genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.198.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123748673

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66710985--66711176	27	7.1	27	83	2	226	27	19	16	36	1.93
66710985--66711202	27	8.1	26	78	11	183	28	18	16	36	1.93
66711162--66712024	27	32.7	27	78	9	800	30	9	20	39	1.84
66711546--66711590	22	2.0	22	82	0	54	33	4	26	35	1.77
66711162--66712024	289	3.0	289	92	2	1360	30	9	20	39	1.84
66716043--66716180	65	2.1	65	97	0	258	27	30	22	19	1.98
66716274--66716306	13	2.5	13	95	0	57	42	30	21	6	1.77
66717218--66717326	23	4.7	23	73	10	80	33	16	22	27	1.96
66717275--66717343	24	2.8	24	79	14	70	36	15	21	26	1.94
66721701--66721731	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
66721698--66721737	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
66721984--66722162	55	3.3	53	78	9	166	23	25	16	34	1.96
66729273--66729303	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
66729270--66729309	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
66729379--66729426	23	2.0	24	88	4	71	20	25	10	43	1.83
66729494--66729744	55	4.7	54	78	9	234	22	25	16	35	1.94
66729494--66729719	53	4.3	53	80	8	205	21	26	16	35	1.94
66729541--66729740	108	1.8	109	86	5	289	23	26	16	34	1.95
66735596--66735677	41	2.0	40	86	9	112	20	21	41	15	1.90
66738158--66738227	21	3.2	21	68	18	61	40	25	12	21	1.89
66738146--66738235	45	2.0	44	91	2	144	37	23	13	25	1.91
66748107--66748211	43	2.4	43	84	4	131	25	12	25	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66750960--66751129	46	3.7	46	77	13	195	20	21	29	28	1.98
66754104--66754172	30	2.3	31	80	9	81	13	15	13	57	1.64
66754104--66754164	15	4.1	16	71	14	58	14	16	13	55	1.69
66756900--66757075	46	3.8	46	79	12	198	21	20	28	29	1.98
66756896--66757066	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	28	1.98
66759457--66759519	25	2.6	25	87	5	94	38	17	11	33	1.85
66759545--66759690	40	3.7	38	75	13	125	27	21	20	30	1.98
66759844--66760032	7	26.4	7	68	12	62	21	1	31	45	1.61
66759905--66759952	15	3.3	15	85	5	71	16	0	35	47	1.47
66759956--66760048	22	4.3	21	75	4	78	18	0	39	41	1.50
66760336--66760360	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
66761037--66761140	52	2.0	52	98	0	199	27	15	41	15	1.87
66766820--66766887	21	3.1	22	71	14	59	55	1	2	39	1.24
66766887--66767032	43	3.4	43	81	5	188	24	16	29	29	1.97
66788296--66788457	44	3.8	42	71	11	134	32	26	15	25	1.95
66792232--66792395	43	3.8	43	77	8	156	28	14	23	33	1.94
66792238--66792394	86	1.8	85	83	4	208	28	14	24	32	1.95
66793100--66793148	22	2.2	20	77	19	53	18	4	26	51	1.64
66794972--66795203	49	4.7	48	76	6	221	30	27	17	24	1.97
66794972--66795203	100	2.3	99	82	4	279	30	27	17	24	1.97
66797266--66797443	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
66797287--66797442	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66815427--66815621	41	4.8	41	82	3	205	27	15	26	31	1.96
66815427--66815581	83	1.9	82	83	4	204	27	14	27	30	1.95
66815393--66815621	82	2.8	81	76	3	226	24	15	26	32	1.95
66826431--66826483	23	2.3	23	96	0	97	54	13	1	30	1.49
66826455--66826612	39	4.1	39	84	0	181	41	20	5	31	1.76
66826455--66826612	78	2.0	78	85	0	208	41	20	5	31	1.76
66828830--66828861	11	3.1	11	82	17	50	75	0	15	9	1.05
66828834--66828885	22	2.5	21	81	12	54	69	5	19	5	1.30
66828896--66828936	4	9.8	4	84	10	55	68	0	29	2	1.03
66828898--66828936	9	4.6	9	90	3	55	66	0	30	2	1.05
66828896--66828936	13	3.2	12	83	10	55	68	0	29	2	1.03
66830081--66830121	18	2.3	18	91	0	64	31	12	17	39	1.86
66832006--66832127	42	3.0	42	89	4	178	11	40	25	22	1.87
66833087--66833262	47	3.8	48	75	14	136	22	28	19	28	1.98
66838390--66838961	285	2.0	285	99	0	1126	34	20	14	30	1.92
66843159--66843227	32	2.2	32	97	0	129	15	33	24	26	1.95
66843159--66843250	32	2.9	31	87	6	98	14	32	27	26	1.94
66845125--66845483	27	13.3	27	80	3	330	29	10	20	38	1.86
66845178--66845491	27	11.7	27	81	4	348	30	9	20	39	1.84
66845763--66845854	28	3.3	28	84	3	114	26	34	16	22	1.95
66850572--66850696	29	4.3	29	87	1	171	24	13	32	29	1.94
66851771--66851828	19	3.2	18	78	9	55	43	10	17	29	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66855997--66856145	43	3.5	43	76	7	135	26	20	24	28	1.99
66858671--66858780	46	2.4	45	89	3	157	23	30	16	29	1.96
66866894--66867056	43	3.8	43	77	5	143	25	15	25	32	1.96
66873603--66873660	19	3.2	18	76	14	57	34	17	29	18	1.94
66873718--66873830	29	3.9	29	92	0	172	29	14	26	30	1.95
66883094--66883247	28	5.5	28	95	0	256	26	12	27	33	1.92
66891309--66891433	27	4.6	27	94	3	205	26	12	28	32	1.93
66891309--66891433	55	2.3	55	94	0	214	26	12	28	32	1.93
66899785--66899834	26	1.9	26	87	0	73	64	8	2	26	1.32
66914657--66914865	38	5.0	38	70	18	130	31	23	13	31	1.93
66914702--66914835	48	2.8	48	86	1	171	33	22	12	31	1.91
66921707--66921906	44	4.6	43	76	3	152	23	18	23	35	1.96
66921806--66921910	43	2.5	43	84	1	140	25	18	24	31	1.97
66924481--66924589	42	2.6	43	78	7	116	25	26	22	25	2.00
66942948--66943201	55	4.8	55	79	11	257	35	15	26	22	1.94
66942957--66943157	108	1.8	110	88	4	309	32	16	26	23	1.96
66946308--66946496	38	4.9	38	81	6	184	22	21	24	30	1.99
66947463--66947493	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
66977132--66977434	40	7.6	40	89	2	396	27	28	20	24	1.99
66985116--66985418	40	7.6	40	89	2	396	27	28	20	24	1.99
66989996--66990132	46	3.0	46	90	0	202	24	31	10	34	1.89
66990106--66990343	47	5.1	47	88	2	300	26	27	10	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66994297--66994612	40	7.9	40	96	0	569	25	30	21	23	1.99
66996095--66996230	46	3.0	46	86	5	170	24	30	9	36	1.87
66996435--66996506	22	3.1	22	64	24	58	23	30	13	31	1.94
66996205--66996580	47	8.0	47	90	0	531	25	29	11	32	1.92
67010969--67011078	41	2.7	42	85	2	143	12	20	30	35	1.90
67011248--67011355	56	1.9	57	86	5	157	23	20	29	26	1.99
67012965--67013106	67	2.1	68	84	3	180	25	14	18	41	1.88
67015074--67015190	42	2.8	43	84	3	166	11	20	33	34	1.89
67015331--67015464	57	2.4	55	81	9	148	24	17	28	29	1.97
67015356--67015465	57	1.9	58	86	1	159	23	19	29	28	1.98
67016375--67016456	1	82.0	1	100	0	164	100	0	0	0	0.00
67017552--67017694	68	2.1	68	84	2	180	25	14	18	41	1.89
67019669--67019787	43	2.8	43	89	0	184	11	21	32	33	1.90
67019929--67020062	57	2.4	55	81	9	148	24	17	28	29	1.97
67019954--67020063	57	1.9	58	86	1	159	23	19	29	28	1.98
67022363--67022505	68	2.1	68	84	2	180	25	14	18	41	1.89
67024511--67024628	43	2.8	42	90	1	182	11	22	33	33	1.89
67024770--67024903	57	2.4	55	81	9	148	24	17	28	29	1.97
67024795--67024904	57	1.9	58	86	1	159	23	19	29	28	1.98
67027223--67027369	68	2.2	68	82	4	181	27	12	18	41	1.87
67032398--67032505	26	4.2	26	91	0	180	32	6	24	37	1.81
67034070--67034210	54	2.6	53	92	2	219	17	22	24	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67034070--67034228	27	5.9	27	82	11	175	18	23	22	35	1.95
67044407--67044440	15	2.2	16	89	5	52	20	29	0	50	1.49
67045833--67045880	20	2.4	21	86	10	73	54	16	6	22	1.65
67046503--67046527	6	4.2	6	100	0	50	84	0	16	0	0.63
67050906--67050985	29	2.7	29	78	1	88	20	30	23	26	1.98
67060642--67060771	66	1.9	67	81	10	156	34	16	29	20	1.94
67066950--67066985	19	1.9	19	88	5	56	44	0	11	44	1.39
67067366--67067513	67	2.2	66	83	8	174	32	17	28	21	1.96
67069922--67070144	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
67070076--67070153	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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