genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.129.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42658070--42658378	39	7.9	39	93	0	512	23	29	25	21	1.99
42658070--42658378	155	2.0	156	93	0	530	23	29	25	21	1.99
42659705--42659763	29	2.0	29	100	0	118	38	3	20	37	1.69
42676510--42676569	29	2.1	29	96	0	111	30	8	15	46	1.74
42681695--42681762	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
42681584--42681911	174	1.9	174	94	0	575	30	24	14	30	1.95
42681864--42681942	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
42681869--42682085	101	2.1	101	100	0	434	27	30	15	27	1.96
42681968--42682043	29	2.6	30	83	12	113	27	31	14	26	1.95
42686071--42686373	40	7.6	40	89	2	396	27	28	20	24	1.99
42694061--42694363	40	7.6	40	89	2	396	27	28	20	24	1.99
42701116--42701183	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
42701005--42701332	174	1.9	174	95	0	593	30	24	14	30	1.95
42701285--42701363	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
42706558--42706616	25	2.4	25	97	0	109	15	5	27	52	1.63
42709633--42710032	198	2.0	199	96	0	730	32	14	26	27	1.95
42711521--42711704	67	2.8	64	77	8	194	28	16	30	23	1.96
42718074--42718137	29	2.2	29	94	0	110	18	25	31	25	1.98
42721261--42721355	42	2.3	42	90	3	147	32	13	23	30	1.93
42726577--42726637	30	2.0	30	90	0	95	29	24	8	37	1.84
42730560--42730636	27	2.8	26	79	13	84	27	5	19	48	1.70
42731139--42731191	21	2.5	21	78	0	61	15	32	33	18	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42733363--42733416	26	2.1	26	92	0	90	42	5	20	31	1.75
42743075--42743138	32	2.0	32	100	0	128	34	18	6	40	1.76
42746539--42746849	47	6.6	47	72	12	173	29	18	27	24	1.98
42746535--42746849	94	3.4	94	75	10	252	29	18	27	24	1.98
42749056--42749423	47	7.8	47	69	11	189	28	20	28	22	1.98
42749060--42749374	94	3.4	92	74	10	282	28	20	28	22	1.98
42767678--42767798	43	2.9	42	80	7	154	30	15	24	28	1.96
42789560--42789620	29	2.1	29	100	0	122	22	29	18	29	1.97
42792750--42792852	37	2.8	37	95	0	179	25	32	19	23	1.98
42792993--42793419	48	8.9	48	94	1	737	30	28	6	34	1.81
42796744--42796790	23	2.0	23	83	0	58	23	31	8	36	1.85
42799671--42799723	27	2.1	26	82	10	65	32	1	18	47	1.60
42816916--42817004	6	14.3	6	70	19	58	49	13	17	19	1.79
42816925--42817004	31	2.5	31	83	2	97	50	12	18	18	1.78
42817141--42817200	27	2.3	26	82	8	68	36	20	21	21	1.95
42817239--42817290	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
42817536--42817783	27	9.2	27	86	0	273	25	20	18	36	1.94
42817539--42817776	81	3.0	81	86	1	309	24	21	17	36	1.94
42817767--42818270	27	18.7	27	82	5	267	31	8	21	38	1.83
42817804--42818270	54	8.6	54	86	0	567	31	8	20	38	1.84
42817876--42818270	27	14.6	27	86	0	520	31	8	20	38	1.83
42817876--42818270	54	7.3	54	90	0	574	31	8	20	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42817822--42818270	81	5.5	81	85	0	549	31	9	20	38	1.84
42822219--42822390	79	2.2	79	80	3	193	23	21	28	26	1.99
42822166--42822388	40	5.6	39	80	7	189	24	21	27	26	1.99
42822246--42822423	79	2.2	80	80	2	189	24	21	28	25	1.99
42837008--42837121	45	2.6	45	83	10	130	26	27	21	24	2.00
42837451--42837605	43	3.6	43	95	0	274	29	31	26	12	1.92
42854912--42855671	47	15.6	49	85	8	941	32	8	29	29	1.87
42854912--42855671	96	7.8	96	84	9	943	32	8	29	29	1.87
42855233--42855270	18	2.1	18	100	0	76	21	10	39	28	1.86
42855185--42855317	66	2.0	65	94	4	232	28	8	33	30	1.86
42859330--42859372	15	2.9	15	86	10	54	69	6	18	4	1.29
42870454--42870501	24	1.9	25	83	8	62	50	0	6	43	1.27
42878036--42878089	23	2.3	24	81	9	58	35	0	9	55	1.32
42878180--42878330	42	3.6	41	80	7	169	26	19	25	29	1.98
42878496--42878527	16	1.9	17	93	6	57	31	9	15	43	1.78
42890546--42890728	79	2.3	81	85	7	241	25	27	22	24	2.00
42890525--42890728	40	5.1	40	83	8	247	25	27	22	24	1.99
42896191--42896380	9	20.6	9	71	13	100	38	1	12	47	1.51
42896191--42896353	71	2.3	69	84	4	202	38	1	12	47	1.50
42896227--42896411	96	2.0	91	86	9	261	38	2	11	47	1.52
42896167--42896380	114	1.9	114	84	5	290	38	1	12	47	1.50
42896227--42896411	87	2.1	87	83	9	227	38	2	11	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42896485--42896514	15	2.0	15	100	0	60	53	0	0	46	1.00
42896683--42896738	29	1.9	29	82	7	69	60	1	7	30	1.33
42896642--42896805	72	2.3	72	93	4	287	60	4	6	28	1.39
42896732--42898383	275	6.0	275	98	0	3222	39	11	13	35	1.81
42898645--42898673	15	1.9	15	100	0	58	48	20	6	24	1.74
42898878--42899425	183	3.0	183	96	0	1024	42	15	15	26	1.86
42902352--42902400	15	3.5	15	68	21	52	30	0	51	18	1.47
42902351--42902403	26	2.0	26	96	0	97	32	0	47	20	1.51
42902681--42902738	28	2.1	28	83	6	73	36	27	1	34	1.67
42902715--42902758	21	2.1	21	91	0	70	34	34	2	29	1.70
42902979--42903012	7	4.9	7	100	0	68	29	55	0	14	1.40
42903118--42903378	41	6.4	41	89	0	380	22	24	19	34	1.97
42903433--42903458	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
42911644--42911816	46	3.7	46	79	3	186	29	20	28	21	1.98
42911644--42911919	93	3.0	93	80	7	285	29	19	28	22	1.98
42911643--42911958	47	6.8	47	77	10	258	29	18	28	22	1.98
42915119--42915163	23	1.9	23	86	4	63	60	2	8	28	1.39
42916591--42916625	18	1.9	18	94	0	61	31	0	5	62	1.18
42923000--42923042	18	2.4	18	88	0	59	46	0	2	51	1.13
42926972--42927066	48	2.0	48	95	0	172	27	15	5	51	1.65
42943431--42943587	43	3.7	43	77	13	162	24	19	25	30	1.98
42945337--42945513	40	4.4	40	82	4	216	26	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42953366--42953542	40	4.4	40	82	4	207	27	27	21	24	1.99
42957133--42957157	9	2.8	9	100	0	50	8	0	24	68	1.16
42967793--42967824	6	5.3	6	100	0	64	37	46	0	15	1.46
42969257--42969394	66	2.1	67	90	1	215	14	13	23	48	1.79
42973981--42974017	16	2.2	17	90	4	58	8	2	5	83	0.88
42983607--42983786	27	6.6	27	82	5	182	30	28	14	26	1.95
42983607--42983786	55	3.3	55	81	5	202	30	28	14	26	1.95
42983629--42983785	82	1.9	81	88	3	235	30	28	14	26	1.95
42991726--42991901	27	6.4	27	82	5	174	31	28	14	26	1.95
42991726--42991901	55	3.2	54	81	4	183	31	28	14	26	1.95
42991748--42991901	82	1.9	81	87	4	229	31	28	14	25	1.95
42991918--42991986	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
42991918--42991986	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
42992216--42992249	17	2.0	17	88	11	52	55	0	0	44	0.99
42992313--42992364	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
42992202--42992493	59	4.9	58	67	15	177	50	4	2	42	1.36
42992199--42992489	120	2.4	120	93	2	498	50	5	2	42	1.37
42992430--42992712	91	3.0	93	84	7	317	48	3	3	44	1.35
42992530--42992590	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
42992537--42992680	47	3.1	46	65	23	113	49	4	2	44	1.33
42992505--42992712	91	2.3	90	90	4	326	46	4	3	45	1.39
42992530--42992672	44	3.2	43	68	16	119	48	3	2	46	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42992555--42992693	47	3.0	47	68	17	137	49	4	2	43	1.34
42998955--42999062	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
43000639--43000750	27	4.1	27	83	7	120	17	24	22	35	1.95
43000639--43000750	54	2.1	54	86	3	154	17	24	22	35	1.95
43002255--43002293	21	1.9	19	85	10	51	12	43	17	25	1.85
43016875--43017087	83	2.5	84	90	5	340	25	17	32	23	1.97
43016875--43017092	43	5.1	43	89	5	327	25	17	33	23	1.96
43017167--43017248	31	2.6	31	78	1	83	60	18	3	17	1.49
43023145--43023537	9	42.6	9	70	12	172	38	1	12	47	1.51
43023198--43023568	96	3.8	96	82	7	472	38	1	12	46	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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