genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.203.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  203  of  373  ( 44737 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68569759--68569850	42	2.2	42	96	0	166	31	16	19	32	1.94
68569874--68569957	31	2.7	31	90	1	134	27	15	26	30	1.96
68578264--68578302	14	2.7	14	84	4	51	0	20	0	79	0.73
68579086--68579142	24	2.4	24	100	0	114	17	17	40	24	1.91
68582820--68582871	16	3.2	16	68	10	52	42	32	0	25	1.55
68582814--68582879	32	2.1	32	100	0	132	40	31	0	27	1.56
68584986--68585108	46	2.6	46	84	7	151	26	17	30	25	1.97
68589168--68589346	27	6.6	27	83	3	207	27	15	27	29	1.96
68589169--68589324	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
68589165--68589346	82	2.2	81	83	2	231	27	15	27	29	1.96
68592730--68592786	30	1.9	29	89	3	87	54	15	15	14	1.72
68598869--68598922	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
68599149--68599393	49	4.9	49	81	3	256	26	17	26	29	1.98
68599253--68599336	28	3.2	28	63	30	76	25	16	29	28	1.97
68599153--68599377	101	2.3	98	83	2	261	27	17	26	29	1.97
68604429--68604491	30	2.1	30	91	5	101	58	11	4	25	1.51
68608141--68608332	39	4.9	40	80	3	144	29	28	20	21	1.98
68608173--68608336	78	2.1	78	80	3	179	28	28	20	22	1.99
68608211--68608336	39	3.2	39	89	0	189	28	29	19	22	1.98
68614818--68614912	39	2.5	40	81	6	106	27	29	22	21	1.99
68614836--68614922	39	2.2	39	87	0	120	31	28	18	21	1.97
68616124--68616167	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68618668--68618721	11	5.3	11	74	17	62	35	14	20	29	1.93
68618668--68618721	20	2.7	20	94	0	90	35	14	20	29	1.93
68618771--68618851	23	3.4	24	84	8	103	29	17	20	32	1.96
68619059--68619122	31	2.1	31	90	0	101	37	14	23	25	1.92
68625128--68625160	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
68628062--68628118	6	9.7	6	92	1	89	82	1	1	14	0.83
68633441--68633473	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
68636628--68636848	40	5.6	40	90	2	322	21	27	23	27	1.99
68640145--68640366	47	4.7	46	75	11	193	27	19	30	22	1.98
68647882--68648050	47	3.6	46	85	7	200	28	20	26	24	1.99
68647931--68648140	94	2.2	94	82	4	244	27	18	30	23	1.97
68647876--68648146	47	5.8	46	75	15	166	27	18	29	24	1.98
68655518--68655782	48	5.8	48	81	11	329	24	16	30	28	1.96
68655638--68655715	37	2.1	37	95	0	138	23	17	30	28	1.97
68655592--68655763	85	2.0	85	94	2	301	24	15	31	29	1.95
68655542--68655789	133	1.9	133	89	3	392	24	16	30	29	1.96
68662190--68662302	43	2.6	43	84	4	138	30	30	20	19	1.97
68666086--68666243	86	1.8	85	82	6	203	31	29	15	22	1.95
68666892--68666916	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
68675049--68675139	40	2.3	40	82	3	103	28	26	14	30	1.95
68679159--68679221	20	3.2	20	90	0	99	25	33	28	12	1.92
68684516--68684760	49	4.9	49	83	3	301	28	27	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68684529--68684760	100	2.3	98	86	2	320	28	28	18	24	1.98
68691893--68691950	30	2.0	29	90	10	91	34	24	15	25	1.95
68696565--68696641	39	2.0	39	97	0	145	20	24	29	24	1.99
68697689--68698035	47	7.4	47	89	0	505	28	30	8	32	1.87
68697689--68698038	141	2.5	141	91	0	556	28	30	8	32	1.87
68701975--68702326	40	8.8	40	91	0	562	25	30	22	21	1.98
68704168--68704514	47	7.4	47	88	1	498	28	30	8	32	1.87
68717950--68718094	40	3.6	40	79	4	157	24	25	23	26	2.00
68725949--68726059	40	2.8	40	83	1	98	25	28	23	22	1.99
68725972--68726116	40	3.6	40	84	4	184	23	25	24	26	2.00
68732056--68732115	31	1.9	31	86	0	84	33	3	8	55	1.47
68737334--68737367	15	2.2	16	89	5	52	20	0	5	73	1.04
68737387--68737429	14	3.1	14	86	10	61	51	0	2	46	1.13
68737704--68737790	44	2.0	44	95	0	156	48	10	10	31	1.71
68737759--68737818	29	2.1	28	81	9	68	53	11	8	26	1.65
68741425--68741538	46	2.5	46	87	7	160	21	28	20	29	1.98
68741425--68741573	46	3.2	45	80	11	151	20	29	20	29	1.98
68742994--68743087	27	3.5	27	92	0	125	40	10	22	26	1.86
68760124--68760299	46	3.8	46	80	4	210	21	21	28	28	1.98
68760121--68760291	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	27	1.99
68763211--68763292	30	2.8	29	80	12	94	10	18	17	53	1.72
68763220--68763299	15	5.4	15	73	10	67	10	18	13	57	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68765692--68765822	46	2.8	48	75	16	148	22	19	28	29	1.98
68773467--68773658	40	4.8	40	80	6	176	25	21	27	25	2.00
68773520--68773684	79	2.1	79	79	6	174	26	20	26	26	1.99
68784123--68784401	27	10.4	27	73	15	181	31	9	19	38	1.84
68784126--68784390	54	4.9	54	75	11	222	33	9	17	39	1.83
68784124--68784405	81	3.5	81	79	6	277	31	9	19	38	1.85
68793570--68793648	40	2.0	39	85	2	104	30	31	20	17	1.96
68793723--68793831	47	2.4	45	84	7	130	25	29	11	33	1.92
68800690--68800755	24	2.8	25	76	17	68	27	30	4	37	1.77
68804456--68804701	50	4.9	49	77	5	224	30	25	17	26	1.97
68807414--68807458	15	3.0	15	86	0	63	57	13	15	13	1.65
68813379--68813500	61	2.0	61	93	0	208	35	18	16	30	1.93
68819311--68819512	43	4.7	43	71	15	123	30	26	16	25	1.97
68819434--68819524	45	2.0	45	86	0	128	36	26	14	23	1.93
68820073--68820104	15	2.1	15	94	0	55	53	25	0	21	1.46
68822801--68822850	22	2.1	24	82	10	59	24	14	16	46	1.83
68823686--68823845	40	4.0	40	88	3	198	25	28	21	25	1.99
68825612--68825787	46	3.8	46	78	4	192	30	28	19	21	1.97
68825620--68825791	93	1.8	93	92	0	290	29	29	19	21	1.98
68836102--68836273	46	3.7	46	78	10	188	21	20	27	30	1.98
68836101--68836269	93	1.8	93	90	0	275	21	20	27	29	1.98
68836499--68836536	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68843671--68843841	46	3.7	46	78	12	199	22	19	28	29	1.98
68843668--68843836	92	1.8	92	92	2	286	21	20	28	28	1.98
68844062--68844099	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
68861981--68862068	45	2.0	45	90	0	140	23	20	25	30	1.98
68861993--68862104	43	2.5	44	84	2	127	25	19	27	26	1.99
68863233--68863270	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
68863500--68863670	93	1.8	93	88	0	261	29	26	21	22	1.99
68863495--68863667	46	3.7	46	75	10	172	30	26	20	23	1.99
68864089--68864149	30	2.0	30	87	0	86	34	24	4	36	1.77
68884410--68884587	27	6.6	27	80	3	160	29	27	16	26	1.97
68887009--68887202	47	4.1	47	87	0	262	35	9	27	27	1.88
68887173--68887308	50	2.8	47	85	8	191	36	5	26	30	1.80
68887167--68887329	50	3.3	49	80	14	181	33	6	28	31	1.83
68887455--68887563	37	2.9	37	93	0	182	23	19	30	26	1.98
68889566--68889685	28	4.2	28	80	3	134	25	12	34	27	1.92
68895470--68895647	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
68895471--68895626	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
68895467--68895647	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
68898575--68898606	15	2.1	15	94	0	55	53	21	12	12	1.71
68902190--68902363	59	2.9	59	88	1	260	30	29	16	22	1.96
68905278--68905397	46	2.6	46	78	7	118	30	16	29	24	1.97
68905373--68905494	47	2.6	48	84	6	153	29	17	27	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68909088--68909173	39	2.2	39	93	0	145	23	26	24	25	2.00
68909110--68909224	40	2.9	40	84	1	133	26	23	20	29	1.98
68911986--68912079	27	3.6	26	80	9	102	21	21	20	37	1.95
68912102--68912382	27	10.3	27	75	9	158	29	7	21	41	1.80
68912189--68912340	81	1.9	82	85	1	216	25	5	23	46	1.72
68912189--68912365	82	2.2	81	83	1	210	26	5	22	45	1.74
68912370--68912594	27	8.3	27	91	2	317	41	10	21	27	1.85
68912359--68912594	81	2.9	81	89	1	357	41	9	21	27	1.84
68924591--68924631	22	1.9	21	85	5	55	14	41	26	17	1.88
68933556--68933628	38	1.9	38	100	0	146	30	16	21	31	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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