Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   

This is table  294  of  373  ( 44737 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99712360--99712403
22
2.0
22
82
8
54
38
2
15
43
1.60
99714101--99714133
8
4.1
8
100
0
66
0
12
0
87
0.53
99714105--99714140
16
2.2
16
90
0
54
0
11
2
86
0.68
99715364--99715457
23
4.1
23
85
0
134
22
25
4
47
1.69
99717524--99717617
23
4.1
23
85
0
134
22
25
4
47
1.69
99721669--99721716
18
2.7
18
93
0
69
43
10
10
35
1.73
99721669--99721709
18
2.3
18
100
0
82
48
9
12
29
1.72
99728896--99728935
11
3.5
11
86
13
55
32
0
2
65
1.06
99729433--99729499
33
2.0
33
100
0
134
49
8
11
29
1.70
99732481--99732528
23
2.1
22
81
14
53
37
0
0
62
0.95
99733852--99733918
34
1.9
35
93
3
118
46
11
8
32
1.72
99741041--99741082
17
2.5
18
81
11
54
33
0
2
64
1.07
99751055--99751094
8
4.9
8
87
6
62
67
0
0
32
0.91
99751038--99751095
17
3.2
19
81
16
70
68
1
0
29
0.99
99751055--99751103
25
2.0
25
88
8
73
71
0
0
28
0.86
99751470--99751514
19
2.4
19
85
7
56
20
0
6
73
1.05
99752888--99752939
17
3.4
17
65
29
53
21
7
3
67
1.32
99752884--99752939
28
2.0
28
96
0
103
21
8
3
66
1.35
99754387--99754467
39
2.1
39
100
0
162
41
17
12
28
1.85
99757335--99757398
27
2.4
27
86
5
94
34
23
21
20
1.97
99759861--99759923
25
2.5
24
87
2
81
34
3
1
60
1.22
99770826--99770997
46
3.7
46
76
8
152
25
30
18
25
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99770826--99770997
93
1.8
94
83
6
233
25
30
18
25
1.98
99778540--99778710
46
3.7
46
75
9
150
24
28
19
27
1.99
99778539--99778710
94
1.8
92
84
7
231
24
28
19
27
1.99
99780818--99780894
38
2.0
38
92
0
127
46
7
16
28
1.75
99783023--99783054
14
2.4
13
90
10
55
62
12
6
18
1.50
99792686--99792793
29
3.7
29
79
8
123
25
13
32
27
1.94
99798244--99798348
29
3.7
29
83
6
126
25
15
34
24
1.95
99799724--99799766
21
2.0
21
86
8
61
37
6
34
20
1.80
99799753--99799791
21
1.9
20
84
5
51
51
2
28
17
1.59
99803546--99803600
28
2.0
28
92
0
92
25
7
5
61
1.44
99805293--99805389
41
2.4
38
80
11
104
42
16
19
21
1.89
99806569--99806600
15
2.1
15
94
0
55
65
0
6
28
1.16
99807383--99807499
37
3.2
37
88
0
180
16
48
11
23
1.78
99808830--99808858
14
2.1
14
100
0
58
55
0
13
31
1.39
99810228--99810261
17
2.0
17
100
0
68
52
5
5
35
1.50
99810285--99810555
9
30.8
9
68
21
82
45
14
2
36
1.60
99810285--99810426
16
9.0
16
71
13
89
45
14
2
37
1.57
99810302--99810618
30
10.5
30
71
18
223
45
14
3
37
1.61
99810352--99810507
46
3.3
46
85
6
222
46
14
3
36
1.60
99810412--99810664
81
3.2
81
93
2
426
46
14
3
35
1.61
99810604--99810695
16
5.9
16
80
5
107
48
17
1
32
1.54
99810574--99810680
46
2.3
46
96
0
196
47
16
1
33
1.58
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99812315--99812343
14
2.1
14
93
6
51
34
0
6
58
1.25
99812756--99812799
21
2.1
21
83
8
54
31
22
43
2
1.66
99813169--99813249
43
1.9
42
87
2
117
29
20
18
30
1.97
99813169--99813261
43
2.2
43
82
3
107
33
21
17
27
1.96
99819033--99819074
20
2.2
19
86
4
57
52
4
16
26
1.63
99819041--99819081
20
2.0
20
86
9
57
58
4
12
24
1.53
99819140--99819232
3
32.0
3
67
18
54
65
2
5
26
1.25
99819717--99819797
13
6.0
13
72
13
74
9
2
49
38
1.49
99819702--99819795
30
3.3
30
75
14
108
12
2
50
35
1.53
99819721--99819804
25
3.2
25
67
23
64
9
2
50
38
1.48
99820034--99820898
88
9.9
88
87
1
1132
21
24
20
33
1.97
99820039--99820898
351
2.5
350
84
2
1138
21
24
20
33
1.97
99820656--99820888
44
5.3
44
62
15
122
20
24
21
33
1.97
99820970--99821094
64
2.0
64
88
0
187
35
16
19
29
1.93
99825487--99825536
24
2.1
24
85
7
66
42
16
22
20
1.89
99827674--99827715
20
2.2
19
91
4
66
54
4
14
26
1.59
99827682--99827722
20
2.0
20
86
9
57
58
4
12
24
1.53
99827781--99827974
3
65.0
3
66
18
57
61
3
6
28
1.38
99827823--99827875
20
2.7
20
71
11
54
67
1
5
24
1.22
99828354--99828417
13
5.0
13
85
11
96
7
1
50
40
1.41
99828364--99828411
25
1.9
25
95
0
87
8
2
47
41
1.45
99828354--99828417
25
2.5
25
82
14
78
7
1
50
40
1.41
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99828550--99828663
57
2.0
57
96
0
210
10
26
21
42
1.85
99828711--99831157
88
27.9
88
86
1
3230
21
24
20
33
1.97
99831229--99831353
64
2.0
64
88
0
187
36
15
18
30
1.92
99831922--99831963
13
3.3
13
75
18
52
7
2
50
40
1.43
99836729--99836753
13
1.9
13
100
0
50
60
16
16
8
1.58
99836772--99836837
32
2.1
32
100
0
132
18
13
21
46
1.83
99837186--99837285
50
2.0
50
100
0
200
16
26
10
48
1.77
99840689--99840802
59
1.9
60
85
1
158
39
4
13
42
1.64
99844306--99844404
51
1.9
51
93
0
171
36
15
13
35
1.86
99845473--99845513
22
1.9
22
90
5
66
17
26
43
12
1.84
99846793--99846958
47
3.6
46
72
17
146
26
28
16
28
1.97
99846692--99846955
94
2.8
96
80
6
297
25
29
16
28
1.97
99849764--99849799
18
2.0
18
88
0
54
41
25
0
33
1.55
99854400--99854617
47
4.7
47
72
14
166
25
27
18
28
1.98
99854447--99854617
94
1.8
94
86
5
249
25
28
18
28
1.98
99860685--99860710
13
2.0
13
100
0
52
15
84
0
0
0.62
99861694--99861744
23
2.2
23
89
0
75
39
1
9
49
1.47
99862184--99862233
10
5.0
10
81
13
59
22
8
2
68
1.26
99862934--99863024
39
2.3
39
81
11
96
30
9
1
58
1.38
99865842--99865884
15
2.9
15
89
6
52
23
2
0
74
0.93
99865842--99865888
8
6.2
8
83
11
64
21
2
0
76
0.89
99865842--99865888
23
2.1
23
88
11
71
21
2
0
76
0.89
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99866993--99867174
96
1.9
97
88
1
276
29
15
24
30
1.96
99867172--99867216
21
2.1
21
87
0
63
77
0
2
20
0.87
99867839--99867888
10
5.0
10
81
13
59
22
8
2
68
1.26
99868945--99869021
38
2.0
38
87
0
109
22
33
0
44
1.53
99872277--99872342
25
2.6
25
100
0
132
19
24
24
31
1.98
99875300--99875358
30
2.0
30
82
0
73
28
23
8
38
1.84
99895717--99895812
48
2.0
48
100
0
192
18
31
20
29
1.97
99898565--99898623
26
2.2
26
82
11
66
35
0
0
64
0.94
99926491--99927515
44
23.5
43
81
4
796
31
14
26
27
1.95
99926491--99927515
132
7.8
133
82
5
1099
31
14
26
27
1.95
99926491--99927515
88
11.7
87
81
5
970
31
14
26
27
1.95
99927037--99927108
36
2.0
36
94
0
126
33
11
33
22
1.89
99929040--99929081
20
2.2
19
87
12
59
45
0
4
50
1.23
99929079--99929172
24
3.7
24
69
20
73
22
7
5
64
1.39
99929079--99929170
30
3.3
30
74
22
117
21
7
5
65
1.39
99929072--99929190
54
2.2
54
98
0
229
23
6
5
64
1.38
99929101--99929184
24
3.2
24
73
23
89
22
5
4
66
1.33
99929188--99929231
22
2.1
21
88
12
65
36
6
0
56
1.26
99929159--99929254
10
9.4
10
69
18
56
31
4
1
63
1.20
99929199--99929250
14
3.6
14
75
12
52
32
5
0
61
1.20
99935605--99935681
26
3.0
25
75
14
77
50
0
3
45
1.20
99935663--99935748
31
2.8
31
89
3
129
51
2
6
39
1.42
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99936644--99937182
126
4.3
126
92
0
873
33
18
21
26
1.96
99940144--99940758
116
5.3
116
95
1
1072
46
8
4
40
1.54
99941150--99941184
18
2.1
17
89
10
54
42
5
28
22
1.76
99941801--99941827
7
3.9
7
100
0
54
59
14
0
25
1.36
99941793--99941826
14
2.4
14
90
0
50
64
8
0
26
1.22
99942928--99942958
15
2.1
15
93
0
53
70
0
6
22
1.09
99942985--99943034
20
2.4
22
86
10
77
40
0
30
30
1.57
99942985--99943036
11
4.9
11
83
9
72
42
0
28
28
1.56
99942985--99943048
31
2.1
31
85
5
85
42
0
26
31
1.56
99944746--99944778
16
2.1
16
100
0
66
51
24
12
12
1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373