genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28968627--28968741	29	4.0	29	77	4	83	29	31	13	26	1.93
28976008--28976202	101	1.9	101	83	4	250	28	23	16	31	1.96
28976353--28976604	124	2.0	123	90	3	400	26	15	18	39	1.90
28980359--28980416	29	2.0	29	83	6	73	22	24	25	27	2.00
28980623--28980692	25	2.8	25	95	0	122	22	22	27	27	1.99
28980921--28981127	109	1.9	109	92	0	351	27	21	16	34	1.95
28980911--28981135	27	8.3	27	88	1	324	26	20	17	35	1.95
28981130--28981360	81	2.9	81	82	7	204	29	8	22	39	1.84
28981182--28981360	54	3.3	54	90	1	270	28	8	22	39	1.84
28981182--28981360	27	6.6	27	90	3	222	28	8	22	39	1.84
28987899--28987929	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
28987896--28987935	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
28988121--28988375	55	4.8	54	77	9	215	21	24	16	36	1.94
28995500--28995530	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
28995497--28995536	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
28995770--28995970	108	1.8	110	89	4	318	22	24	17	35	1.95
28995723--28995976	55	4.8	54	79	9	249	22	24	16	36	1.94
29010405--29010447	17	2.7	15	80	13	50	51	20	13	13	1.76
29014407--29014749	40	8.6	40	90	2	476	27	27	20	24	1.99
29020250--29020291	21	2.0	21	95	4	77	28	23	33	14	1.94
29022142--29022264	45	2.7	45	88	7	187	31	27	15	25	1.96
29026984--29027161	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29027005--29027160	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
29036348--29036461	43	2.7	43	83	5	133	35	27	12	25	1.91
29038693--29038724	15	2.1	15	94	0	55	21	3	6	68	1.26
29044490--29044705	106	2.0	107	93	0	371	37	18	12	31	1.88
29049435--29049522	45	2.0	45	93	0	149	39	25	11	23	1.88
29052720--29052777	31	1.9	29	82	6	71	39	3	5	51	1.41
29056528--29056593	31	2.1	32	85	2	89	40	15	13	30	1.85
29057419--29057467	23	2.1	23	85	7	64	40	4	4	51	1.40
29057736--29057772	18	2.1	18	95	5	67	29	0	5	64	1.15
29057839--29057907	26	2.6	26	75	11	68	63	1	2	31	1.18
29064945--29065004	30	2.0	30	83	3	77	30	25	3	41	1.71
29073630--29073793	39	4.2	39	88	0	247	24	21	28	25	1.99
29098369--29098473	27	3.9	27	85	6	115	18	23	20	38	1.93
29099851--29099909	25	2.4	24	77	5	64	37	16	18	27	1.93
29103908--29103952	20	2.1	21	84	8	56	33	4	4	57	1.38
29109230--29109269	21	1.9	21	89	0	62	37	22	0	40	1.54
29110129--29110206	39	2.0	39	97	0	147	37	17	11	33	1.86
29111627--29111685	25	2.4	25	88	0	91	23	23	23	28	1.99
29113663--29113706	22	2.0	22	95	0	79	61	0	0	38	0.96
29113653--29113702	10	4.8	10	85	9	64	64	2	0	34	1.05
29118803--29118833	16	1.9	16	93	0	53	41	9	0	48	1.36
29129120--29129153	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29132220--29132253	10	3.6	9	88	11	50	26	0	17	55	1.42
29132213--29132261	19	2.5	19	76	3	53	32	2	12	53	1.50
29134641--29134763	58	2.1	58	81	11	146	27	21	4	45	1.72
29136629--29136669	20	2.0	20	90	0	64	39	17	26	17	1.91
29143984--29144015	15	2.1	15	94	0	55	28	18	9	43	1.81
29144707--29144746	21	1.9	21	85	10	55	55	17	7	20	1.66
29163549--29163726	27	6.6	27	83	3	196	29	28	15	26	1.96
29163570--29163725	82	1.9	81	86	3	224	28	28	15	26	1.96
29170430--29170606	71	2.5	71	94	0	300	32	19	25	22	1.97
29170430--29170642	71	3.1	68	89	2	212	30	20	28	21	1.98
29176046--29176131	45	1.9	45	80	0	100	36	16	23	24	1.94
29176368--29176428	27	2.2	28	83	13	83	31	13	29	26	1.93
29176384--29176445	27	2.3	27	80	5	72	37	14	24	24	1.93
29179141--29179165	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
29179749--29179804	28	2.0	29	82	3	69	44	1	25	28	1.64
29179749--29179813	28	2.3	28	81	2	67	43	1	24	30	1.64
29203259--29203414	43	3.7	43	71	9	97	26	17	24	31	1.97
29206733--29206861	46	2.8	46	95	0	222	20	21	27	29	1.98
29213944--29213976	13	2.5	13	100	0	66	39	33	21	6	1.78
29215907--29215931	13	1.9	13	100	0	50	0	40	24	36	1.55
29216538--29216580	21	2.0	21	95	0	77	41	25	13	18	1.88
29217555--29217585	15	2.1	15	100	0	62	35	0	6	58	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29225363--29225391	15	1.9	15	100	0	58	34	0	6	58	1.25
29230977--29231031	27	2.0	27	100	0	110	21	41	3	32	1.71
29234641--29234707	34	2.0	34	93	0	116	38	20	19	20	1.93
29235737--29235774	15	2.4	17	86	8	53	31	5	0	63	1.17
29240013--29240070	27	2.1	27	100	0	116	48	32	6	12	1.67
29240795--29240866	8	8.4	8	76	19	65	22	1	4	72	1.10
29243683--29243742	12	4.9	12	85	2	75	58	0	18	23	1.39
29244100--29244132	9	3.7	9	91	0	57	30	18	12	39	1.87
29244098--29244132	18	1.9	18	100	0	70	31	17	11	40	1.85
29249233--29249390	68	2.3	67	97	0	280	31	14	30	24	1.95
29249267--29249464	68	2.9	67	84	8	192	33	15	29	21	1.94
29252846--29252926	42	1.9	43	89	2	128	27	13	27	32	1.94
29252848--29252954	43	2.5	42	80	3	115	28	14	25	30	1.95
29260127--29260231	43	2.5	42	82	1	138	26	18	25	29	1.98
29260312--29260354	20	2.2	20	86	0	59	32	2	27	37	1.70
29272699--29272960	40	6.6	40	89	5	356	25	21	27	25	2.00
29283921--29283956	17	2.1	17	89	0	54	30	30	13	25	1.94
29287099--29287170	26	2.8	26	73	0	63	19	18	23	38	1.93
29287537--29287575	20	2.0	19	85	5	51	38	7	10	43	1.67
29295563--29295618	26	2.2	26	100	0	112	21	21	10	46	1.81
29300870--29300899	15	2.0	15	100	0	60	40	0	0	60	0.97
29301967--29302026	28	2.1	28	81	6	68	33	26	28	11	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29315451--29315568	42	2.8	42	85	0	164	26	30	31	11	1.92
29320298--29320562	38	7.0	37	86	4	332	14	15	25	43	1.85
29320299--29320557	114	2.3	114	91	1	412	14	15	25	44	1.85
29326222--29326252	3	10.3	3	100	0	62	32	32	0	35	1.58
29326388--29326432	21	2.1	21	91	0	72	24	17	11	46	1.81
29342587--29342747	72	2.2	72	83	4	191	23	13	28	34	1.93
29357275--29357323	25	2.0	25	91	0	80	22	16	16	44	1.86
29358633--29358679	23	2.0	23	95	0	85	31	8	19	40	1.81
29363108--29363143	13	2.8	13	100	0	72	47	13	0	38	1.44
29366183--29366264	43	2.0	43	85	4	114	29	28	15	26	1.96
29385000--29385064	30	2.2	30	97	0	121	38	16	21	23	1.93
29388353--29388419	33	2.0	33	94	0	116	40	17	5	35	1.75
29398851--29398973	63	2.0	62	90	6	198	32	20	9	37	1.85
29400371--29400422	24	2.1	25	89	3	79	25	26	15	32	1.95
29409366--29409530	40	4.1	40	82	4	190	25	28	21	24	1.99
29413434--29413536	37	2.8	37	96	0	188	24	32	20	23	1.98
29413676--29414121	48	9.3	48	94	0	768	30	26	6	36	1.82
29417624--29417711	40	2.2	40	90	6	135	25	27	23	23	2.00
29420764--29420797	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
29425965--29426018	11	4.7	11	77	6	54	5	1	29	62	1.28
29425965--29426019	23	2.4	24	78	9	60	5	1	29	63	1.27
29429393--29429513	20	6.1	20	67	21	76	38	22	27	11	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29429399--29429513	39	2.9	39	78	8	126	40	22	25	12	1.88
29429399--29429500	39	2.6	40	82	6	127	38	23	27	10	1.88
29429396--29429533	40	3.5	40	79	8	149	41	21	26	10	1.86
29440752--29440797	20	2.3	20	92	0	74	43	23	23	8	1.82
29444599--29444679	30	2.7	30	78	1	83	56	17	4	20	1.59
29446388--29446464	38	2.0	38	92	0	127	20	15	19	44	1.87
29448549--29448573	9	2.8	9	100	0	50	36	8	0	56	1.29
29460063--29460126	31	2.1	31	96	0	119	45	15	10	28	1.80
29464685--29464729	22	2.0	22	86	0	63	48	13	2	35	1.54
29470530--29470562	6	5.3	6	96	3	57	66	0	15	18	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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