genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14678787--14678936	71	2.2	67	79	11	166	32	15	29	22	1.95
14681119--14681355	39	6.1	39	89	0	357	22	24	29	23	1.99
14687114--14687143	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
14703862--14703943	26	3.2	26	92	0	137	32	7	23	36	1.82
14704146--14704197	20	2.5	20	96	3	95	15	15	17	51	1.76
14705561--14705719	27	5.9	27	82	10	184	18	25	22	33	1.96
14705559--14705719	54	3.0	54	91	2	245	18	25	21	34	1.96
14705561--14705719	81	2.0	80	83	6	205	18	25	22	33	1.96
14707578--14707690	55	2.1	54	85	8	149	16	23	23	36	1.94
14707578--14707690	27	4.2	26	82	8	127	16	23	23	36	1.94
14711171--14711273	39	2.6	40	90	1	163	30	28	17	24	1.97
14729371--14729474	40	2.6	40	96	0	190	29	29	18	22	1.97
14734281--14734310	13	2.3	13	94	0	51	13	23	33	30	1.93
14739421--14739465	22	2.0	22	100	0	90	42	22	22	13	1.88
14751114--14751178	27	2.4	27	89	0	103	15	30	35	18	1.92
14753384--14753565	40	4.6	39	80	9	190	24	21	29	25	1.99
14753434--14753598	79	2.1	79	83	6	201	25	20	28	26	1.99
14758417--14758492	33	2.3	33	88	0	107	26	10	47	15	1.78
14761360--14761434	3	24.7	3	84	8	89	0	34	0	65	0.93
14777436--14777596	38	4.3	40	80	12	153	26	28	21	23	1.99
14785274--14785496	40	5.6	39	81	5	207	27	27	20	24	1.99
14785272--14785496	80	2.8	79	82	6	231	27	27	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14785274--14785496	120	1.9	119	82	6	281	27	27	20	24	1.99
14791921--14791965	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
14794049--14794162	43	2.7	43	82	9	119	30	27	17	24	1.97
14802637--14802746	26	4.2	26	94	2	177	34	4	23	37	1.75
14804365--14804504	27	5.2	27	87	5	176	18	24	22	35	1.96
14806519--14806560	14	3.1	13	81	18	50	47	9	4	38	1.57
14806565--14806638	23	3.0	23	67	17	58	31	28	14	25	1.95
14809182--14809356	86	2.0	89	88	3	266	43	4	7	44	1.52
14818313--14818523	38	5.5	37	81	8	201	22	20	23	33	1.97
14818328--14818523	76	2.6	76	84	4	259	22	19	23	34	1.97
14824944--14825101	38	4.1	38	81	4	156	23	18	22	34	1.96
14827704--14827849	43	3.5	42	80	3	141	28	16	23	31	1.96
14832742--14832887	43	3.4	43	77	10	147	24	17	26	31	1.97
14833618--14833670	22	2.5	20	82	8	70	16	1	30	50	1.56
14833618--14833670	10	5.1	10	84	8	70	16	1	30	50	1.56
14836548--14836709	43	3.8	42	76	8	139	24	14	27	33	1.94
14836536--14836719	86	2.1	86	78	5	185	22	13	27	36	1.91
14838734--14838899	41	4.0	41	87	3	226	22	24	16	36	1.94
14838771--14838838	21	3.2	21	66	15	59	22	25	16	36	1.94
14838734--14838899	83	2.0	83	86	6	230	22	24	16	36	1.94
14842722--14842848	46	2.8	46	90	0	200	37	10	30	22	1.87
14859263--14859377	40	2.9	39	80	7	133	19	26	20	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14860952--14860992	21	1.9	22	85	5	57	41	14	0	43	1.45
14861667--14861707	21	1.9	22	85	5	57	41	14	0	43	1.45
14860529--14862449	716	2.7	716	96	0	3531	37	18	11	31	1.87
14865388--14865549	43	3.8	41	78	11	139	32	26	18	22	1.97
14869193--14869234	12	3.5	12	93	0	75	2	30	33	33	1.71
14871586--14871617	16	2.0	16	100	0	64	37	6	25	31	1.81
14884555--14884778	40	5.6	40	89	1	290	24	20	27	28	1.99
14892457--14892706	27	9.3	27	77	4	137	41	21	6	30	1.79
14892734--14892868	27	5.0	27	88	1	191	32	19	22	25	1.97
14893256--14893320	22	3.0	22	75	8	60	21	24	21	32	1.98
14893652--14893747	6	15.5	6	71	18	72	18	21	13	45	1.84
14893672--14893747	31	2.5	31	93	0	125	19	22	13	44	1.85
14893652--14893747	25	3.6	25	77	15	111	18	21	13	45	1.84
14902655--14902681	13	2.1	13	100	0	54	22	37	25	14	1.93
14905837--14906053	45	4.8	45	84	1	274	25	20	17	35	1.95
14908181--14908230	21	2.3	22	83	10	59	36	20	12	32	1.89
14911354--14911501	43	3.5	42	79	7	136	30	22	16	31	1.95
14911782--14911828	21	2.2	22	84	3	60	46	21	0	31	1.51
14918504--14918595	47	2.0	47	86	4	132	31	26	15	27	1.95
14919707--14919737	15	2.1	15	100	0	62	12	22	12	51	1.74
14922091--14922166	37	2.1	37	97	0	143	22	9	5	63	1.44
14924712--14924829	62	1.9	62	92	3	202	35	32	7	24	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14925653--14925680	13	2.2	13	100	0	56	46	7	32	14	1.71
14927520--14927553	18	1.9	18	88	5	52	35	20	0	44	1.52
14929567--14929784	46	4.7	46	74	5	170	32	28	17	21	1.96
14929574--14929745	93	1.8	93	88	0	263	30	28	19	21	1.98
14954942--14955038	47	2.1	47	90	3	151	26	19	22	30	1.98
14954921--14955039	24	5.0	24	86	7	154	26	21	22	30	1.99
14955097--14955153	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
14955093--14955155	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
14962042--14962076	17	2.1	17	94	0	61	31	14	17	37	1.89
14964351--14964396	24	1.9	24	90	0	74	32	13	36	17	1.88
14981443--14981517	22	3.3	22	65	17	62	26	30	10	32	1.90
14981415--14981622	47	4.4	47	92	2	303	27	31	8	32	1.87
15007250--15007332	31	2.7	31	96	3	152	27	26	16	28	1.97
15007539--15007610	25	2.9	25	79	6	76	29	19	20	30	1.97
15007558--15007621	25	2.6	25	85	5	76	26	21	20	31	1.98
15007824--15008023	27	7.4	27	85	0	265	25	22	18	34	1.96
15007853--15008046	81	2.4	81	85	5	223	27	20	17	35	1.94
15007853--15008073	81	2.7	80	82	8	198	27	19	17	35	1.94
15007975--15008210	27	8.7	26	81	4	184	30	10	19	39	1.85
15008004--15008210	27	7.7	27	84	2	193	31	9	19	39	1.84
15008203--15008520	27	11.8	27	89	2	424	40	7	21	30	1.80
15011857--15011888	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15018162--15018198	19	1.9	19	94	0	65	29	5	0	64	1.15
15024450--15024489	21	2.0	20	90	5	62	37	0	20	42	1.52
15024455--15024497	20	2.1	21	83	12	54	34	2	18	44	1.63
15032796--15032847	22	2.5	20	76	14	52	30	0	5	63	1.18
15035573--15035607	18	1.9	18	88	0	52	28	11	34	25	1.91
15036922--15036956	17	2.1	17	94	0	61	37	25	14	22	1.92
15054454--15055534	546	2.0	542	90	2	1684	31	17	16	33	1.93
15057994--15058019	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
15070042--15070082	20	2.0	20	100	0	82	34	14	34	17	1.90
15071458--15071642	79	2.3	81	83	9	229	25	27	22	24	2.00
15071458--15071642	40	4.7	40	82	7	225	25	27	22	24	2.00
15076712--15076901	44	4.3	44	67	10	109	31	18	18	31	1.95
15076638--15076931	132	2.2	132	86	4	394	28	21	18	31	1.97
15077528--15077584	29	2.0	29	100	0	114	70	3	14	12	1.30
15079265--15079297	14	2.3	15	89	5	50	60	9	0	30	1.27
15082536--15082577	9	4.7	9	90	0	66	47	14	11	26	1.78
15083084--15083121	18	2.1	18	85	9	51	36	5	0	57	1.21
15083147--15083185	8	4.9	8	87	0	51	61	12	10	15	1.56
15088984--15089043	26	2.4	25	75	22	63	26	11	3	58	1.49
15089257--15089293	17	2.1	18	90	5	58	32	8	0	59	1.27
15089389--15089438	19	2.5	20	75	15	50	24	0	6	70	1.10
15089333--15089435	25	4.2	24	71	9	66	28	3	2	65	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15089459--15089502	16	2.7	15	80	13	52	29	4	2	63	1.26
15089967--15090000	16	2.1	17	88	5	52	23	11	8	55	1.63
15095242--15095299	7	8.7	7	76	12	52	81	0	15	3	0.83
15095244--15095277	17	1.9	18	88	5	52	85	0	14	0	0.60
15096155--15096348	44	4.4	44	78	8	180	33	15	24	26	1.95
15096340--15096933	119	5.0	119	94	0	1008	33	17	18	29	1.95
15096857--15097206	83	4.2	83	92	1	549	33	19	20	26	1.96
15098769--15098828	26	2.4	25	75	22	63	26	11	3	58	1.49
15099050--15099086	17	2.1	18	90	5	58	32	8	0	59	1.27
15099186--15099224	18	2.2	18	86	9	53	23	0	5	71	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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