	6	77	13	53	50	12	16	20	1.78
59274455--59274514	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
59274826--59274914	27	3.3	27	84	3	117	43	5	21	29	1.75
59274826--59274928	27	3.8	27	83	5	109	43	6	19	30	1.77
59286299--59286413	47	2.4	47	86	2	151	30	12	30	26	1.92
59286355--59286475	62	2.0	62	86	6	174	31	14	28	26	1.94
59286417--59286696	47	6.0	47	87	3	390	35	12	27	25	1.92
59286330--59286696	141	2.5	144	81	11	426	34	13	27	25	1.93
59286710--59286801	46	2.0	47	84	2	123	34	6	31	27	1.82
59286420--59286786	187	2.0	187	80	10	412	34	11	28	25	1.91
59288210--59288676	39	11.9	39	84	5	561	25	20	28	26	1.99
59288210--59288674	79	5.9	79	88	4	604	25	20	28	26	1.99
59292392--59292881	47	10.6	47	91	2	713	33	12	28	26	1.92
59292571--59292646	22	3.3	22	65	28	59	31	13	30	25	1.93
59292362--59292881	185	2.8	186	88	2	726	33	11	28	26	1.92
59292712--59292783	21	3.2	21	66	22	56	31	12	29	26	1.93
59292804--59292878	22	3.3	22	68	26	66	34	13	28	24	1.93
59292362--59292881	232	2.2	231	87	1	745	33	11	28	26	1.92
59292895--59292985	46	2.0	46	86	0	128	34	6	31	27	1.83
59295024--59295082	15	4.2	13	75	24	50	20	1	0	77	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59295019--59295065	5	9.4	5	78	17	53	19	2	0	78	0.85
59295017--59295081	24	2.6	25	81	11	73	21	1	0	76	0.86
59297632--59297827	99	2.0	98	86	2	277	29	13	24	32	1.94
59298471--59298513	22	2.0	22	90	0	68	18	18	4	58	1.56
59298498--59298536	10	3.9	10	80	12	53	23	7	0	69	1.14
59310761--59310785	13	1.9	13	100	0	50	40	32	4	24	1.73
59310792--59310816	12	2.1	12	100	0	50	24	16	16	44	1.86
59317328--59317437	40	2.8	40	87	2	141	25	27	20	26	1.99
59317371--59317517	40	3.7	40	91	3	217	29	26	19	23	1.98
59322245--59322420	46	3.8	45	78	12	196	21	19	28	30	1.97
59322242--59322412	93	1.8	93	92	0	288	21	19	29	29	1.98
59324130--59324275	68	2.1	69	93	2	249	26	25	21	26	2.00
59330700--59330875	46	3.8	46	77	12	198	21	20	28	28	1.98
59330697--59330868	93	1.8	93	93	0	299	22	20	29	27	1.99
59337728--59337903	46	3.8	46	78	12	198	21	20	28	28	1.98
59337725--59337896	93	1.8	93	93	0	299	22	20	29	27	1.99
59340251--59340280	13	2.3	13	94	0	51	33	16	3	46	1.64
59348094--59348141	22	2.1	23	88	3	71	27	0	4	68	1.07
59348426--59348477	16	3.2	16	86	0	68	40	1	25	32	1.67
59348646--59348812	58	2.8	56	78	12	156	53	3	1	41	1.26
59358652--59358780	49	2.6	49	85	2	170	22	28	20	27	1.99
59362961--59363012	26	2.0	26	100	0	104	19	3	50	26	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59364072--59364159	43	2.0	43	100	0	176	42	21	2	34	1.66
59365299--59365579	138	2.0	139	93	0	474	33	23	7	35	1.83
59368713--59368750	19	2.0	20	85	15	53	39	21	0	39	1.53
59368979--59369146	46	3.6	46	77	13	191	29	28	20	21	1.98
59368980--59369150	93	1.8	93	93	0	297	29	28	21	21	1.98
59369025--59369166	46	3.1	44	75	14	128	28	28	19	22	1.98
59372445--59372668	40	5.6	40	85	3	288	25	23	25	25	2.00
59372449--59372668	83	2.7	80	86	5	284	25	23	25	25	2.00
59379170--59379207	19	2.0	20	85	15	53	39	21	0	39	1.53
59394807--59394859	26	2.0	26	96	0	97	28	15	22	33	1.94
59413340--59413373	15	2.3	15	94	0	59	11	2	55	29	1.50
59413405--59413454	15	3.5	15	73	15	61	10	20	34	36	1.86
59413399--59413453	27	2.0	27	100	0	110	10	21	29	38	1.88
59416101--59416135	18	2.0	18	88	5	54	68	0	0	31	0.90
59416389--59416464	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
59416418--59416496	35	2.2	37	86	13	121	35	16	10	37	1.82
59416439--59416494	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
59416425--59416496	19	3.9	19	89	10	123	36	15	11	37	1.83
59416851--59417005	45	3.5	45	90	3	242	23	30	15	30	1.95
59416851--59417079	89	2.5	89	81	6	257	25	27	16	31	1.96
59417019--59417235	78	2.8	78	87	2	319	25	23	18	32	1.97
59416904--59417522	287	2.1	288	85	2	821	26	25	17	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59417262--59417615	78	4.4	83	76	13	339	27	24	16	30	1.97
59417316--59417615	78	3.9	78	85	2	408	26	25	16	32	1.96
59417558--59418004	220	2.0	220	92	1	745	26	22	18	32	1.97
59425415--59425484	35	2.0	35	100	0	140	22	25	28	22	1.99
59426847--59426883	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
59426934--59426968	18	1.9	18	94	0	61	40	22	8	28	1.84
59427332--59427451	39	3.1	39	90	0	177	23	29	20	27	1.98
59428728--59428768	21	2.0	21	85	9	57	31	24	4	39	1.76
59435003--59435180	27	6.6	27	83	3	205	29	28	15	26	1.96
59435024--59435179	82	1.9	81	88	3	233	29	28	16	26	1.96
59443060--59443237	27	6.6	27	83	3	205	29	28	15	26	1.96
59443081--59443236	82	1.9	81	88	3	233	29	28	16	26	1.96
59445139--59445173	17	2.1	17	89	10	54	65	0	0	34	0.93
59445426--59445483	22	2.7	21	76	10	53	43	17	3	36	1.66
59445455--59445552	35	2.7	37	86	12	141	34	16	11	37	1.84
59445462--59445552	19	4.9	19	89	8	152	35	15	12	37	1.84
59446971--59447129	56	2.7	59	81	14	181	53	2	1	42	1.22
59450275--59450400	27	4.7	27	88	2	166	21	23	16	38	1.93
59453077--59453304	40	5.6	41	86	4	277	24	21	23	31	1.98
59461637--59461877	47	5.1	47	88	0	347	31	10	30	27	1.91
59461658--59461877	94	2.3	94	95	0	395	31	11	30	26	1.92
59462353--59462502	40	3.7	41	89	6	209	22	22	24	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59462353--59462502	82	1.8	81	84	9	207	22	22	24	30	1.99
59465495--59465553	27	2.1	28	81	9	68	45	10	20	23	1.81
59470824--59470860	15	2.5	15	90	0	56	24	27	5	43	1.76
59471459--59471512	24	2.2	24	96	0	99	18	29	12	38	1.88
59482774--59482857	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
59487666--59487749	26	3.2	26	94	0	141	33	4	23	38	1.76
59489233--59489285	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
59491497--59491544	23	2.1	23	84	7	62	52	6	0	41	1.27
59491602--59491632	16	2.0	16	93	6	55	48	0	0	51	1.00
59491637--59491681	23	2.0	22	82	8	54	51	8	0	40	1.33
59498245--59498291	22	2.3	20	89	10	69	44	0	14	40	1.46
59498251--59498296	22	2.1	22	100	0	92	36	0	17	45	1.49
59503749--59503786	19	2.0	19	100	0	76	26	0	15	57	1.38
59504255--59504353	41	2.5	39	85	3	126	24	14	27	34	1.94
59504255--59504339	41	2.1	41	89	4	129	23	12	28	35	1.92
59511015--59511192	27	6.6	27	82	3	178	30	28	14	26	1.95
59511036--59511191	82	1.9	81	86	3	224	30	28	14	26	1.95
59513095--59513214	46	2.6	44	89	5	168	22	30	20	27	1.98
59516687--59516713	12	2.2	12	100	0	54	37	33	14	14	1.88
59518462--59518686	49	4.6	49	79	4	181	26	18	30	24	1.98
59518371--59518630	98	2.8	93	78	10	267	25	19	29	25	1.98
59521192--59521305	39	2.9	39	81	2	122	21	21	30	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59524035--59524115	43	1.9	42	82	2	99	18	24	38	18	1.93
59527019--59527242	40	5.6	40	83	3	252	25	22	25	26	2.00
59527025--59527242	83	2.7	80	85	5	262	25	22	26	25	2.00
59531143--59531366	40	5.6	40	82	3	252	25	22	25	26	2.00
59531149--59531366	83	2.7	80	85	5	262	24	22	26	25	2.00
59535674--59535880	40	5.2	40	91	5	298	24	23	27	24	2.00
59537193--59537292	40	2.6	38	83	3	119	11	14	38	37	1.81
59542090--59542249	38	4.2	37	85	9	196	21	22	25	30	1.99
59542106--59542249	76	1.9	76	91	2	236	20	22	25	31	1.98
59543848--59543883	2	18.0	2	88	0	54	2	2	47	47	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373