genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20244942--20245340	147	2.7	145	90	1	647	30	20	17	31	1.96
20244942--20245342	219	1.8	220	94	0	714	30	20	17	31	1.95
20255749--20255791	17	2.4	18	76	3	52	6	51	30	11	1.65
20256132--20256215	26	3.0	27	81	8	98	3	2	22	71	1.13
20256132--20256197	30	2.2	31	88	2	98	3	3	19	74	1.09
20256157--20256215	26	2.3	26	91	2	102	3	1	18	76	1.02
20256293--20256339	17	2.7	17	83	9	51	12	0	38	48	1.41
20256822--20256866	18	2.4	18	85	10	56	57	6	2	33	1.37
20257369--20257396	13	2.2	13	100	0	56	14	0	14	71	1.15
20261443--20261494	19	2.7	20	84	6	70	26	38	1	32	1.68
20263618--20263647	10	3.1	10	95	4	53	6	10	0	83	0.81
20297185--20297398	41	5.3	41	78	2	243	22	21	27	28	1.99
20297185--20297398	81	2.6	81	92	0	347	22	21	27	28	1.99
20304075--20304288	41	5.3	41	78	2	252	22	21	27	28	1.99
20304075--20304267	40	4.8	41	79	2	201	23	21	27	27	1.99
20304088--20304288	81	2.5	81	93	0	348	22	22	26	28	1.99
20310422--20310554	44	3.0	45	94	2	232	22	18	6	53	1.66
20320952--20320978	13	2.1	13	100	0	54	29	29	7	33	1.85
20322175--20322205	16	1.9	16	93	0	53	45	9	16	29	1.79
20334430--20334513	43	2.0	43	90	0	132	35	25	13	26	1.92
20341408--20341448	5	8.2	5	86	8	57	19	0	4	75	0.98
20341409--20341439	14	2.2	14	94	0	53	19	0	3	77	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20344373--20344420	20	2.4	20	92	0	78	35	33	16	14	1.89
20368031--20368068	20	1.9	20	100	0	76	31	23	28	15	1.96
20370403--20370608	40	5.2	40	94	1	342	27	26	21	24	1.99
20376698--20376737	12	3.3	12	92	0	62	15	22	37	25	1.93
20378885--20379201	48	6.6	48	75	7	261	28	18	30	23	1.97
20378973--20379203	95	2.4	95	83	2	284	29	18	29	22	1.97
20378882--20379199	143	2.2	144	80	2	363	28	18	30	22	1.97
20380705--20380746	17	2.4	18	80	8	50	40	16	7	35	1.76
20382963--20383090	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
20382962--20383090	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
20390551--20390580	16	1.9	16	93	6	53	40	3	30	26	1.72
20393941--20394204	40	6.6	40	93	1	397	25	20	27	26	1.99
20393902--20394204	120	2.5	119	87	2	401	24	20	27	27	1.99
20401926--20402227	40	7.6	40	93	1	459	25	19	27	27	1.99
20401926--20402227	79	3.8	79	92	1	455	25	19	27	27	1.99
20401926--20402227	119	2.5	118	90	3	471	25	19	27	27	1.99
20401926--20402262	79	4.3	80	89	2	427	25	19	27	26	1.99
20401926--20402262	119	2.8	119	88	3	403	25	19	27	26	1.99
20415062--20415284	40	5.6	40	90	2	299	24	20	27	26	1.99
20415062--20415284	79	2.8	80	86	2	308	24	20	27	26	1.99
20415062--20415318	79	3.3	80	83	4	238	25	20	28	26	1.99
20415053--20415318	119	2.2	118	80	5	295	26	19	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20423008--20423311	40	7.6	40	94	1	477	25	20	27	26	1.99
20428870--20428975	24	4.4	24	79	4	106	28	29	16	25	1.97
20428870--20428975	49	2.2	48	83	5	124	28	29	16	25	1.97
20433545--20433700	47	3.3	46	82	4	177	32	30	15	22	1.95
20450669--20450882	46	4.6	45	75	13	161	28	19	29	22	1.98
20460402--20460795	47	8.4	47	92	0	590	27	30	9	32	1.88
20469459--20469504	23	2.0	23	100	0	92	26	0	30	43	1.55
20469413--20469552	71	2.0	71	98	0	271	33	4	27	34	1.77
20469482--20469861	48	8.1	48	90	6	609	35	5	27	31	1.79
20469575--20469635	17	3.4	17	68	24	52	36	1	26	36	1.66
20469562--20469638	38	2.0	38	100	0	154	33	2	28	35	1.71
20469482--20469861	134	2.7	141	91	4	603	35	5	27	31	1.79
20469600--20469858	98	2.7	98	95	1	459	35	5	26	32	1.79
20470062--20470089	13	2.2	13	100	0	56	25	14	39	21	1.91
20470025--20470126	50	2.0	50	98	0	195	25	17	33	23	1.96
20470076--20470166	37	2.5	37	92	0	146	23	16	30	29	1.96
20474338--20474600	40	6.6	40	85	4	273	25	21	26	25	1.99
20474394--20474635	80	3.0	80	81	4	206	26	20	27	25	1.99
20481256--20481465	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
20481203--20481465	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
20481204--20481500	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
20489696--20489736	18	2.3	18	91	0	64	24	41	0	34	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20500595--20500635	18	2.3	18	91	0	64	24	41	0	34	1.55
20505327--20505526	40	5.0	40	85	6	246	22	23	28	25	1.99
20508192--20508229	17	2.2	17	86	9	51	10	18	44	26	1.82
20512513--20512582	28	2.5	28	90	4	106	27	12	27	32	1.93
20520383--20520452	28	2.5	28	88	4	97	27	12	25	34	1.92
20528285--20528454	39	4.3	40	89	3	220	25	28	20	25	1.99
20528287--20528507	40	5.6	39	83	5	214	25	27	20	25	1.99
20528285--20528454	79	2.2	78	83	3	216	25	28	20	25	1.99
20528439--20528516	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
20536225--20536394	40	4.3	40	87	0	207	27	27	20	25	1.99
20536223--20536447	80	2.8	79	81	3	236	27	27	20	25	1.99
20547566--20547623	21	2.8	21	75	12	57	44	31	5	18	1.72
20547607--20547665	28	2.1	27	84	9	75	45	28	3	22	1.68
20547888--20547921	18	1.9	18	88	5	52	50	0	0	50	1.00
20548182--20548214	7	4.9	7	85	7	50	45	0	0	54	0.99
20548372--20548447	27	2.8	28	74	11	77	39	1	5	53	1.32
20556204--20556427	40	5.6	40	82	4	254	24	20	27	27	1.99
20556204--20556395	82	2.4	80	86	4	260	23	20	27	28	1.99
20561113--20561156	22	2.0	23	91	8	74	45	15	18	20	1.85
20564643--20564867	40	5.6	40	83	3	272	24	22	26	26	2.00
20564647--20564867	83	2.7	80	84	5	259	23	23	27	26	2.00
20573932--20573983	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20579177--20579205	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
20580350--20580456	56	1.9	56	84	7	146	25	14	27	32	1.95
20583735--20584054	49	6.7	49	75	7	198	23	28	20	28	1.99
20583928--20584054	46	2.8	45	81	10	143	22	26	20	29	1.98
20583784--20584054	98	2.9	95	81	6	257	22	28	20	28	1.99
20585432--20585591	48	3.3	48	84	1	178	24	16	30	29	1.96
20592798--20593015	48	4.5	48	83	1	213	27	17	27	27	1.98
20592795--20593015	96	2.3	95	80	4	237	28	18	27	26	1.98
20599676--20599861	40	4.7	40	88	5	252	24	22	27	25	2.00
20599676--20599894	40	5.5	40	84	8	243	25	21	27	25	2.00
20607619--20607804	40	4.7	40	88	5	243	24	22	27	26	2.00
20607672--20607837	80	2.1	79	86	5	228	25	21	27	25	1.99
20626878--20626933	22	2.5	22	91	0	85	28	23	23	25	1.99
20629993--20630046	27	1.9	28	81	7	65	42	3	25	27	1.72
20641844--20641873	12	2.4	13	94	5	53	30	6	0	63	1.20
20644830--20644944	55	2.1	55	85	0	149	27	29	23	19	1.98
20655554--20655579	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
20659308--20659339	17	1.9	17	93	6	57	50	0	12	37	1.41
20661754--20661814	30	2.0	30	87	0	86	37	6	26	29	1.81
20682906--20683190	48	5.9	48	81	4	331	25	19	29	25	1.98
20682905--20683190	145	2.0	146	90	2	459	26	19	29	25	1.98
20684151--20684188	19	2.0	19	100	0	76	42	10	21	26	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20685421--20685523	37	2.8	37	93	0	179	24	32	19	24	1.98
20685664--20686048	48	8.0	48	94	0	664	31	27	6	34	1.82
20689582--20689738	28	5.5	28	77	7	138	31	29	17	21	1.96
20689582--20689710	29	4.5	29	80	8	131	32	30	15	21	1.94
20689582--20689742	57	2.8	57	85	3	216	31	29	16	21	1.96
20689770--20690101	40	8.3	40	94	0	565	27	28	19	24	1.99
20691390--20691492	37	2.8	37	92	0	170	24	33	19	23	1.97
20691633--20691958	48	6.9	48	93	2	568	31	28	6	33	1.82
20691633--20691958	141	2.3	142	94	1	564	31	28	6	33	1.82
20697410--20697643	48	4.8	49	82	3	278	27	19	27	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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