genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.215.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73297447--73297533	43	2.0	43	100	0	174	28	20	20	29	1.98
73298168--73298206	20	2.1	19	85	9	53	23	53	15	7	1.67
73299709--73299776	6	11.2	6	70	14	50	16	4	4	75	1.13
73299704--73299796	5	17.8	5	70	24	59	18	4	3	74	1.12
73302668--73302700	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
73309292--73309518	48	4.7	48	90	2	323	27	32	15	24	1.95
73319603--73319780	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
73319624--73319779	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
73322321--73322405	29	3.0	28	81	3	98	28	27	16	28	1.97
73325510--73325544	18	2.0	18	88	5	54	28	14	20	37	1.91
73326592--73326705	29	4.0	29	82	6	126	29	28	14	26	1.95
73326585--73326693	29	3.8	29	83	6	132	29	28	15	26	1.96
73328687--73328742	28	2.0	28	92	0	94	30	16	30	23	1.96
73352306--73352546	43	5.6	43	94	0	419	31	34	24	9	1.88
73352539--73352662	38	3.2	38	81	4	133	27	26	23	22	2.00
73355578--73355666	46	2.0	45	88	4	135	29	25	12	32	1.92
73360427--73360479	27	2.0	27	100	0	106	33	35	22	7	1.83
73360421--73360738	43	7.4	43	86	5	455	31	33	23	11	1.91
73360743--73360861	38	3.1	38	85	2	130	28	24	22	24	1.99
73366292--73366357	24	2.7	24	83	2	78	27	18	21	33	1.96
73371626--73371834	53	3.9	53	78	1	220	20	23	16	39	1.92
73371640--73371834	55	3.6	53	78	3	174	19	23	17	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73379941--73380097	68	2.3	68	80	7	176	42	18	14	25	1.88
73383509--73383635	44	2.9	43	83	3	137	34	29	15	20	1.94
73383526--73383635	45	2.5	44	83	4	132	33	30	16	19	1.94
73386169--73386231	15	4.1	15	79	2	63	28	17	12	41	1.86
73387582--73387743	35	4.6	35	76	15	147	38	17	17	26	1.91
73387582--73387743	70	2.3	69	83	7	211	38	17	17	26	1.91
73388389--73388413	13	1.9	13	100	0	50	12	16	40	32	1.84
73389792--73389826	16	2.2	16	100	0	70	22	0	25	51	1.48
73394544--73394638	20	4.8	20	74	10	86	9	32	23	34	1.87
73394547--73394638	40	2.3	39	80	14	107	9	33	23	32	1.88
73413539--73413793	55	4.8	53	79	8	236	36	16	24	22	1.95
73428378--73428477	27	3.7	27	86	5	139	37	17	19	27	1.93
73429146--73429197	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
73429173--73429220	21	2.3	21	96	0	87	20	27	20	31	1.98
73429263--73429321	27	2.2	26	84	3	73	22	23	18	35	1.96
73438896--73438983	45	2.0	45	100	0	176	32	15	11	39	1.84
73448432--73448698	40	6.7	40	94	0	471	29	20	27	21	1.98
73456915--73457182	40	6.7	40	94	0	473	29	20	28	21	1.98
73456915--73457182	121	2.2	120	94	1	473	29	20	28	21	1.98
73459792--73459817	10	2.6	10	100	0	52	92	0	7	0	0.39
73472259--73472373	55	2.1	56	82	8	137	34	22	24	18	1.96
73472284--73472373	27	3.2	27	81	7	101	32	24	24	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73472494--73472597	28	3.7	28	94	0	190	29	8	25	35	1.86
73473665--73473697	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
73476265--73476405	65	2.2	66	82	6	162	24	29	26	19	1.98
73477307--73477403	28	3.5	28	80	10	126	28	34	13	23	1.93
73477393--73477495	40	2.6	40	88	0	143	34	26	17	21	1.95
73488342--73488369	13	2.2	13	100	0	56	50	14	14	21	1.78
73492222--73492312	26	3.3	26	65	19	67	47	10	2	39	1.51
73500577--73500613	14	2.8	13	88	11	58	62	10	5	21	1.48
73503368--73503411	23	1.9	23	82	17	56	47	0	22	29	1.51
73503519--73503551	14	2.4	14	94	0	57	24	9	0	66	1.20
73503609--73503689	41	1.9	42	87	5	119	71	1	17	9	1.19
73503665--73503700	15	2.2	17	90	9	58	69	0	30	0	0.89
73509071--73509103	16	2.1	16	94	0	57	33	12	27	27	1.92
73515122--73515158	19	1.9	19	100	0	74	27	10	37	24	1.88
73517195--73517220	11	2.4	11	100	0	52	50	0	19	30	1.48
73519111--73519402	50	5.8	50	80	5	302	25	17	25	31	1.97
73528181--73528402	40	5.6	40	91	1	358	26	27	22	24	2.00
73539142--73539323	40	4.6	40	88	2	260	26	26	22	24	2.00
73547152--73547333	40	4.6	40	87	2	242	27	26	21	24	1.99
73552107--73552244	46	2.8	50	78	10	167	32	21	15	30	1.94
73563402--73563548	67	2.2	67	81	8	165	32	17	28	21	1.96
73563426--73563609	67	2.8	64	76	8	185	29	16	29	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73568947--73569075	46	2.8	46	95	0	222	29	27	21	20	1.98
73576724--73576756	16	2.1	16	100	0	66	48	27	6	18	1.71
73588406--73588581	46	3.8	46	78	10	205	21	19	28	30	1.98
73588403--73588573	93	1.8	93	92	0	288	21	20	28	29	1.98
73599207--73599237	14	2.2	14	100	0	62	35	16	22	25	1.94
73612933--73613148	40	5.4	40	90	2	287	25	21	27	25	2.00
73616350--73616670	27	12.0	27	83	1	349	25	13	21	39	1.89
73616982--73617071	18	5.1	18	77	8	94	23	17	12	46	1.82
73617005--73617071	35	1.9	35	90	0	107	25	14	10	49	1.76
73618696--73618771	40	1.9	40	86	5	109	30	22	14	32	1.94
73624055--73624130	26	2.9	26	82	0	98	17	22	22	38	1.93
73628364--73628479	37	3.1	37	94	0	196	25	31	18	24	1.98
73628597--73629033	47	9.2	47	90	2	667	29	30	8	31	1.86
73628597--73629035	96	4.6	95	91	2	675	29	30	7	31	1.86
73628597--73629033	143	3.1	143	91	3	711	29	30	8	31	1.86
73631916--73632092	87	2.0	87	100	0	354	35	23	11	30	1.90
73632449--73632564	40	2.9	40	85	0	133	25	30	21	23	1.99
73632465--73632726	40	6.6	40	80	8	225	24	28	20	26	1.99
73632475--73632726	80	3.2	78	80	9	251	24	28	20	26	1.99
73633013--73633092	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
73633073--73633294	43	5.4	43	86	7	284	25	32	17	24	1.97
73647780--73647825	6	7.5	6	90	4	65	15	4	0	80	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73647780--73647820	13	3.2	13	93	3	66	14	2	0	82	0.76
73647780--73647825	19	2.5	19	89	3	76	15	4	0	80	0.86
73650736--73650764	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
73653407--73653699	43	6.8	43	83	4	367	25	16	27	30	1.97
73653679--73653728	25	2.0	25	96	0	91	28	18	30	24	1.97
73653703--73653797	41	2.3	43	83	7	124	28	17	24	29	1.97
73661125--73661225	29	3.5	29	90	1	150	29	28	14	26	1.95
73664057--73664140	43	1.9	45	85	9	120	26	32	10	30	1.90
73663967--73664920	176	5.4	176	87	2	1389	25	25	18	30	1.98
73664406--73664853	43	10.2	43	66	17	165	26	25	17	30	1.97
73663967--73664946	353	2.8	352	90	2	1475	25	25	18	30	1.98
73671737--73672008	135	2.0	135	97	0	517	33	12	18	34	1.89
73679282--73679337	22	2.6	22	86	8	71	17	21	16	44	1.86
73679709--73679817	28	3.8	28	78	17	96	46	21	0	31	1.57
73682029--73682071	12	3.2	13	80	12	52	53	6	9	30	1.59
73687901--73687931	11	2.8	11	95	0	53	22	0	6	70	1.09
73688390--73688423	13	2.5	13	85	4	50	44	0	0	55	0.99
73688451--73688508	15	3.8	15	73	11	55	53	5	17	24	1.64
73690195--73690225	13	2.5	13	94	5	55	22	6	6	64	1.40
73690213--73690266	25	2.2	25	83	6	65	27	5	11	55	1.57
73694894--73694993	40	2.5	39	88	1	146	11	14	27	48	1.77
73698527--73698631	45	2.4	45	79	7	108	47	5	17	29	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73702041--73702211	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	21	1.99
73702036--73702208	46	3.7	46	80	10	217	28	27	21	21	1.99
73707842--73708012	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	22	1.99
73707837--73708009	46	3.7	46	79	10	208	28	27	21	22	1.99
73710826--73710982	43	3.6	43	81	9	151	26	29	19	24	1.99
73711426--73711584	80	2.0	81	82	6	198	33	21	7	37	1.82
73712641--73712670	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
73714347--73714411	32	2.0	32	100	0	130	33	27	12	26	1.92
73719882--73719957	26	3.0	25	75	21	68	32	30	11	25	1.91
73719894--73720166	50	5.4	50	86	4	345	33	26	13	26	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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