genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.280.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94914693--94914724	7	4.6	7	100	0	64	15	56	0	28	1.40
94916988--94917190	99	2.0	100	82	4	241	41	17	10	30	1.83
94916988--94917190	50	4.1	50	76	6	196	41	17	10	30	1.83
94928956--94928995	16	2.4	16	91	4	62	72	7	0	20	1.08
94929307--94929348	16	2.5	17	76	7	50	66	9	2	21	1.32
94930572--94930633	31	1.9	31	81	12	72	51	6	1	40	1.37
94931988--94932032	14	3.2	14	83	0	63	31	0	0	68	0.89
94931995--94932032	7	5.4	7	81	12	51	26	0	0	73	0.83
94938480--94938517	18	2.1	18	95	0	67	21	34	7	36	1.82
94945404--94945450	10	4.4	10	82	15	58	51	27	4	17	1.64
94945408--94945450	23	1.9	22	90	4	68	51	27	4	16	1.64
94946135--94946304	43	4.0	42	76	13	159	32	23	18	25	1.97
94946143--94946304	86	1.9	84	82	8	202	32	22	18	26	1.97
94946721--94946805	43	2.0	43	95	0	152	30	24	5	38	1.79
94955550--94955596	10	4.4	10	82	15	58	51	27	4	17	1.64
94955554--94955596	23	1.9	22	90	4	68	51	27	4	16	1.64
94956288--94956442	43	3.7	40	76	12	125	32	23	16	27	1.96
94965027--94965060	16	2.1	16	88	0	50	23	0	2	73	0.97
94965017--94965055	21	1.9	20	89	5	60	20	0	7	71	1.10
94965090--94965156	30	2.2	30	79	12	75	46	0	7	46	1.31
94973514--94973594	36	2.2	37	95	4	146	35	18	7	38	1.79
94985826--94985934	28	3.9	28	80	7	105	27	30	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94985831--94985939	57	1.9	57	85	5	150	26	30	14	28	1.95
94985851--94985937	28	3.1	29	88	3	133	27	28	14	28	1.96
94990303--94990388	28	3.1	28	78	6	84	26	25	10	37	1.88
94991868--94991898	16	1.9	16	100	0	62	6	6	38	48	1.55
94998520--94998694	49	3.5	48	81	9	226	28	28	17	26	1.98
94998512--94998695	100	1.8	100	96	0	341	27	28	17	25	1.98
95004539--95004711	46	3.7	46	78	13	203	30	28	19	21	1.98
95004546--95004716	93	1.8	93	93	2	299	29	28	19	21	1.98
95004539--95004732	46	4.2	46	72	16	152	29	28	19	22	1.98
95012039--95012209	46	3.7	46	76	14	190	29	27	19	22	1.98
95012043--95012213	92	1.9	92	91	0	279	29	28	19	22	1.98
95012041--95012229	46	4.1	45	71	15	154	30	27	19	22	1.98
95021078--95021124	18	2.6	18	79	0	58	21	6	0	72	1.07
95024676--95024714	19	2.1	19	90	0	60	38	2	25	33	1.70
95038956--95039049	35	2.7	35	88	3	118	29	32	22	14	1.94
95043405--95043489	43	2.0	43	82	13	104	27	30	18	23	1.98
95061783--95061976	39	4.9	39	87	3	248	19	21	27	31	1.97
95067287--95067469	40	4.6	39	93	3	278	18	22	29	30	1.97
95067287--95067469	79	2.3	79	90	4	280	18	22	29	30	1.97
95069806--95070052	131	1.9	131	84	3	320	35	20	17	27	1.94
95070661--95070707	23	2.0	23	84	8	60	55	0	6	38	1.26
95072287--95072551	40	6.6	40	89	2	354	26	26	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95080402--95080470	31	2.2	31	100	0	138	53	5	18	21	1.65
95088476--95088527	3	17.7	3	84	11	72	63	0	1	34	1.06
95102771--95102803	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
95105683--95105722	21	1.9	21	90	10	64	77	0	0	22	0.77
95115034--95115087	16	3.5	16	70	10	58	42	7	24	25	1.80
95115029--95115107	30	2.6	30	100	0	158	39	6	27	26	1.80
95115050--95115101	14	3.6	14	70	10	50	40	7	28	23	1.82
95123061--95123179	47	2.5	47	95	2	213	26	20	26	26	1.99
95137710--95137734	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
95139499--95139667	46	3.7	45	74	7	160	32	29	17	20	1.95
95148618--95148665	24	2.0	24	100	0	96	37	0	16	45	1.48
95148939--95149056	43	2.7	43	89	2	175	27	15	25	32	1.95
95151349--95151460	42	2.7	42	78	13	108	25	16	26	31	1.97
95156183--95156224	21	2.0	22	85	4	59	59	7	7	26	1.50
95156208--95156264	12	4.8	12	75	16	57	80	1	3	14	0.92
95161436--95161659	39	5.7	40	85	6	262	24	27	22	25	2.00
95161436--95161659	79	2.8	78	82	9	265	24	27	22	25	2.00
95161417--95161659	40	6.1	40	82	9	229	24	27	22	25	2.00
95170545--95170624	34	2.4	33	85	4	115	23	27	26	22	2.00
95177992--95178124	56	2.4	56	89	0	203	26	14	24	34	1.94
95177992--95178155	56	2.9	56	84	3	179	25	14	25	35	1.93
95181895--95181986	48	1.9	48	90	0	148	28	19	25	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95184314--95184354	18	2.4	17	88	8	57	58	12	0	29	1.34
95187392--95187496	43	2.4	43	91	0	165	30	22	16	30	1.96
95196248--95196324	29	2.6	28	86	10	102	25	14	28	31	1.95
95196277--95196604	174	1.9	174	94	0	584	30	14	24	31	1.95
95204384--95204460	29	2.6	28	86	10	102	25	14	28	31	1.95
95204413--95204740	174	1.9	174	94	0	584	30	14	24	31	1.95
95207553--95207654	37	2.8	37	92	1	161	25	32	18	23	1.97
95207795--95208132	48	7.0	48	94	0	559	31	25	6	36	1.81
95217579--95217736	43	3.7	43	78	7	169	22	17	25	34	1.95
95217596--95217719	42	2.9	44	80	10	132	25	16	22	35	1.95
95219785--95219875	45	2.0	45	95	0	164	37	25	12	25	1.90
95220837--95220861	13	1.9	13	100	0	50	28	16	0	56	1.41
95226338--95226381	23	1.9	23	90	0	70	47	25	0	27	1.52
95226156--95226581	218	2.0	218	99	0	843	34	23	9	32	1.87
95251004--95251224	48	4.7	48	73	11	190	27	19	24	28	1.98
95251006--95251228	91	2.4	91	79	11	231	27	18	24	29	1.98
95255506--95255781	48	5.8	47	80	5	250	27	18	30	23	1.98
95255549--95255783	96	2.5	95	82	2	310	27	18	30	23	1.98
95256727--95256761	13	2.7	13	95	0	61	0	28	42	28	1.56
95259440--95259621	40	4.6	40	91	1	276	26	25	23	24	2.00
95267486--95267663	40	4.4	40	93	2	288	29	26	21	23	1.99
95275515--95275737	40	5.6	40	89	2	290	28	28	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95283401--95283658	40	6.6	40	87	6	325	28	28	20	22	1.98
95283399--95283658	115	2.2	118	82	8	325	28	28	20	22	1.98
95287146--95287290	40	3.6	40	83	4	175	26	24	25	24	2.00
95294087--95294231	40	3.6	40	82	4	175	25	24	26	23	2.00
95300459--95300487	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
95320936--95321113	27	6.6	27	82	3	196	27	15	28	29	1.96
95320937--95321092	82	1.9	81	86	3	224	27	15	28	28	1.96
95320933--95321113	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	29	1.96
95328999--95329149	55	2.8	55	86	3	216	27	15	29	27	1.96
95328999--95329154	82	1.9	81	85	3	215	26	15	29	28	1.96
95328999--95329154	27	5.7	27	84	4	188	26	15	29	28	1.96
95328999--95329175	27	6.5	27	78	8	144	26	15	29	28	1.96
95328997--95329175	82	2.2	80	81	6	200	26	16	29	27	1.97
95330615--95331433	407	2.0	408	96	0	1514	31	13	21	32	1.93
95335165--95335276	54	2.1	54	100	0	224	25	21	13	40	1.89
95336081--95336145	28	2.4	28	81	2	69	27	26	21	24	1.99
95336287--95336352	28	2.4	26	70	25	64	40	21	19	18	1.91
95349744--95349775	16	2.0	16	93	0	55	46	18	21	12	1.82
95349993--95350052	28	2.1	29	87	3	86	25	11	31	31	1.91
95361066--95361108	23	1.9	22	85	4	59	48	27	6	16	1.71
95361339--95361645	155	2.0	155	94	0	533	37	20	13	28	1.90
95376752--95377182	50	8.6	50	73	7	257	25	17	24	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95376754--95377140	101	3.8	99	71	11	270	25	17	24	33	1.96
95376797--95377191	50	7.9	50	73	6	287	26	18	23	31	1.97
95376800--95377190	150	2.6	150	86	3	570	26	18	23	31	1.97
95381591--95381624	17	1.9	18	94	5	61	20	44	23	11	1.84
95381590--95381631	18	2.3	18	84	8	59	23	42	21	11	1.86
95390598--95390624	14	1.9	14	100	0	54	85	0	0	14	0.61
95392680--95392714	18	2.0	18	88	5	54	37	8	14	40	1.76
95394099--95394218	40	3.0	40	74	6	116	33	21	18	26	1.96
95395360--95395384	9	2.8	9	100	0	50	48	0	32	20	1.50
95400750--95400983	49	4.7	50	82	3	267	26	17	24	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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