genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.170.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56964987--56965209	40	5.6	39	79	7	198	26	21	26	25	2.00
56977691--56977868	79	2.2	79	82	3	214	26	21	27	24	1.99
56977638--56977860	40	5.6	39	79	7	198	25	21	27	25	1.99
56977691--56977895	79	2.6	80	79	6	195	26	21	27	24	1.99
56982943--56982972	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
56984038--56984126	39	2.2	40	88	2	126	32	23	21	22	1.98
56984058--56984152	40	2.4	40	84	5	113	25	21	21	32	1.98
56984585--56984683	49	2.0	49	100	0	198	40	2	11	46	1.51
56984788--56984872	21	3.9	22	72	6	66	18	0	40	41	1.51
56990582--56990765	43	4.3	43	93	1	316	22	19	31	26	1.98
56990582--56990765	85	2.2	86	93	1	316	22	19	31	26	1.98
56993928--56994070	55	2.6	56	78	2	137	16	26	30	26	1.96
56999603--56999655	3	17.7	3	96	0	97	67	1	0	30	1.01
57002716--57002749	17	1.9	18	88	5	52	50	14	14	20	1.78
57007341--57007392	20	2.6	20	82	11	70	21	34	30	13	1.92
57007604--57007763	48	3.4	47	78	8	144	30	18	27	23	1.98
57017771--57017798	13	2.2	13	100	0	56	17	35	32	14	1.90
57031167--57031283	42	2.7	42	75	11	105	29	11	24	34	1.91
57033490--57033519	14	2.1	14	93	0	51	20	46	0	33	1.51
57034214--57034400	6	30.8	6	76	16	172	48	13	17	20	1.80
57034214--57034400	30	6.4	30	83	11	244	48	13	17	20	1.80
57034214--57034400	85	2.2	85	96	0	338	48	13	17	20	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57034518--57034575	27	2.2	27	87	3	82	34	22	25	17	1.96
57034756--57034814	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
57034902--57034984	27	3.1	26	86	5	103	38	20	21	19	1.93
57035185--57035371	27	6.9	27	83	3	207	25	20	18	34	1.96
57035183--57035371	54	3.5	54	87	1	263	25	20	19	34	1.96
57035185--57035371	81	2.3	82	84	1	234	25	20	18	34	1.96
57035383--57035954	27	21.2	27	88	4	769	40	10	22	26	1.86
57038067--57038258	39	4.9	39	93	0	330	27	29	20	22	1.98
57042100--57042362	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
57042139--57042397	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
57050034--57050297	40	6.7	40	87	4	311	24	20	28	26	1.99
57050086--57050330	80	3.1	80	85	2	253	25	20	28	25	1.99
57051716--57051777	26	2.3	27	88	2	90	30	19	24	25	1.98
57052051--57052147	34	2.9	34	93	1	160	27	19	23	28	1.98
57059562--57059638	26	2.9	27	86	11	122	32	19	20	27	1.97
57064323--57064690	47	7.7	47	93	2	594	32	8	29	28	1.88
57064809--57064887	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
57070729--57070802	24	3.1	24	86	0	103	24	10	31	33	1.90
57078206--57078235	15	2.0	15	93	0	51	30	0	16	53	1.44
57078677--57078835	24	6.6	24	69	9	92	25	14	28	32	1.95
57085359--57085499	57	2.5	57	83	6	171	31	24	16	26	1.96
57095449--57095508	17	3.6	17	71	8	52	5	18	3	73	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57095498--57095550	19	2.7	19	73	2	52	3	13	3	79	1.01
57095499--57095573	34	2.1	36	83	13	95	6	16	2	74	1.14
57095498--57095575	33	2.3	32	81	12	79	6	16	2	74	1.14
57100666--57100754	30	3.0	31	78	4	94	29	24	16	29	1.97
57107645--57107691	8	5.9	8	82	9	51	38	0	0	61	0.96
57108833--57108865	15	2.2	15	89	10	50	0	24	15	60	1.35
57123920--57123962	20	2.2	20	100	0	86	34	20	9	34	1.85
57123996--57124072	40	1.9	40	89	5	120	35	25	15	23	1.94
57133318--57133359	22	1.9	22	100	0	84	26	9	19	45	1.80
57138167--57138359	54	3.6	53	73	3	154	19	23	18	37	1.94
57145647--57145751	53	2.0	53	83	3	131	21	24	17	36	1.95
57156424--57156477	20	2.7	20	97	0	99	20	38	25	14	1.91
57159918--57159977	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
57164445--57164581	46	3.0	46	86	0	193	25	29	8	35	1.86
57164560--57164690	47	2.8	47	91	0	208	25	29	12	32	1.92
57168919--57169545	40	15.7	40	84	0	795	26	26	22	24	2.00
57168919--57169545	80	7.8	80	94	0	1011	26	26	22	24	2.00
57171031--57171167	46	3.0	46	89	0	202	26	30	8	35	1.85
57171141--57171276	47	2.9	47	92	0	218	25	29	11	33	1.91
57178133--57178193	30	2.0	30	87	0	86	37	6	24	31	1.81
57186330--57186443	28	4.0	29	87	4	153	28	29	14	27	1.96
57186321--57186430	57	1.9	57	87	3	159	27	30	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57186653--57186696	8	5.6	8	82	12	56	4	20	22	52	1.65
57187803--57187834	16	2.0	16	93	0	55	12	3	31	53	1.54
57193869--57193978	29	3.9	29	82	8	120	29	30	13	27	1.94
57207301--57207336	18	2.0	18	100	0	72	44	33	5	16	1.71
57213921--57213959	21	1.9	20	89	5	60	28	30	28	12	1.93
57218070--57218189	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
57219151--57219375	40	5.7	40	83	5	260	24	22	27	25	2.00
57225846--57225965	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
57226573--57226662	45	2.0	45	100	0	180	33	13	17	35	1.89
57226972--57227196	40	5.7	40	85	5	287	24	22	28	24	2.00
57236243--57236561	50	6.6	48	78	11	187	24	29	19	26	1.98
57236247--57236368	49	2.6	47	86	5	156	26	30	18	25	1.98
57236289--57236468	50	3.6	50	87	3	222	24	30	19	26	1.98
57243997--57244249	43	5.9	43	80	7	255	27	20	28	24	1.99
57246287--57246469	84	2.2	84	92	0	303	34	16	8	40	1.79
57253169--57253196	14	2.0	14	100	0	56	42	21	21	14	1.88
57253539--57253721	79	2.3	81	83	7	223	24	27	22	25	2.00
57253518--57253721	40	5.1	40	80	10	222	24	27	22	25	2.00
57261709--57261891	79	2.3	81	80	7	196	25	27	21	24	1.99
57261688--57261891	40	5.1	40	77	8	202	25	27	21	25	1.99
57265029--57265064	17	2.1	17	89	0	54	19	8	2	69	1.27
57268775--57268814	4	10.0	4	84	10	55	80	0	0	20	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57268891--57268943	26	2.0	26	100	0	106	33	11	11	43	1.76
57273701--57273739	19	2.1	19	100	0	78	48	15	25	10	1.76
57288731--57288791	30	2.0	30	83	0	77	39	6	24	29	1.80
57289064--57289099	18	1.9	19	88	5	56	41	0	11	47	1.39
57289432--57289684	68	3.9	64	76	13	167	30	15	29	24	1.96
57291025--57291088	32	2.0	32	100	0	128	28	3	21	46	1.66
57309874--57310092	79	2.7	82	80	9	240	26	27	21	25	1.99
57309888--57310092	40	5.1	41	82	8	228	25	27	21	24	1.99
57317965--57318147	40	4.7	40	82	8	207	25	27	22	24	2.00
57317965--57318147	78	2.3	80	79	10	198	25	27	22	24	2.00
57322895--57323383	43	11.3	43	85	1	609	27	16	24	30	1.97
57323329--57323576	56	4.4	56	84	1	309	28	12	24	34	1.92
57323889--57323921	18	1.9	17	88	11	50	39	3	15	42	1.62
57327575--57328064	48	10.1	48	89	4	725	36	6	25	31	1.81
57328215--57328317	37	2.8	37	94	1	172	24	18	31	26	1.98
57329571--57329932	40	9.1	40	88	0	490	23	20	28	26	1.99
57329572--57329918	120	2.9	120	89	0	541	23	21	28	26	1.99
57330094--57330144	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
57333302--57333365	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
57333572--57333675	24	4.4	24	92	4	160	27	22	22	27	1.99
57333572--57333675	46	2.2	46	88	6	156	27	22	22	27	1.99
57333732--57333788	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57333720--57333790	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
57333725--57333779	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
57336370--57336851	48	10.1	48	89	5	719	36	6	25	31	1.81
57336998--57337106	37	2.9	37	93	0	182	23	19	30	26	1.98
57338361--57338723	40	9.1	40	89	0	492	23	20	28	27	1.99
57342172--57342663	48	10.1	48	89	4	720	36	6	25	31	1.81
57342179--57342660	98	4.9	98	87	6	726	36	6	25	31	1.81
57342810--57342918	37	2.9	37	94	0	182	23	19	30	26	1.98
57346623--57346742	42	2.9	42	76	5	109	30	25	15	30	1.95
57352949--57353001	25	2.1	25	100	0	106	20	18	32	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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