genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12741800--12741848	21	2.3	21	89	6	73	0	14	0	85	0.59
12741799--12741851	26	2.1	24	89	6	79	0	13	0	86	0.56
12746467--12746561	27	3.5	27	81	5	111	41	21	8	29	1.82
12746566--12746627	27	2.3	27	97	0	115	33	24	6	35	1.81
12746579--12746692	27	4.2	27	79	2	104	35	25	7	30	1.85
12746579--12746694	54	2.1	54	82	3	135	35	25	8	31	1.86
12746676--12746993	27	11.8	27	87	6	423	33	20	21	25	1.97
12747552--12747920	27	13.7	27	88	0	524	32	20	22	24	1.97
12748365--12748411	22	2.1	22	84	0	58	21	27	23	27	1.99
12748562--12748643	27	3.2	26	82	3	76	19	24	19	36	1.95
12748791--12748848	19	3.4	19	65	30	58	18	17	17	46	1.84
12748780--12748905	6	20.3	6	72	18	98	19	17	15	48	1.81
12748780--12748891	31	3.6	31	93	1	170	18	17	15	48	1.82
12752016--12752171	82	1.9	81	84	3	206	26	16	27	28	1.97
12752015--12752168	55	2.9	52	81	7	166	27	16	27	28	1.97
12752016--12752171	27	5.7	27	79	6	154	26	16	27	28	1.97
12752015--12752192	27	6.6	27	78	5	144	26	16	28	29	1.97
12752008--12752192	82	2.3	81	77	2	201	26	16	27	29	1.97
12759912--12760067	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
12759911--12760064	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
12759912--12760067	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
12759904--12760088	27	6.8	27	75	9	101	26	16	28	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12759904--12760088	82	2.3	81	78	2	210	26	16	28	29	1.97
12763863--12763909	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
12763880--12763958	19	4.2	19	87	9	117	34	16	10	39	1.82
12765278--12765319	21	2.0	21	86	9	59	52	19	2	26	1.58
12765288--12765353	21	3.0	21	73	16	69	54	15	3	27	1.55
12772080--12772129	20	2.5	20	80	6	57	44	14	12	30	1.81
12776135--12776195	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
12778068--12778386	43	7.4	43	89	1	442	28	28	17	26	1.98
12779679--12779707	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
12782072--12782110	20	2.0	20	100	0	78	56	2	0	41	1.13
12784219--12784430	46	4.6	46	78	8	200	27	18	30	23	1.98
12784811--12785262	225	2.0	225	99	0	886	34	11	18	36	1.86
12786698--12786746	19	2.6	19	96	0	89	28	30	34	6	1.82
12796135--12796270	43	3.2	44	76	15	117	31	24	15	28	1.95
12796153--12796272	43	2.8	42	84	5	143	31	25	15	27	1.95
12801657--12801705	24	2.0	24	96	0	89	34	14	22	28	1.93
12802815--12802922	26	4.2	26	93	0	180	33	6	24	36	1.81
12804405--12804457	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
12809850--12809957	26	4.2	26	92	0	189	32	6	25	36	1.81
12819322--12819498	51	3.5	50	85	4	230	29	14	29	26	1.95
12823993--12824079	42	2.1	42	89	4	131	31	25	16	27	1.96
12826115--12826163	23	2.1	23	96	0	89	28	24	8	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12829354--12829471	43	2.8	43	79	6	141	33	24	17	24	1.97
12844104--12844194	40	2.3	40	87	11	125	27	16	26	29	1.97
12851596--12851714	40	2.9	41	80	15	138	31	19	23	26	1.98
12851597--12851733	40	3.3	42	75	18	133	29	18	22	29	1.98
12855136--12855211	20	3.9	19	72	8	64	43	14	10	31	1.79
12855364--12855406	22	2.0	22	86	4	61	41	11	9	37	1.74
12870034--12870271	49	4.8	49	85	2	287	29	26	17	26	1.98
12870034--12870271	99	2.4	101	83	2	293	29	26	17	26	1.98
12872548--12872632	28	3.1	28	69	27	92	42	9	17	30	1.81
12872526--12872634	53	2.1	53	94	0	191	44	8	19	28	1.79
12872544--12872625	25	3.2	25	68	27	71	43	8	17	30	1.78
12880172--12880431	72	3.6	72	85	2	317	30	29	16	23	1.96
12882597--12882903	40	7.7	40	95	0	542	21	28	20	29	1.98
12889882--12890188	40	7.7	40	95	0	551	21	28	20	29	1.98
12898810--12898978	46	3.7	45	83	6	191	25	30	17	26	1.98
12901480--12901535	28	2.0	28	100	0	112	53	10	14	21	1.70
12903286--12903458	46	3.7	46	75	4	168	29	27	20	22	1.98
12903294--12903464	93	1.8	93	92	0	288	28	27	21	22	1.99
12905934--12906122	30	6.3	30	77	8	147	21	24	13	39	1.90
12907754--12907864	55	2.0	55	98	0	213	34	19	3	42	1.69
12911690--12911734	16	2.7	17	86	6	65	17	0	11	71	1.14
12913106--12913167	24	2.7	22	80	9	70	24	30	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12921201--12921306	40	2.7	40	83	2	124	22	17	26	33	1.96
12921298--12921404	56	1.9	56	90	3	171	28	11	29	30	1.91
12921295--12921397	28	3.7	28	86	2	154	28	13	29	29	1.94
12930856--12930965	42	2.6	43	78	11	109	31	23	17	27	1.97
12933433--12933530	49	2.0	49	100	0	196	36	18	14	30	1.90
12935883--12935978	36	2.7	36	80	1	104	43	37	7	11	1.69
12943553--12943678	42	3.1	39	76	7	119	33	4	5	56	1.44
12947560--12947611	20	2.7	20	78	3	61	40	11	0	48	1.40
12955669--12955695	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
12961613--12961671	22	2.7	23	72	15	61	35	0	5	59	1.20
12961629--12961653	13	1.9	13	100	0	50	24	0	4	72	1.02
12965068--12965128	31	2.0	31	100	0	122	16	19	6	57	1.61
12970866--12971042	27	6.5	27	84	3	203	29	27	15	27	1.96
12970886--12971041	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
12971595--12971619	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
12978716--12978892	27	6.6	27	83	6	180	29	28	15	26	1.96
12978716--12978892	55	3.3	54	82	4	205	29	28	15	26	1.96
12979440--12979464	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
12980608--12980672	22	3.0	22	82	8	78	32	23	24	20	1.98
12981093--12981387	27	11.0	27	84	1	369	24	20	20	34	1.97
12981093--12981450	54	6.6	54	81	4	332	25	18	20	35	1.95
12981377--12981478	27	3.8	27	85	2	125	26	6	23	43	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12981380--12981495	27	4.3	27	82	0	106	28	6	22	42	1.79
12981380--12981914	54	9.9	54	77	5	294	33	8	20	37	1.83
12981498--12981642	27	5.4	27	82	0	146	40	9	20	29	1.84
12981656--12981961	27	11.4	27	80	5	334	30	9	19	40	1.83
12985255--12985398	49	2.9	49	83	4	191	26	27	20	25	1.99
12985258--12985398	51	2.8	49	82	4	176	26	26	21	24	1.99
13004094--13004153	16	3.7	16	71	10	50	51	1	3	43	1.28
13004097--13004213	62	1.9	61	86	5	166	49	3	4	42	1.39
13006223--13006367	40	3.6	40	83	4	175	26	24	25	24	2.00
13017974--13018015	22	1.9	22	90	0	66	38	28	11	21	1.89
13022950--13023127	27	6.6	27	83	5	180	29	28	15	26	1.96
13022971--13023126	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
13026126--13026156	9	3.3	9	95	4	53	58	0	0	41	0.98
13026592--13026708	62	1.9	59	84	5	153	43	3	4	48	1.39
13028265--13028444	71	2.5	71	84	2	191	26	18	23	30	1.98
13031265--13031440	46	3.8	46	77	10	187	21	19	28	30	1.98
13031261--13031433	93	1.9	93	90	0	274	21	20	28	28	1.98
13036215--13036293	23	3.4	23	79	6	88	24	24	15	36	1.93
13036334--13036401	20	3.4	21	83	16	83	38	2	1	57	1.23
13037419--13037463	23	2.0	23	82	8	56	46	22	6	24	1.75
13038798--13038835	19	2.0	19	100	0	76	42	15	15	26	1.87
13043128--13043158	14	2.1	15	94	5	55	35	12	12	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13043642--13043678	19	1.9	19	88	0	56	51	0	0	48	1.00
13043764--13043813	18	2.6	19	77	22	52	52	2	0	46	1.12
13049140--13049169	14	2.1	14	100	0	60	60	13	6	20	1.55
13053141--13053188	22	2.2	22	85	7	62	29	25	29	16	1.97
13056708--13056824	46	2.5	47	80	5	121	24	30	18	25	1.98
13058120--13058320	27	7.4	27	90	1	253	38	22	9	29	1.86
13058122--13058373	81	3.1	81	81	2	256	38	21	9	31	1.85
13058366--13058827	27	17.3	27	86	1	574	36	18	20	24	1.95
13059272--13059336	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
13059502--13059570	28	2.5	27	81	9	77	23	23	17	36	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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